单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2025-07-10	Tissue architecture dynamics underlying immune development and decline in the thymus 2025-Jul-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.28.662120 PMID:40631279	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学和T细胞受体测序技术，揭示了小鼠胸腺在生命周期中的结构和转录变化，以及年龄相关的适应性免疫功能下降的机制	首次结合高分辨率空间转录组学和TCR测序技术，全面解析了胸腺衰老过程中的组织结构变化和免疫微环境重塑	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究胸腺衰老过程中结构和功能的改变及其对适应性免疫功能的影响	小鼠胸腺组织	免疫学	衰老相关免疫衰退	高分辨率空间转录组学，T细胞受体(TCR)测序	NA	空间转录组数据，TCR序列数据	21个小鼠胸腺样本（覆盖整个生命周期）
1682	2025-07-10	Linking single-cell transcriptomes with secretion using SEC-seq 2025-Jul, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-024-01112-w PMID:39979460	研究论文	介绍了一种名为SEC-seq的新协议，能够将单个细胞的转录组与分泌蛋白量联系起来	SEC-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时分析转录组和分泌蛋白量，为理解细胞分泌机制提供了新工具	技术操作需要特定设备（如流式细胞仪和单细胞RNA测序平台），可能限制其广泛应用	研究细胞分泌表型与基因表达状态之间的关系	T细胞、间充质基质细胞、浆细胞等分泌细胞	单细胞组学	NA	SEC-seq、scRNA-seq、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据、分泌蛋白数据	数千个单细胞
1683	2025-07-10	Identification and validation of fibroblast-related biomarkers in rheumatoid arthritis by bulk RNA-seq and single-cell RNA-seq analysis 2025-07, Clinical and experimental rheumatology IF:3.4Q2 DOI:10.55563/clinexprheumatol/x6am51 PMID:40153321	研究论文	通过bulk RNA-seq和单细胞RNA-seq分析，识别并验证了类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	首次结合单细胞分析和高维加权基因共表达网络分析，识别出与类风湿性关节炎高度相关的成纤维细胞生物标志物AIM2和PSMB9	研究结果需要进一步在更大规模的临床样本中进行验证	识别和验证类风湿性关节炎中成纤维细胞相关的生物标志物	类风湿性关节炎患者和正常对照的基因表达数据	生物信息学	类风湿性关节炎	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 蛋白质互作网络分析, 机器学习方法(LASSO, SVM-RFE, 随机森林), 蛋白质印迹分析	LASSO, SVM-RFE, 随机森林	基因表达数据	训练集包含GSE55235和GSE55457数据集，外部验证集为GSE77298数据集
1684	2025-07-10	Setdb1 ablation in macrophages attenuates fibrosis in heart allografts 2025-Jul, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2424534122 PMID:40553495	研究论文	本研究探讨了Setdb1在巨噬细胞中对心脏同种异体移植物纤维化的影响及其潜在机制	揭示了Setdb1通过调控组蛋白甲基化影响巨噬细胞重编程，从而调节纤维化的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和验证可能有限	探索巨噬细胞中Setdb1对心脏同种异体移植物纤维化的调控作用及其治疗潜力	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组测序	基因敲除小鼠模型	转录组数据	人类和小鼠的心脏同种异体移植物及肿瘤组织样本
1685	2025-07-10	scGT:integration algorithm for single-cell RNA-seq and ATAC-seq based on graph transformer 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf357 PMID:40581778	研究论文	提出了一种基于Graph Transformer的单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据整合算法scGT，用于多组学数据的整合和标签传递	利用原始数据中的相关性特征增强图结构，提高了多组学数据整合的性能	未明确提及具体局限性	开发高性能的单细胞多组学数据整合算法	单细胞RNA-seq和ATAC-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq, ATAC-seq	Graph Transformer	单细胞多组学数据	数百万细胞的数据集
1686	2025-07-10	Single-cell RNA sequencing identifies accumulation of Fcgr2b+ virtual memory like CD8 T cells with cytotoxic and inflammatory potential in aged mouse white adipose tissue 2025-Jun-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.27.661935 PMID:40631318	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究老年小鼠白色脂肪组织中Fcgr2b+虚拟记忆样CD8 T细胞的积累及其细胞毒性和炎症潜能	首次在老年小鼠白色脂肪组织中鉴定出Fcgr2b+CD49d-虚拟记忆样CD8 T细胞，并揭示其具有调节、细胞毒性和炎症潜能	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	比较生理性衰老与高脂饮食诱导的肥胖对脂肪组织炎症的影响，寻找独特的调控靶点	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织（gWAT）	单细胞转录组学	老年疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术	NA	单细胞转录组数据	年轻小鼠（正常或高脂饮食）和老年小鼠（正常饮食）的性腺白色脂肪组织
1687	2025-07-10	ESC models of autism with copy-number variations reveal cell-type-specific translational vulnerability 2025-Jun-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100877 PMID:40505628	研究论文	本研究通过建立63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系作为自闭症谱系障碍(ASD)的遗传模型，揭示了细胞类型特异的易感通路和翻译机器功能障碍	建立了首个包含63个ASD相关CNV遗传修饰ESC模型库，并发现谷氨酸能和GABA能神经元中Upf3b表达降低这一共同表型	研究主要基于小鼠ESC模型，与人类ASD患者可能存在物种差异	解析ASD相关CNV的细胞类型特异性致病机制	63个基因修饰的小鼠胚胎干细胞系及其神经分化产物	神经发育疾病研究	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠ESC模型	单细胞转录组数据	63个基因修饰ESC系(其中12个代表性细胞系进行神经分化)
1688	2025-07-10	DiSC: a statistical tool for fast differential expression analysis of individual-level single-cell RNA-seq data 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf327 PMID:40444783	research paper	介绍了一种名为DiSC的统计工具，用于快速分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	DiSC通过提取多个分布特征、联合测试它们与感兴趣变量的关联，并使用灵活的置换测试框架控制假发现率，提高了统计功效和计算效率	虽然DiSC是为scRNA-seq数据开发的，但其在其他类型单细胞数据中的应用仍需进一步验证	开发一种高效且统计功效强大的方法，用于分析个体水平单细胞RNA测序数据的差异表达	单细胞RNA测序数据	生物信息学	COVID-19, 阿尔茨海默病	scRNA-seq, 流式细胞术	统计模型	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	多个个体的外周血单核细胞和神经细胞
1689	2025-07-10	Gene spatial integration: enhancing spatial transcriptomics analysis via deep learning and batch effect mitigation 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf350 PMID:40511994	研究论文	本研究提出了一种名为基因空间整合(GSI)的深度学习方法，用于增强空间转录组学数据分析，并解决批次效应问题	利用自编码器网络提取空间嵌入，将空间特征投影到基因表达特征空间，实现了多样本的无缝整合，显著提升了分析工具的性能	方法主要关注基因分布的空间方面，可能未充分利用其他空间信息如细胞/点邻近性和维度性	开发一种深度学习方法，用于整合和分析多组空间转录组数据，以更好地理解组织特性	人类背外侧前额叶皮层数据集	数字病理学	NA	空间转录组学(ST)	自编码器网络	空间转录组数据	人类背外侧前额叶皮层数据集(具体样本包括151673和151672)
1690	2025-07-10	SeuratIntegrate: an R package to facilitate the use of integration methods with Seurat 2025-Jun-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf358 PMID:40581358	research paper	介绍了一个名为SeuratIntegrate的R包，旨在扩展Seurat用户在单细胞RNA测序数据分析中的整合方法	提供了更多的整合方法选择，包括基于Python的方法，并提供了集成性能评估工具和自动化Python环境管理	未提及具体的性能比较结果或用户反馈	提升单细胞RNA测序数据整合的灵活性和效率	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
1691	2025-07-10	Temporal single-cell sequencing analysis reveals that GPNMB-expressing macrophages potentiate muscle regeneration 2025-Jun, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01467-4 PMID:40490493	研究论文	通过时序单细胞测序分析揭示表达GPNMB的巨噬细胞增强肌肉再生	发现了一种表达高水平Gpnmb的巨噬细胞亚群，该亚群共表达参与巨噬细胞介导的肌肉再生的关键因子，如Igf1、Mertk和Nr1h3	未明确说明样本量及实验设计的潜在局限性	研究巨噬细胞在骨骼肌修复中的表型多样性及其向消退期巨噬细胞的转变	骨骼肌中的巨噬细胞	单细胞测序	肌肉损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1692	2025-07-10	Astrocytes and Alcohol Throughout the Lifespan 2025-Apr-30, Biological psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1016/j.biopsych.2025.04.013 PMID:40311830	review	本文综述了星形胶质细胞在酒精使用障碍（AUD）中的作用及其对酒精暴露的反应	首次系统回顾了星形胶质细胞在AUD中的作用，并讨论了酒精对星形胶质细胞调控的突触传递的影响	对星形胶质细胞亚群及其易受酒精影响的分子识别不足，需要进一步研究	评估星形胶质细胞在酒精暴露效应中的作用	星形胶质细胞及其在酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）中的作用	神经科学	酒精使用障碍（AUD）和胎儿酒精谱系障碍（FASD）	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
1693	2025-07-10	Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Apr-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07887-2 PMID:40251274	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，探究了成年小鼠视网膜在光氧化应激下的时空基因表达变化，揭示了区域特异性转录组与视网膜退行性变的关系	首次在视网膜退行性变研究中应用空间转录组学技术，发现视神经头附近800微米区域是分子变化的关键驱动区，并鉴定出新的基因驱动因子和血管生成信号通路	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究视网膜退行性变的分子机制和空间特征	成年小鼠视网膜	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	空间转录组学	NA	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
1694	2025-07-10	Fibroblast derived C3 promotes the progression of experimental periodontitis through macrophage M1 polarization and osteoclast differentiation 2025-04-17, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-025-00361-z PMID:40240339	研究论文	本研究通过分析牙周炎小鼠模型的单细胞测序数据，揭示了成纤维细胞来源的C3通过促进巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化在牙周炎进展中的破坏性作用	首次明确了牙周炎中C3的主要来源及其通过巨噬细胞M1极化和破骨细胞分化促进疾病进展的机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证相对有限	探究牙周炎中C3的来源、作用及其分子机制	牙周炎小鼠模型和牙周炎患者的牙周组织	口腔医学	牙周炎	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	小鼠模型和人类牙周炎患者样本（具体数量未明确说明）
1695	2025-07-10	Single-nuclei RNA-sequencing fails to detect molecular dysregulation in the preeclamptic placenta 2025-01, Placenta IF:3.0Q2 DOI:10.1016/j.placenta.2024.12.011 PMID:39733647	research paper	本研究比较了单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）在检测子痫前期胎盘分子失调方面的效果	揭示了scRNA-seq在全面转录组学研究中的优势，尤其是在理解病理中的细胞类型特异性失调方面	snRNA-seq在检测绒毛外滋养层、基质、血管系统和免疫细胞转录本方面不够全面，且未能检测到与疾病相关的应激和炎症	比较scRNA-seq和snRNA-seq在子痫前期胎盘研究中的敏感性和细胞类型检测能力	子痫前期胎盘组织	基因组学	子痫前期	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	RNA测序数据	45,836个细胞和27,078个核，来自10例早发性子痫前期（EPE）病例和3例早期特发性对照（ECT）
1696	2025-07-10	Single-cell transcriptomic and m6A methylation analyses reveal platelet-mediated immune regulatory mechanisms in sepsis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1607732 PMID:40625751	研究论文	本研究通过单细胞转录组和m6A甲基化分析，揭示了脓毒症中血小板介导的免疫调节机制	首次整合单细胞RNA测序和m6A甲基化测序数据，揭示了脓毒症中血小板功能重塑的m6A依赖机制，并鉴定出关键靶基因RPA1	研究样本量有限，仅基于GSE167363数据集，需要更大规模的临床样本验证	探究脓毒症中免疫细胞组成变化、细胞间通讯特征及m6A修饰的潜在调控机制	脓毒症患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	生物信息学	脓毒症	单细胞RNA测序, m6A甲基化测序	NA	单细胞转录组数据, 甲基化数据	GSE167363数据集中的脓毒症患者样本
1697	2025-07-10	Perspective on recent developments and challenges in regulatory and systems genomics 2025, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbaf106 PMID:40626041	综述	本文讨论了在调控和系统基因组学领域的最新发展和挑战，特别是关于顺式调控代码的解码及其在预测遗传变异对表型影响中的应用	讨论了利用序列到功能的神经网络学习顺式调控序列规则的新方法，以及空间转录组学等新兴技术	指出了当前知识的空白、技术限制以及计算方法在基准测试方面的挑战	解码顺式调控代码以预测遗传变异对表型的影响，并识别人类疾病中的遗传变异	顺式调控元件、3D染色质组织、基因调控网络	系统基因组学	NA	空间转录组学、基因组学检测	序列到功能的神经网络	基因组序列数据、3D染色质组织数据	NA
1698	2025-07-10	CYLD as a key regulator of myocardial infarction-to-heart failure transition revealed by multi-omics integration 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1592985 PMID:40626177	研究论文	本研究通过多组学整合分析，揭示了CYLD作为心肌梗死向心力衰竭转变的关键调控基因	利用多组学数据和先进计算工具，首次发现CYLD在心肌梗死向心力衰竭转变中的关键调控作用	研究主要基于公开数据集，缺乏实验验证	探索心肌梗死向心力衰竭转变的分子机制	心肌梗死和心力衰竭患者	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞转录组测序	随机森林	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE59867, GSE62646, GSE168281, GSE267644, GSE269269)
1699	2025-07-10	Neutralization of the autophagy-repressive tissue hormone DBI/ACBP (diazepam binding inhibitor, acyl-CoA binding protein) enhances anticancer immunosurveillance 2024-12, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2024.2411854 PMID:39419485	research paper	该研究探讨了DBI/ACBP（地西泮结合抑制剂，酰基辅酶A结合蛋白）作为自噬抑制因子在癌症免疫监视中的作用	发现DBI/ACBP水平升高是癌症发展的风险因素，并通过基因或抗体介导的抑制延缓癌症发展	研究主要基于小鼠模型，人类临床应用的可行性和效果尚需进一步验证	探索DBI/ACBP在癌症免疫监视中的作用及其作为治疗靶点的潜力	DBI/ACBP蛋白及其在癌症发展中的作用	癌症研究	乳腺癌、非小细胞肺癌、肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	生物标志物数据	癌症易感综合征患者及无已知癌症易感综合征的患者
1700	2025-07-10	The G4 resolvase Dhx36 modulates cardiomyocyte differentiation and ventricular conduction system development 2024-10-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52809-1 PMID:39366945	研究论文	本研究揭示了Dhx36解旋酶在心肌细胞分化和心室传导系统发育中的关键作用	首次发现Dhx36通过调控启动子G-四链体结构影响心肌细胞基因网络和传导系统发育	研究仅限于小鼠模型，人类心脏发育的适用性尚需验证	探索心脏传导系统发育和心肌细胞分化的转录调控机制	胚胎期和新生期小鼠心脏	发育生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(snRNA-seq)，单细胞ATAC测序(snATAC-seq)	基因敲除小鼠模型	单细胞转录组和表观基因组数据	Dhx36敲除小鼠胚胎和新生心脏样本