单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 16861 - 16880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16861 | 2024-08-05 |
SGAE: single-cell gene association entropy for revealing critical states of cell transitions during embryonic development
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad366
PMID:37833841
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研究论文 | 本研究提出了一种新颖的计算方法SGAE，用于揭示早期胚胎发育过程中细胞转变的关键状态 | 提出了一种基于基因关联信息的单细胞基因关联熵(SGAE)方法，用于分析单细胞RNA-seq数据，并定量评估基因调控网络的关键特性 | 对单细胞RNA测序数据的精确检测仍然面临稀疏性、噪音和异质性的挑战 | 研究单细胞转变的关键点，以追踪细胞异质性并阐明细胞分化的分子机制 | 分析五个关于胚胎发育的单细胞数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 五个单细胞数据集 |
| 16862 | 2024-08-05 |
Development and validation of a differentiation-related signature based on single-cell RNA sequencing data of immune cells in spinal cord injury
2023-Sep, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19853
PMID:37809933
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研究论文 | 本文基于脊髓损伤后免疫细胞的单细胞RNA测序数据，开发并验证了一个相关的分化标志。 | 该研究首次利用单细胞RNA测序数据识别了脊髓损伤后的免疫亚型和分子标志。 | 未提及具体的样本来源及其异质性对结果的影响。 | 探讨脊髓损伤后免疫系统的分子亚型及其潜在的诊断标志。 | 脊髓损伤后的免疫细胞及其相关的分化基因。 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三次脊髓样本，时间点为3、10和21天 |
| 16863 | 2024-08-07 |
Single-cell data analysis of malignant epithelial cell heterogeneity in lung adenocarcinoma for patient classification and prognosis prediction
2023-Sep, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e20164
PMID:37809682
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了肺腺癌（LUAD）中的恶性上皮细胞异质性，并识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81。 | 识别出与不良预后相关的新型恶性上皮细胞簇KRT81，并揭示了这些细胞在缺氧和上皮-间质转化（EMT）途径中的激活状态。 | NA | 研究肺腺癌患者分类和预后预测中的恶性上皮细胞异质性。 | 肺腺癌（LUAD）患者的恶性上皮细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16864 | 2024-08-07 |
Integrative analysis of cancer-associated fibroblast signature in gastric cancer
2023-Sep, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19217
PMID:37809716
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研究论文 | 本研究通过整合分析癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征，探索了CAFs在肿瘤微环境（TME）中的异质性，并为GC的生物标志物和精准治疗开发奠定了基础。 | 本研究首次识别了胃癌中的五种CAFs亚型，并发现CAF_0亚型与不良预后相关，同时构建了基于CAFs的预后评分模型（CAFs-score），该模型与免疫细胞、基质成分和免疫评分有显著相关性，具有指导治疗决策的潜力。 | NA | 探索癌症相关成纤维细胞在胃癌中的异质性，并为胃癌的生物标志物和精准治疗开发提供基础。 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）在胃癌（GC）中的特征及其与预后的关系。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序（bulk RNA-seq）、免疫组织化学、免疫荧光、Western blotting | LASSO回归分析、多变量Cox回归 | RNA测序数据 | 来自GEO和TCGA的数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 16865 | 2024-08-07 |
scHOIS: Determining Cell Heterogeneity Through Hierarchical Clustering Based on Optimal Imputation Strategy
2023 Mar-Apr, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3203592
PMID:37815942
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研究论文 | 本文提出了一种基于最优插补策略的分层聚类算法scHOIS，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | scHOIS算法通过两阶段处理，首先使用掩蔽非负矩阵分解近似原始观测数据，然后通过分层聚类对插补细胞进行分组，显著提高了细胞差异的区分能力和聚类性能 | NA | 开发有效的计算方法来解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和聚类问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(NMF) | 基因表达数据 | 使用真实世界数据集进行广泛实验 |
| 16866 | 2024-08-05 |
Hypomethylation-induced regulatory programs in T cells unveiled by transcriptomic analyses
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1235661
PMID:37828996
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研究论文 | 这篇文章揭示了低甲基化诱导的调节性T细胞在转录组学分析中的特征 | 文章首次展示了HA诱导的G细胞在转录组层面的变化，阐明了其在调节性T细胞身份和功能中的作用 | 文章没有提供HA对其他类型T细胞影响的全面评估 | 探讨低甲基化如何影响调节性T细胞的转录组特征 | 主要研究HA诱导的调节性T细胞（HA-iTregs）和其特定的G细胞群体 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | HA诱导的G细胞和其对应的G细胞 |
| 16867 | 2024-08-05 |
VISTA: visualizing the spatial transcriptome of the C.elegans nervous system
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad127
PMID:37810458
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研究论文 | 本文介绍了VISTA，一个可视化线虫神经系统空间转录组的方法 | VISTA利用现有数据集实现了单细胞分辨率的综合空间转录组可视化 | 该方法目前仅针对秀丽隐杆线虫的神经系统，可能不适用于其他动物物种 | 探讨空间转录组学中单细胞转录组分析与空间信息的结合 | 研究对象是秀丽隐杆线虫的神经系统及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 多个单细胞的转录组数据 |
| 16868 | 2024-08-05 |
Construction of a prognostic model for colorectal adenocarcinoma based on Zn transport-related genes identified by single-cell sequencing and weighted co-expression network analysis
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1207499
PMID:37829346
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研究论文 | 本文构建了基于锌转运相关基因的结直肠腺癌预后模型 | 首次报告了锌转运途径在结直肠腺癌中的作用，并建立了相应的预后模型 | 研究中未充分探讨锌转运基因在结直肠腺癌中的具体机制 | 建立一个有效的预后模型来评估结直肠腺癌患者的免疫微环境与预后 | 结直肠腺癌患者及其相关的锌转运基因 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序、加权共表达网络分析 | Cox回归模型 | 基因组数据、细胞实验数据 | TCGA和GEO数据库中的结直肠腺癌患者数据 |
| 16869 | 2024-08-05 |
Identification of molecular pattern and prognostic risk model based on ligand-receptor pairs in liver cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1187108
PMID:37818360
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研究论文 | 本研究基于肝癌中的配体-受体对识别分子模式和预后风险模型。 | 结合单细胞测序和转录组测序，构建了用于肝癌的分子分类和风险模型。 | 未提及具体的样本量和外部验证数据，可能限制模型的普适性。 | 识别肝癌微环境中细胞间的相互作用和建立预后风险模型。 | 肝癌细胞系及其微环境中的配体-受体对。 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞测序、转录组测序、qPCR | NA | 基因组数据、临床数据 | NA |
| 16870 | 2024-08-05 |
A prognostic model related to necrotizing apoptosis of breast cancer based on biorthogonal constrained depth semi-supervised nonnegative matrix decomposition and single-cell sequencing analysis
2023, American journal of cancer research
IF:3.6Q2
PMID:37818066
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研究论文 | 本研究提出了一种新的聚类算法用于乳腺癌亚型分析，并构建了一个与坏死性凋亡相关的预后模型 | 提出了一种新的聚类算法DO-DSNMF，能够挖掘样本间的非线性关系并改进预后模型 | 没有提供样本量和实验具体细节的限制信息 | 改善乳腺癌患者的预后并识别新兴生物标志物 | 乳腺癌患者的亚型及其与免疫相关的基因 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序 | 聚类算法 | 转录组数据 | NA |
| 16871 | 2024-08-07 |
Inflammation-mediated fibroblast activation and immune dysregulation in collagen VII-deficient skin
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1211505
PMID:37809094
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了胶原VII缺陷皮肤中细胞的基因表达模式，揭示了炎症介导的纤维母细胞活化和免疫失调的复杂机制。 | 首次揭示了胶原VII缺陷皮肤中纤维母细胞的两种分化途径，并阐明了炎症细胞因子的动态变化及其在疾病进展中的作用。 | 研究仅基于小鼠模型，可能与人类疾病存在差异。 | 探讨炎症在胶原VII缺陷皮肤中的作用及其对组织微环境的影响。 | 胶原VII缺陷皮肤中的细胞和分子机制。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的皮肤细胞 |
| 16872 | 2024-08-07 |
CD74 deficiency reduces trophoblast invasion and proliferation mediated by SIRT1 in preeclampsia
2023-12-01, Reproduction (Cambridge, England)
DOI:10.1530/REP-23-0202
PMID:37796743
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研究论文 | 本研究探讨了CD74在子痫前期中通过SIRT1介导的滋养层细胞侵袭和增殖中的作用 | 研究首次揭示了CD74通过调节MAPK信号通路在子痫前期发病机制中的保护作用，并发现SIRT1对此有正向调控作用 | NA | 研究子痫前期的发病机制及其相关基因的作用 | 子痫前期患者的胎盘和SIRT1杂合子敲除小鼠模型 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 134个差异表达基因(DEGs)，使用CD74敲低的HTR8/SVneo细胞进行实验 |
| 16873 | 2024-08-05 |
Hypoxia activates SREBP2 through Golgi disassembly in bone marrow-derived monocytes for enhanced tumor growth
2023-Nov-15, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2023114032
PMID:37781951
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研究论文 | 研究发现低氧通过高尔基体解聚激活SREBP2，从而促进骨髓来源单核细胞的肿瘤生长 | 首次揭示了低氧状态下高尔基体解聚与SREBP2激活之间的关系，显示这一过程是特定于细胞谱系的 | 研究主要集中在骨髓来源细胞的特定亚群，可能不适用于其他类型的免疫细胞 | 探讨低氧对骨髓来源细胞中SREBP2激活及其在肿瘤进展中的作用机制 | 骨髓来源细胞（BMDCs）及其分化为成熟巨噬细胞的过程 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 16874 | 2024-08-07 |
GPCR signaling contributes to immune characteristics of microenvironment and process of EBV-induced lymphomagenesis
2023-11-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2023.09.029
PMID:37798178
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研究论文 | 本研究首次全面分析了自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL）的蛋白质组学特征，揭示了EB病毒（EBV）基因模式与免疫相关致癌信号的关系，并探讨了GPCR信号在EBV诱导的淋巴瘤发生中的作用。 | 本研究首次揭示了GPCR介导的恶性进展，并将病毒分子传感器转化为EBV特异性抗癌疗法。 | NA | 探讨EB病毒与癌症免疫相互作用的机制及其在疾病发病过程中的作用。 | 自然杀伤/T细胞淋巴瘤（NKTCL） | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 蛋白质组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 16875 | 2024-08-07 |
Detection of cell-type-enriched long noncoding RNAs in atherosclerosis using single-cell techniques: A brief review
2023-Nov-15, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122138
PMID:37805167
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综述 | 本文综述了利用单细胞技术在动脉粥样硬化中检测细胞类型特异性长非编码RNA（LncRNAs）的研究进展 | 强调了四种在单细胞RNA测序数据中检测到的新型LncRNAs（lncRNA CARMN, LINC00607, PCAT19, LINC01235）及其在动脉粥样硬化中的功能 | NA | 探讨动脉粥样硬化中细胞类型特异性LncRNAs的功能及其在临床治疗和诊断中的潜在应用 | 动脉粥样硬化中的细胞类型特异性长非编码RNA | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 16876 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq of maize meiocytes and pollen grains
2023-Nov, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-023-00889-6
PMID:37783945
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研究论文 | 本文介绍了一种分离单个玉米配子母细胞和花粉粒进行RNA-seq的协议 | 创新点在于能够有效分离稀有植物生殖细胞并进行单细胞RNA测序，从而解析细胞间异质性 | 未提及研究的局限性 | 探讨植物生殖细胞的发育途径及突变表型的影响 | 单个玉米配子母细胞和花粉粒 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA数据 | 最多可采集200个细胞 |
| 16877 | 2024-08-07 |
Mapping Cell-to-cell Interactions from Spatially Resolved Transcriptomics Data
2023-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.18.558298
PMID:37781617
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研究论文 | 本文介绍了一种基于贝叶斯多实例学习框架spacia，用于从空间解析转录组学数据中检测细胞间通信 | spacia框架能够利用空间解析转录组学数据的空间模态，克服了基于单细胞RNA测序工具在推断细胞间通信时的单细胞分辨率丢失和高假阳性率问题 | NA | 推进细胞通信的定量理论 | 细胞间通信在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间解析转录组学 | 贝叶斯多实例学习框架 | 转录组学数据 | 3,354名患者 |
| 16878 | 2024-08-07 |
MAGNETO: Cell type marker panel generator from single-cell transcriptomic data
2023-11, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2023.104510
PMID:37797704
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研究论文 | 本文提出了一种名为MAGNETO的全自动框架，用于从单细胞转录组数据中生成细胞类型标记面板 | MAGNETO框架通过解决特定的双目标优化问题，能够构建出优化的标记面板，有效地区分特定细胞类型 | NA | 开发一种全自动框架，用于从单细胞转录组数据中生成细胞类型标记面板 | 单细胞转录组数据中的细胞类型标记面板生成 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 双目标优化问题 | 基因表达矩阵 | 三个公共数据集 |
| 16879 | 2024-08-07 |
Sex differences in the genetic and molecular mechanisms of coronary artery disease
2023-11, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本文通过回顾遗传和表观遗传学研究，探讨了冠状动脉疾病（CAD）中性别差异的遗传和分子机制 | 识别了超过40个性别差异候选基因，并强调了平滑肌细胞表型转换在女性动脉粥样硬化中的关键作用 | 需要增加统计效力和调整研究设计及分析策略，以更深入地解析CAD中性别差异的复杂机制 | 揭示冠状动脉疾病中性别差异的遗传和分子机制 | 性别差异在冠状动脉疾病中的表现、风险因素和预后 | 遗传学 | 心血管疾病 | 转录组学和单细胞RNA测序 | NA | 基因和表观遗传数据 | 涉及超过40个性别差异候选基因的研究 |
| 16880 | 2024-08-07 |
Supplementation with a high-glucose drink stimulates anti-tumor immune responses to glioblastoma via gut microbiota modulation
2023-10-31, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2023.113220
PMID:37804509
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研究论文 | 研究通过给GL261同源胶质母细胞瘤（GBM）小鼠短期补充高葡萄糖饮料（HGD），发现其生存率提高且无代谢疾病迹象，表明HGD通过调节肠道微生物群增强抗肿瘤免疫反应。 | 首次发现HGD补充通过调节肠道微生物群增强GBM小鼠的抗肿瘤免疫反应，特别是通过增加细胞毒性CD4 T细胞和与抗PD-1免疫检查点抑制剂的协同作用。 | 研究仅限于短期HGD补充和特定的小鼠模型，可能需要进一步研究其在人类和其他时间框架中的效果。 | 探讨高葡萄糖饮料补充对胶质母细胞瘤小鼠抗肿瘤免疫反应的影响及其机制。 | GL261同源胶质母细胞瘤小鼠及其肠道微生物群和免疫细胞。 | NA | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 特定数量的GL261同源胶质母细胞瘤小鼠 |