单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 16961 - 16980 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16961 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in dissecting microenvironment of age-related macular degeneration: Challenges and perspectives
2023-09, Ageing research reviews
IF:12.5Q1
DOI:10.1016/j.arr.2023.102030
PMID:37549871
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示年龄相关性黄斑变性（AMD）发展过程中的细胞成分和调控机制方面的最新发现，并讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战和未来方向。 | 单细胞RNA测序技术相较于传统的批量RNA测序技术，在揭示复杂微环境的异质性方面具有优势。 | 文章讨论了利用单细胞技术探索AMD病理生理学的主要挑战，包括技术限制和数据解读的复杂性。 | 总结单细胞RNA测序技术在AMD研究中的应用，并探讨其未来发展方向。 | 年龄相关性黄斑变性（AMD）的细胞成分和调控机制。 | 数字病理学 | 老年性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 16962 | 2024-08-07 |
Isolating salient variations of interest in single-cell data with contrastiveVI
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01955-3
PMID:37550579
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research paper | 本文介绍了一种名为contrastiveVI的框架，用于在处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据时，分离出共享和治疗特异性的潜在变量 | 引入contrastiveVI框架，专门设计用于分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，以更好地理解治疗反应的异质性 | NA | 旨在通过分离治疗组和控制组单细胞数据中的变异，更好地理解治疗反应的异质性 | 处理控制组和治疗组单细胞RNA测序数据中的变异 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | contrastive variational inference (contrastiveVI) | 单细胞RNA测序数据 | 使用了三个治疗组和控制组的单细胞RNA测序数据集 |
| 16963 | 2024-08-07 |
Unsupervised removal of systematic background noise from droplet-based single-cell experiments using CellBender
2023-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01943-7
PMID:37550580
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研究论文 | 本文开发了一种基于液滴单细胞实验噪声生成现象学的深度生成模型，用于无监督地去除系统性背景噪声，并提供了无噪声的定量分析。 | 提出的模型能够准确区分含细胞液滴和无细胞液滴，学习背景噪声特征，并以端到端的方式提供无噪声的定量分析。 | NA | 开发一种新的方法来去除液滴单细胞实验中的系统性背景噪声，以提高数据质量和减少批次效应。 | 液滴单细胞测序实验中的背景噪声。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单核RNA测序（snRNA-seq）、细胞转录组和表位测序（CITE-seq） | 深度生成模型 | 测序数据 | NA |
| 16964 | 2024-08-07 |
Identification of a novel pyroptosis-related gene signature in human spermatogenic dysfunction
2023-Sep, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-023-02892-y
PMID:37553495
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研究论文 | 研究揭示了与人类精子发生功能障碍相关的细胞焦亡相关基因的关键作用 | 首次鉴定出CASP4和GPX4作为关键的细胞焦亡相关差异表达基因，并探讨了它们在精子发生功能障碍中的表达变化及其与临床病理、治疗和免疫模式的关系 | NA | 揭示细胞焦亡相关基因在人类精子发生功能障碍中的潜在作用 | 人类精子发生功能障碍中的细胞焦亡相关基因 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一个发现集和三个验证集用于检测33个细胞焦亡相关基因在人类睾丸中的表达情况 |
| 16965 | 2024-08-05 |
PTEN regulates hematopoietic lineage plasticity via PU.1-dependent chromatin accessibility
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112967
PMID:37561626
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研究论文 | 本研究探讨了PTEN通过PU.1调节造血谱系选择的机制 | 发现PU.1是PTEN失活后关键的转录因子，能够重编程前B细胞的染色质可及性和谱系潜力 | NA | 探讨PTEN影响造血谱系选择的机制 | 使用小鼠前白血病HSCs和前体细胞进行的实验证明 | 数字病理学 | T细胞急性淋巴细胞白血病 | ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA | 使用小鼠的前白血病HSCs和前体细胞进行分析 |
| 16966 | 2024-08-05 |
Homeostatic PD-1 signaling restrains EOMES-dependent oligoclonal expansion of liver-resident CD8 T cells
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112876
PMID:37543948
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研究论文 | 这篇文章展示了PD-1信号在肝脏记忆T细胞稳态中的作用 | 揭示了PD-1信号缺失下，肝脏CD8 T细胞的偏向性扩展与EOMES转录因子的作用 | 对PD-1/PDL-1轴在T细胞稳态中的生理角色仍然理解不足 | 探讨PD-1信号通路在肝脏CD8 T细胞稳态中的生理作用 | 肝脏驻留的CD8 T细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和TCR（T细胞受体）谱分析 | NA | NA | NA |
| 16967 | 2024-08-07 |
Temporal transcriptome features identify early skeletal commitment during human epiphysis development at single-cell resolution
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107200
PMID:37554462
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了人类远端股骨骨骺细胞在受孕后15-25周的动态转录组变化 | 首次在单细胞分辨率下揭示了人类骨骺发育早期骨骼承诺的转录组特征 | NA | 深入理解胎儿骨骺发育过程中的单细胞遗传变化 | 人类远端股骨骨骺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 受孕后15-25周的人类远端股骨骨骺细胞 |
| 16968 | 2024-08-05 |
CD8+ tissue-resident memory T cells induce oral lichen planus erosion via cytokine network
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83981
PMID:37555396
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研究论文 | 本研究探讨了CD8 T细胞在口腔扁平苔藓侵蚀过程中的作用 | 揭示了CD8 Trm细胞通过分泌多种细胞因子诱导口腔扁平苔藓侵蚀的新分子机制 | 研究中对口腔扁平苔藓的特征和机制尚需进一步验证 | 研究CD8 Trm细胞在口腔扁平苔藓中的功能 | 主要研究在口腔扁平苔藓患者中CD8 Trm细胞的分布和细胞因子生产 | 数字病理学 | 口腔扁平苔藓 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | RNA和蛋白质数据 | 临床队列为1年的随访研究 |
| 16969 | 2024-08-05 |
Cross-species transcriptomics reveals bifurcation point during the arterial-to-hemogenic transition
2023-08-09, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05190-6
PMID:37558796
|
研究论文 | 本文介绍了一种跨物种的方法HomologySeeker，以研究人类的内皮到造血转变现象 | 提出了HomologySeeker方法，利用小鼠信息研究人类EHT的变化，并发现物种间的平行发育关系 | 对人类内皮到造血转变的现象的具体机制尚不清楚，且可能缺乏临床验证 | 探讨人类内皮到造血转变的过程及其物种间的保守性 | 专注于动脉内皮细胞及其向造血内皮细胞转变的阶段 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类细胞的单细胞转录组数据进行比较 |
| 16970 | 2024-08-05 |
Disease-associated astrocytes and microglia markers are upregulated in mice fed high fat diet
2023-08-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39890-0
PMID:37558676
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研究论文 | 这篇文章探讨了高脂饮食如何影响与阿尔茨海默病相关的星形胶质细胞和小胶质细胞的标志物 | 文章提出C4b作为肥胖或糖尿病人群中阿尔茨海默病的潜在早期标志物，揭示了肥胖、糖尿病与阿尔茨海默病发病机制之间的新联系 | 研究主要基于小鼠实验和人类数据，尚未在临床上验证所发现的标志物 | 研究与阿尔茨海默病及2型糖尿病风险相关的基因表达变化 | 研究对象为在高脂饮食下的小鼠及患有阿尔茨海默病的人类 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的脑组织样本 |
| 16971 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis reveals region-heterogeneous responses in rhesus monkey spinal cord with complete injury
2023-08-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40513-5
PMID:37558705
|
研究论文 | 该研究揭示了完全脊髓损伤猴子脊髓中区域异质性的细胞动态响应 | 使用单细胞转录组学研究不同脊髓区域的细胞响应，发现远端腰椎组织受到严重影响，并提出了基于支架的治疗方法 | 研究样本仅限于雌性猕猴，可能影响结果的广泛性 | 探讨脊髓损伤后不同区域的细胞反应及其异质性 | 雌性猕猴脊髓损伤的细胞动态反应 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 组织样本 | 雌性猕猴脊髓损伤样本 |
| 16972 | 2024-08-07 |
TPL2 kinase activity regulates microglial inflammatory responses and promotes neurodegeneration in tauopathy mice
2023-08-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.83451
PMID:37555828
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研究论文 | 本文研究了TPL2激酶活性在微胶质细胞炎症反应中的作用及其在tauopathy小鼠模型中促进神经退行性变的影响 | 发现TPL2激酶活性调节微胶质细胞的细胞因子释放，并在tauopathy模型中减少神经炎症和恢复神经功能 | NA | 探讨TPL2激酶活性在神经退行性疾病中的作用及潜在治疗策略 | TPL2激酶活性、微胶质细胞、神经退行性疾病 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | tauopathy小鼠模型 |
| 16973 | 2024-08-07 |
LAST-seq: single-cell RNA sequencing by direct amplification of single-stranded RNA without prior reverse transcription and second-strand synthesis
2023-08-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03025-5
PMID:37559123
|
研究论文 | 本文开发了一种新的单细胞RNA测序方法LAST-seq，该方法直接扩增原始的单链RNA分子，无需先前的逆转录和第二链合成 | LAST-seq方法直接扩增单链RNA，提高了单分子捕获效率并降低了技术噪声 | NA | 开发新的单细胞RNA测序技术并研究人类细胞中的转录爆发动力学 | 单细胞RNA测序技术和人类细胞的转录调控 | 基因组学 | NA | LAST-seq | NA | RNA | 单细胞 |
| 16974 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics analysis of esophageal squamous precancerous lesions and their progression to esophageal cancer
2023-08-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40343-5
PMID:37553345
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研究论文 | 本研究分析了食管鳞状上皮癌前病变及其向食管癌的进展情况 | 该研究利用空间全转录组图谱分析，识别出TAGLN2和CRNN作为食管癌前病变阶段预测食管癌风险的候选指标 | NA | 本研究旨在寻找能够预测食管鳞状细胞癌风险的生物标志物 | 研究对象为食管鳞状上皮癌前病变及其进展到食管鳞状细胞癌的过程 | 数字病理学 | 食管癌 | 空间全转录组分析 | NA | 组织样本 | 配对样本数量未提供 |
| 16975 | 2024-08-05 |
Phylogenetic inference from single-cell RNA-seq data
2023-08-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-39995-6
PMID:37553438
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研究论文 | 该文章提出了一种从单细胞RNA测序数据重建肿瘤细胞的系统发育关系的方法PhylinSic | PhylinSic方法能够结合基因表达谱重建个体癌细胞的进化关系，解决了传统方法难以达成的挑战 | NA | 探讨肿瘤细胞在演化过程中的恶性特性获取及其对治疗的影响 | 单细胞RNA测序数据中的癌细胞及其遗传谱系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | 贝叶斯建模算法 | 基因表达数据 | NA |
| 16976 | 2024-08-07 |
Transgene-free direct conversion of murine fibroblasts into functional muscle stem cells
2023-Aug-08, NPJ Regenerative medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41536-023-00317-z
PMID:37553383
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研究论文 | 本研究报道了一种高效的无转基因方法，通过过表达合成MyoD-mRNA与增强的小分子混合物，直接将小鼠成纤维细胞转化为诱导的肌源性前体细胞（iMPCs） | 本研究开发了一种无转基因的方法，避免了病毒载体带来的不利基因组整合和潜在的分子后果 | NA | 探索一种更安全的方法，用于再生医学中将成纤维细胞转化为肌源性干细胞 | 小鼠成纤维细胞转化为肌源性干细胞 | 再生医学 | 杜氏肌营养不良 | 过表达合成MyoD-mRNA，小分子混合物 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16977 | 2024-08-07 |
Restoring gluconeogenesis by TEF inhibited proliferation and promoted apoptosis and immune surveillance in kidney renal clear cell carcinoma
2023-Aug-08, Cancer & metabolism
IF:6.0Q1
DOI:10.1186/s40170-023-00312-4
PMID:37553601
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研究论文 | 本研究探讨了肾透明细胞癌（KIRC）中糖异生作用的恢复对肿瘤细胞增殖和凋亡的影响 | 通过过表达PCK1或TEF并抑制miR-4477b，成功恢复了KIRC中的糖异生作用，显著抑制了肿瘤细胞的增殖和集落形成，并诱导了细胞凋亡 | NA | 研究糖异生作用在肾透明细胞癌中的作用及其对治疗结果的潜在影响 | 肾透明细胞癌（KIRC）及其糖异生相关基因和miRNAs | 数字病理学 | 肾癌 | QPCR, 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及KIRC肿瘤和邻近组织样本，以及临床肿瘤患者 |
| 16978 | 2024-08-07 |
Mesenchymal stem cells shift the pro-inflammatory phenotype of neutrophils to ameliorate acute lung injury
2023-08-08, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-023-03438-w
PMID:37553691
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研究论文 | 研究探讨了间充质干细胞（MSC）在急性肺损伤（ALI）中对中性粒细胞表型的影响 | 首次揭示了MSC通过上调CD24表达，将激活的中性粒细胞表型转变为衰老型，从而抑制炎症反应 | NA | 研究MSC在ALI中对中性粒细胞的免疫抑制作用 | ALI小鼠肺组织中的中性粒细胞 | NA | 急性肺损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | ALI小鼠肺组织中的中性粒细胞 |
| 16979 | 2024-08-05 |
The single-cell transcriptome and chromatin accessibility datasets of peripheral blood mononuclear cells in Chinese holstein cattle
2023-08-07, BMC genomic data
IF:1.9Q3
DOI:10.1186/s12863-023-01139-0
PMID:37550629
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研究论文 | 本研究分析了中国荷斯坦奶牛外周血单核细胞的单细胞转录组和染色质可及性数据集 | 提供了关于LPS刺激下外周血单核细胞的单细胞层面的新见解 | 对于LPS如何在单细胞水平上刺激PBMCs仍然了解不多 | 通过分析PBMCs的单细胞转录组和染色质可及性，促进对免疫应答的理解 | 中国荷斯坦奶牛的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及性染色质测序（scATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 共计30,756个估计单细胞，经过质量控制后映射到26,141个单细胞 |
| 16980 | 2024-08-05 |
SONAR enables cell type deconvolution with spatially weighted Poisson-Gamma model for spatial transcriptomics
2023-08-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-40458-9
PMID:37550279
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研究论文 | 提出SONAR模型以利用空间转录组数据进行细胞类型解卷积 | SONAR模型结合空间加权回归框架和弹性加权步骤，提升了细胞类型成分的局部估计 | 由于空间分辨率限制，测量的表达往往混合自多种细胞 | 开发一种能够更准确解卷积空间转录组数据中细胞类型的模型 | 空间转录组数据中的细胞类型 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间转录组 | 回归模型 | 空间转录组数据 | 包括小鼠大脑、人类心脏和人类胰腺导管腺癌的样本 |