单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16961	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals a microenvironment and an exhaustion state of T/NK cells in acute myeloid leukemia 2023-Oct, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15932 PMID:37591615	研究论文	本研究揭示了急性髓性白血病（AML）中T/NK细胞的微环境及其耗竭状态	分析了急性髓性白血病的肿瘤微环境，揭示了T/NK细胞在此环境中的耗竭状态及其表达分子	未提到具体的限制	探讨急性髓性白血病中的免疫微环境及T/NK细胞的状态	包括21名急性髓性白血病患者及8名健康供体的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	细胞数据	128,688个细胞，来自29个骨髓抽取
16962	2024-08-05	Single-cell sequencing provides insights into the landscape of ovary in PCOS and alterations induced by CUMS 2023-10-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00165.2023 PMID:37584608	研究论文	这项研究通过单细胞RNA测序探讨多囊卵巢综合症（PCOS）卵巢的转录特征及其与抑郁间的机制。	提供了PCOS及其抑郁相关的分子机制的新见解，突出了炎症在PCOS发病机制中的重要性。	主要使用大鼠模型，是否能完全反映人类的情况仍需进一步验证。	探索PCOS卵巢的独特转录组特征及抑郁的影响机制。	使用了由来曲唑和慢性不可预测轻度压力（CUMS）诱导的PCOS大鼠模型。	数字病理学	多囊卵巢综合症	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	采用了多个细胞类型进行分析，包括颗粒细胞和成纤维细胞等12种细胞类型
16963	2024-08-07	Single-cell transcriptional profiling reveals immunomodulatory properties of stromal and epithelial cells in periodontal immune milieu with diabetes in rats 2023-Oct, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110715 PMID:37562294	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了糖尿病大鼠牙周炎环境中基质细胞和上皮细胞的免疫调节特性	首次详细描述了糖尿病相关牙周炎中牙龈细胞的异质性及其免疫微环境的改变，并揭示了基质细胞和上皮细胞在牙龈免疫微环境中的免疫调节功能	研究仅限于大鼠模型，未来研究需在人类样本中验证这些发现	探讨糖尿病与牙周炎之间的分子联系，并揭示牙龈细胞在糖尿病相关牙周炎中的细胞特异性变化	糖尿病大鼠牙周炎环境中的牙龈基质细胞和上皮细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	45,259个细胞
16964	2024-08-07	Toward the functional interpretation of somatic structural variations: bulk- and single-cell approaches 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad297 PMID:37587831	综述	本文综述了基于全基因组测序（WGS）检测组织和单细胞水平体细胞结构变异（SVs）的最新进展，并讨论了其优势和局限性	介绍了先进的计算算法用于体细胞SV的识别，并比较了有无匹配正常对照的体细胞SV检测器的性能	体细胞SVs的检测具有挑战性，且目前研究较少	探讨体细胞结构变异的功能解释	体细胞结构变异（SVs）及其在细胞发育和衰老中的作用	数字病理学	NA	全基因组测序（WGS）	NA	基因组数据	NA
16965	2024-08-07	An Atlas of Grass Carp IgM+ B Cells in Homeostasis and Bacterial Infection Helps to Reveal the Unique Heterogeneity of B Cells in Early Vertebrates 2023-09-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2300052 PMID:37578390	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了草鱼IgM+ B细胞在稳态和细菌感染下的景观	发现了草鱼IgM+ B细胞的六个主要群体，包括罕见的先天B细胞和增殖B细胞，并揭示了单个B细胞可能通过共表达重组的IgM亚类基因产生多种抗体	NA	揭示早期脊椎动物B细胞的独特异质性	草鱼IgM+ B细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序，单细胞分选结合Sanger测序	NA	RNA	多个草鱼IgM+ B细胞样本
16966	2024-08-05	Mechanism of breast cancer immune microenvironment in prognosis of heart failure 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107339 PMID:37586207	研究论文	本文探讨了乳腺癌免疫微环境对心力衰竭预后的影响机制	研究揭示了乳腺癌与心力衰竭之间通过免疫途径的联系，并构建了一种能够预测心力衰竭发生的变换器模型	尚未明确乳腺癌治疗对心力衰竭影响的所有潜在机制	研究乳腺癌患者心力衰竭预后的潜在机制	1260名乳腺癌患者的基因表达数据	数字病理学	乳腺癌	基因表达分析，单细胞测序，变换器模型	变换器	基因表达数据	1260名乳腺癌患者
16967	2024-08-05	Dissecting human placental cells heterogeneity in preeclampsia and gestational diabetes using single-cell sequencing 2023-09, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2023.07.005 PMID:37572508	研究论文	本研究通过单细胞测序分析妊娠高血压和妊娠糖尿病患者的胎盘细胞异质性	首次揭示了妊娠高血压和妊娠糖尿病患者胎盘细胞类型及其分化顺序的异质性变化	样本量较小，仅涉及15名患者，可能影响结果的普遍适用性	深入了解妊娠高血压和妊娠糖尿病对胎盘细胞类型的异质性变化	研究对象包括妊娠高血压、妊娠糖尿病患者和健康对照组的胎盘细胞	数字病理学	妊娠高血压, 妊娠糖尿病	单细胞测序	NA	细胞数据	共涉及15个样本（妊娠高血压5个，妊娠糖尿病5个，健康对照5个）
16968	2024-08-07	Simultaneous profiling of chromatin architecture and transcription in single cells 2023-09, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-023-01066-9 PMID:37580628	研究论文	本文开发了一种单细胞多组学方法，能够同时检测染色质结构和信使RNA表达	提出了一种新的单细胞多组学方法scCARE-seq，能够同时检测染色质结构和转录活性	NA	探究染色质三维结构与基因表达之间的调控关系	单细胞染色质结构和转录活性	基因组学	NA	单细胞转录组测序(scCARE-seq)	NA	基因组数据	单个小鼠胚胎干细胞
16969	2024-08-07	CellBender removes technical artifacts from single-cell RNA sequencing data 2023-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-023-01946-4 PMID:37592183	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16970	2024-08-05	FoxM1 coordinates cell division, protein synthesis, and mitochondrial activity in a subset of β cells during acute metabolic stress 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112986 PMID:37590136	研究论文	本文探讨了在急性代谢压力下，FoxM1如何协调细胞分裂、蛋白质合成和线粒体活性	揭示了FoxM1在代谢压力下对β细胞增殖和功能的调控作用	对β细胞异质性的整体作用机制尚未完全理解	研究急性代谢压力下β细胞的功能与转录异质性	特定亚群的β细胞在代谢压力下的反应	数字病理学	NA	RNA测序、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、ChIP-seq、实时成像	NA	基因表达数据	NA
16971	2024-08-07	Metformin escape in prostate cancer by activating the PTGR1 transcriptional program through a novel super-enhancer 2023-08-16, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-023-01516-2 PMID:37582751	研究论文	本研究探讨了二甲双胍在前列腺癌中治疗失败的可能机制，发现超增强子与前列腺素还原酶1（PTGR1）表达的关联，以及PTGR1过表达如何促进细胞周期进展并降低对二甲双胍的敏感性	揭示了二甲双胍耐药性的细胞机制，并提出了通过调控SE-TFs-PTGR1轴来增强二甲双胍治疗效果的新途径	NA	探讨二甲双胍在前列腺癌治疗中的耐药机制	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
16972	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveal markers of histopathological changes in Duchenne muscular dystrophy mouse models 2023-08-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40555-9 PMID:37582915	研究论文	本文采用空间转录组技术识别杜氏肌营养不良症小鼠模型中与组织病理变化相关的基因表达特征	首次在不同病程严重程度的杜氏肌营养不良症小鼠模型中利用空间转录组技术直接关联基因表达与肌肉组织学	未明确提及研究的具体局限性	识别驱动组织重塑的基因和细胞类型，以开发有效的疗法	使用了两种不同病程严重程度的杜氏肌营养不良症小鼠模型	数字病理学	杜氏肌营养不良症	空间转录组	NA	基因表达数据	使用了两种杜氏肌营养不良症小鼠模型
16973	2024-08-05	COMPASS: joint copy number and mutation phylogeny reconstruction from amplicon single-cell sequencing data 2023-08-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40378-8 PMID:37582954	研究论文	提出了一种新的计算方法COMPASS，用于从靶向单细胞DNA测序数据中推断SNV和CNA的联合系统发育	开发了一个能够同时处理SNV和CNA的联合系统发育重建的方法	目前方法的适用性可能受限于特定类型的测序数据	理解肿瘤演变历史并预测其对治疗的抵抗力	使用COMPASS方法分析急性髓性白血病患者的数据集	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞DNA测序	NA	基因组数据	123名急性髓性白血病患者
16974	2024-08-07	Astrocyte senescence-like response related to peripheral nerve injury-induced neuropathic pain 2023-Aug-15, Cellular & molecular biology letters IF:9.2Q1 DOI:10.1186/s11658-023-00474-5 PMID:37582709	研究论文	本研究探讨了星形胶质细胞衰老与慢性坐骨神经损伤后神经病理性疼痛之间的关系	首次揭示了星形胶质细胞衰老在神经炎症中的潜在作用，并提出了针对CLU激活的新治疗策略	NA	探索星形胶质细胞衰老与神经病理性疼痛之间的可能联系	成年大鼠的坐骨神经损伤模型	NA	神经病理性疼痛	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	成年大鼠
16975	2024-08-07	Bioengineered human tissue regeneration and repair using endogenous stem cells 2023-08-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101156 PMID:37586324	研究论文	本文描述了一种利用肋间隙的自愈能力生成骨和软骨结构的方法，用于治疗变形的手指关节和小耳畸形	利用内源性干细胞和3D模具精确再生和修复人体组织	NA	开发一种仅使用内源性因素修复和再生骨及组织结构缺陷的治疗策略	骨和软骨结构的再生与修复	生物工程	小耳畸形	单细胞RNA测序	NA	细胞	5名单侧小耳畸形患者
16976	2024-08-07	METTL3 drives NAFLD-related hepatocellular carcinoma and is a therapeutic target for boosting immunotherapy 2023-08-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101144 PMID:37586322	研究论文	本文研究了METTL3在非酒精性脂肪肝病（NAFLD）相关肝细胞癌（HCC）中的作用及其作为治疗靶点的潜力	首次揭示了METTL3通过调节胆固醇生物合成和免疫细胞功能，促进NAFLD-HCC的发展，并提出METTL3作为免疫检查点阻断疗法的联合治疗靶点	NA	探讨METTL3在NAFLD-HCC中的作用机制及其作为治疗靶点的可能性	METTL3在NAFLD-HCC中的作用及其对免疫疗法的影响	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
16977	2024-08-07	Prolonged cytopenia following CD19 CAR T cell therapy is linked with bone marrow infiltration of clonally expanded IFNγ-expressing CD8 T cells 2023-08-15, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101158 PMID:37586321	研究论文	研究探讨了自体抗CD19嵌合抗原受体T细胞（CAR T）疗法后长期细胞减少与骨髓中克隆扩增的IFNγ表达CD8 T细胞浸润之间的关系	通过单细胞RNA测序发现，长期细胞减少与骨髓中高表达IFN-γ和细胞因子信号基因集的克隆扩增CX3CR1细胞毒性T细胞频率增加有关	对于长期细胞减少的病理生理机制理解不足	研究CAR T细胞疗法后长期细胞减少的生物学机制	骨髓样本中的T细胞和造血干细胞	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康捐赠者和复发/难治性大B细胞淋巴瘤（rrLBCL）患者的骨髓样本
16978	2024-08-07	C5aR+ dendritic cells fine-tune the Peyer's patch microenvironment to induce antigen-specific CD8+ T cells 2023-Aug-14, NPJ vaccines IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41541-023-00720-z PMID:37580335	研究论文	研究探讨了Peyer's patch（PP）树突状细胞（DCs）在口服疫苗策略中的特征和免疫潜能	发现C5aR信号在黏膜DCs中通过调节组织微环境来调控佐剂活性	NA	开发针对黏膜树突状细胞的免疫策略	Peyer's patch树突状细胞及其在免疫反应中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
16979	2024-08-07	Investigating the biology of yeast aging by single-cell RNA-seq 2023-08-14, Aging DOI:10.18632/aging.204991 PMID:37580796	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16980	2024-08-07	Sample Collection Methods in Upper Gastrointestinal Research 2023-Aug-14, Journal of Korean medical science IF:3.0Q1 DOI:10.3346/jkms.2023.38.e255 PMID:37582502	综述	本文综述了上消化道研究中样本收集方法的协议，包括微生物组、DNA、RNA、蛋白质、单细胞RNA测序和类器官培养。	提出了针对不同研究目的的样本收集方法，并详细说明了每种分析所需的样本数量和类型。	目前关于内镜活检样本收集方法的报告较少。	探讨上消化道研究中样本收集的最佳方法。	上消化道组织样本，包括微生物组、DNA、RNA、蛋白质、单细胞RNA和类器官。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	组织样本	微生物组分析需要1-2块活检材料，DNA或RNA分析需要至少1块胃活检组织，蛋白质组学分析需要至少2-3块活检组织，单细胞RNA测序需要至少3-5块组织，类器官培养需要多次采样。