单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1661	2025-04-16	Asthma-derived genetic signature predicts lung cancer prognosis: a multi-scale omics investigation 2025-Mar-31, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-1697 PMID:40223964	研究论文	本研究通过多组学数据探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发了一个基于哮喘相关基因的肺癌预后模型	首次使用多组学方法研究哮喘与肺癌的关联，并构建了一个基于哮喘相关基因的预后模型	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到数据质量和样本量的限制	探讨哮喘与肺癌之间的关联，并开发肺癌预后模型	哮喘和肺癌患者	多组学分析	肺癌	全基因组关联研究(GWAS)、批量RNA测序、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	预后模型	基因组数据、转录组数据	1990年至2019年的全球疾病负担数据及公共数据库中的RNA测序数据
1662	2025-04-16	An Efficient Method for Extracting Human Fallopian Tube Epithelia for Single-cell Analyses 2025-Mar-28, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/67753 PMID:40228013	research paper	本文描述了一种高效的方法，用于从新鲜输卵管中提取上皮细胞，用于单细胞分析	提出了一种快速且高效的方法，能够在4-6小时内从输卵管中分离出上皮细胞，且污染较少	未提及该方法在临床样本中的适用性或大规模应用的可行性	开发一种高效的方法用于输卵管上皮细胞的分离，以支持进一步的单细胞分析	人类输卵管上皮细胞	单细胞分析	生殖系统疾病	单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	单细胞悬浮液	未明确提及样本数量
1663	2025-04-16	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-Mar-19, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	research paper	本文介绍了一种名为gsMap的方法，通过整合空间转录组数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞映射到人类复杂性状，包括疾病	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率映射与复杂性状相关的细胞，并揭示了精神分裂症和抑郁症相关谷氨酸能神经元的不同空间分布和基因表达特征	研究仅使用了胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据，可能无法完全代表成年或疾病状态下的细胞分布	开发一种方法，用于空间分辨率映射与人类复杂性状相关的细胞，并理解疾病病理学	人类复杂性状相关的细胞，特别是精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究(GWAS)	gsMap	空间转录组数据, GWAS摘要统计数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组数据集和脑空间转录组数据
1664	2025-04-16	Genomic determinants of antigen expression hierarchy in African trypanosomes 2025-Mar-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08720-w PMID:40074895	研究论文	本文通过建立高灵敏度的单细胞RNA测序方法，揭示了非洲锥虫抗原表达层次性的基因组决定因素	首次在单细胞水平上追踪了锥虫抗原转换过程中的转录组变化和基因组重排	研究仅针对模型原生动物寄生虫布鲁氏锥虫，结果在其他病原体中的普适性有待验证	揭示病原体抗原变异中表达层次性的分子机制	布鲁氏锥虫及其抗原基因	基因组学	寄生虫感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	单个锥虫细胞
1665	2025-02-18	Single-cell transcriptome sequencing in synovial joint: insights of new progenitors and targets in joint development and disease 2025-Mar-10, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1093/stmcls/sxaf008 PMID:39957282	研究论文	本文探讨了单细胞转录组测序在滑膜关节中的应用，揭示了关节发育和疾病中的新祖细胞和靶点	利用单细胞转录组测序技术，揭示了滑膜关节中不同细胞类型的异质性和相互作用，为关节发育和疾病研究提供了新的视角和策略	未提及具体的技术限制或样本量限制	研究滑膜关节的发育过程和疾病机制	滑膜关节，包括膝关节、颞下颌关节和脊柱关节	生物信息学	关节炎	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	NA
1666	2025-04-16	Disulfiram ameliorates bone loss in ovariectomized mice by suppressing osteoclastogenesis 2025-Mar, Journal of bone and mineral metabolism IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s00774-024-01555-x PMID:39373772	研究论文	该研究探讨了双硫仑（DSF）对卵巢切除小鼠骨质疏松的改善作用及其对破骨细胞生成的抑制作用	首次在体内证实DSF通过抑制破骨细胞生成改善骨质疏松，并发现其作用机制与抑制Tnfrsf11a表达相关	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体验证效果	探究DSF对骨质疏松的治疗潜力及其作用机制	卵巢切除诱导骨质疏松的小鼠模型	骨代谢研究	骨质疏松症	microCT分析、骨形态计量分析、scRNA-seq分析、流式细胞术	小鼠骨质疏松模型	影像数据、基因表达数据、细胞计数数据	未明确说明具体样本量（使用卵巢切除小鼠）
1667	2025-04-16	Cell type-dependent directional transcription at enhancers 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf007 PMID:40060372	研究论文	研究增强子在单个细胞类型中的单向转录特征及其与双向转录的差异	发现增强子在单个细胞类型中倾向于单向转录，而非传统的双向转录特征	未明确说明样本的具体数量或实验设计的局限性	探讨增强子转录方向性与细胞类型的关系及其对增强子检测的影响	增强子及其转录方向性	基因组学	NA	FANTOM5、深度帽分析基因表达转录组数据、5'单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
1668	2025-04-16	Crafted experiments to evaluate feature selection methods for single-cell RNA-seq data 2025-03, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf023 PMID:40109353	research paper	提出了一种基于扰动真实数据集信号的新方法，用于评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	开发了一种名为GOF的单变量分布导向特征选择方法，并通过精心设计的实验验证其有效性	缺乏真实基准数据集来评估新方法	评估单细胞RNA测序数据的特征选择方法	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	GOF	RNA-seq数据	NA
1669	2025-04-16	Single-Cell Profiling of Tubular Epithelial Cells in Adaptive State in the Urine Sediment of Patients With Early and Advanced Diabetic Kidney Disease 2025-Mar, Kidney international reports IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.ekir.2024.11.002 PMID:40225386	研究论文	通过单细胞RNA测序技术分析糖尿病肾病患者尿液中处于适应性状态的肾小管上皮细胞，探讨其在疾病进展中的临床意义	首次在糖尿病肾病患者的尿液中鉴定出适应性状态的肾小管上皮细胞，并发现其不同状态的比例具有诊断价值	研究样本量未明确说明，且仅针对糖尿病肾病患者，未涵盖其他肾脏疾病	探究糖尿病肾病患者尿液中适应性状态肾小管上皮细胞的存在及其临床意义	糖尿病肾病患者的尿液样本中的肾小管上皮细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间单细胞RNA测序、批量RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1670	2025-04-16	Unraveling tumoral heterogeneity and angiogenesis-associated mechanisms of PD-1 and LAG-3 dual inhibition in lung cancers by single-cell RNA sequencing 2025-Mar, Chinese medical journal pulmonary and critical care medicine DOI:10.1016/j.pccm.2025.02.004 PMID:40226601	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的肿瘤异质性和血管生成相关机制	首次使用单细胞RNA测序技术分析PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制，并发现其在鳞状细胞癌中的优越疗效	研究仅基于PDX模型，未涉及人体临床试验	阐明PD-1和LAG-3双重抑制在肺癌中的协同抗肿瘤机制	肺癌患者来源的异种移植(PDX)模型	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	PDX模型	RNA测序数据	8127个细胞(包括2699个基底细胞、4109个恶性细胞和1319个上皮细胞)
1671	2025-04-16	Single-cell transcriptomics analysis reveals dynamic changes and prognostic signature in tumor microenvironment of PDAC 2025-02-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86950-8 PMID:39894886	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境的动态变化及预后标志物	定义了新的Treg和耗竭T细胞特征基因TNFRSF4，开发了一个新的预后模型，并鉴定了三种潜在的治疗药物	样本量相对较小（31个样本），且依赖于已发表的数据集	阐明PDAC进展过程中肿瘤微环境的动态变化并开发预后模型	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	预后模型	单细胞转录组数据	31个样本（包括8个PDAC I期、9个PDAC II期、6个PDAC III期和8个PDAC IV期）
1672	2025-04-16	Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data: unveiling RNA methylation and autophagy-related signatures in chronic obstructive pulmonary disease patients 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87437-2 PMID:39893187	研究论文	本研究通过整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了慢性阻塞性肺疾病(COPD)中RNA甲基化和自噬相关的特征	首次整合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，揭示了RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关键作用，并鉴定了FTO和IGF2BP2等关键RNA甲基化调节基因	研究主要依赖于公共数据库的数据，样本量可能有限；动物模型验证部分需要进一步扩展	研究RNA甲基化调节因子在COPD中的作用，并探索RNA甲基化与自噬在COPD发病机制中的关系	COPD患者和非COPD患者的RNA测序数据，以及COPD小鼠模型	生物信息学	慢性阻塞性肺疾病	批量RNA测序，单细胞RNA测序(scRNA-seq)，RT-qPCR，流式细胞术	WGCNA，逻辑回归模型	RNA测序数据	来自GEO数据库的COPD和非COPD患者数据集，以及COPD小鼠模型
1673	2025-04-16	Comprehensive analysis reveals the tumor suppressor role of macrophage signature gene FCER1G in hepatocellular carcinoma 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88071-8 PMID:39893200	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和基因组分析，探索了肝癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	揭示了FCER1G基因在肝癌中的肿瘤抑制作用，并开发了基于LASSO回归的预后预测模型	样本量较小（仅7个HCC样本），且在高风险组中未观察到MSI和TMB评分的显著差异	探索肝癌中巨噬细胞的特征基因及其对患者预后的影响	肝癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序、基因组分析、LASSO回归	LASSO回归模型	单细胞RNA测序数据、基因组数据	7个HCC样本（来自GEO数据库），并在TCGA-LIHC队列中验证
1674	2025-04-16	MSC-EVs and UCB-EVs promote skin wound healing and spatial transcriptome analysis 2025-02-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87592-6 PMID:39893214	研究论文	研究探讨了脐带血间充质干细胞来源的细胞外囊泡（MSC-EVs）和人脐带血浆来源的细胞外囊泡（UCB-EVs）对皮肤伤口愈合和疤痕减少的影响	首次使用空间转录组学（ST）分析MSC-EVs和UCB-EVs对小鼠皮肤组织中主要细胞类型异质性和伤口愈合途径的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体试验中验证	评估MSC-EVs和UCB-EVs对皮肤伤口愈合和疤痕形成的促进作用	小鼠皮肤伤口模型和人真皮成纤维细胞（HDF-a）	再生医学	皮肤创伤	空间转录组学（ST）、超速离心、透射电子显微镜、纳米颗粒追踪分析、Western blot	小鼠皮肤伤口模型	转录组数据、图像数据	未明确说明小鼠数量，使用HDF-a细胞进行体外实验
1675	2025-04-16	Vascular smooth muscle cell-derived SO2 sulphenylated interferon regulatory factor 1 to inhibit VSMC senescence 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1516885 PMID:40223932	研究论文	本研究探讨了内源性二氧化硫（SO2）在血管平滑肌细胞（VSMC）衰老中的作用及其分子机制	首次揭示了SO2通过硫化干扰素调节因子1（IRF1）抑制VSMC衰老的新机制	研究主要基于小鼠模型和细胞系，人类样本验证不足	探索SO2/AAT1通路在VSMC衰老中的作用机制	老年小鼠、VSMC特异性AAT1敲除小鼠、D-半乳糖处理的主动脉环和大鼠VSMC系A7r5	心血管疾病	心血管疾病	Western blot、实时定量PCR、SA-β-gal染色、生物素转换实验、定点诱变	基因敲除小鼠模型	蛋白质表达数据、基因表达数据、酶活性数据	老年小鼠（24月龄）、VSMC-AAT1-KO小鼠、大鼠VSMC系A7r5
1676	2025-04-16	Bioinformatic Analysis of Apoptosis-Related Genes in Preeclampsia Using Public Transcriptomic and Single-Cell RNA Sequencing Datasets 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S507660 PMID:40224388	研究论文	通过公共转录组和单细胞RNA测序数据集分析子痫前期中凋亡相关基因的作用	结合scRNA-seq和五种算法识别子痫前期的生物标志物，并在单细胞水平验证其表达	数据来源于公共数据库，可能受限于原始数据的质量和样本量	探索子痫前期中凋亡相关基因及其细胞机制，作为潜在生物标志物	子痫前期患者的转录组和单细胞RNA测序数据	生物信息学	子痫前期	scRNA-seq, RT-qPCR, 差异表达分析	CytoHubba插件中的五种算法	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	公共数据库中的数据集，临床样本通过RT-qPCR验证
1677	2025-04-16	Causal Associations of Inflammatory Cytokines With Osteosarcopenia: Insights From Mendelian Randomization and Single Cell Analysis 2025, Mediators of inflammation IF:4.4Q2 DOI:10.1155/mi/6005225 PMID:40224485	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，研究炎症细胞因子在骨肌减少症中的因果作用及其潜在机制	首次结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，揭示了特定细胞因子在骨肌减少症中的因果作用和细胞特异性表达模式	需要进一步研究以确认这些发现及其对肌肉骨骼健康的影响	阐明循环细胞因子在骨肌减少症发病机制中的因果作用，并确定潜在的治疗靶点	骨肌减少症患者	生物医学研究	老年性疾病	孟德尔随机化(MR), 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因组关联研究(GWAS)数据, 单细胞RNA测序数据	多个队列的公开GWAS数据, 人类肌肉和骨髓的单细胞RNA测序数据集
1678	2025-04-16	Mendelian Randomization Combined with Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals the Role of the Key Gene PCLAF in the Pathogenesis of Atopic Dermatitis 2025, Clinical, cosmetic and investigational dermatology DOI:10.2147/CCID.S506139 PMID:40225314	研究论文	本研究结合单细胞转录组分析和孟德尔随机化方法，揭示了关键基因PCLAF在特应性皮炎发病机制中的作用	首次整合单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别出PCLAF等基因与特应性皮炎的关联及其在细胞周期调控和免疫逃逸中的作用	研究依赖于现有数据库的样本量，未进行实验验证	探索特应性皮炎的遗传和代谢通路	特应性皮炎患者和健康对照的基因表达数据	生物信息学	特应性皮炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 孟德尔随机化(MR), 基因集富集分析(GSEA)	edgeR, Seurat	RNA测序数据	未明确说明样本数量
1679	2025-04-16	Targeting formyl peptide receptor 2 to suppress neuroinflammation in neuromyelitis optica spectrum disorder 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107303 PMID:40225578	研究论文	本研究探讨了靶向甲酰肽受体2（FPR2）在抑制视神经脊髓炎谱系障碍（NMOSD）神经炎症中的作用	揭示了FPR2/mFpr2在调控小胶质细胞活性中的新作用，提出FPR2拮抗剂可能作为治疗NMOSD的新方法	研究主要基于小鼠模型，人类样本的应用和临床转化仍需进一步验证	探索FPR2在NMOSD神经炎症中的具体作用及其治疗潜力	NMOSD患者和小鼠模型	神经免疫学	视神经脊髓炎谱系障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、MRI、免疫染色	小鼠NMOSD模型	RNA测序数据、流式细胞数据、影像数据	NMOSD患者和健康对照者的外周血样本，以及NMOSD小鼠模型
1680	2025-04-16	FOS-driven inflammatory CAFs promote colorectal cancer liver metastasis via the SFRP1-FGFR2-HIF1 axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.111625 PMID:40225580	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，结合体外和体内实验，揭示了炎症性癌症相关成纤维细胞（CAFs）通过SFRP1-FGFR2-HIF1轴促进结直肠癌肝转移的机制	首次鉴定出一种与不良临床结果相关的炎症性CAF亚型（CFD iCAFs），并揭示了其通过FOS介导的SFRP1过表达促进肿瘤干性和上皮-间质转化（EMT）的分子机制	研究主要基于临床样本和小鼠模型，尚未在更大规模的临床队列中验证SFRP1作为治疗靶点的有效性	探究癌症相关成纤维细胞在结直肠癌肝转移中的作用及其分子机制	结直肠癌患者的原发肿瘤和肝转移组织、SW480和CT26细胞系、BALB/c小鼠	digital pathology	colorectal cancer	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	subcutaneous xenografts, orthotopic tumor metastasis models	RNA-seq data, image	结直肠癌患者样本（非转移性原发肿瘤和转移性原发肿瘤伴肝转移）、6组体外实验、小鼠模型