单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1681	2025-04-12	Single-cell transcriptomics of melanoma sentinel lymph nodes identifies immune cell signatures associated with metastasis 2025-Mar-06, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.183080 PMID:40048259	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术分析了黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞特征，揭示了与转移相关的免疫细胞亚群及其转录程序	首次使用单细胞转录组测序技术全面表征黑色素瘤前哨淋巴结中的免疫细胞亚群，并发现与免疫治疗响应相关的'高度激活'特征评分	研究样本量相对有限（97,777个细胞），且仅针对黑色素瘤患者	探究黑色素瘤前哨淋巴结中免疫浸润的动态变化及其与转移的关系	来自I/II期和III期皮肤黑色素瘤患者的前哨淋巴结组织	digital pathology	melanoma	single-cell transcriptomics, cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing	NA	single-cell RNA-seq data	97,777个细胞（来自黑色素瘤患者前哨淋巴结组织）
1682	2025-04-12	Mechanosensitive ion channel-related genes in hepatocellular carcinoma: Unraveling prognostic genes and their roles in drug resistance and immune modulation 2025-Mar, Liver research (Beijing, China) DOI:10.1016/j.livres.2025.01.002 PMID:40206431	研究论文	本研究探讨了机械敏感离子通道相关基因（MICRGs）在肝细胞癌（HCC）中的作用，重点关注其作为预后生物标志物的潜力及其在免疫调节和药物耐药性中的参与	首次系统性地研究了MICRGs在HCC中的预后价值及其在药物耐药性和免疫调节中的作用，特别是PIEZO1基因的发现	研究结果需要在更大的患者队列中进行验证，并且PIEZO1靶向的功能影响需要在临床前模型中进一步探索	探究MICRGs在HCC中的分子机制，特别是在预后、药物耐药性和免疫调节中的作用	肝细胞癌（HCC）组织和细胞系	生物信息学与癌症研究	肝细胞癌	基因表达谱分析、生物信息学工具、蛋白质-蛋白质相互作用网络分析、富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、深度学习神经网络分析	深度学习神经网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	来自The Cancer Genome Atlas数据库的HCC患者数据及HCC细胞系
1683	2025-04-12	Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers 2025-Feb-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.05.592608 PMID:38766132	research paper	本文提出了一种名为CellTransformer的自监督框架，用于在小鼠脑部空间转录组数据中发现精细区域	使用新颖的编码器-解码器架构CellTransformer，能够从细胞和分子统计模式中分层学习高级组织特征，并实现多百万细胞数据集的扩展分析	未提及具体局限性	解决器官尺度空间转录组数据分析中的关键瓶颈，实现自监督空间区域检测	小鼠脑部空间转录组数据	digital pathology	NA	spatial transcriptomics, MERFISH, Slide-seqV2	Transformer	spatial transcriptomic data	四个小鼠的九百万细胞，跨越200多个组织切片
1684	2025-04-12	Transcriptomic responses of lung mesenchymal cells during pneumonia 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.177084 PMID:39998887	研究论文	研究肺炎期间肺间充质细胞的转录组反应	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析了肺炎期间不同类型肺间充质细胞的转录组变化，揭示了细胞类型特异性和共同的免疫反应	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	阐明肺炎期间肺间充质细胞的免疫反应机制	小鼠肺间充质细胞	单细胞转录组学	肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺间充质细胞（包括初始组、肺炎组和恢复组）
1685	2025-04-12	Spatial single-cell proteomics landscape decodes the tumor microenvironmental ecosystem of intrahepatic cholangiocarcinoma 2025-Feb-25, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000001283 PMID:39999448	研究论文	本研究利用人工智能辅助的空间多组学模式，生成了肝内胆管癌（iCCA）的全面空间图谱，并识别了与预后和免疫治疗相关的空间特征	首次通过空间单细胞蛋白质组学景观解码iCCA肿瘤微环境生态系统的空间特征，并开发了深度学习系统以高精度预测患者预后	样本量在某些组学数据中较小（如空间转录组学仅4例），可能影响结果的普遍性	阐明iCCA肿瘤微环境的空间特征及其与患者预后和免疫治疗的关系	肝内胆管癌（iCCA）患者的肿瘤微环境	数字病理学	肝内胆管癌	成像质谱流式细胞术、空间蛋白质组学、空间转录组学、多重免疫荧光、scRNA-seq、bulk RNA-seq、bulk蛋白质组学	深度学习系统	蛋白质组学数据、转录组学数据、图像数据	共分析超过106万个细胞，包括155例成像质谱流式细胞术、155例空间蛋白质组学、4例空间转录组学、20例多重免疫荧光、43例scRNA-seq（9例内部+34例公共）、244例bulk RNA-seq（公共）、324例bulk蛋白质组学（110例内部+214例公共）
1686	2025-04-12	Atypical memory B cells acquire Breg phenotypes in hepatocellular carcinoma 2025-Feb-25, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.187025 PMID:39998891	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序，分析了肝细胞癌中肿瘤浸润B细胞的功能可塑性及其在肿瘤微环境中的发展	揭示了肝细胞癌中非典型记忆B细胞获得Breg表型的新机制，以及它们在肿瘤微环境和外周血中的潜在调节作用	研究主要集中于肝细胞癌，未涉及其他癌症类型中Bregs的广泛作用	探讨肿瘤微环境如何影响肿瘤浸润B细胞的发育及其在免疫抑制中的作用	肝细胞癌中的肿瘤浸润B细胞和外周血B细胞	免疫学	肝细胞癌	单细胞转录组学、B细胞受体测序	NA	单细胞RNA测序数据、BCR测序数据	未明确提及样本数量，但涉及肝细胞癌患者的肿瘤组织和外周血样本
1687	2025-04-12	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Delineate the Microstructure and Immune Landscape of Intrahepatic Cholangiocarcinoma in the Leading-Edge Area 2025-Feb, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412740 PMID:39716897	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组分析，描绘了肝内胆管癌前沿区域的微结构和免疫景观	揭示了肝内胆管癌前沿区域肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用，特别是发现了由CD8+ T细胞、SPP1+巨噬细胞和POSTN+癌症相关成纤维细胞组成的独特'三联结构'	样本量较小（仅9例患者），且仅关注了肝内胆管癌的前沿区域	探索肝内胆管癌前沿区域的肿瘤细胞特征及其与免疫微环境的相互作用	肝内胆管癌患者的肿瘤核心、邻近非肿瘤组织和前沿区域	数字病理学	肝内胆管癌	scRNA-seq, 空间转录组分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	9例肝内胆管癌患者
1688	2025-04-12	Detecting gene expression in Caenorhabditis elegans 2025-Jan-08, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyae167 PMID:39693264	综述	本文概述了用于秀丽隐杆线虫基因表达检测的方法，包括原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序以及高通量蛋白质组学	总结了近年来基因表达检测新技术的发展，提供了选择这些技术的重要考虑因素和公开可用的基因表达数据资源	未提及具体实验数据或新技术的详细验证结果	理解发育过程并研究基因和环境扰动下的生物反应	秀丽隐杆线虫的基因表达	基因表达分析	NA	原位转录和蛋白质检测、整体RNA测序、单细胞RNA测序、高通量蛋白质组学	NA	基因表达数据	NA
1689	2025-04-12	Integrating single-cell sequencing and clinical insights to explore malignant transformation in odontogenic keratocyst 2025, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2025.03.027 PMID:40206344	研究论文	通过整合单细胞测序和临床数据，探索牙源性角化囊肿恶性转化的机制	首次在COKC中鉴定出两个特异性上皮亚群，揭示了它们在OKC癌变中的关键作用，并发现成纤维细胞和巨噬细胞的表型转变可能与癌变过程相关	样本量较小（仅3例COKC样本），且未明确验证MAST4在淋巴转移中的调控机制	阐明牙源性角化囊肿(OKC)恶性转化为癌性牙源性角化囊肿(COKC)的分子机制和临床特征	3例COKC患者的肿瘤样本及公共OKC数据集	数字病理学	牙源性肿瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据、临床数据、影像学数据、组织病理学数据	3例COKC样本+公共OKC数据集（共22,509个单细胞）
1690	2025-04-12	Integrating multi-omics and machine learning methods reveals the metabolism of amino acids and derivatives-related signature in colorectal cancer 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1565090 PMID:40206583	research paper	本研究整合多组学和机器学习方法，揭示了氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）在结直肠癌（CRC）中的关键作用，并识别了潜在的治疗靶点	整合了批量转录组和单细胞转录组数据，结合多种机器学习方法构建预后模型，并实验验证了关键基因LSM8的作用	未明确提及样本量或数据来源的具体限制	探索MAAD在结直肠癌进展中的作用，识别潜在治疗靶点	结直肠癌（CRC）相关的氨基酸及其衍生物代谢（MAAD）基因	machine learning	colorectal cancer	bulk transcriptome, single-cell transcriptome, machine learning	NA	transcriptome data	NA
1691	2025-04-12	Identification of FDFT1 and PGRMC1 as New Biomarkers in Nonalcoholic Steatohepatitis (NASH)-Related Hepatocellular Carcinoma by Deep Learning 2025, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S505752 PMID:40206734	研究论文	本研究通过深度学习等方法识别了FDFT1和PGRMC1作为非酒精性脂肪性肝炎(NASH)相关肝细胞癌的新生物标志物	首次结合深度学习、WGCNA和PPI网络分析筛选出FDFT1和PGRMC1作为NASH相关HCC的新型生物标志物	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证	探索NASH相关肝细胞癌的新型生物标志物	非酒精性脂肪肝(NAFLD)和NASH相关肝细胞癌	数字病理学	肝细胞癌	深度学习、WGCNA、PPI网络分析、实时定量PCR	深度学习神经网络	基因组数据	NAFLD小鼠模型
1692	2025-04-12	Neutrophils in Rheumatoid Arthritis Synovium: Implications on Disease Activity and Inflammation State 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S503144 PMID:40206809	研究论文	本研究探讨了类风湿性关节炎（RA）滑膜中中性粒细胞的存在与疾病活动性和炎症状态的关系	揭示了中性粒细胞在RA滑膜炎中的特定作用，尤其是在疾病活动性和治疗反应方面的关联	样本量较小（55例患者），且为回顾性研究	研究中性粒细胞在RA滑膜炎中的病理作用及其与临床表型的关系	55例RA患者的滑膜组织和临床数据	风湿病学	类风湿性关节炎	H&E染色和单细胞RNA测序	NA	组织病理学数据和临床数据	55例RA患者
1693	2025-04-12	Prognostic and immunotherapeutic potential of disulfidptosis-associated signature in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1568976 PMID:40207217	研究论文	本研究通过整合多种数据集和生物信息学工具，探讨了二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的意义，并建立了一个8基因的预后特征	首次在胰腺导管腺癌中研究二硫键凋亡的意义，并建立了一个新的预后特征模型，能够预测免疫检查点阻断的敏感性	研究样本量相对较小（20对PDAC样本），需要更大规模的验证	阐明二硫键凋亡在胰腺导管腺癌中的预后和免疫治疗潜力	胰腺导管腺癌(PDAC)	数字病理学	胰腺癌	RNA测序、单细胞转录组分析、空间转录组分析	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据、微阵列数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据	20对PDAC样本及邻近正常组织
1694	2025-04-12	Integrating machine learning and multi-omics analysis to reveal nucleotide metabolism-related immune genes and their functional validation in ischemic stroke 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1561544 PMID:40207230	研究论文	本研究通过整合机器学习和多组学分析，揭示了与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关免疫基因，并进行了功能验证	首次整合机器学习和多组学分析，识别出CFL1、HMCES和GIMAP1作为缺血性卒中的潜在生物标志物和治疗靶点	研究依赖于公开数据库的基因表达数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索与缺血性卒中相关的核苷酸代谢相关基因及其在疾病机制中的作用，以开发新的诊断和治疗策略	缺血性卒中患者的基因表达数据和核苷酸代谢相关基因	机器学习	缺血性卒中	加权基因共表达网络分析(WGCNA)、LASSO回归、SVM-RFE、随机森林算法、CIBERSORT、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、分子对接	LASSO、SVM-RFE、Random Forest	基因表达数据	NA
1695	2025-04-12	Understanding the heterogeneity of natural killer cells at the maternal-fetal interface: implications for pregnancy health and disease 2024-Nov-14, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaae040 PMID:39570646	综述	本文综述了子宫自然杀伤（NK）细胞亚群的分类及其在妊娠健康和疾病中的作用	总结了基于表面标记、功能分子和发育阶段的经典分类方法，以及单细胞RNA测序为基础的聚类方法，并比较了不同妊娠相关疾病中NK细胞亚群的变化	NA	理解母胎界面自然杀伤细胞的异质性及其对妊娠健康和疾病的影响	子宫自然杀伤（NK）细胞亚群	生殖医学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1696	2025-04-12	Expansion effect of romiplostim on hematopoietic stem and progenitor cells versus thrombopoietin and eltrombopag 2024-Nov, International journal of hematology IF:1.7Q3 DOI:10.1007/s12185-024-03853-6 PMID:39302624	research paper	该研究比较了romiplostim、重组人TPO和eltrombopag对人类CD34+造血干细胞和祖细胞的体外扩增效果，并通过单细胞RNA-seq分析了romiplostim在分子水平上的影响	首次通过单细胞RNA-seq揭示了romiplostim在原始HSPC亚群中诱导的RHOA信号通路相关分子变化，以及与eltrombopag的差异	研究仅进行了体外实验，未验证体内效果	比较不同TPO受体激动剂对造血干细胞和祖细胞的作用机制差异	人类CD34+造血干细胞和祖细胞(HSPCs)	血液学	再生障碍性贫血,特发性血小板减少性紫癜	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	人类CD34+细胞样本
1697	2025-04-12	Gene expansions contributing to human brain evolution 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.26.615256 PMID:39386494	研究论文	该研究通过分析完整的人类基因组序列，识别出与人类大脑进化相关的复制基因家族，并通过斑马鱼模型验证这些基因在脑发育中的作用	首次利用完整的人类基因组序列（T2T-CHM13）识别人类特异性复制基因家族，并通过斑马鱼CRISPR敲除模型验证这些基因在脑发育中的潜在作用	研究主要基于基因组和转录组数据，功能验证仅在斑马鱼模型中进行，可能无法完全反映人类大脑的复杂性	探索人类大脑进化的基因组驱动因素	人类基因组中的复制基因家族及其在脑发育中的作用	基因组学	NA	长读长DNA测序、CRISPR敲除、单细胞RNA-seq	斑马鱼模型	基因组序列、转录组数据	200个不同祖先背景的现代人类基因组
1698	2025-04-12	A multi-platform analysis of human gingival crevicular fluid reveals ferroptosis as a relevant regulated cell death mechanism during the clinical progression of periodontitis 2024-05-27, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-024-00306-y PMID:38802345	研究论文	该研究通过多平台分析揭示了铁死亡在牙周炎临床进展中的相关调控细胞死亡机制	首次在牙周炎患者中发现与铁死亡相关的蛋白质和过程，为进行性牙周疾病的分子机制提供了新见解	样本量较小（16名患者），且研究时间较短（12周）	探究铁死亡在牙周炎进展中的参与和意义	牙周炎患者及其龈沟液（GCF）样本	生物医学研究	牙周炎	蛋白质组学分析、生物信息学工具、Western blot验证、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	16名牙周炎诊断患者
1699	2025-04-12	Machine learning and deep learning to identifying subarachnoid haemorrhage macrophage-associated biomarkers by bulk and single-cell sequencing 2024-05, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.18296 PMID:38702954	研究论文	通过单细胞转录组测序和批量RNA-seq研究蛛网膜下腔出血（SAH）巨噬细胞亚群，并识别相关关键基因以改进诊断和治疗策略	首次识别SAH相关巨噬细胞亚群，构建基于10个关键基因的诊断模型，并发现CD14、GPNMB、SPP1和PRDX5作为潜在治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证这些发现并探索靶点在SAH治疗中的临床意义	改进蛛网膜下腔出血的诊断和治疗策略	SAH大鼠模型中的巨噬细胞亚群	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序, 批量RNA-seq	CNN, 机器学习算法	RNA-seq数据	SAH大鼠模型的脑组织样本
1700	2025-04-12	Characterizing Neutrophil Subtypes in Cancer Using scRNA Sequencing Demonstrates the Importance of IL1β/CXCR2 Axis in Generation of Metastasis-specific Neutrophils 2024-02-29, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0319 PMID:38358352	研究论文	利用单细胞RNA测序技术研究健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录亚型及其发育谱系	首次全面比较健康和恶性肿瘤中中性粒细胞的转录状态，并发现IL1β/CXCR2轴在转移特异性中性粒细胞生成中的关键作用	研究主要基于转录组数据，需要更多功能实验验证	探究中性粒细胞在癌症中的异质性及其在转移过程中的作用机制	人类和小鼠的中性粒细胞	肿瘤免疫学	肺癌、乳腺癌、结直肠癌	scRNA测序	NA	RNA测序数据	公共数据集和独立生成的人类和小鼠数据集