单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16921	2024-08-07	Revealing the role of regulatory T cells in the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma: a novel prognostic and immunotherapeutic signature 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1244144 PMID:37671160	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了调节性T细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力	首次构建了基于调节性T细胞标志物的风险模型，用于区分肺腺癌患者的风险亚组，并探讨了免疫治疗在不同风险组中的潜在益处	NA	研究调节性T细胞在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为预后和免疫治疗标志物的潜力	调节性T细胞及其在肺腺癌肿瘤微环境中的相互作用	NA	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	多个肺腺癌队列
16922	2024-08-07	Exploring the optimization of autoencoder design for imputing single-cell RNA sequencing data 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.041 PMID:37671239	研究论文	本文探讨了如何优化自编码器设计以填补单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的稀疏性问题	研究结果表明，更深且更窄的自编码器通常能带来更好的填补性能，sigmoid和tanh激活函数优于ReLU等常用函数，且正则化能提高填补准确性和下游细胞聚类及差异表达基因分析	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的稀疏性问题	自编码器的神经网络架构、激活函数和正则化策略对填补精度和下游分析的影响	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	scRNA-seq数据	使用了多个真实和模拟的scRNA-seq数据集
16923	2024-08-07	Single Cell RNA-Sequencing in Arabidopsis Root Tissues 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3354-0_4 PMID:37682468	研究论文	本文描述了使用基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-seq）处理拟南芥根组织并生成单细胞转录组的方法	利用scRNA-seq技术，提供了前所未有的分辨率进行转录组分析，有助于深入理解组织的细胞异质性、发育进程、应激反应动态等	NA	介绍和建立基于液滴的单细胞RNA测序工作流程	拟南芥根组织	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
16924	2024-08-07	Gene Regulatory Network Modeling Using Single-Cell Multi-Omics in Plants 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3354-0_16 PMID:37682480	研究论文	本文描述了一种用于分析单细胞数据以构建基因调控网络的计算流程	利用单细胞多组学技术在植物细胞中表征基因表达和开放染色质区域	NA	开发和测试一种计算流程，用于从单细胞多组学数据中构建基因调控网络	植物细胞中的基因表达和开放染色质区域	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞数据	使用了模式物种拟南芥的数据
16925	2024-08-07	Maternal and embryonic signals cause functional differentiation of luminal epithelial cells and receptivity establishment 2023-11-06, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.004 PMID:37643613	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了怀孕小鼠子宫内膜上皮细胞在受精后2.5至4.5天的功能分化，并探讨了母体和胚胎信号对这一过程的影响。	首次揭示了母体和胚胎信号如何促进子宫内膜上皮细胞分化为粘附性上皮细胞和支持性上皮细胞，并探讨了这些细胞在人类和鼠类中的保守性。	NA	研究母体和胚胎信号如何影响子宫内膜上皮细胞的功能分化，以及这一过程在人类和鼠类中的保守性。	怀孕小鼠的子宫内膜上皮细胞及其在胚胎植入过程中的功能分化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	怀孕小鼠的子宫内膜上皮细胞样本
16926	2024-08-05	Spatial transcriptomics of a giant pilomatricoma 2023-Nov, Journal of cutaneous pathology IF:1.6Q3 DOI:10.1111/cup.14524 PMID:37649312	研究论文	主张通过空间转录组学分析描述一个巨型毛乳头瘤病例	首次通过10X空间基因表达分析揭示了巨型毛乳头瘤的转录组簇特征	只描述了一个患者的个案，缺乏更多样本的验证	探索巨型毛乳头瘤的分子特征及其转录组的异质性	一名67岁男性的8cm巨型毛乳头瘤	数字病理学	NA	10X空间基因表达分析	NA	转录组数据	1个样本
16927	2024-08-07	Prognostic and immunological role of cancer-associated fibroblasts-derived exosomal protein in esophageal squamous cell carcinoma 2023-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.110837 PMID:37634448	研究论文	本研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAFs）衍生的外泌体蛋白在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的预后和免疫学作用。	首次揭示了CAFs衍生的外泌体蛋白在ESCC中的具体功能和预后意义。	研究主要基于体外实验和数据库分析，未来需要更多的临床验证。	研究CAFs衍生的外泌体蛋白在ESCC中的影响及其预后意义。	癌症相关成纤维细胞（CAFs）和食管鳞状细胞癌（ESCC）。	数字病理学	食管癌	液相色谱-串联质谱（LC-MS/MS）	Lasso回归分析	蛋白质	842种差异表达的外泌体蛋白
16928	2024-08-07	High urea induces anxiety disorders associated with chronic kidney disease by promoting abnormal proliferation of OPC in amygdala 2023-Oct-15, European journal of pharmacology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.ejphar.2023.175905 PMID:37640220	研究论文	本研究探讨了高尿素水平通过促进杏仁核中少突胶质细胞前体细胞（OPC）的异常增殖，导致慢性肾脏病（CKD）患者焦虑障碍的病理作用及分子机制	首次揭示了高尿素在CKD相关焦虑障碍中的病理作用及其分子机制，并提供了客观的血清学指标和潜在的新药物靶点	NA	研究高尿素在慢性肾脏病相关焦虑障碍中的病理作用及其分子机制	慢性肾脏病患者的焦虑障碍及高尿素的影响	神经科学	慢性肾脏病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	使用腺嘌呤诱导的CKD小鼠模型和UT-B小鼠模型进行研究
16929	2024-08-07	Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation 2023-10, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02815-2 PMID:37634007	研究论文	本文探讨了甲状腺激素受体α1（TRα1）在甲状腺癌细胞分化中的作用	发现TRα1通过调节PAX8基因表达和多条信号通路抑制甲状腺癌细胞生长，并促进细胞分化	NA	研究TRα1在甲状腺癌中的功能及其作为治疗靶点的潜力	甲状腺癌细胞分化	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用了两个甲状腺癌细胞系THJ-11T和THJ-16T，以及它们的TRα1表达细胞
16930	2024-08-07	Polyploid tubular cells initiate a TGF-β1 controlled loop that sustains polyploidization and fibrosis after acute kidney injury 2023-10-01, American journal of physiology. Cell physiology DOI:10.1152/ajpcell.00081.2023 PMID:37642236	研究论文	本研究探讨了急性肾损伤后多倍体管状细胞在纤维化过程中的作用及其分子机制	首次揭示了多倍体管状细胞通过TGF-β1信号通路维持自身多倍体化和促进纤维化的自我维持机制	NA	阐明多倍体管状细胞在急性肾损伤后纤维化过程中的作用及其分子机制	多倍体管状细胞及其在急性肾损伤后的生存和纤维化作用	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用转基因小鼠模型和单细胞RNA测序技术进行研究
16931	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analysis revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2023-Oct, Clinics and research in hepatology and gastroenterology IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.clinre.2023.102200 PMID:37643692	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了胰腺癌中的恶性导管细胞异质性及其预后标志物	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胰腺癌中导管细胞的两个主要亚群（S100A6+细胞和FXYD2+细胞），并发现了与肿瘤发展相关的不同通路，同时整合了批量和单细胞RNA测序数据以生成和验证胰腺癌患者的总体生存预后标志物	NA	探索胰腺癌中的恶性导管细胞异质性及其预后标志物	胰腺癌中的导管细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中提及
16932	2024-08-07	Microbiome characteristics description of COVID-19 patients based on bulk RNA-seq and scRNA-Seq data 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107400 PMID:37651767	research paper	本文通过重新注释COVID-19患者的bulk RNA-seq和scRNA-Seq数据中的微生物序列，描述了COVID-19患者的细胞微生物景观并识别了各组织中的特征微生物	发现了与COVID-19症状高度相关的Acinetobacter lwoffii，并揭示了SARS-CoV-2与hMPV的共感染现象	NA	研究COVID-19患者体内微生物群落的变化及其与疾病进展的关系	COVID-19患者的微生物群落特征	digital pathology	COVID-19	RNA-seq	NA	RNA-seq data	具体样本数量未在摘要中提及
16933	2024-08-07	Deciphering pathogenic cellular module at single-cell resolution in checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2023-Oct, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02805-4 PMID:37653115	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）中的关键细胞和分子途径	提出了一个新的免疫特征，具有高诊断能力区分CIP+和CIP-样本	NA	全面剖析与CIP病理生物学相关的关键细胞参与者和分子途径，以实现精准诊断和开发新的治疗策略	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）的免疫反应	数字病理学	肺部疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
16934	2024-08-05	Exploring the dynamics and influencing factors of CD4 T cell activation using single-cell RNA-seq 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107588 PMID:37646019	研究论文	本研究分析了CD4 T细胞在不同条件下激活的动态及其影响因素	首次识别和表征了在由休息T细胞转变为激活T细胞过程中的惰性T细胞亚群，及其响应刺激的效率	研究主要集中在CD4 T细胞，其他T细胞类型的影响未充分探讨	探讨影响CD4 T细胞激活的因素和动态	CD4 T细胞，特别是在不同刺激条件下的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	刺激的CD4 T细胞亚群
16935	2024-08-05	Gene signature reveals decreased SOX10-dependent transcripts in malignant cells from immune checkpoint inhibitor-resistant cutaneous melanomas 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107472 PMID:37636077	研究论文	该文章探讨了与免疫检查点抑制剂耐药性相关的SOX10依赖性转录本的减少	研究开发了一个稳健的SOX10基因特征，以揭示SOX10表达/活性降低与免疫检查点抑制剂耐药性之间的关联	在肿瘤细胞模型之外的数据验证可能受到技术和样本异质性的限制	探究SOX10在皮肤黑色素瘤患者免疫检查点抑制剂耐药性中的作用	使用黑色素瘤细胞模型进行SOX10的基因特征分析	数字病理学	皮肤黑色素瘤	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq	NA	RNA-seq	涉及多个黑色素瘤细胞模型和患者单细胞RNA-seq数据
16936	2024-08-07	MAP3K19 regulatory variation in populations with African ancestry may increase COVID-19 severity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107555 PMID:37649700	研究论文	本文通过综合分析两个全基因组关联研究，识别与COVID-19住院相关的与祖先相关的遗传风险变异，特别是在非洲祖先人群中发现了与COVID-19严重性相关的MAP3K19基因变异。	本文首次报道了MAP3K19基因的单核苷酸多态性rs16831827在非洲和欧洲祖先人群中与COVID-19严重性的关联，并揭示了该变异可能通过影响特定基因的表达来增加疾病风险。	研究主要集中在非洲和欧洲祖先人群，可能需要进一步研究以验证其他人群中的相关性。	旨在识别与COVID-19住院相关的祖先相关遗传风险变异。	研究对象包括具有非洲和欧洲祖先的COVID-19住院患者。	遗传学	COVID-19	全基因组关联研究	NA	基因组数据	涉及多个具有不同祖先背景的COVID-19住院患者样本。
16937	2024-08-05	Chromatin accessibility dynamics in colorectal cancer liver metastasis: Uncovering the liver tropism at single cell resolution 2023-09, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106896 PMID:37633511	研究论文	本研究揭示了结直肠癌肝转移过程中染色质可及性动态变化，特别是在单细胞分辨率下的肝特异性转录因子的表达情况	发现肝转移的结直肠癌细胞失去结肠特异的染色质可及位点，获得肝特异性可及位点，并揭示了HNF4A在此过程中的重要作用	对表观遗传调控机制的理解仍然有限，研究结果可能需要在更多样本中验证	本研究旨在了解结直肠癌肝转移过程中基因的表观遗传调控	研究对象为结直肠癌患者衍生的原发性和肝转移性肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq，微阵列，批量RNA-seq，免疫组化，蛋白质组学	NA	细胞数据	使用了来自结直肠癌患者的配对样本以及患者衍生的异种移植模型
16938	2024-08-05	Pan-cancer Analysis Reveals Cancer-dependent Expression of SOX17 and Associated Clinical Outcomes 2023 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20395 PMID:37643784	研究论文	该研究探讨了SOX17在多种癌症中的表达模式及其临床相关性	首次系统性分析了SOX17在不同癌症类型中的表达异质性及其与临床结果的关联	缺乏对SOX17在不同组织或微环境中的功能验证	探索SOX17基因在多种癌症中的表达模式及其对药物反应的影响	多种癌症样本中SOX17的表达情况及其与临床结果的关系	数字病理学	癌症	RNA-seq, qPCR, 免疫组化	NA	基因表达数据	多种类型癌症样本的单细胞和大规模RNA-seq分析
16939	2024-08-05	The developmental dynamics of the human male germline 2023-09-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202046 PMID:37650565	研究论文	本文概述了人类男性生殖细胞的发育动态及其发育过程中的细胞、信号和表观遗传级联事件	通过使用各种模型和单细胞测序方法提供了对人类男性生殖细胞发育的新见解	在研究人类发育过程时面临挑战，可能导致对某些方面的理解不够全面	探讨人类男性生殖细胞的发育动态及其相关机制	人类男性生殖细胞及其分化过程	生物医学	不孕症	单细胞测序	N/A	细胞数据	N/A
16940	2024-08-07	Multiplexed transcriptomic profiling of the fate of human CAR T cells in vivo via genetic barcoding with shielded small nucleotides 2023-09, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01085-3 PMID:37652986	研究论文	本文介绍了一种基于屏蔽小核酸的细胞条形码方法，用于在体内多重纵向分析人类CAR-T细胞的命运，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）实现。	提出了一种名为屏蔽小核酸基础的scRNA-seq（SSN-seq）的新方法，该方法兼容3'和5'单细胞分析，并利用普遍存在的Pol III U6启动子来稳健表达经过直接捕获序列修饰的小RNA条形码。	NA	旨在了解CAR-T细胞在体内的命运，以改进嵌合抗原受体（CAR）T细胞的设计。	研究对象为人类CAR-T细胞及其在体内的动态状态。	生物技术	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了肿瘤再挑战小鼠模型