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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1661 | 2025-12-10 |
Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration
2023-11, Iranian journal of kidney diseases
IF:0.8Q4
DOI:10.52547/ijkd.7858
PMID:38043109
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研究论文 | 本研究通过整合微阵列和单细胞测序数据分析,鉴定出PHACTR4作为糖尿病肾病的新型生物标志物,并揭示了其与肾小球内皮功能障碍和免疫浸润的关联 | 首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病中与肾小球内皮细胞功能障碍相关的关键生物标志物,并利用单细胞测序数据揭示了其在炎症反应中的调控作用 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏动物模型或临床样本的体内验证 | 鉴定与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物 | 糖尿病肾病患者的基因表达数据、人肾小球内皮细胞 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 微阵列测序, 单细胞RNA-seq, RT-PCR | LASSO逻辑回归, WGCNA, ssGSEA | 基因表达数据 | GSE30528和GSE131882数据集(具体样本数未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 1662 | 2025-12-10 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2023-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.26.538465
PMID:37163054
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研究论文 | 本文提出了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 开发了一种低盐度磷酸盐缓冲液,通过添加D-甘露醇来维持高盐度海洋细胞的活力,从而提高了scRNA-seq的数据质量和细胞代表性 | 研究主要针对海鞘血细胞,可能未广泛测试于其他海洋生物或细胞类型,且未详细探讨缓冲液对长期细胞保存或不同测序平台的影响 | 旨在优化单细胞RNA测序技术,以更好地应用于高盐度环境中的海洋生物研究 | 海鞘的血细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 未明确指定样本数量,但涉及海鞘血细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1663 | 2025-12-09 |
Network toxicology and machine learning reveal the impact of acetyl tributyl citrate on erectile dysfunction and identify cathepsin S as a critical regulator
2026-Jan, Reproductive toxicology (Elmsford, N.Y.)
DOI:10.1016/j.reprotox.2025.109101
PMID:41187890
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研究论文 | 本研究结合网络毒理学和机器学习,揭示了乙酰柠檬酸三丁酯(ATBC)对勃起功能障碍(ED)的影响,并确定组织蛋白酶S(CTSS)为关键调控因子 | 首次整合网络毒理学、单细胞测序和多种机器学习算法,系统性地识别ATBC诱导ED的核心靶点CTSS,并通过分子对接和体外实验验证其结合及功能影响 | 研究主要基于计算分析和体外实验,缺乏体内动物模型或临床样本的直接验证,且环境暴露的剂量效应关系需进一步探究 | 探究环境内分泌干扰物ATBC在勃起功能障碍中的具体作用机制和分子靶点 | ATBC暴露下的潜在靶点基因、信号通路及阴茎海绵体组织中的细胞表达谱 | 机器学习 | 勃起功能障碍 | 网络毒理学分析、单细胞测序、分子对接、体外细胞实验 | EPC、MNC、Betweenness、Degree算法及五种机器学习算法 | 基因靶点数据、单细胞表达谱、蛋白质相互作用网络 | 未明确说明具体样本数量,涉及潜在靶点71个和关键基因11个 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 1664 | 2025-12-09 |
SCD1 drives bladder cancer progression and trametinib sensitivity
2026-Jan, Pathology, research and practice
DOI:10.1016/j.prp.2025.156287
PMID:41319558
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和免疫组化验证,探讨了SCD1在膀胱癌中的表达及其与肿瘤进展和Trametinib敏感性的关系 | 揭示了SCD1在膀胱癌细胞中的特异性表达,并首次将其与Trametinib敏感性联系起来,为膀胱癌的早期诊断和个性化治疗提供了新靶点 | 研究主要基于公共数据集和体外验证,缺乏大规模临床队列验证和体内实验数据 | 识别膀胱癌的新治疗策略,特别是通过靶向脂肪酸代谢关键酶SCD1 | 膀胱癌组织和细胞,重点关注SCD1的表达和功能 | 生物信息学 | 膀胱癌 | 生物信息学分析,免疫组化 | NA | RNA-seq数据,单细胞RNA-seq数据,组织图像 | 公共数据集中的膀胱癌样本,具体数量未明确说明 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1665 | 2025-12-09 |
CD33 drives cutaneous melanoma: mendelian randomization confirms causality, multi-omics and in vitro experiments reveal M2 macrophage polarization-mediated progression
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004100
PMID:41346267
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研究论文 | 本研究通过整合孟德尔随机化、多组学分析和体外实验,揭示了CD33通过促进M2巨噬细胞极化驱动皮肤黑色素瘤发展的因果机制 | 首次综合运用孟德尔随机化、多组学转录组分析和体外实验验证,系统证实了CD33与皮肤黑色素瘤之间的因果关系,并阐明了其通过M2巨噬细胞极化介导肿瘤进展的具体机制 | 研究主要基于公共数据库的汇总数据和体外实验,缺乏体内模型或临床样本的直接验证,且对CD33调控M2极化的具体信号通路尚未完全阐明 | 探索皮肤黑色素瘤的新型治疗靶点并阐明其作用机制 | 皮肤黑色素瘤及其肿瘤微环境中的免疫细胞(特别是巨噬细胞/树突状细胞) | 生物信息学与计算生物学 | 皮肤黑色素瘤 | 孟德尔随机化、基于汇总数据的孟德尔随机化、共定位分析、批量转录组测序、单细胞转录组测序、体外细胞实验 | NA | 基因组关联研究汇总数据、蛋白质数量性状位点数据、批量转录组数据、单细胞转录组数据 | FinnGen队列(皮肤黑色素瘤:3194病例/314193对照;原位黑色素瘤:980病例/313899对照;葡萄膜黑色素瘤:293病例/345118对照)、731个免疫细胞特征(N=3757)、TCGA/GTEx/GENT2数据库转录组数据、GEO单细胞数据集 | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1666 | 2025-12-09 |
Tfh2 and a subset of Tfh1 cells associate with antibody-mediated immunity to malaria
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.196828
PMID:41118256
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-Seq和VDJ-Seq技术,揭示了人类外周血Tfh细胞在疟疾感染期间的异质性,并识别出与抗体介导免疫相关的特定Tfh亚群 | 发现基于CCR7表达可将pTfh1细胞进一步分为两个功能不同的亚群,并证明只有Tfh1-CCR7+和Tfh2细胞与保护性抗体产生正相关 | 研究样本量有限,且仅在控制性人类疟疾感染模型中进行,未涵盖自然感染或长期免疫反应 | 探究人类Tfh细胞在疟疾感染期间的异质性及其与抗体介导免疫的关联 | 健康个体在控制性人类疟疾感染前后的外周血Tfh细胞 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA-Seq, VDJ-Seq | NA | 单细胞转录组数据, VDJ序列数据 | 健康个体在感染前后的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1667 | 2025-12-09 |
[Novel progress in exploring drug resistance mechanisms of breast cancer by single-cell sequencing technology]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1668 | 2025-12-09 |
[Fibroblast heterogeneity and functional roles in interstitial lung diseases: insights from histopathology and single-cell transcriptomics analyses]
2025-Dec-08, Zhonghua bing li xue za zhi = Chinese journal of pathology
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1669 | 2025-12-09 |
Glioblastoma-associated fibroblasts enhance vascular stiffness and confer to poor prognosis
2025-Dec-08, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000004114
PMID:41355159
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,在胶质母细胞瘤中鉴定出一种独特的COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群,并揭示了其通过COL6A3-ITGA1信号通路导致血管功能障碍和缺氧,从而促进肿瘤进展的机制 | 首次在胶质母细胞瘤中鉴定出COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞亚群,并阐明其通过介导内皮细胞硬度增加来驱动血管功能障碍和缺氧的新机制 | 未明确说明样本量大小及具体来源,且GAFs来源于髓系细胞的机制仍需进一步验证 | 探究胶质母细胞瘤中癌症相关成纤维细胞的功能及其在肿瘤微环境中的作用机制 | 胶质母细胞瘤组织、COL6A3+胶质瘤相关成纤维细胞、血管内皮细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、空间转录组学分析、CRISPR-Cas9基因敲除 | NA | 基因表达数据、空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1670 | 2025-12-09 |
Targeting Itga8 Mitigates Neurogenic Bladder Fibrosis Driven by Trem2⁺ Macrophage-Derived Fn1 via FAK/RhoA/ROCK Signaling
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510631
PMID:41355531
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了神经源性膀胱纤维化中Itga8⁺成纤维细胞的作用,并发现Trem2⁺巨噬细胞通过分泌Fn1激活Itga8介导的FAK/RhoA/ROCK信号通路,促进纤维化进程 | 首次在神经源性膀胱纤维化中鉴定出Itga8⁺成纤维细胞亚群,并阐明其通过FAK/RhoA/ROCK信号通路协调细胞骨架重塑,同时揭示了Trem2⁺巨噬细胞通过Fn1-Itga8相互作用驱动纤维化的新机制 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证不足;Itga8靶向治疗的具体临床转化路径尚未明确 | 探究神经源性膀胱纤维化的分子机制并寻找潜在治疗靶点 | 神经源性膀胱纤维化模型中的成纤维细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | 神经源性膀胱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1671 | 2025-12-09 |
Metformin Restores Mitochondrial Function and Neurogenesis in POLG Patient-Derived Brain Organoids
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202417721
PMID:41355579
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研究论文 | 本研究利用患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)构建的皮质类器官模型,探究了二甲双胍对POLG相关线粒体功能障碍和神经发生障碍的治疗潜力 | 首次在POLG患者来源的脑类器官模型中,通过单细胞RNA-seq揭示不同神经元亚型的特异性脆弱性,并证明二甲双胍能恢复线粒体功能和神经发生 | 研究基于体外类器官模型,可能无法完全模拟体内复杂环境;治疗剂量和时间窗口需进一步优化 | 评估二甲双胍对POLG相关线粒体功能障碍和神经退行性疾病的治疗潜力 | POLG患者来源的诱导多能干细胞(iPSC)构建的皮质类器官 | NA | POLG相关线粒体疾病 | 单细胞RNA-seq,非靶向代谢组学,功能测定(线粒体膜电位、质量、氧化应激、钙测量) | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据,功能测定数据 | 患者来源的iPSC皮质类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1672 | 2025-12-09 |
Targeting NRP1 in Endothelial Cells Facilitates the Normalization of Scar Vessels and Prevents Fibrotic Scarring
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202510545
PMID:41355602
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序等技术揭示了瘢痕血管的结构和内皮细胞异质性,发现NRP1在瘢痕内皮细胞中高表达并促进EndMT,抑制NRP1可恢复血管正常化并预防瘢痕形成 | 首次构建瘢痕患者内皮细胞图谱,识别出高表达NRP1的内皮细胞亚群具有间充质特征,并开发了靶向NRP1的功能性水凝胶喷雾以促进血管正常化 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床转化效果需进一步验证 | 探究瘢痕血管结构和内皮细胞功能变化,寻找预防瘢痕形成的新治疗策略 | 瘢痕患者组织样本和小鼠模型 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕 | 单细胞测序, 皮肤镜检查, 扫描电子显微镜, 免疫荧光染色 | NA | 图像, 测序数据 | 瘢痕患者组织样本和小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1673 | 2025-12-09 |
Modifying Glucose Metabolism Reverses Memory Defects of Alzheimer's Disease Model at Late Stages
2025-Dec-08, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202506695
PMID:41355756
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研究论文 | 本研究报道了一种新型化合物SL能够逆转晚期阿尔茨海默病模型小鼠的记忆缺陷并减少Aβ斑块 | 首次发现靶向脑微血管、氧化磷酸化和ATP生成的新型衍生物SL可在疾病晚期阶段逆转记忆缺陷,并通过空间转录组学鉴定出Aging-AD-Rescue(AAR)基因表达模式 | 研究仅使用APP/PS1转基因小鼠模型,尚未在人类患者中进行验证;长期疗效和潜在副作用需进一步评估 | 探索通过调节葡萄糖代谢逆转晚期阿尔茨海默病病理进程的治疗策略 | APP/PS1转基因阿尔茨海默病模型小鼠 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学、免疫印迹、免疫荧光 | 动物模型(转基因小鼠) | 基因表达数据、蛋白质数据、影像数据 | 未明确说明具体数量,使用APP/PS1转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1674 | 2025-12-09 |
Targeting the pentose phosphate pathway mitigates graft-versus-host disease by rewiring alloreactive T cell metabolism
2025-Dec-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.192774
PMID:41355795
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研究论文 | 本研究揭示了磷酸戊糖途径在急性移植物抗宿主病中的关键作用,并发现靶向该途径的限速酶6PGD可减轻疾病严重程度同时保留抗肿瘤效应 | 首次系统阐明磷酸戊糖途径在调控同种异体T细胞代谢重编程和aGvHD发病中的核心作用,并验证6PGD抑制剂6AN的治疗潜力 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证;长期抑制PPP对免疫系统的潜在影响尚未明确 | 探索葡萄糖代谢替代途径在减轻急性移植物抗宿主病中的作用机制 | 同种异体造血细胞移植中的供体T细胞 | 单细胞组学 | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型中的同种异体和异种移植T细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1675 | 2025-12-09 |
scSemiPLC: a semi-supervised learning framework for annotating single-cell RNA-Seq data by generating pseudo-labels through clustering
2025-Dec-08, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/msystems.00223-25
PMID:41358754
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研究论文 | 本文提出了一种名为scSemiPLC的单细胞半监督注释训练框架,通过聚类和一致性正则化生成伪标签,以提高单细胞RNA测序数据的注释效率和准确性 | scSemiPLC利用现有标签信息指导未标记数据的聚类,并通过扰动数据预测与伪标签的一致性约束,解决了传统高阈值伪标签范式对未标记数据利用率低的问题,为半监督学习领域的细胞注释提供了新方法 | NA | 开发一种高效且便捷的自动化单细胞RNA测序数据注释方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 半监督学习框架 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1676 | 2025-12-09 |
Endothelial LRRC8A mitigates pressure overload-induced cardiac hypertrophy by promoting coronary angiogenesis
2025-Dec-07, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-10021-9
PMID:41353685
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研究论文 | 本研究探讨了内皮细胞LRRC8A在压力超负荷诱导的心脏肥大中的作用,发现其通过促进冠状动脉血管生成来缓解病理变化 | 首次揭示内皮LRRC8A通过调节VEGF-VEGFR2轴和促进VEGFR2内吞作用来促进冠状动脉血管生成,从而缓解压力超负荷诱导的心脏肥大 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;机制细节如LRRC8A与VEGFR2互作的具体分子途径需进一步探索 | 研究内皮LRRC8A在压力超负荷诱导的病理性心脏肥大中的功能和机制 | 人类和小鼠的肥大心脏及心脏内皮细胞 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及患者和小鼠样本,具体数量未在摘要中明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1677 | 2025-12-09 |
Harnessing plasma transcriptomics for non-invasive cancer biomarker identification: a comprehensive review
2025-Dec-07, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-025-04232-1
PMID:41354890
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综述 | 本文全面综述了利用血浆转录组学进行非侵入性癌症生物标志物识别的技术、分析流程、挑战及未来趋势 | 系统性地评估了多种转录组学技术(如RNA-seq、scRNA-seq、空间转录组学)在血浆样本中的应用潜力,并强调了整合分析(如元分析和AI辅助多组学整合)等新兴趋势对增强生物标志物发现的推动作用 | 血浆转录组学目前存在技术局限性,包括RNA降解、低产量以及缺乏标准化流程,限制了其临床转化 | 旨在为癌症研究人员和临床医生提供血浆转录组学的基础知识和实用见解,推动其在精准肿瘤学和非侵入性癌症诊断中的应用 | 血浆样本中的转录组 | 自然语言处理 | 癌症 | 高通量测序(RNA-seq)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1678 | 2025-12-09 |
A DSSM network for inferring and prioritizing cell-type-specific regulons using single-cell RNA-seq data
2025-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06329-4
PMID:41354912
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研究论文 | 本研究提出了一种名为DSSMReg的深度结构化语义模型,用于从单细胞RNA-seq数据中推断和优先排序细胞类型特异性调控子 | 开发了首个结合单细胞转录组数据和转录因子基序数据,通过深度结构化语义模型将转录因子和靶基因映射到低维语义空间,并利用余弦相似度评估调控强度以推断细胞类型特异性调控子的方法 | 未明确说明模型对数据质量和规模的敏感性,以及在不同组织或疾病类型中的泛化能力 | 开发一种能够准确推断和优先排序细胞类型特异性调控子的计算方法 | 转录因子、靶基因、调控子、单细胞RNA-seq数据 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 深度结构化语义模型(DSSM) | 单细胞转录组数据、转录因子基序数据 | 五个细胞系、三阴性乳腺癌样本、人骨髓造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1679 | 2025-12-09 |
Organoid-derived photoreceptor precursors enriched by CD9⁻CD81mid sorting restore visual function in RCS rats
2025-Dec-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04848-8
PMID:41354961
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研究论文 | 本研究通过分析人视网膜类器官的单细胞RNA测序数据,鉴定出CD9⁻CD81mid表面标记物,用于富集光感受器前体细胞,并将其移植到RCS大鼠视网膜下腔,成功改善了视觉功能 | 开发了一种基于CD9⁻CD81mid表面标记物、无需基因标记的临床可转化策略,用于富集高纯度、低增殖活性的光感受器前体细胞 | 研究仅在RCS大鼠这一临床前模型中进行,尚未在人体中进行验证 | 开发一种安全、可临床转化的细胞疗法,用于治疗视网膜退行性疾病 | 人视网膜类器官来源的光感受器前体细胞和RCS大鼠模型 | 单细胞组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人视网膜类器官和RCS大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1680 | 2025-12-09 |
Fibroblast-driven MMP-9/TIMP-1 imbalance in bronchoalveolar lavage reflects fibrotic progression in interstitial lung disease
2025-Dec-07, European journal of clinical investigation
IF:4.4Q2
DOI:10.1111/eci.70162
PMID:41354972
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研究论文 | 本研究通过分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液,揭示了成纤维细胞驱动的MMP-9/TIMP-1失衡与纤维化进展的关系 | 首次在人类ILD患者中系统评估BAL液中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系,并利用单细胞RNA测序数据确认了成纤维细胞/肌成纤维细胞是TIMP-1的主要细胞来源 | 样本量较小(48例),为单中心研究,需要更大规模的多中心研究进行验证 | 评估ILD患者BAL液中MMP-9/TIMP-1比值,探究其与纤维化严重程度的关系及成纤维细胞/肌成纤维细胞的贡献 | 间质性肺病患者(包括非纤维化ILD、纤维化ILD和特发性肺纤维化) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 酶联免疫吸附试验,明胶酶谱法,免疫荧光,单细胞RNA测序数据分析 | DESeq2模型 | 蛋白质浓度数据,酶活性数据,单细胞RNA测序数据 | 48例连续ILD患者的BAL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |