单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16801	2024-08-07	Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future 2023-Nov, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010 PMID:37550122	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物激素信号传导中的应用	利用scRNA-seq技术揭示了激素介导的时空基因调控网络	NA	研究植物激素信号传导机制	植物细胞中的激素信号网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	时间序列的单细胞样本
16802	2024-08-07	Uncovering the prominent role of satellite cells in paravertebral muscle development and aging by single-nucleus RNA sequencing 2023-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.01.005 PMID:37554180	研究论文	本研究通过单核RNA测序构建了小鼠棘旁肌在胚胎至老年阶段的单核转录组图谱，揭示了卫星细胞在肌肉发育和衰老中的作用	首次构建了涵盖胚胎至老年阶段的小鼠棘旁肌单核转录组图谱，并发现了与肌肉能量代谢相关的基因集在卫星细胞中的富集	NA	揭示卫星细胞在棘旁肌发育和衰老中的作用	小鼠棘旁肌的卫星细胞、快肌细胞和慢肌细胞	数字病理学	骨骼肌疾病	单核RNA测序	NA	转录组	630,040个骨骼肌细胞
16803	2024-08-07	Single-Cell RNA Analysis Reveals Cell-Intrinsic Functions of CAR T Cells Correlating with Response in a Phase II Study of Lymphoma Patients 2023-Oct-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0178 PMID:37540566	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了CAR-T细胞的细胞内在功能与淋巴瘤患者临床反应之间的关系	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了CAR-T细胞的细胞内在功能与临床反应之间的关联	研究样本量较小，仅包括23名B细胞淋巴瘤患者和1名白血病患者	探讨CAR-T细胞的细胞内在功能与淋巴瘤患者临床反应之间的关系	B细胞淋巴瘤和白血病患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名B细胞淋巴瘤患者和1名白血病患者
16804	2024-08-07	Determination of key events in mouse hepatocyte maturation at the single-cell level 2023-Oct-09, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.07.006 PMID:37557173	research paper	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）探索了小鼠肝细胞发育过程，定义了三个成熟阶段，并揭示了肝细胞成熟过程中的基因调控网络和转录因子。	本研究首次详细描述了小鼠肝细胞成熟过程中的转录组特征，并结合基因调控网络分析和体内遗传操作，识别了关键的成熟和区域化相关转录因子。	NA	深入研究肝细胞成熟过程中的关键事件和调控因子。	小鼠肝细胞的成熟过程。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA	NA
16805	2024-08-05	Fate Specification of GFAP-Negative Primitive Neural Stem Cells and Their Progeny at Clonal Resolution 2023-10, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0038 PMID:37551982	研究论文	本研究探讨了GFAP阴性原始神经干细胞及其后代的命运特性	通过克隆谱系追踪机制，提供了单细胞层面上对神经前体细胞谱系的解析	研究集中于小鼠大脑，可能不适用于其他物种或人类	深入理解神经干细胞的胚胎功能与谱系关系	GFAP阴性原始神经干细胞及其后代的神经前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	细胞谱系数据	从原始神经干细胞和成熟神经干细胞中获得的多克隆神经前体细胞
16806	2024-08-05	Single-Cell RNA-Sequencing in Astrocyte Development, Heterogeneity, and Disease 2023-Oct, Cellular and molecular neurobiology IF:3.6Q2 DOI:10.1007/s10571-023-01397-7 PMID:37552355	综述	本文综述了星形胶质细胞的发育、异质性及其在中枢神经系统疾病中的角色	文章强调了单细胞RNA测序在揭示星形胶质细胞发育和异质性方面的关键作用	NA	探讨星形胶质细胞在健康和疾病中的复杂功能与角色	星形胶质细胞及其亚群体和活化状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
16807	2024-08-05	Phase II trial of hypomethylating agent combined with nivolumab for acute myeloid leukaemia relapse after allogeneic haematopoietic cell transplantation-Immune signature correlates with response 2023-Oct, British journal of haematology IF:5.1Q1 DOI:10.1111/bjh.19007 PMID:37539479	研究论文	本研究探讨了在异基因造血干细胞移植后，使用低甲基化剂和nivolumab治疗急性髓性白血病复发的效果	结合低甲基化剂和免疫检查点抑制剂的治疗方案在异基因造血干细胞移植后的应用及其免疫特征的关联分析	关于该组合方案在异基因造血干细胞移植后的使用数据有限，样本量较小	评估低甲基化剂和nivolumab结合治疗急性髓性白血病复发的有效性	急性髓性白血病患者在接受异基因造血干细胞移植后复发	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞技术评估	NA	DNA、RNA和蛋白数据	16名患者接受了nivolumab治疗
16808	2024-08-05	Single-Cell RNA-seq Analysis of a Human Embryonic Stem Cell to Endothelial Cell System Based on Transcription Factor Overexpression 2023-Oct, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-023-10598-y PMID:37537495	研究论文	本研究对一种高效的人类胚胎干细胞-内皮细胞诱导系统进行单细胞RNA测序分析	提出了一种新的FLI1-PKC诱导系统，具有不同于其他诱导方法的诱导路径	该研究主要集中在FLI1-PKC系统，未涵盖其他诱导系统的比较分析	研究人类胚胎干细胞向内皮细胞转化的转录谱和细胞动态	使用FLI1-PKC系统的分化细胞进行单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达谱	在不同时间点进行的多次分化细胞样本分析
16809	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of a poorly metastatic melanoma cell line and its subclones with high lung and brain metastasis potential reveals gene expression signature of metastasis with prognostic implication 2023-Oct, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14900 PMID:37534569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了一个低转移性黑色素瘤细胞系及其具有高肺和脑转移潜能的亚克隆，揭示了与转移相关的基因表达特征及其预后意义	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了黑色素瘤细胞系中与转移潜能相关的基因表达特征，并发现这些特征与患者的预后相关	研究仅限于特定的黑色素瘤细胞系及其亚克隆，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于其他黑色素瘤细胞系或临床样本	阐明黑色素瘤转移过程中基因表达变化的机制，并鉴定出具有转移潜能的亚克隆	一个低转移性黑色素瘤细胞系WM239A及其具有高肺和脑转移潜能的亚克隆	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	8173个黑色素瘤细胞
16810	2024-08-07	Enolase represents a metabolic checkpoint controlling the differential exhaustion programmes of hepatitis virus-specific CD8+ T cells 2023-10, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2022-328734 PMID:37541771	研究论文	本文研究了肝炎病毒特异性CD8+ T细胞的代谢检查点，特别是酶醇，如何控制不同疲劳程序的差异，并探讨了抗病毒治疗对这些细胞代谢状态的影响。	首次识别酶醇作为疲劳T细胞的代谢检查点，并展示了代谢旁路如何改善糖酵解和T细胞效应功能。	研究主要集中在体外和动物模型中，需要进一步的人体临床试验来验证这些发现。	探讨代谢调控如何影响慢性肝炎B和C病毒感染中的T细胞疲劳状态，并评估抗病毒治疗对此的影响。	慢性HBV和HCV感染患者的病毒特异性CD8+ T细胞的代谢状态、疲劳程度和转录组。	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	慢性HBV感染患者31例，HCV感染患者52例
16811	2024-08-07	Function and therapeutic value of astrocytes in diabetic cognitive impairment 2023-10, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2023.105591 PMID:37543309	综述	本文综述了星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的作用及其治疗价值	首次系统总结了糖尿病环境对脑星形胶质细胞的影响及其机制，并强调了反应性星形胶质增生对糖尿病认知障碍的贡献和潜在治疗靶点	NA	探讨星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的病理机制和潜在治疗价值	星形胶质细胞在糖尿病认知障碍中的作用	NA	糖尿病认知障碍	单细胞转录组、原位测序	NA	NA	NA
16812	2024-08-07	Single-cell characterization of tumor evolution from precursor diseases 2023-10, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2023.07.012 PMID:37544795	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和B细胞受体测序（scBCR-seq），研究了从癌前病变到多发性骨髓瘤（MM）的细胞和分子进化特征	利用单细胞测序技术深入研究癌前病变到多发性骨髓瘤的进化过程	NA	阐明癌前病变的特征，以理解肿瘤进展中的恶性转化	癌前病变到多发性骨髓瘤的细胞和分子进化	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	RNA序列	NA
16813	2024-08-07	Integrated analysis of multiple methods reveals characteristics of the immune microenvironment in medulloblastoma 2023-Oct, Brain tumor pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s10014-023-00467-4 PMID:37558814	研究论文	本文通过四种方法（流式细胞术、免疫组化、批量RNA表达和单细胞RNA测序）探索了髓母细胞瘤的免疫微环境特征，并与其他脑肿瘤进行了比较	本文采用了多种方法的综合分析，为高度异质性的肿瘤如髓母细胞瘤提供了更好的研究选择	每种方法都有其自身的优势和局限性	探索髓母细胞瘤的免疫微环境特征	髓母细胞瘤的免疫微环境	NA	髓母细胞瘤	流式细胞术、免疫组化、批量RNA表达、单细胞RNA测序	NA	组织样本	髓母细胞瘤、室管膜瘤、高级别胶质瘤和低级别胶质瘤的手术样本
16814	2024-08-05	Identifying spatial domains of spatially resolved transcriptomics via multi-view graph convolutional networks 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad278 PMID:37544658	研究论文	本文提出了一种名为STMGCN的新型无监督学习框架，通过多视图图卷积网络识别空间域	STMGCN通过结合基因表达和邻接图，利用注意力机制自适应融合特定视图嵌入以增强潜在嵌入的表达能力	实验结果主要基于两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集，可能存在平台间的局限性	研究旨在通过有效整合基因表达数据与空间信息来识别空间域	研究对象为空间转录组数据中的基因表达图	数字病理学	NA	图卷积网络	多视图图卷积网络	数据集	两个模拟数据集和五个真实空间转录组数据集
16815	2024-08-07	Single-cell causal network inferred by cross-mapping entropy 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad281 PMID:37544659	研究论文	本文提出了一种新的因果关系准则——邻域交叉映射熵（NME），用于从稳态数据和时间序列数据中推断基因调控网络（GRNs）	NME能够量化变量间的‘连续因果关系’或功能依赖性，基于其函数连续性与变化的邻域大小，显示出比现有方法更优越的性能	NA	旨在解决由于数据噪声和分子非线性导致的基因间因果关系识别难题	基因调控网络（GRNs）及其在单细胞RNA测序数据中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	邻域交叉映射熵（NME）	基因数据	NA
16816	2024-08-07	Reanalysis of single-cell data reveals macrophage subsets associated with the immunotherapy response and prognosis of patients with endometrial cancer 2023-09-15, Experimental cell research IF:3.3Q2 DOI:10.1016/j.yexcr.2023.113736 PMID:37541419	研究论文	本文通过分析单细胞RNA测序数据和批量RNA测序数据，揭示了与子宫内膜癌患者免疫治疗反应和预后相关的巨噬细胞亚群	首次识别出与子宫内膜癌免疫治疗反应相关的巨噬细胞亚群，并构建了一个预测子宫内膜癌患者预后的基因标志物	NA	研究子宫内膜癌的肿瘤微环境特征及其对免疫治疗反应和预后的影响	子宫内膜癌患者的巨噬细胞亚群及其与免疫治疗反应和预后的关系	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	83名子宫内膜癌患者
16817	2024-08-05	Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease 2023-09-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.167602 PMID:37561593	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析和蛋白质谱分析揭示了IgG4相关疾病中的广泛免疫系统激活	首次综合分析IgG4-RD患者外周免疫细胞的基因表达与蛋白质特征，发现多种细胞类型的激活及其相互作用	样本量较小，仅涉及9例IgG4-RD患者和7例健康对照，结果的普遍适用性仍需进一步验证	探讨IgG4-RD中的免疫系统激活机制及其潜在的治疗靶点	9名治疗未干预的IgG4-RD患者及7名匹配的健康对照	数字病理学	IgG4相关疾病	单细胞RNA测序，表面蛋白质组分析	NA	基因组数据，蛋白质组数据	共分析61,379个PBMCs样本来自9名患者和7名健康对照
16818	2024-08-05	Development of a versatile LCM-Seq method for spatial transcriptomics of fluorescently tagged cholinergic neuron populations 2023-Sep, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2023.105121 PMID:37536628	研究论文	本文提出了一种激光捕获显微切割-测序(LCM-Seq)方法，用于荧光标记的胆碱能神经元群体的空间转录组学研究	提出了一种新的方法，通过空间位置定义的神经元池的批量RNA-Seq克服了现有单细胞转录组学的技术限制	仅涉及中等降解RNA的纳克量，可能限制了部分低丰度转录本的检测能力	开发一种新方法以提高神经元转录组的覆盖度和差异表达分析的准确性	荧光标记的胆碱能神经元群体	数字病理学	NA	RNA-Seq	NA	转录组数据	大约300个聚合神经元
16819	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveals heterogeneity of macrophages in the tumor microenvironment of granulomatous slack skin 2023-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6151 PMID:37550813	研究论文	该文章首次通过空间转录组学研究了Granulomatous slack skin中的巨噬细胞异质性	首次绘制了GSS的转录组图并揭示了其中巨噬细胞的多样性和各自特征	仅研究了一个冷冻GSS样本，样本量有限	研究Granulomatous slack skin中巨噬细胞的特征和其在肿瘤微环境中的作用	Granulomatous slack skin中的巨噬细胞	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	空间转录组学	NA	基因表达数据	1个冷冻样本
16820	2024-08-05	Interleukin-34-NF-κB signaling aggravates myocardial ischemic/reperfusion injury by facilitating macrophage recruitment and polarization 2023-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104744 PMID:37556943	研究论文	本研究探讨了白细胞介素34（IL-34）在心肌缺血/再灌注损伤中的作用，以及其对巨噬细胞募集和极化的影响	本研究首次揭示IL-34通过促进NF-κB通路的激活来加剧心脏重塑和心力衰竭，提供了新的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，临床验证尚需进一步开展	旨在探讨IL-34对缺血/再灌注后心脏重塑和心力衰竭的影响	采用IL-34敲除小鼠模型进行心脏重塑的研究	心脏病学	心肌缺血	RNA-seq，流式细胞术，免疫荧光	NA	基因表达数据，免疫细胞数据	使用了IL-34敲除小鼠及急性冠状动脉综合症患者的血清样本