单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2025-04-01	Protocol for isolating the single bacteriocyte from whiteflies for single-cell RNA-seq analysis 2025-Mar-21, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2025.103691 PMID:40073021	研究论文	本文提出了一种从粉虱中分离单个含菌细胞的方案，用于单细胞RNA测序分析	提供了一种便捷高效的单个含菌细胞分离和单细胞测序方案，并具有应用于其他昆虫细胞的潜力	未提及方案的具体性能指标或验证结果	开发一种用于单细胞RNA测序的含菌细胞分离方案	粉虱中的含菌细胞	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1682	2025-04-01	Population dynamics modeling reveals that myeloid bias involves both HSC differentiation and progenitor proliferation biases 2025-Mar-20, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2024025598 PMID:39791596	研究论文	通过种群动态模型揭示了骨髓偏向性涉及造血干细胞分化和祖细胞增殖的双重偏向	首次定量评估了造血干细胞分化偏向性对骨髓偏向性的贡献，并发现早期骨髓偏向性祖细胞的增殖增加是另一个重要机制	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更广泛的人类样本中验证	探究骨髓偏向性产生的细胞机制	造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	计算生物学	骨髓性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微分方程模型	微分方程模型	单细胞转录组数据	IκB-小鼠模型、野生型小鼠、老年小鼠和人类骨髓性肿瘤患者的HSPCs
1683	2025-04-01	Single-cell multiome and spatial profiling reveals pancreas cell type-specific gene regulatory programs driving type 1 diabetes progression 2025-Mar-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.13.637721 PMID:40027657	研究论文	通过单细胞多组学和空间转录组学揭示了胰腺细胞类型特异性基因调控程序在1型糖尿病进展中的作用	首次在多达32名非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体中进行了单核多组学和空间转录组学分析，揭示了1型糖尿病进展中的细胞类型特异性调控程序	样本量相对有限（32名供体），且仅针对胰腺组织进行研究	揭示1型糖尿病在胰腺中的进展机制	非糖尿病、自身抗体阳性和1型糖尿病胰腺供体的853,005个细胞	生物医学	1型糖尿病	单核多组学、空间转录组学	NA	单细胞基因组数据、空间转录组数据	32名胰腺供体的853,005个细胞
1684	2025-04-01	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-Mar-17, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	研究论文	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%	NA	为T细胞亚型和状态提供参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	肺癌、COVID-19、卵巢癌	scRNA-seq	分层模型和标记校正	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
1685	2025-04-01	Current Applications of Single-Cell RNA Sequencing in Glioblastoma: A Scoping Review 2025-Mar-14, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030309 PMID:40149830	综述	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在胶质母细胞瘤（GBM）中的应用，重点关注其在解决肿瘤复杂性和治疗耐药性以及改善患者预后方面的潜力	通过scRNA-seq技术揭示GBM的复杂细胞和免疫景观，为改进诊断和个性化治疗铺平道路	仅纳入2009年至2024年间发表的英文或西班牙语研究，可能遗漏其他语言的重要研究	探索scRNA-seq在GBM诊断、预后、治疗及癌症生物学理解中的临床应用	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境和细胞亚群	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24项研究，其中11项关注GBM样本的肿瘤微环境和细胞亚群，5项研究GBM癌症生物学，3项研究疾病预后，3项应用转化研究，2项解决治疗相关问题
1686	2025-04-01	Extraction of a stromal metastatic gene signature in breast cancer via spatial profiling 2025-Mar-08, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03353-3 PMID:40065328	研究论文	通过空间转录组学分析，识别乳腺癌转移灶的基质特征基因签名	利用空间转录组学技术，首次系统性地分析了乳腺癌原发灶和转移灶的基质转录特征，并验证了其作为预后工具的潜力	研究样本量有限，且主要在人类乳腺癌数据集和小鼠模型中进行验证	探索乳腺癌转移的分子特征，特别是肿瘤外基质的作用	乳腺癌原发灶和转移灶的微区域	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	代表性微区域集合（具体数量未说明）
1687	2025-04-01	Multi-Omics Analysis of the Anoikis Gene CASP8 in Prostate Cancer and Biochemical Recurrence (BCR) 2025-Mar-07, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines13030661 PMID:40149637	研究论文	通过多组学分析探讨前列腺癌中Anoikis基因CASP8的作用及其与生化复发（BCR）的关系	首次通过单细胞和空间转录组学分析探索Anoikis基因集在前列腺癌细胞中的表达模式，并构建了一个能更好预测前列腺癌BCR的预测模型	未提及具体样本量，可能影响结果的普遍性	探讨Anoikis基因CASP8在前列腺癌和生化复发中的作用及机制	前列腺癌细胞和生化复发（BCR）患者	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、基于汇总数据的孟德尔随机化（SMR）	四基因预后模型	转录组数据	NA
1688	2025-04-01	Macrophage-mediated interleukin-6 signaling drives ryanodine receptor-2 calcium leak in postoperative atrial fibrillation 2025-Mar-06, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI187711 PMID:40048254	研究论文	本研究探讨了术后心房颤动（poAF）的细胞和分子机制，特别是巨噬细胞介导的IL-6信号传导在驱动ryanodine受体-2钙泄漏中的作用	揭示了巨噬细胞通过IL-6-STAT3-CaMKII信号通路驱动poAF的新机制，并提出了针对该通路的治疗潜力	研究主要基于小鼠模型和有限的人类样本，需要在更大规模的人类研究中验证	阐明术后心房颤动的发病机制	小鼠和人类心脏手术后的心房组织	心血管疾病研究	心血管疾病	单细胞RNA测序、伪时间轨迹分析、共聚焦成像	条件性基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、影像数据	小鼠模型和人类心脏手术患者的心包液样本
1689	2025-04-01	Editorial for Brain Sciences Special Issue "Advances in Restorative Neurotherapeutic Technologies" 2025-Mar-05, Brain sciences IF:2.7Q3 DOI:10.3390/brainsci15030273 PMID:40149794	评论	这篇社论介绍了《脑科学》特刊《恢复性神经治疗技术的进展》的主要内容	强调了从组织学技术到单细胞RNA测序等技术创新对神经科学进步的推动作用	NA	介绍恢复性神经治疗技术的最新进展	神经科学领域的技术创新	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1690	2025-04-01	Integrated Spheroid-to-Population Framework for Evaluating PFHpA-Associated Metabolic Dysfunction and Steatotic Liver Disease 2025-Mar-04, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5960979/v1 PMID:40092438	研究论文	本研究旨在通过整合人类流行病学数据和体外实验结果，探讨短链全氟烷基物质PFHpA对代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)发展的影响	首次建立从3D肝球体到人群研究的整合框架来评估PFHpA的肝毒性机制，并应用LUCID模型分析暴露-组学特征-疾病风险的关联	研究主要基于肥胖青少年队列，结果可能不适用于普通人群	阐明PFHpA在MASLD发病中的作用机制	接受减重手术的肥胖青少年队列和3D人肝球体模型	NA	脂肪性肝病	单细胞转录组学、多组学整合分析、LUCID模型	LUCID	血浆样本、肝脏活检组织、单细胞转录组数据、蛋白质组和代谢组数据	Teen-LABS队列中的肥胖青少年(具体人数未明确说明)和3D人肝球体模型
1691	2025-04-01	The Spatial Transcriptomic Atlas of Human Limbus and Vital Niche Microenvironment Regulating the Fate of Limbal Epithelial Stem Cells 2025-Mar-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.3.52 PMID:40131296	研究论文	本研究利用空间转录组技术生成人类角膜缘的空间图谱，揭示角膜缘上皮干细胞（LESCs）与微环境之间的深层相互作用	首次绘制人类角膜缘的空间转录组图谱，发现GPHB5可能是LESCs的新潜在生物标志物，并揭示了COL6A2/CD44信号在细胞间双向通讯中的关键作用	样本量相对较小，仅分析了有限数量的样本	揭示角膜缘微环境对LESCs命运的调控机制	人类角膜缘组织及角膜缘上皮干细胞（LESCs）	空间转录组学	角膜疾病	空间转录组技术、单细胞RNA测序	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	每个样本分析超过400个位点
1692	2025-04-01	FLASH radiation reprograms lipid metabolism and macrophage immunity and sensitizes medulloblastoma to CAR-T cell therapy 2025-Mar, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-025-00905-6 PMID:39910249	研究论文	研究FLASH放疗如何通过重编程巨噬细胞脂质代谢和免疫反应，增强CAR-T细胞疗法对髓母细胞瘤的治疗效果	首次揭示了FLASH放疗通过调节巨噬细胞脂质代谢和免疫表型，增强CAR-T细胞疗法效果的新机制	研究基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索FLASH放疗对肿瘤免疫微环境的影响及其与CAR-T细胞疗法的协同作用	髓母细胞瘤小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫治疗	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析、CAR-T细胞疗法	基因工程小鼠模型	转录组数据	NA
1693	2025-04-01	A functional single-cell metabolic survey identifies Elovl1 as a target to enhance CD8+ T cell fitness in solid tumours 2025-Mar, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-025-01233-w PMID:40065102	研究论文	通过CRISPR/Cas9代谢调查和单细胞RNA测序，研究发现Elovl1是增强CD8+ T细胞在实体瘤中适应性的代谢靶点	首次通过单细胞代谢调查识别Elovl1作为增强CD8+ T细胞效应的代谢靶点，并揭示其与抗PD-1治疗的协同作用	研究主要聚焦于胰腺癌和黑色素瘤，其他类型肿瘤的适用性尚待验证	探索通过代谢重编程增强CD8+ T细胞在实体瘤中的适应性和治疗效果	CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌, 黑色素瘤	CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
1694	2025-04-01	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的治疗靶点	首次揭示了低尿酸水平与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及其作为治疗靶点的潜力	研究依赖于公共数据集和临床中心的患者数据，可能存在样本选择偏差	探讨尿酸与MG的关系及其潜在机制，寻找MG的治疗靶点	重症肌无力（MG）患者	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因表达数据、临床数据	公共数据集（TCGA、GEO）和临床中心的MG患者数据
1695	2025-04-01	CellGAT: A GAT-Based Method for Constructing a Cell Communication Network Integrating Multiomics Information 2025-Feb-27, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030342 PMID:40149878	研究论文	提出了一种基于GAT的方法CellGAT，用于构建整合多组学信息的细胞通讯网络	整合了配体-受体对基因表达数据、蛋白质相互作用信息、蛋白质复合物数据和实验验证的通路信息，使用图注意力网络构建细胞通讯网络	未明确说明方法在特定细胞类型或组织中的适用性限制	提高细胞间通讯预测的准确性	细胞间通讯网络	生物信息学	NA	scRNA-seq	GAT	基因表达数据	NA
1696	2025-02-28	Publisher Correction: Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-90745-2 PMID:40011623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1697	2025-04-01	VPS25 Promotes an Immunosuppressive Microenvironment in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-Feb-22, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom15030323 PMID:40149859	研究论文	本文研究了VPS25在头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)中促进免疫抑制微环境的作用及其临床意义	揭示了VPS25通过上调PVR表达激活PVR-TIGIT信号轴促进免疫逃逸的新机制，并首次提出VPS25作为免疫治疗反应的预测生物标志物	研究主要基于TCGA数据集和体外实验，需要更多临床样本验证	探究ESCRT机器成员VPS25在HNSCC肿瘤进展和免疫微环境调控中的作用	头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)组织和CAL27细胞系	肿瘤免疫学	头颈部鳞状细胞癌	RNA-seq、单细胞RNA测序、免疫组化、空间转录组学	NA	基因表达数据、组织微阵列、单细胞数据	TCGA数据集和HNSCC组织微阵列(具体数量未明确说明)
1698	2025-04-01	A Complete Spatial Map of Mouse Retinal Ganglion Cells Reveals Density and Gene Expression Specializations 2025-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.10.637538 PMID:39990332	research paper	研究通过空间转录组学和机器学习技术，全面绘制了小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）亚型的空间分布图	首次全面揭示了小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异，特别是与天空视觉和ART区域相关的特异性分布	研究结果与灵长类动物黄斑区的基因表达相关性有限，提示小鼠与灵长类中央视觉的特化可能存在差异	探索小鼠视网膜神经节细胞亚型的空间分布及其基因表达的空间变异	小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）	空间转录组学	NA	en-face cryosectioning, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
1699	2025-04-01	UDA-seq: universal droplet microfluidics-based combinatorial indexing for massive-scale multimodal single-cell sequencing 2025-Jan-20, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02586-y PMID:39833568	research paper	介绍了一种名为UDA-seq的通用工作流程，用于大规模多模态单细胞测序	UDA-seq通过整合后索引步骤提高了通量，并系统性地适应了现有的基于液滴的单细胞多模态方法	需要进一步验证其在更广泛的组织和细胞类型中的适用性	开发一种通用的单细胞多模态测序方法，以提高通量和自动化潜力	各种组织和细胞类型，包括临床活检标本	digital pathology	cancer	droplet microfluidics, single-cell combinatorial indexing sequencing	NA	single-cell multimodal data	超过100,000个高质量单细胞数据集，来自36个冷冻临床活检标本
1700	2025-04-01	Single-Cell RNA sequencing reveals mitochondrial dysfunction in microtia chondrocytes 2025-01-06, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85169-x PMID:39762337	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了小耳症软骨细胞中的线粒体功能障碍	首次在小耳症软骨细胞中发现线粒体功能障碍，并识别出与线粒体功能相关的关键基因	研究样本仅限于单侧非综合征性小耳症患者，结果可能不适用于其他类型的小耳症	探究小耳症软骨细胞中线粒体功能障碍的机制	小耳症患者和健康对照者的软骨细胞	数字病理学	小耳症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	小耳症患者和健康对照者的软骨样本