单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 16881 - 16900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16881 | 2024-08-05 |
Single-cell sequencing: New insights for intervertebral disc degeneration
2023-Sep, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2023.115224
PMID:37516017
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review | 本综述介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在椎间盘退变（IVDD）研究中的应用 | 首次介绍了scRNA-seq技术在IVDD中的应用，重点是最新研究中细胞类型群体和细胞间相互作用的定义 | NA | 研究IVDD的生物机制，特别是细胞异质性及其与炎症的关系 | IVDD中的主要靶细胞，包括髓核细胞、纤维环细胞、软骨终板细胞和巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | NA | NA |
| 16882 | 2024-08-05 |
CL-Impute: A contrastive learning-based imputation for dropout single-cell RNA-seq data
2023-09, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107263
PMID:37531858
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的方法CL-Impute，用于估计缺失的基因数据 | CL-Impute模型利用对比学习和自注意力网络来解决高缺失率下的scRNA-seq数据插补问题 | 目前尚未提到CL-Impute在特定应用场景中的表现，可能在实际应用中有不确定性 | 研究如何通过无依赖的方式处理单细胞RNA测序中的缺失数据 | 缺失基因数据的插补任务 | 数字病理学 | NA | 对比学习 | 自注意力网络 | 单细胞RNA-seq数据 | 四个基准数据集的实验结果 |
| 16883 | 2024-08-07 |
Atonal homolog 7 (ATOH7) confers neuroprotection for photoreceptor cells in glaucoma via inhibition of the notch pathway
2023-09, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.15905
PMID:37526008
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序数据，揭示了青光眼相关的基因及其下游具有神经保护作用的通路 | 首次发现ATOH7基因通过抑制Notch信号通路在青光眼中对光感受器细胞具有神经保护作用 | 研究主要基于体外细胞实验和单细胞RNA测序数据，需要进一步的体内实验验证 | 探究青光眼中光感受器细胞的神经保护机制 | 人类和ATOH7基因敲除小鼠的视网膜组织样本 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类视网膜组织样本中获得74个顶级标记基因和20个细胞集群，ATOH7基因敲除小鼠视网膜组织样本中进行伪时间推断 |
| 16884 | 2024-08-07 |
Sex shapes cell-type-specific transcriptional signatures of stress exposure in the mouse hypothalamus
2023-08-29, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.112874
PMID:37516966
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了雄性和雌性小鼠下丘脑室旁核在急性束缚应激下的细胞类型特异性转录组特征 | 首次揭示了慢性轻度应激对细胞类型特异性转录组特征的性别特异性影响，并识别了寡突胶质细胞作为这些性别特异性效应的主要目标 | NA | 探索细胞类型对转录性别二态性的贡献，并深入解析细胞类型与性别在应激反应机制中的相互作用 | 雄性和雌性小鼠的下丘脑室旁核在急性束缚应激下的细胞类型特异性转录组特征 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 数千个单个细胞的转录组数据 |
| 16885 | 2024-08-05 |
sox1a:eGFP transgenic line and single-cell transcriptomics reveal the origin of zebrafish intraspinal serotonergic neurons
2023-Aug-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107342
PMID:37529101
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研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼脊髓内5-羟色胺神经元的起源 | 通过单细胞转录组学分析，发现脊髓内5-羟色胺神经元源自侧地板板祖细胞 | 未在标题和摘要中明确提及局限性 | 探究斑马鱼脊髓内5-羟色胺神经元的起源及其发育轨迹 | 斑马鱼胚胎发育过程中脊髓中的祖细胞和神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 在四个胚胎发育时期进行的单细胞分析 |
| 16886 | 2024-08-07 |
Dendritic cell type 3 arises from Ly6C+ monocyte-dendritic cell progenitors
2023-08-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2023.07.001
PMID:37506694
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研究论文 | 本研究通过LEGENDScreen分析树突状细胞与单核细胞谱系，利用命运图谱模型、单细胞RNA测序和过继转移技术，揭示了小鼠CD16/32CD172a DC3细胞系起源于Ly6C单核细胞-树突状细胞前体细胞，与DC2细胞系不同 | 发现了DC3作为与单核细胞和DC2在表型上相关但发育上不同的树突状细胞系 | NA | 探究树突状细胞的亚型及其发育起源 | 树突状细胞的亚型和发育路径 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类样本 |
| 16887 | 2024-08-05 |
M7G methylated core genes (METTL1 and WDR4) and associated RNA risk signatures are associated with prognosis and immune escape in HCC
2023-08-01, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01614-8
PMID:37528384
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研究论文 | 本研究探讨了m7G甲基化核心基因（METTL1和WDR4）及相关RNA风险特征在HCC中的作用 | 识别了METTL1和WDR4作为HCC独立预后标志物，构建了与其相关的mRNA和lncRNA风险特征 | 研究中对其他可能影响预后的因素探讨不足 | 研究m7G甲基化核心基因对肝细胞癌（HCC）的影响 | 针对肝细胞癌细胞系和组织中的METTL1和WDR4进行分析 | NA | 肝癌 | 加权共表达网络分析(WGCNA)和最小绝对收缩选择运算符法（lasso） | NA | mRNA和lncRNA | 使用了四个HCC细胞系及相关HCC组织 |
| 16888 | 2024-08-05 |
Multiomics analyses reveal pathological mechanisms of HBV infection and integration in liver cancer
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.28980
PMID:37522289
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研究论文 | 本研究揭示了HBV感染与整合在肝癌中的病理机制 | 该研究首次结合多组学分析，识别了HBV感染相关的风险位点及其在肝癌中的作用 | 研究主要集中在HBV关联的HCC，未涵盖其他类型肝病的机制 | 探讨HBV感染与肝细胞癌发展的机制 | 研究对象为HBV感染的肝细胞癌患者及其肝细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序技术与大规模测序技术 | NA | 基因组数据 | 多个独立患者队列 |
| 16889 | 2024-08-07 |
regeneration factors expressed on myeloid expression in macrophage-like cells is required for tail regeneration in Xenopus laevis tadpoles
2023-08-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.200467
PMID:37522363
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研究论文 | 本研究探讨了非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子机制，特别是涉及白细胞介素11（il11）和两个新鉴定的基因rfem.L与rfem.S的作用 | 首次鉴定并描述了rfem.L和rfem.S这两个基因在非洲爪蟾蝌蚪尾部再生中的作用 | 研究主要集中在基因敲降实验和单细胞RNA测序分析，可能需要进一步的功能验证和机制探索 | 探究非洲爪蟾蝌蚪尾部再生的分子基础 | 非洲爪蟾蝌蚪的尾部再生过程及相关基因 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 特定细胞类型的子集 |
| 16890 | 2024-08-07 |
Cross-species single-cell transcriptomic analysis of animal gastric antrum reveals intense porcine mucosal immunity
2023-Aug-01, Cell regeneration (London, England)
DOI:10.1186/s13619-023-00171-w
PMID:37525021
|
研究论文 | 本研究通过跨物种的单细胞转录组分析，比较了人、猪、鼠和大鼠胃窦上皮组织的细胞类型和基因表达，发现猪胃窦上皮具有更强的免疫功能 | 首次在单细胞水平上比较了不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达，并发现猪胃窦上皮中存在一个新的细胞簇，其高表达AQP5、F3、CLCA1和RRAD | NA | 探究不同物种胃窦上皮的细胞组成和基因表达差异 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人、猪、鼠和大鼠的胃窦上皮组织样本 |
| 16891 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome sequencing of B-cell heterogeneity and tertiary lymphoid structure predicts breast cancer prognosis and neoadjuvant therapy efficacy
2023-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1346
PMID:37525587
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了乳腺癌中的B细胞异质性和三级淋巴结构，探讨了其在肿瘤免疫治疗中的作用及临床意义 | 首次在单细胞水平上详细研究了肿瘤浸润B细胞和肿瘤相关中性粒细胞的异质性，并发现了与免疫治疗效果相关的特殊细胞类型 | 研究样本量较小，仅涉及14名乳腺癌患者 | 探讨B细胞异质性和三级淋巴结构在乳腺癌中的作用及其对肿瘤免疫治疗的临床意义 | 乳腺癌患者的原发性肿瘤病变及周围正常组织中的B细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 14名乳腺癌患者，共计124,587个细胞 |
| 16892 | 2024-08-07 |
The impact of the Hedgehog signal pathway on the tumor immune microenvironment of gastric adenocarcinoma by integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq datasets
2023-Aug-01, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-023-01187-w
PMID:37526746
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和RNA测序（RNA-seq）数据集，探讨了Hedgehog信号通路对胃腺癌肿瘤免疫微环境的影响 | 首次整合scRNA-seq和RNA-seq数据集，更精确地研究Hedgehog信号通路的表达谱、遗传改变及其活性 | 研究主要基于数据分析，缺乏体内实验验证 | 探讨Hedgehog信号通路对胃腺癌患者生存结果、肿瘤免疫微环境和药物敏感性的影响 | 胃腺癌患者的Hedgehog信号通路及其相关基因 | 数字病理学 | 胃癌 | scRNA-seq, RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16893 | 2024-08-07 |
demuxmix: demultiplexing oligonucleotide-barcoded single-cell RNA sequencing data with regression mixture models
2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad481
PMID:37527018
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研究论文 | 本文介绍了一种基于负二项回归混合模型的单细胞RNA测序数据解复用方法demuxmix | demuxmix通过概率分类框架提供液滴分配的错误概率，并利用RNA文库中检测到的基因与HTO计数之间的正相关性来解释HTO数据中的部分变异，从而提高液滴分配的准确性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序数据解复用方法，以提高解复用的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的液滴分配问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 负二项回归混合模型 | RNA测序数据 | NA |
| 16894 | 2024-08-07 |
Effective methods for bulk RNA-seq deconvolution using scnRNA-seq transcriptomes
2023-08-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03016-6
PMID:37528411
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研究论文 | 本文系统评估了使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法，并提出了新的方法SQUID。 | 提出了新的去卷积方法SQUID，该方法结合了RNA-seq转换和抑制加权最小二乘去卷积方法，在预测细胞混合物和组织样本组成方面表现优于其他方法。 | NA | 评估和改进使用scnRNA-seq转录组进行bulk RNA-seq去卷积的方法。 | bulk RNA-seq样本的细胞类型组成。 | 生物信息学 | 白血病，神经母细胞瘤 | RNA-seq，scnRNA-seq | SQUID | RNA序列数据 | NA |
| 16895 | 2024-08-07 |
Identification of the relationship between single-cell N6-methyladenosine regulators and the infiltrating immune cells in esophageal carcinoma
2023-Aug, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e18132
PMID:37529341
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研究论文 | 本研究探讨了单细胞N6-甲基腺苷（m6A）调节因子与食管鳞状细胞癌（ESCC）中浸润性免疫细胞之间的关系 | 首次揭示了m6A甲基化介导的细胞间通讯在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中调控肿瘤发展和抗肿瘤免疫的作用 | NA | 研究m6A RNA甲基化在食管鳞状细胞癌肿瘤微环境中与浸润性免疫细胞的关系及其功能 | 食管鳞状细胞癌中的单细胞转录组数据和肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞转录组分析，qPCR | NA | 转录组数据 | 五个ESCC患者 |
| 16896 | 2024-08-05 |
scRNA-seq revealed the special TCR β & α V(D)J allelic inclusion rearrangement and the high proportion dual (or more) TCR-expressing cells
2023-07-31, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-023-06004-7
PMID:37524693
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研究论文 | 这篇文章揭示了单个T细胞表达多个TCR链的现象及其高比例 | 首次在转录组水平上公开了T细胞中多个TCR的高比例，并提出了在单个染色体上二次（或更多）TCR重排的新机制 | 在不同生理状态和发育阶段多TCR比例的变化尚未完全解释 | 研究T细胞中多TCR的比例和潜在机制 | 人类胸腺、外周血及小鼠淋巴器官中的T细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | 在所有样本中，T细胞比例为15%、10%和20% |
| 16897 | 2024-08-05 |
High EVI1 and PARP1 expression as favourable prognostic markers in high-grade serous ovarian carcinoma
2023-Jul-31, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-023-01239-6
PMID:37525239
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研究论文 | 本文探讨了EVI1和PARP1在高级别漿液性卵巢癌中的预后意义 | 发现EVI1和PARP1的高表达与高级别漿液性卵巢癌的良好预后显著相关 | 没有提供关于其机制的深入研究 | 研究EVI1和PARP1在高级别漿液性卵巢癌中的预后作用 | 562名高级别漿液性卵巢癌患者 | 肿瘤病理学 | 卵巢癌 | 免疫组化染色，数字半自动阳性细胞检测 | NA | 组织样本 | 562名患者 |
| 16898 | 2024-08-05 |
Decoding key cell sub-populations and molecular alterations in glioblastoma at recurrence by single-cell analysis
2023-07-31, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01613-x
PMID:37525259
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研究论文 | 这篇文章探讨了在复发性胶质母细胞瘤中关键细胞亚群和分子变化。 | 文章揭示了一种在初发胶质母细胞瘤中检测较少但在复发性胶质母细胞瘤中高度表达的独特细胞亚群，暗示其可能在复发过程中起到关键作用。 | 文章没有提供关于如何应用发现的新靶点进行临床治疗的具体建议。 | 旨在理解驱动胶质母细胞瘤复发的关键机制以及识别新的干预靶点。 | 研究对象为36名患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本以及6个纵向的胶质母细胞瘤空间转录组数据。 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 36个患者的初发和复发胶质母细胞瘤样本 |
| 16899 | 2024-08-07 |
Exploring the cellular and molecular differences between ovarian clear cell carcinoma and high-grade serous carcinoma using single-cell RNA sequencing and GEO gene expression signatures
2023-Jul-31, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01087-3
PMID:37525249
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和GEO基因表达签名数据，探索卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌之间的细胞和分子差异 | 首次全面揭示了卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌在细胞和分子层面的区别，并发现了新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 旨在发现卵巢透明细胞癌的新治疗靶点，以改善患者的预后 | 卵巢透明细胞癌和高度浆液性卵巢癌 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 使用了GSE189553数据集中的批量RNA-seq数据和单细胞RNA测序数据 |
| 16900 | 2024-08-07 |
A meta-analysis of immune-cell fractions at high resolution reveals novel associations with common phenotypes and health outcomes
2023-07-31, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01211-5
PMID:37525279
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meta-analysis | 本研究通过高分辨率DNA甲基化参考矩阵，对12种免疫细胞类型在血液中的比例进行meta分析，揭示了这些细胞比例与多种常见表型和健康结果的关联 | 本研究首次在高分辨率下使用DNA甲基化数据进行meta分析，提供了广泛验证的血液DNA甲基化参考矩阵，并揭示了免疫细胞比例与多种健康结果的关联 | 研究主要集中在血液样本，且使用的DNA甲基化数据分辨率相对较低 | 探索免疫细胞类型比例与常见表型及健康结果的关联 | 12种免疫细胞类型在血液中的比例 | machine learning | NA | DNA methylation sequencing | NA | DNA methylation data | 23,053个血液样本 |