单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28561 篇文献，本页显示第 1661 - 1680 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1661 | 2025-05-16 |
Single-cell transcriptome analysis profiles cellular and molecular alterations in aortic tissue from patients with Behçet's syndrome
2025-May-15, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keaf252
PMID:40372706
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了白塞氏综合征患者主动脉组织中细胞和分子的变化 | 首次在单细胞水平上分析了白塞氏综合征患者主动脉组织的转录组特征，揭示了细胞亚群分布、功能及细胞间通讯的差异 | 样本量较小（仅6例参与者），且仅来自单一医疗中心 | 分析白塞氏综合征患者主动脉组织中不同细胞亚群的表达谱、表型、功能及细胞间通讯 | 白塞氏综合征患者和动脉粥样硬化患者的主动脉组织 | 数字病理学 | 白塞氏综合征 | 单细胞RNA测序 | Seurat, Harmony, CellChat v1.6.1 | 转录组数据 | 6例参与者（3例白塞氏综合征患者和3例动脉粥样硬化患者） |
| 1662 | 2025-05-16 |
Sequence diversity and encoded enzymatic differences of monocistronic L1 ORF2 mRNA variants in the aged normal and Alzheimer's disease brain
2025-May-14, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.2298-24.2025
PMID:40368603
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research paper | 该研究通过酶功能测定、靶向PacBio HiFi长读长测序和定量空间转录组学，评估了31名阿尔茨海默病（AD）和非疾病（ND）大脑（两性）的皮质样本中的内源性逆转录酶（RT）活性和L1 mRNA多样性 | 研究发现大脑中存在大量单顺反子ORF2 mRNA变体，其序列多样性远超人类参考基因组（hg38），并揭示了这些变体在RT和核酸内切酶（EN）活性上的功能差异 | 研究样本量相对较小（31个大脑），且未涵盖其他神经退行性疾病或更广泛的人群 | 探究正常衰老和阿尔茨海默病大脑中内源性逆转录酶活性的来源及其与L1 mRNA变体的关系 | 31名阿尔茨海默病和非疾病人类大脑的皮质样本 | 分子生物学 | 阿尔茨海默病 | 酶功能测定、PacBio HiFi长读长测序、定量空间转录组学 | NA | RNA序列数据、酶活性数据 | 31个大脑样本（包括AD和ND） |
| 1663 | 2025-05-16 |
Cell-type deconvolution methods for spatial transcriptomics
2025-May-14, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-025-00845-y
PMID:40369312
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review | 本文综述了空间转录组学中细胞类型解卷积方法的多样性，对比了它们的能力，并总结在一个基于网络的交互式表格中以促进更高效的方法选择 | 提供了一个基于网络的交互式表格，便于研究者选择和对比不同的细胞类型解卷积方法 | NA | 探讨空间转录组学中细胞类型解卷积方法的应用和发展 | 空间转录组学数据中的细胞类型解卷积方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 1664 | 2025-05-16 |
Derlin-3 manipulates the endoplasmic reticulum stress and IgG4 secretion of plasma cells in lung adenocarcinoma
2025-May-14, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03435-8
PMID:40369338
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研究论文 | 本研究探讨了Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的作用及其通过内质网应激调控浆细胞IgG4分泌的机制 | 首次揭示了Derlin-3通过Hrd1/p38/PRDM1通路调控浆细胞内质网应激和IgG4分泌的机制，并发现其可作为肺腺癌免疫治疗的新靶点 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体临床试验中验证 | 阐明Derlin-3在肺腺癌肿瘤微环境中的生物学机制及其免疫调控功能 | 肺腺癌组织、B淋巴细胞（特别是浆细胞）、巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 肺腺癌 | scRNA-seq（单细胞RNA测序） | NA | 基因表达数据、组织样本 | NA（未明确说明样本数量） |
| 1665 | 2025-05-16 |
Canonical Wnt Pathway Enhanced Dental Pulp Mesenchymal Stem Cells-Mediated Cementum Regeneration
2025-May-14, Journal of oral rehabilitation
IF:3.1Q1
DOI:10.1111/joor.14001
PMID:40369784
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研究论文 | 本研究探讨了Wnt信号通路在牙骨质、牙髓和牙周韧带中的表达差异，并阐明了Wnt3a在促进牙髓间充质干细胞（DPSCs）牙骨质再生中的作用 | 揭示了DPSCs中非经典Wnt信号通路限制牙骨质再生效率的现象，并发现Wnt3a可通过激活经典Wnt通路提高DPSCs介导的牙骨质再生效果 | 研究未涉及Wnt3a在其他类型干细胞或组织再生中的作用 | 阐明Wnt信号通路在牙骨质再生中的分子机制，提高DPSCs介导的牙骨质再生效率 | 牙髓间充质干细胞（DPSCs） | 组织工程与再生医学 | 牙周疾病 | RNA Smart转录组测序、单细胞RNA测序、Western blotting | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | 未明确说明样本数量 |
| 1666 | 2025-05-16 |
Single cell multiome analysis of the bovine placenta identifies gene regulatory networks in trophoblast differentiation†
2025-May-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioaf036
PMID:39987557
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析牛胎盘，识别了滋养层细胞分化中的基因调控网络 | 首次使用10X Genomics多组学平台（snRNA-seq和snATAC-seq）分析了牛胎盘发育过程中的染色质可及性景观，揭示了滋养层细胞分化的候选调控网络 | 研究仅关注了牛胎盘的两个发育阶段（第40天和第170天），可能无法全面反映整个发育过程的动态变化 | 理解牛胎盘发育和滋养层细胞分化的分子机制，以探究牛妊娠失败的原因 | 牛胎盘中的细胞群体，特别是滋养层细胞 | 基因组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（snRNA-seq）、单细胞ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因组数据 | 两个发育阶段的牛胎盘样本（第40天和第170天） |
| 1667 | 2025-05-16 |
Parvalbumin neurons mediate neurological phenotypes of anti-NMDAR encephalitis
2025-May-13, Brain : a journal of neurology
IF:10.6Q1
DOI:10.1093/brain/awae374
PMID:40071389
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研究论文 | 本研究通过构建抗NMDAR脑炎动物模型，揭示了小白蛋白神经元在抗NMDAR脑炎神经表型中的作用机制 | 首次阐明抗NMDAR IgG通过损害小白蛋白神经元导致认知障碍的机制，并发现光遗传学和药理遗传学激活这些神经元可逆转认知缺陷 | 研究主要聚焦于mPFC区域，虽然发现海马区也有类似变化，但未全面评估其他脑区的影响 | 探究抗NMDAR脑炎患者认知缺陷的神经病理学机制 | 抗NMDAR脑炎患者血清提取的IgG处理的小鼠模型 | 神经科学 | 自身免疫性脑炎 | 免疫组化染色、电生理测试、光遗传学、药理遗传学、单细胞测序 | 动物模型 | 电生理数据、基因表达数据、行为学数据 | 未明确说明样本量，使用患者血清提取的IgG和健康对照IgG |
| 1668 | 2025-05-16 |
KLHL17 as a Prognostic Indicator and Therapeutic Target in Cervical Cancer: A Comprehensive Analysis
2025-May-13, Combinatorial chemistry & high throughput screening
IF:1.6Q3
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research paper | 该研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了KLHL17在宫颈癌中的表达模式及其作为预后指标和治疗靶点的潜力 | 首次全面分析了KLHL17在宫颈癌中的表达模式、临床相关性及其与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和微卫星不稳定性的关联 | 研究主要基于TCGA数据库和细胞系实验，缺乏大规模临床样本验证 | 阐明KLHL17在宫颈癌中的生物学功能和临床意义 | 宫颈癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 宫颈癌 | 生物信息学分析、qRT-PCR、单细胞测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | TCGA数据库中的宫颈癌样本和GSE145372数据集 |
| 1669 | 2025-05-16 |
Conserved spatial subtypes and cellular neighborhoods of cancer-associated fibroblasts revealed by single-cell spatial multi-omics
2025-May-12, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.03.004
PMID:40154487
|
research paper | 该研究通过整合分析来自10种癌症类型的超过1400万个细胞的空间转录组学和蛋白质组学数据，揭示了四种保守的癌症相关成纤维细胞（CAFs）空间亚型 | 发现了四种跨癌症类型和空间组学平台保守的CAF空间亚型，并揭示了它们在空间组织模式、邻近细胞组成、互作网络和转录组特征上的差异 | 研究涉及10种癌症类型，但未涵盖所有癌症类型，且样本量虽大但可能仍存在某些癌症类型的代表性不足 | 探索癌症相关成纤维细胞（CAFs）在肿瘤微环境中的空间异质性及其对肿瘤生物学和免疫生物学的影响 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs） | digital pathology | cancer | spatial transcriptomics, proteomics | NA | spatial omics data | 超过1400万个细胞，来自10种癌症类型 |
| 1670 | 2025-05-16 |
Construction of a novel CD8T cell-related index for predicting clinical outcomes and immune landscape in ovarian cancer by combined single-cell and RNA-sequencing analysis
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02582-4
PMID:40354001
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研究论文 | 通过结合单细胞和RNA测序分析，构建了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），用于预测卵巢癌的临床结果和免疫景观 | 开发了一个新的CD8T细胞相关指数（CCAI），能够准确预测卵巢癌患者的预后并区分具有不同免疫景观特征的患者 | 研究依赖于特定的数据集（如EMTAB8107、TCGA-OV等），可能限制了结果的广泛适用性 | 探索CD8T细胞相关生物标志物在预测卵巢癌预后和免疫治疗效果中的潜在作用 | 卵巢癌患者 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、RNA测序 | 机器学习 | 测序数据 | 多个卵巢癌队列（EMTAB8107、TCGA-OV、GSE26712、GSE26193） |
| 1671 | 2025-05-16 |
Multi-omics identify ribosome related causal genes methylation, splicing, and expression in prostate cancer
2025-May-12, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-02584-2
PMID:40354008
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研究论文 | 该研究通过整合多组学数据，探讨了核糖体相关基因与前列腺癌之间的关联 | 首次使用SMR和共定位分析结合单细胞分析，揭示了核糖体相关基因NSUN4和MPHOSPH6在前列腺癌中的因果作用 | 研究样本主要来自特定数据库(FinnGen等)，可能限制了结果的普适性 | 探究核糖体相关基因在前列腺癌发生发展中的作用机制 | 前列腺癌患者的多组学数据(基因组学、转录组学) | 生物信息学 | 前列腺癌 | SMR分析、共定位分析、单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观遗传数据 | 来自The Prostate Cancer Association Group和FinnGen研究的汇总数据 |
| 1672 | 2025-05-16 |
High-resolution spatial transcriptomics and cell lineage analysis reveal spatiotemporal cell fate determination during craniofacial development
2025-May-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59206-2
PMID:40355462
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研究论文 | 该研究通过高分辨率空间转录组学和细胞谱系分析，揭示了小鼠腭发育过程中颅神经嵴细胞(CNCCs)衍生的间充质细胞谱系多样化的时空动态 | 首次构建了小鼠腭发育过程中CNCCs衍生间充质细胞的高分辨率时空转录组图谱，并发现Sox9+间充质祖细胞群在腭发育起始时就存在异质性 | 研究仅针对小鼠模型，人类腭发育可能存在差异 | 阐明颅面发育过程中细胞命运决定的时空调控机制 | 小鼠胚胎颅神经嵴细胞(CNCCs)及其衍生的间充质细胞 | 发育生物学 | NA | 高分辨率空间转录组学、细胞谱系追踪 | NA | 转录组数据、空间定位数据 | E10.5至E15.5的小鼠胚胎样本 |
| 1673 | 2025-05-16 |
IL-11/IL-11R signal inhibition by 9MW3811 remodels immune tumor microenvironment and enhances anti-tumor efficacy of PD-1 blockade
2025-May-12, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-00913-w
PMID:40355638
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research paper | 该研究介绍了一种名为9MW3811的单克隆抗体，通过抑制IL-11/IL-11R信号通路，重塑肿瘤免疫微环境并增强PD-1阻断疗法的抗肿瘤效果 | 9MW3811作为一种新型单克隆抗体，能够有效中和IL-11，并通过调节肿瘤微环境中的免疫细胞功能，增强PD-1阻断疗法的疗效，特别是在PD-1无应答模型中表现出协同效应 | 研究主要基于小鼠模型，临床效果尚需进一步验证 | 探索IL-11信号通路抑制在抗肿瘤治疗中的作用及其与PD-1阻断疗法的协同效应 | IL-11信号通路、肿瘤微环境、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫治疗 | 癌症 | 单克隆抗体技术、单细胞RNA-seq分析 | 小鼠肿瘤模型 | 基因表达数据 | 多种小鼠肿瘤模型 |
| 1674 | 2025-05-16 |
INHBA+ macrophages and Pro-inflammatory CAFs are associated with distinctive immunosuppressive tumor microenvironment in submucous Fibrosis-Derived oral squamous cell carcinoma
2025-May-12, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14261-2
PMID:40355814
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中独特的免疫抑制肿瘤微环境 | 首次揭示了INHBA+巨噬细胞和促炎性CAFs在口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中的免疫抑制作用及其与ACVR1/ACVR2A/ACVR2B的相互作用 | 研究主要基于转录组学和免疫荧光数据，缺乏体内功能验证实验 | 阐明口腔黏膜下纤维化衍生的口腔鳞状细胞癌中免疫抑制肿瘤微环境的特征 | 口腔鳞状细胞癌(OSCC)和口腔黏膜下纤维化(OSF)衍生的OSCC(ODSCC) | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫荧光染色 | NA | 转录组数据, 空间分布数据 | 来自GEO数据库的scRNA-seq和ST数据 |
| 1675 | 2025-05-16 |
Genomic evolution reshapes cell-type diversification in the amniote brain
2025-May-08, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.04.014
PMID:40367951
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research paper | 该研究通过单细胞分辨率空间转录组学技术，构建了乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴端脑及小脑的全面单细胞图谱，揭示了羊膜动物大脑细胞类型在进化中的保守性和多样性 | 首次在跨物种水平上系统比较了羊膜动物大脑细胞类型的进化特征，发现了鸟类与哺乳类在兴奋性神经元和小脑细胞类型上的显著差异，并鉴定出鸟类特有的浦肯野细胞亚型 | 研究仅涵盖部分代表性物种，可能无法完全反映所有羊膜动物的进化特征 | 探索羊膜动物大脑复杂性和认知功能进化的遗传机制 | 乌龟、斑胸草雀、鸽子、小鼠和猕猴的端脑及小脑细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞分辨率空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据 | 超过130万个细胞 |
| 1676 | 2025-05-16 |
Subtypes of tumor-associated neutrophils and their roles in cancer immunotherapy
2025-May-05, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2025.104763
PMID:40334802
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review | 本文综述了肿瘤相关中性粒细胞（TANs）在癌症免疫治疗中的亚型及其作用 | 总结了单细胞测序揭示的TAN亚型多样性，并探讨了促肿瘤和抗肿瘤亚群的区别与共性 | 缺乏全面的TAN分类系统 | 探讨TAN亚群在癌症免疫治疗中的变化及其作用 | 肿瘤相关中性粒细胞（TANs） | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 1677 | 2025-05-16 |
snPATHO-seq: A Detailed Protocol for Single Nucleus RNA Sequencing From FFPE
2025-May-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.5291
PMID:40364991
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research paper | 介绍了一种名为snPATHO-seq的稳健且适应性强的单核RNA测序方法，用于从FFPE组织中生成高质量的转录组数据 | snPATHO-seq通过优化的核分离和10× Genomics Flex检测，有效减少了组织碎片并保持了RNA完整性，优于现有的FFPE工作流程 | 未明确提及方法的局限性 | 开发一种能够从FFPE组织中生成高质量单核转录组数据的方法，以推动单细胞组学在转化和临床研究中的应用 | FFPE组织样本，包括乳腺癌等疾病组织 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单核RNA测序（snRNA-seq），10× Genomics Flex检测 | NA | 转录组数据 | 多样化的FFPE样本，包括疾病组织 |
| 1678 | 2025-05-16 |
CALB1 and RPL23 Are Essential for Maintaining Oocyte Quality and Function During Aging
2025-May, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.14466
PMID:39748132
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组分析，揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的关键机制，并确定了Calb1和Rpl23两个基因在卵母细胞衰老过程中的重要作用 | 首次在单细胞分辨率下揭示了衰老卵母细胞中钙离子稳态失调的机制，并确定了Calb1和Rpl23两个关键基因的功能 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类卵母细胞中验证 | 探究卵母细胞衰老的分子机制 | 年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞 | 生殖生物学 | 生殖健康问题 | 单细胞转录组测序 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 年轻和老年雌性小鼠的卵母细胞 |
| 1679 | 2025-05-16 |
CTHRC1 expresses in cancer-associated fibroblasts and is associated with resistance to anti-androgen therapy in prostate cancer
2025-May, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01624-z
PMID:40009323
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research paper | 本研究探讨了CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对治疗抵抗的影响 | 首次揭示了CTHRC1在前列腺癌相关成纤维细胞中的表达及其与抗雄激素治疗抵抗的关联 | 研究主要基于公开数据库数据，缺乏实验验证 | 探索CTHRC1在前列腺癌中的表达及其对预后和治疗的影响 | 前列腺癌组织和正常前列腺组织 | digital pathology | prostate cancer | RNA-seq, 单细胞RNA测序, CIBERSORT算法 | NA | RNA测序数据, 免疫组织化学数据 | 1999例前列腺癌病例和531例正常对照，以及来自7个前列腺原发肿瘤的62,995个细胞的单细胞RNA测序数据 |
| 1680 | 2025-05-16 |
Randomized phase 2 trial of pembrolizumab alone or in combination with low dose chemotherapy for patients with non-small cell lung cancer and poor performance status
2025-May, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108513
PMID:40203764
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研究论文 | 比较单药pembrolizumab与pembrolizumab联合低剂量化疗在非小细胞肺癌（NSCLC）且体能状态较差患者中的疗效 | 首次在体能状态较差的NSCLC患者中比较了单药免疫治疗与免疫联合低剂量化疗的疗效，并探索了生物标志物对治疗反应的预测作用 | 样本量较小（43例患者），且生物标志物分析仅基于部分患者的可选血液样本 | 评估免疫治疗单独或联合低剂量化疗对体能状态较差的晚期NSCLC患者的疗效 | 晚期非小细胞肺癌且ECOG体能状态评分为2的患者 | 肿瘤学 | 非小细胞肺癌 | 流式细胞术、单细胞测序 | NA | 临床数据、血液样本 | 43例患者（每组20例可评估疗效） |