单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16761	2024-08-07	Crosstalk between Placental Trophoblast and Decidual Immune Cells in Recurrent Miscarriage 2023, International journal of medical sciences IF:3.2Q1 DOI:10.7150/ijms.86533 PMID:37575278	research paper	本研究旨在识别复发性流产中滋养层细胞与蜕膜免疫细胞之间的功能障碍相互作用	通过单细胞RNA测序技术，揭示了复发性流产中母胎界面细胞组织的改变、细胞类型特异性转录组及免疫与非免疫细胞间的通讯	NA	识别复发性流产中滋养层细胞与蜕膜免疫细胞之间的功能障碍相互作用	滋养层细胞与蜕膜免疫细胞	digital pathology	recurrent miscarriage	scRNA-seq	NA	single-cell RNA sequencing data	22976个细胞，包括11种细胞类型
16762	2024-08-07	Heterogeneity in quiescent Müller glia in the uninjured zebrafish retina drive differential responses following photoreceptor ablation 2023, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2023.1087136 PMID:37575968	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）探讨了斑马鱼视网膜中静息状态的Müller胶质细胞在光感受器选择性消融后的基因表达异质性及其对再生反应的影响	首次揭示了斑马鱼视网膜中静息状态的Müller胶质细胞在不同区域的基因表达异质性，并展示了这些细胞在神经消融后的独特激活和再生特征	尚未完全阐明Müller胶质细胞激活及视网膜再生的分子机制	探究斑马鱼视网膜中Müller胶质细胞在神经消融后的激活及再生特征	斑马鱼视网膜中的Müller胶质细胞及光感受器	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及斑马鱼视网膜中不同区域的Müller胶质细胞样本
16763	2024-08-07	Integrative single-cell analysis of cardiac and pulmonary sarcoidosis using publicly available cardiac and bronchoalveolar lavage fluid sequencing datasets 2023, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2023.1227818 PMID:37576111	研究论文	本研究利用公开的心脏和支气管肺泡灌洗液单细胞RNA测序数据集，对心脏和肺部结节病进行了综合单细胞分析	首次综合分析了心脏和肺部结节病的单细胞转录组数据，揭示了两种结节病之间的共享转录趋势	研究依赖于公开数据集，可能无法涵盖所有相关细胞类型和病理情况	探讨心脏和肺部结节病的病理机制及其在转录水平上的差异和共性	心脏结节病（CS）和肺部结节病（PS）的细胞类型及其转录特征	数字病理学	结节病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了两个公开的支气管肺泡灌洗单细胞RNA测序数据集和两个公开的心脏单核RNA测序数据集
16764	2024-08-07	A Novel Prognostic Signature of comprising Nine NK Cell signatures Based on Both Bulk RNA Sequencing and Single-Cell RNA Sequencing for Hepatocellular Carcinoma 2023, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.85873 PMID:37576389	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种基于九个NK细胞标志物的肝细胞癌预后模型	首次基于单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，开发了一种新的肝细胞癌预后标志物模型	NA	旨在通过单细胞RNA测序识别NK细胞标记基因，并开发肝细胞癌的预后标志物	肝细胞癌的NK细胞标记基因及预后标志物	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	LASSO-COX算法	RNA测序数据	单细胞RNA测序数据来自10名患者，批量RNA测序数据来自786名患者
16765	2024-08-07	Nicotinamide N-Methyl Transferase as a Predictive Marker of Tubular Fibrosis in CKD 2023, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S420706 PMID:37576910	研究论文	本研究旨在验证尼克酰胺N-甲基转移酶（NNMT）作为慢性肾脏病（CKD）进展的预测标志物	首次验证NNMT作为CKD进展的预测标志物，并探讨其在肾小管间质纤维化中的作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	验证NNMT作为CKD进展的预测标志物	NNMT表达与CKD相关结果变量的关系	NA	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	37名CKD患者
16766	2024-08-07	Identification of novel gene signature for lung adenocarcinoma by machine learning to predict immunotherapy and prognosis 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1177847 PMID:37583701	研究论文	本研究通过机器学习方法识别出与肺腺癌（LUAD）免疫治疗和预后相关的新基因标志物，并构建了一个风险模型以指导LUAD患者的个性化治疗	本研究首次通过机器学习方法识别出27个与预后相关的免疫细胞标志基因，并构建了一个七基因风险模型，用于指导LUAD患者的免疫治疗和预后评估	NA	构建一个风险模型以有效指导肺腺癌（LUAD）患者的免疫治疗	肺腺癌（LUAD）患者的免疫治疗和预后	机器学习	肺腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、微阵列数据分析	NA	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、微阵列数据	使用了来自TCGA和GEO数据库的LUAD Bulk RNA-seq数据、scRNA-seq数据（GSE203360）和微阵列数据（GSE31210）
16767	2024-08-07	Hepatocellular carcinoma cell differentiation trajectory predicts immunotherapy, potential therapeutic drugs, and prognosis of patients 2023, Open life sciences IF:1.7Q3 DOI:10.1515/biol-2022-0656 PMID:37589009	研究论文	本研究旨在探索肝细胞癌（HCC）细胞的新分类及其临床意义，通过分析综合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HCC分化相关基因（HDRGs）识别出三种分子类别，揭示了免疫检查点基因表达和HCC患者的总体生存率	本研究通过细胞轨迹分析将HCC细胞分为三个不同的分化状态子群，并基于HDRGs识别出三种分子类别，进一步筛选出潜在的治疗药物，为HCC的个性化治疗提供了方向	NA	探索肝细胞癌细胞的新分类及其临床意义	肝细胞癌（HCC）细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	HCC样本
16768	2024-08-07	Integration of single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the glioblastoma heterogeneity 2022, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.126243.2 PMID:36875988	review	本文综述了通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示的胶质母细胞瘤异质性的当前知识	强调了未来研究方向，以填补关于患者性别对疾病结果影响的知识的空白	目前的研究主要集中在揭示胶质母细胞瘤异质性的总体情况，未进一步探讨性别差异的影响	总结当前关于胶质母细胞瘤异质性的知识，并强调未来研究方向	胶质母细胞瘤的遗传、免疫学和性别依赖差异	digital pathology	脑肿瘤	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
16769	2024-08-07	Biwhitening Reveals the Rank of a Count Matrix 2022, SIAM journal on mathematics of data science IF:1.9Q1 DOI:10.1137/21m1456807 PMID:37576699	研究论文	本文提出了一种名为Biwhitening的简单方法，用于估计包含计数随机变量的数据矩阵的秩，特别是在泊松随机矩阵的情况下	该方法通过同时缩放数据矩阵的行和列，使得相应的噪声谱与标准的Marchenko-Pastur定律一致，从而无需任何先验知识即可估计信号矩阵的秩	NA	研究如何在没有先验知识的情况下估计受污染数据矩阵的秩	泊松随机矩阵及其扩展到满足均值和方差之间二次关系的分布族	机器学习	NA	Sinkhorn-Knopp算法	NA	计数矩阵	涉及单细胞RNA测序(scRNA-seq)、高通量染色体构象捕获(Hi-C)和文档主题建模等多个实际数据集
16770	2024-08-05	Analysis of single-cell sequencing results of an elderly patient with myeloid leukemia reveals high expression of multiple oncogenes in monocytes and hematopoietic stem cells 2023-Dec, Hematology (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1080/16078454.2023.2240129 PMID:37535066	研究论文	本研究分析了一名老年急性髓性白血病患者的单细胞基因组测序结果	该研究发现单核细胞和造血干细胞中多种癌基因的高表达，对急性髓性白血病的进展和治疗提供新见解	研究只针对一例老年急性髓性白血病患者，样本量较小，结果可能不具普遍性	分析老年急性髓性白血病患者的基因序列以提供新的治疗思路	一名64岁的急性髓性白血病患者的外周血和骨髓细胞	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	1名患者的外周血和骨髓细胞
16771	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals prominent expression of IL-14, IL-18, and IL-32 in psoriasis 2023-11, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202250354 PMID:37540729	研究论文	本研究利用单细胞转录组分析揭示了牛皮癣中IL-14、IL-18和IL-32的重要表达。	首次在牛皮癣的不同细胞类型中部分确定IL-14、IL-18和IL-32的突出表达。	样本量仅限于八名患者，可能影响结果的普遍性。	深入描述牛皮癣中免疫细胞及其炎症介质的类型。	本研究的对象为牛皮癣患者的皮肤损伤及其相关免疫细胞。	数字病理学	牛皮癣	单细胞技术	NA	人类和小鼠的组织样本	8名牛皮癣患者的皮肤损伤样本
16772	2024-08-05	Transcriptome-wide association study-derived genes as potential visceral adipose tissue-specific targets for type 2 diabetes 2023-11, Diabetologia IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s00125-023-05978-5 PMID:37540242	研究论文	本研究评估了内脏肥胖与2型糖尿病之间的因果关系，并筛选了针对2型糖尿病的内脏脂肪组织特异性靶点	本研究通过转录组广泛关联研究筛选了10个与2型糖尿病相关的内脏脂肪特异性候选基因	本研究的限制在于尚需通过进一步的功能研究验证这些候选基因	研究内脏脂肪组织与2型糖尿病之间的因果关系	分析2型糖尿病患者及其对照组的数据	数字病理学	2型糖尿病	Mendelian随机化，转录组广泛关联研究（TWAS）	无	基因组数据	74,124例病例和824,006例对照
16773	2024-08-05	Exploring the human microbiome - A step forward for precision medicine in breast cancer 2023-11, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.1877 PMID:37539732	综述	这篇综述文章探讨了微生物失调对乳腺癌发生的影响及其与乳腺癌特定分子亚型的相互作用	文章创新地讨论了微生物组作为癌症生物标志物的潜力，并整合了最新的微生物组研究技术和人工智能的进展	文章可能没有提供具体的实验数据和临床案例来支持其假设	旨在描述微生物失调如何影响乳腺癌的发生以及其与肿瘤微生物群的关系	主要研究肠道微生物群与乳腺癌发生之间的关系	数字病理学	乳腺癌	下一代测序(NGS)、基因组测序、单细胞测序、微生物代谢组学	NA	NA	NA
16774	2024-08-05	A novel coiled-coil domain containing-related gene signature for predicting prognosis and treatment effect of breast cancer 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05222-y PMID:37558766	研究论文	本研究开发了一种基因特征用于预测乳腺癌的预后和治疗效果。	本研究首次利用旋 coils 结构域相关基因建立乳腺癌预后风险模型，并与免疫通路相关性进行了分析。	该研究可能受限于使用的数据来源，且未讨论模型在不同种族或人群中的适用性。	研究旨在通过构建基因特征模型来预测乳腺癌患者的预后和治疗反应。	研究对象为乳腺癌患者的基因表达和临床数据。	数字病理学	乳腺癌	基因表达分析、单细胞测序	Cox回归模型	基因表达数据、临床数据	样本量未提供，包含来自TCGA、METABRIC和GEO数据库的数据
16775	2024-08-07	Integration of scRNA-seq and bulk RNA-seq constructs a stemness-related signature for predicting prognosis and immunotherapy responses in hepatocellular carcinoma 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05202-2 PMID:37535162	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，构建了一个与干细胞特性相关的标志物，用于预测肝细胞癌（HCC）的预后和免疫治疗反应	本研究创新性地构建了一个新的干细胞特性相关预后模型，该模型包含十个基因，能够独立预测肝细胞癌的总体生存率，并有助于预测化疗药物敏感性和免疫治疗反应	NA	研究目的是开发一个新的干细胞特性相关标志物，用于改善肝细胞癌的预后预测和免疫治疗反应评估	研究对象是肝细胞癌患者及其干细胞特性相关基因标志物	数字病理学	肝细胞癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LASSO, Cox回归	基因表达数据	NA
16776	2024-08-07	A comprehensive analysis of the potential role of necroptosis in hepatocellular carcinoma using single-cell RNA Seq and bulk RNA Seq 2023-Nov, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-05208-w PMID:37535163	研究论文	本研究通过单细胞和批量RNA测序分析了坏死在肝细胞癌中的潜在作用，并构建了一个基于坏死相关基因的预后预测模型	本研究首次揭示了肝细胞癌中两种不同的坏死亚型，并开发了一个具有出色预测准确性的预后模型	NA	研究坏死在肝细胞癌发展和进展中的作用	肝细胞癌患者及坏死相关基因	数字病理学	肝癌	RNA测序	CIBERSORT算法	基因表达数据	使用来自TCGA数据库的数据
16777	2024-08-07	Myofibroblasts: A New Factor Affecting the Hyperlipidemia-Induced Elastic Abnormality of Corpus Cavernosum in Rabbits Detected by 2-D Shear Wave Elastography 2023-11, Ultrasound in medicine & biology DOI:10.1016/j.ultrasmedbio.2023.07.010 PMID:37544829	研究论文	本研究使用二维剪切波弹性成像（2-D SWE）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）探讨了高脂血症诱导的兔阴茎海绵体弹性异常及其细胞学因素。	发现了高脂血症组中一种新的成纤维细胞亚型——肌成纤维细胞，并通过免疫荧光染色和基因本体分析验证了其存在。	NA	研究高脂血症对兔阴茎海绵体弹性的影响及其细胞学机制。	兔阴茎海绵体的弹性异常及其细胞学因素。	数字病理学	高脂血症	二维剪切波弹性成像（2-D SWE），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像	新西兰白兔被随机分为高脂血症组和对照组
16778	2024-08-07	Single cell RNA-seq in phytohormone signaling: a promising future 2023-Nov, Trends in plant science IF:17.3Q1 DOI:10.1016/j.tplants.2023.07.010 PMID:37550122	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在植物激素信号传导中的应用	利用scRNA-seq技术揭示了激素介导的时空基因调控网络	NA	研究植物激素信号传导机制	植物细胞中的激素信号网络	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	时间序列的单细胞样本
16779	2024-08-07	Uncovering the prominent role of satellite cells in paravertebral muscle development and aging by single-nucleus RNA sequencing 2023-Nov, Genes & diseases IF:6.9Q1 DOI:10.1016/j.gendis.2023.01.005 PMID:37554180	研究论文	本研究通过单核RNA测序构建了小鼠棘旁肌在胚胎至老年阶段的单核转录组图谱，揭示了卫星细胞在肌肉发育和衰老中的作用	首次构建了涵盖胚胎至老年阶段的小鼠棘旁肌单核转录组图谱，并发现了与肌肉能量代谢相关的基因集在卫星细胞中的富集	NA	揭示卫星细胞在棘旁肌发育和衰老中的作用	小鼠棘旁肌的卫星细胞、快肌细胞和慢肌细胞	数字病理学	骨骼肌疾病	单核RNA测序	NA	转录组	630,040个骨骼肌细胞
16780	2024-08-07	Single-Cell RNA Analysis Reveals Cell-Intrinsic Functions of CAR T Cells Correlating with Response in a Phase II Study of Lymphoma Patients 2023-Oct-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0178 PMID:37540566	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了CAR-T细胞的细胞内在功能与淋巴瘤患者临床反应之间的关系	首次通过单细胞RNA测序技术，分析了CAR-T细胞的细胞内在功能与临床反应之间的关联	研究样本量较小，仅包括23名B细胞淋巴瘤患者和1名白血病患者	探讨CAR-T细胞的细胞内在功能与淋巴瘤患者临床反应之间的关系	B细胞淋巴瘤和白血病患者	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	23名B细胞淋巴瘤患者和1名白血病患者