单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2025-07-12	Leveraging machine learning models to evaluate immune infiltration in the ovarian cancer microenvironment: a single-cell analysis approach 2025-Jul-09, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03018-9 PMID:40632369	研究论文	本研究利用机器学习和单细胞RNA测序数据，建立了一个评估卵巢癌肿瘤微环境中免疫浸润的客观模型	首次在单细胞水平上结合机器学习模型评估卵巢癌的免疫浸润状态，并识别出与免疫浸润相关的关键基因特征	研究未进行临床试验验证，且依赖于公共数据库的数据	为卵巢癌的个体化免疫治疗提供客观评估工具	卵巢癌肿瘤微环境中的免疫细胞	机器学习	卵巢癌	单细胞RNA测序	RandomForest, SVM	基因表达数据	来自多个公共数据库的卵巢癌样本，包含不同组织学亚型和免疫浸润水平
1682	2025-07-12	Therapeutic targeting of FOSL1 and RELA-dependent transcriptional mechanisms to suppress pancreatic cancer metastasis 2025-Jul-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-025-07810-x PMID:40634284	研究论文	该研究揭示了炎症和致癌信号通路如何协同作用驱动胰腺导管腺癌（PDAC）转移的新机制，并探讨了糖皮质激素受体激动剂在抑制肿瘤细胞迁移中的治疗潜力	发现了TNFα和EGF信号通过激活NF-κB和AP-1转录因子共同调控PDAC细胞迁移的新机制，并首次证明GR混合激动剂可通过抑制NF-κB转录活性显著减少PDAC细胞迁移	研究主要基于体外和体内模型，尚未在临床患者中进行验证	探索炎症和致癌信号通路对PDAC转移的表观遗传调控机制，并寻找潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）细胞	肿瘤学	胰腺癌	单细胞RNA测序，体外和体内模型	NA	基因表达数据	未明确说明具体样本数量
1683	2025-07-12	Triggering AHR resolves TGF-β1 induced fibroblast activation and promotes AT1 cell regeneration in alveolar organoids 2025-Jul-09, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08446-5 PMID:40634525	研究论文	本研究通过3D器官培养和高通量筛选，发现激活AHR可以促进AT1细胞再生并减少TGF-β1诱导的成纤维细胞活化	首次使用高通量筛选系统鉴定出能促进AT1细胞分化的化合物，并揭示AHR激活在对抗TGF-β1信号通路中的作用	研究仅在体外3D器官培养模型中进行，尚未在体内模型或临床环境中验证	探索在病理条件下促进肺泡上皮再生的方法	肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）和成纤维细胞	细胞生物学	肺纤维化间质性肺病	3D器官培养, 高通量筛选(HTS), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	3D器官模型	基因表达数据	约16,800种化合物进行筛选
1684	2025-07-12	Liver-specific expression of ANGPTL8 promotes Alzheimer's disease progression through activating microglial pyroptosis 2025-Jul-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03487-3 PMID:40634935	研究论文	研究揭示了肝脏特异性表达的ANGPTL8通过激活小胶质细胞焦亡促进阿尔茨海默病进展的机制	首次发现ANGPTL8通过PirB/NLRP3通路加剧小胶质细胞焦亡，从而加速AD发病	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肝脏分泌因子ANGPTL8在阿尔茨海默病进展中的作用机制	ANGPTL8基因敲除小鼠和5×FAD转基因小鼠	神经退行性疾病研究	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序、批量RNA测序、透射电子显微镜	小鼠疾病模型	基因表达数据、行为学数据、组织学数据	ANGPTL8-/-小鼠和5×FAD小鼠杂交群体
1685	2025-07-12	Distinct roles of HMOX1 on tumor epithelium and macrophage for regulation of immune microenvironment in ovarian cancer 2025-Jul-09, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002829 PMID:40638251	研究论文	本研究探讨了铁死亡相关因子HMOX1在卵巢癌免疫微环境调控中的双重作用	揭示了HMOX1在肿瘤上皮细胞和巨噬细胞中的不同作用及其通过不同信号通路调控免疫微环境的机制	仅针对卵巢癌进行研究，未涉及其他癌症类型	阐明铁死亡相关因子在免疫微环境调控中的作用	卵巢癌样本中的肿瘤上皮细胞和巨噬细胞	肿瘤免疫学	卵巢癌	scRNA-seq, 免疫组化, western blot, mIHC	小鼠模型	基因表达数据, 蛋白质表达数据	来自TCGA、GTEx、GEO数据库的卵巢癌样本及小鼠模型
1686	2025-07-12	Chronic cerebral hypoperfusion induces venous dysfunction via EPAS1 regulation in mice 2025-Jul-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61614-3 PMID:40628749	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示了慢性脑低灌注通过EPAS1调控诱导静脉功能障碍的机制	首次发现EPAS1在静脉细胞中的特异性激活及其与脑血管异常的关联	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证有限	探究脑血管损伤导致血管性痴呆的分子机制	小鼠皮层血管细胞和人类血管内皮细胞	神经科学	血管性痴呆	单细胞转录组测序、活体成像	小鼠双侧颈总动脉狭窄模型	基因表达数据、影像数据	小鼠模型及人类血管内皮细胞样本
1687	2025-07-12	Identifying propionate metabolism-related genes as biomarkers of sepsis development and therapeutic targets 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06463-2 PMID:40628770	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析脓毒症患者和健康对照者外周血单个核细胞中丙酸代谢的差异，并构建脓毒症诊断模型	首次将丙酸代谢相关基因作为脓毒症发展的生物标志物和治疗靶点进行研究，并使用机器学习构建诊断模型	研究样本量未明确说明，且机制研究仍需进一步验证	探索丙酸代谢在脓毒症中的作用机制，并开发诊断模型	脓毒症患者和健康对照者的外周血单个核细胞	生物信息学	脓毒症	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 机器学习	LASSO, XGBoost, CatBoost, NGBoost	RNA-seq数据	NA
1688	2025-07-12	Thioredoxin regulates T cell proliferation and aggravates the severity of influenza a virus infection 2025-Jul-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10676-w PMID:40629048	研究论文	该研究通过多组学方法鉴定了TXN作为T细胞增殖的关键靶基因，并阐明了其与甲型流感病毒(IAV)感染的密切关联	首次将TXN鉴定为IAV感染期间T细胞增殖的靶基因，并提出了T细胞死亡新机制的非凋亡形式假说	未明确解释IAV感染后T细胞发育是否受到负调控	探究IAV感染期间T细胞的免疫变化及相关靶基因	甲型流感病毒(IAV)感染过程中的T淋巴细胞	免疫学	流感	转录组分析、单细胞转录组分析、差异分析、WGCNA、Friends分析	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量
1689	2025-07-12	CAF-derived GLUT1 and its role in modulating ovarian cancer progression: a multi-dimensional analysis of the tumor microenvironment 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08380-6 PMID:40629043	研究论文	本研究通过多维分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）中GLUT1在卵巢癌微环境中的作用及其对肿瘤进展的影响	首次发现GLUT1在CAFs中的高表达并通过TGF-β1/p38/MMP2/MMP9通路促进卵巢癌细胞增殖和迁移，同时利用单细胞RNA测序和3D生物打印模型验证了这一机制	研究主要基于体外模型和生物信息学分析，缺乏临床样本的验证	探究CAFs中葡萄糖代谢重编程在卵巢癌进展中的作用机制	卵巢癌微环境中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	肿瘤微环境研究	卵巢癌	单细胞RNA测序、生物信息学分析、3D生物打印	3D生物打印模型	RNA测序数据、生物信息学数据	NA
1690	2025-07-12	Single-cell analysis links DCUN1D5 to immune remodeling and cisplatin resistance in recurrent osteosarcoma 2025-Jul-08, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08409-w PMID:40629059	研究论文	通过单细胞分析揭示了DCUN1D5在复发性骨肉瘤中的免疫重塑和顺铂耐药性中的作用	首次将DCUN1D5基因与骨肉瘤的免疫微环境重塑和顺铂耐药性联系起来，并发现其通过外泌体影响破骨细胞前体成熟	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证	探究骨肉瘤复发和顺铂耐药的机制，特别是从肿瘤微环境的角度	复发性骨肉瘤及其微环境	肿瘤生物学	骨肉瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq)	NA	RNA测序数据	整合了多个单细胞RNA测序数据集（具体样本量未明确说明）
1691	2025-07-12	Integrating single-cell and spatial transcriptomics reveals the cellular heterogeneity of vestibular schwannoma 2025-Jul-08, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-01028-y PMID:40629113	研究论文	通过整合单细胞和空间转录组学技术，揭示了前庭神经鞘瘤的细胞异质性	发现了一种富含VEGFA的施万细胞亚型，并通过空间转录组学验证了其存在，同时构建了前庭神经鞘瘤组织的初步细胞图谱	样本量较小（3个单细胞RNA测序样本和2个空间转录组样本），可能影响结果的普遍性	探索前庭神经鞘瘤的发展和空间异质性机制	前庭神经鞘瘤组织	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	转录组数据	3个单细胞RNA测序样本（VS1-3）和2个空间转录组样本（VS_S1-2）
1692	2025-07-12	Mechanistic study of CTHRC1 in promoting Wilms' tumor progression by regulating M2-type tumor-associated macrophages polarization 2025-Jul-08, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06752-4 PMID:40629408	研究论文	本研究探讨了CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用及其通过调节M2型肿瘤相关巨噬细胞极化的分子机制	揭示了CTHRC1通过TNFSF9-TNFRSF9轴调控M2-TAMs极化的新机制，并发现M2-TAMs通过激活PI3K/Akt通路促进Wilms瘤进展	未明确说明样本量大小及具体实验条件限制	探究CTHRC1在Wilms瘤进展中的作用机制	Wilms瘤组织和M2型肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤生物学	Wilms瘤	单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫组化、免疫荧光、转录组测序	异种移植模型	基因表达数据、蛋白质数据、组织切片图像	NA
1693	2025-07-12	SUMO-activating enzyme subunit 1 (SAE1) promotes non-small cell lung cancer metastasis by promoting the epithelial-mesenchymal transition through the SUMOylation of N-cadherin 2025-Jul-08, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-023-2662-y PMID:40643801	研究论文	本研究揭示了SUMO激活酶亚基1（SAE1）通过SUMO化N-钙黏蛋白促进非小细胞肺癌转移的机制	首次发现SAE1通过SUMO化N-钙黏蛋白促进上皮-间质转化（EMT），从而推动非小细胞肺癌的转移	未明确SAE1在其他类型癌症中的作用，临床样本量有限	探究SAE1在非小细胞肺癌转移中的作用机制	非小细胞肺癌细胞及患者痰液样本	癌症生物学	非小细胞肺癌	蛋白表达谱分析、单细胞测序、痰液薄片技术	NA	蛋白质组数据、单细胞测序数据、临床样本数据	非小细胞肺癌组织样本及患者痰液样本（数量未明确）
1694	2025-07-12	Identification of biomarkers and exploration of mechanisms for atopic dermatitis based on transcriptome and scRNA-seq data analysis 2025-Jul-04, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042291 PMID:40629565	research paper	本研究通过生物信息学方法识别特应性皮炎的生物标志物并探索其机制	结合转录组和单细胞RNA测序数据分析，识别出7个关键基因作为AD的潜在生物标志物，并通过伪时间分析探索了角质形成细胞在AD发病机制中的作用	研究依赖于公开数据集，未进行实验验证	识别特应性皮炎的生物标志物并探索其发病机制	特应性皮炎(AD)	生物信息学	特应性皮炎	转录组测序, scRNA-seq	NA	基因表达数据	两个转录组数据集(GSE16161和GSE32924)和一个scRNA-seq数据集(GSE180885)
1695	2025-07-12	Large-Scale Production of Expandable Hepatoblast Organoids and Polarised Hepatocyte Organoids From hESCs Under 3D Static and Dynamic Suspension Conditions 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70001 PMID:39921573	研究论文	开发了一种新的培养系统，用于在3D静态和动态悬浮条件下从人类胚胎干细胞(hESCs)大规模生产可扩展的肝母细胞类器官(HB-orgs)和成熟的极化肝细胞类器官(P-hep-orgs)	使用低浓度Matrigel支持的3D悬浮条件，开发了新的培养系统，能够大规模生产功能性的肝细胞类器官	NA	开发大规模生产功能性hESC衍生肝细胞的方法，用于细胞治疗、疾病建模、药理学和毒理学研究	人类胚胎干细胞(hESCs)	细胞生物学	NA	scRNA-seq	NA	NA	NA
1696	2025-07-12	Klotho Regulates Club Cell Senescence and Differentiation in Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jul, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.70000 PMID:39930762	研究论文	探讨Klotho（KL）在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中调节俱乐部细胞衰老和分化的作用	首次揭示了KL通过调节hnRNPA2/B1和neddylation影响俱乐部细胞衰老的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	阐明KL在COPD炎症和俱乐部细胞衰老中的作用机制	COPD患者肺组织和香烟烟雾诱导的COPD小鼠模型	呼吸系统疾病研究	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），SA-β-gal染色	KL基因敲除小鼠模型	基因表达数据，组织病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类COPD肺组织和小鼠模型
1697	2025-07-12	Single-Cell Analysis Clarifies Pathological Heterogeneity in Tenosynovial Giant Cell Tumor and Identifies Biomarkers for Predicting Disease Recurrence 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415835 PMID:40126353	研究论文	通过单细胞RNA测序分析弥漫型和局限型腱鞘巨细胞瘤的转录差异，揭示病理异质性并鉴定预测疾病复发的生物标志物	发现D-TGCT中独特的肿瘤细胞簇及其通过COL6A3-(ITGAV+ITGB8)相互作用调控成纤维细胞分化的机制，并鉴定出预测复发的生物标志物ROR1和PRKD1	样本来源和数量未明确说明，机制验证实验需进一步开展	阐明弥漫型腱鞘巨细胞瘤侵袭性行为的分子机制并寻找治疗靶点	人类弥漫型(D-TGCT)和局限型(L-TGCT)腱鞘巨细胞瘤病变组织	单细胞组学	腱鞘巨细胞瘤	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	NA
1698	2025-07-12	CeiTEA: Adaptive Hierarchy of Single Cells with Topological Entropy 2025-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503539 PMID:40245302	研究论文	介绍了一种基于拓扑熵的自适应层次聚类算法CeiTEA，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型复杂层次结构	提出了一种结合自底向上和自顶向下策略的新算法，通过最小化拓扑熵构建多叉分割树，优化细胞类型关系和多样性的表示	未提及算法在大规模数据集上的计算效率或内存消耗问题	解决现有聚类方法难以捕捉细胞类型复杂层次结构的问题	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和亚型	生物信息学	肿瘤异质性	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	自适应层次聚类算法	基因表达数据	模拟和真实世界的scRNA-seq数据集（具体数量未提及）
1699	2025-07-12	CellNEST reveals cell-cell relay networks using attention mechanisms on spatial transcriptomics 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02721-3 PMID:40481363	research paper	介绍了一种名为CellNEST的新方法，用于在空间转录组学中检测细胞间通讯网络	提出了一种新的中继网络通讯检测方法，能够识别配体-受体-配体-受体的通讯模式	未明确提及具体局限性	解决当前单细胞RNA测序和空间转录组学方法在检测细胞间通讯时的高假阳性率和局限性	人类淋巴结中的T细胞归巢信号、肺腺癌和结直肠癌中的侵袭性癌症通讯、胰腺癌中的中继网络通讯	空间转录组学	癌症、糖尿病	单细胞RNA测序、空间转录组学	注意力机制	空间转录组数据	NA
1700	2025-07-12	Understanding disease-associated metabolic changes in human colonic epithelial cells using the iColonEpithelium metabolic reconstruction 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013253 PMID:40609069	研究论文	本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，探索了结肠上皮细胞在健康和疾病状态下的代谢特征	首次构建了人类结肠上皮细胞特异性基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，并包含独特的运输反应区室以模拟与肠道微生物组的代谢相互作用	研究仅初步验证了模型在探索宿主与肠道菌群代谢相互作用中的应用潜力	解析人类结肠上皮细胞的详细代谢活动及其在炎症性肠病中的变化	人类结肠上皮细胞及其在克罗恩病和溃疡性结肠炎中的代谢特征	代谢组学	炎症性肠病	基因组尺度代谢模型(GEM), 单细胞RNA测序	iColonEpithelium代谢网络模型	单细胞RNA测序数据	克罗恩病和溃疡性结肠炎样本的scRNA-seq数据