单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16761 - 16780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16761 | 2024-08-07 |
Interactive analysis of single-cell data using flexible workflows with SCTK2
2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2023.100814
PMID:37602214
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research paper | 本文介绍了Single-Cell Toolkit 2 (SCTK2)，一个集成多种流行工具和流程的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据分析平台 | SCTK2通过整合多种工具和流程，提供了一个直观的图形用户界面，使得非计算用户也能无缝进行scRNA-seq数据分析 | NA | 开发一个集成化的工具包，以简化单细胞RNA测序数据的分析过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16762 | 2024-08-05 |
A standard for sharing spatial transcriptomics data
2023-Aug-09, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100374
PMID:37601972
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研究论文 | 该文章提供了一种共享空间转录组数据的标准模型 | 提出了一套必要的主要数据和元数据，以重现分析和促进计算方法的发展 | NA | 建立一种共享空间转录组数据的标准 | 空间转录组数据及其相关分析 | 数字病理学 | NA | 空间转录组技术 | NA | 数据和元数据 | NA |
| 16763 | 2024-08-05 |
A collaboration between immune cells and the choroid plexus epithelium in brain inflammation
2023-Aug-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.07.552298
PMID:37609192
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研究论文 | 该研究揭示了脉络丛在脑炎症中的免疫调节作用 | 提出了脉络丛作为复杂免疫器官的概念，并识别了在炎症过程中特殊化的上皮细胞 | 在小鼠模型中进行的研究可能不完全能够代表人类的情况 | 研究脉络丛在脑炎症中的作用及其与免疫细胞的相互作用 | 小鼠模型中的免疫细胞与脉络丛上皮细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 慢性双光子成像和单细胞转录组学 | NA | NA | 使用小鼠模型进行实验，样本规模为小鼠 |
| 16764 | 2024-08-07 |
An Atlas of the Developing Drosophila Visual System Glia and Subcellular mRNA Localization of Transcripts in Single Cells
2023-Aug-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.06.552169
PMID:37609218
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研究论文 | 本研究通过单细胞mRNA测序技术，全面注释了果蝇视觉系统发育过程中的胶质细胞，并研究了其发育轨迹和功能 | 首次通过单细胞mRNA测序技术详细描述了果蝇视觉系统胶质细胞的发育过程，并发现细胞体和断裂过程的转录组存在差异 | NA | 理解胶质细胞在神经系统发育和功能中的作用 | 果蝇视觉系统的胶质细胞及其发育过程 | NA | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA序列 | 多个发育阶段的果蝇视觉系统胶质细胞 |
| 16765 | 2024-08-05 |
Regulatory roles of Osteopontin in lung epithelial inflammation and epithelial-telocyte interaction
2023-08, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1381
PMID:37605313
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研究论文 | 研究表明骨桥蛋白在肺上皮炎症和上皮细胞与间质细胞之间的相互作用中发挥调节作用 | 首次探讨了骨桥蛋白在急性和慢性肺损伤中对肺上皮炎症的调节机制 | 未能明确骨桥蛋白在不同肺炎症情况下的具体机制 | 探讨骨桥蛋白在肺上皮来源的肺炎症及上皮细胞与间质细胞相互作用中的调节作用 | 肺上皮细胞和间质细胞的相互作用以及骨桥蛋白的调节作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | 基因敲除小鼠模型 | 生物信息学数据，转录组数据 | 包括吸烟者、慢性阻塞性肺病（COPD）患者及健康非吸烟者的样本 |
| 16766 | 2024-08-07 |
C1q+ tumor-associated macrophages contribute to immunosuppression through fatty acid metabolic reprogramming in malignant pleural effusion
2023-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007441
PMID:37604643
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研究论文 | 本文研究了C1q+肿瘤相关巨噬细胞通过脂肪酸代谢重编程促进恶性胸腔积液免疫抑制的机制 | 首次揭示了C1q+肿瘤相关巨噬细胞通过增强脂肪酸结合蛋白5介导的脂肪酸代谢，激活转录因子PPAR-gamma，从而增加抑制分子表达的机制 | NA | 探讨C1q+肿瘤相关巨噬细胞在恶性胸腔积液中的免疫抑制作用及其机制 | C1q+肿瘤相关巨噬细胞及其在恶性胸腔积液中的作用 | NA | 恶性胸腔积液 | 单细胞RNA测序分析 | NA | RNA | 人类和小鼠的恶性胸腔积液样本 |
| 16767 | 2024-08-07 |
Treponema pallidum promoted microglia apoptosis and prevented itself from clearing by human microglia via blocking autophagic flux
2023-08, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011594
PMID:37611054
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研究论文 | 本研究探讨了梅毒螺旋体（Tp）与小胶质细胞的相互作用及其潜在机制 | 发现Tp通过抑制TFEB介导的溶酶体生物合成阻断自噬流，从而促进小胶质细胞凋亡并防止自身被清除 | NA | 研究Tp与小胶质细胞的相互作用及其潜在机制 | 梅毒螺旋体（Tp）和小胶质细胞 | NA | 神经梅毒 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用Tg (mpeg1: EGFP)转基因斑马鱼胚胎和人类HMC3小胶质细胞 |
| 16768 | 2024-08-05 |
Improving cellular phylogenies through the integrated use of mutation order and optimality principles
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.07.018
PMID:37602230
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研究论文 | 本研究开发了一种计算方法，通过整合标准的系统发生最优性原则和序列变异共同出现的模式，改进细胞谱系推断 | 提出了一种新的计算方法，有效整合了标准系统发生学的最优性原则与序列变异的共同出现模式 | 单细胞序列数据中存在许多错误和缺失，可能影响结果的可靠性 | 改进单细胞序列数据的细胞谱系推断 | 单细胞序列数据集及CRISPR/Cas9基因组编辑数据集 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | 系统发生学方法 | 序列数据 | 多个经验数据集 |
| 16769 | 2024-08-05 |
LIDER: cell embedding based deep neural network classifier for supervised cell type identification
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15862
PMID:37601262
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为LIDER的新型深度学习方法，用于自动识别细胞类型 | LIDER结合了细胞嵌入和深度神经网络分类器，提高了细胞类型识别的自动化水平 | 本研究可能在某些特定情况下的适用性和范围有限 | 本研究旨在提高单细胞RNA-seq数据的自动细胞类型识别准确性 | 研究对象为单细胞RNA-seq数据中的细胞类型 | 计算机视觉 | NA | 深度学习 | 堆叠去噪自编码器 | 单细胞RNA-seq数据 | 八种类型的单细胞数据 |
| 16770 | 2024-08-05 |
MMP12 serves as an immune cell-related marker of disease status and prognosis in lung squamous cell carcinoma
2023, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.15598
PMID:37601247
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研究论文 | 本研究揭示了基质金属蛋白酶12在肺鳞状细胞癌中的表达、临床意义和潜在分子机制 | 发现MMP12在肺鳞状细胞癌中表达上调，并与较差的临床预后和较高的免疫细胞浸润水平相关 | 未提及具体的局限性 | 研究MMP12在肺鳞状细胞癌中的角色及其相关的临床意义 | 主要研究肺鳞状细胞癌中的MMP12的表达和免疫相关功能 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化(IHC)，基因富集分析，单细胞测序 | NA | mRNA样本和组织样本 | 2,738个mRNA样本和125个组织样本 |
| 16771 | 2024-08-05 |
Analyzation of the Peripheral Blood Mononuclear Cells Atlas and Cell Communication of Rheumatoid Arthritis Patients Based on Single-Cell RNA-Seq
2023, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2023/6300633
PMID:37600067
|
研究论文 | 本研究描述了类风湿关节炎（RA）患者外周血免疫系统及细胞通讯的全景。 | 创新点在于识别出类风湿关节炎患者中双阴性T细胞（DNT）及经典单核细胞的关键角色，并发现多个特定基因的表达改变。 | 研究样本数量较少，仅使用了四个RA样本和四个健康对照样本，可能影响结果的普遍性。 | 研究类风湿关节炎外周血免疫机制与细胞通讯的变化。 | 研究对象为类风湿关节炎患者的外周血单核细胞和健康对照者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 8个样本（4个RA样本和4个健康对照样本） |
| 16772 | 2024-08-05 |
Immune cell type signature discovery and random forest classification for analysis of single cell gene expression datasets
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1194745
PMID:37609075
|
研究论文 | 本文建立了一种新颖的工作流程，用于发现免疫细胞类型特征。 | 创新点在于利用多种集成的数据集发现免疫细胞特征，而不仅仅依赖单一基因表达数据集。 | 本文未提及特定的局限性 | 研究的目的是提高单细胞基因表达数据集的分析质量。 | 研究对象为七个来自六种不同癌症类型的单细胞基因表达数据集。 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 七个单细胞基因表达数据集 |
| 16773 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq and bulk-seq identify RAB17 as a potential regulator of angiogenesis by human dermal microvascular endothelial cells in diabetic foot ulcers
2023, Burns & trauma
IF:6.3Q1
DOI:10.1093/burnst/tkad020
PMID:37605780
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研究论文 | 本研究分析了糖尿病足溃疡患者和健康对照的皮肤微血管内皮细胞HDMECs，并识别了RAB17作为潜在的血管生成调节因子 | 首次明确了RAB17在糖尿病足溃疡中作为血管生成的潜在调节因子，并揭示了其表达下调与血管生成能力受损的关系 | 仅通过磁性细胞分选技术获取细胞样本，可能存在选择偏差，且部分结果需进一步通过临床实验验证 | 全面分析糖尿病足溃疡患者的HDMECs，以确认潜在的血管生成调节因子 | 糖尿病足溃疡患者和健康对照的皮肤微血管内皮细胞HDMECs | 数字病理学 | 糖尿病足溃疡 | 单细胞RNA测序和传统RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 从糖尿病足溃疡患者和健康对照中获取的皮肤样本 |
| 16774 | 2024-08-05 |
Identification of cuproptosis and immune-related gene prognostic signature in lung adenocarcinoma
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1179742
PMID:37622116
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研究论文 | 本研究旨在基于cuproptosis和免疫相关基因创建肺腺癌患者的生存预测模型 | 首次结合cuproptosis和免疫相关基因进行肺腺癌预后模型的建立 | 未提及具体的临床验证和临床应用效果 | 用于提高肺腺癌患者的个性化治疗效果 | 肺腺癌患者的RNA序列数据和相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序 | 比例风险回归模型 | RNA数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多个肺腺癌患者的数据 |
| 16775 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the transcriptomic characteristics of peripheral blood mononuclear cells in hepatitis B vaccine non-responders
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1091237
PMID:37593735
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了乙型肝炎疫苗无应答者外周血单个核细胞的转录组特征 | 首次揭示了乙型肝炎疫苗无应答者中抗原呈递细胞的活性、MAPK通路活性及效应T细胞活性显著降低，以及NKT细胞的细胞毒性显著增加 | 样本量较小，仅包括三名高应答者和三名无应答者 | 探究乙型肝炎疫苗无应答者的分子机制 | 外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名志愿者（3名高应答者和3名无应答者） |
| 16776 | 2024-08-07 |
Integrating Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity, Tumor Microenvironment, and Immunotherapeutic Efficacy Based on Sialylation-Related Genes in Bladder Cancer
2023, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S418433
PMID:37600224
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研究论文 | 本研究通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了膀胱癌中与唾液酸化相关基因的异质性、肿瘤微环境及免疫治疗效果 | 建立了基于唾液酸化相关基因的膀胱癌风险分层，并展示了其在预测患者预后、临床病理特征、免疫微环境和免疫治疗效果方面的良好准确性 | NA | 旨在基于唾液酸化相关基因建立膀胱癌风险分层，并阐明其在膀胱癌预后、肿瘤微环境和免疫治疗中的作用 | 膀胱癌样本及其唾液酸化相关基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 批量RNA测序样本分为3种肿瘤亚型，基于19个与预后相关的唾液酸化基因；单细胞RNA测序数据中识别出5种核心细胞类型 |
| 16777 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies a novel proliferation cell type affecting clinical outcome of pancreatic ductal adenocarcinoma
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1236435
PMID:37601684
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，识别出一种新的增殖细胞类型Prol，该细胞类型在胰腺导管腺癌中富集，并与患者的生存率降低相关 | 首次发现并描述了一种新的增殖细胞类型Prol，并证实其在胰腺导管腺癌中的作用及其与免疫抑制微环境的关联 | NA | 旨在识别影响胰腺导管腺癌患者临床结果的细胞类型 | 胰腺导管腺癌中的细胞类型及其对患者生存率的影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST） | 机器学习集成算法 | RNA测序数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）队列的批量RNA测序数据 |
| 16778 | 2024-08-07 |
GADD45B regulates the carcinogenesis process of chronic atrophic gastritis and the metabolic pathways of gastric cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1224832
PMID:37608794
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研究论文 | 本研究探讨了GADD45B在慢性萎缩性胃炎（CAG）致癌过程中的作用及其在胃癌代谢途径中的影响。 | 首次揭示了GADD45B在CAG致癌过程中的关键作用，并探讨了其在胃癌发展和代谢途径中的影响。 | 研究主要基于转录组数据分析，未来研究可结合更多实验验证。 | 探究GADD45B在慢性萎缩性胃炎致癌过程中的作用及其在胃癌代谢途径中的影响。 | 慢性萎缩性胃炎和胃癌的致癌机制及代谢途径。 | 数字病理学 | 胃癌 | hdWGCNA, LASSO, SVM-RFE, RF | NA | 转录组数据 | 涉及CAG、非萎缩性胃炎（NAG）和胃癌的组织样本 |
| 16779 | 2024-08-05 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq to unravel the molecular mechanisms underlying the immune microenvironment in the development of intestinal-type gastric cancer
2024-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2023.166849
PMID:37591405
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序，探讨肠型胃癌发展过程中免疫微环境的分子机制 | 发现了IGC（肠型胃癌）的新型生物标志物，并阐明了免疫细胞之间的相互作用和肿瘤生长的机制 | 本研究依赖于已有数据库的数据，可能存在样本选择偏差 | 研究肠型胃癌发展的分子机制，特别是免疫微环境的作用 | 使用了来自GEO和TCGA数据库的肠型胃癌相关样本 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序，整体RNA测序 | Cox比例风险回归模型 | 转录组数据 | 使用了GEO和TCGA数据库中的IGC样本 |
| 16780 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals abnormal transcriptome signature of erythroid progenitors in pure red cell aplasia
2024-Jan, Genes & diseases
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.gendis.2023.03.002
PMID:37588205
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |