单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16721	2024-08-07	Decoding the metastatic potential and optimal postoperative adjuvant therapy of melanoma based on metastasis score 2023-Oct-25, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-023-01678-6 PMID:37880239	研究论文	本研究通过综合分析大量和单细胞RNA测序数据，构建了一个用于预测黑色素瘤转移潜力的转移评分（MET评分），并通过多种机器学习算法验证其可靠性和稳健性。	本研究首次构建了一个基于机器学习算法的转移评分（MET评分），用于准确预测非转移性黑色素瘤的转移潜力和确定有效的术后辅助治疗。	NA	研究旨在准确预测非转移性黑色素瘤的转移潜力，并确定有效的术后辅助治疗以抑制转移。	研究对象为非转移性黑色素瘤（NMM）及其转移潜力。	数字病理学	黑色素瘤	RNA测序	机器学习算法	RNA测序数据	NA
16722	2024-08-07	Construction and validation of a novel prognostic model of neutrophil‑related genes signature of lung adenocarcinoma 2023-10-25, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-45289-8 PMID:37880277	研究论文	本研究旨在探索肺腺癌中的中性粒细胞相关基因（NRGs），并开发一种预测肺腺癌预后的预测模型	本研究通过结合加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞RNA测序数据，构建了一个新的中性粒细胞相关基因的预后模型	NA	探索肺腺癌中的中性粒细胞相关基因，并开发预后预测模型	肺腺癌中的中性粒细胞相关基因	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	Cox回归模型	RNA序列数据	NA
16723	2024-08-07	Unveiling adcyap1 as a protective factor linking pain and nerve regeneration through single-cell RNA sequencing of rat dorsal root ganglion neurons 2023-10-25, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-023-01742-8 PMID:37880634	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了Adcyap1在大鼠背根神经节神经元中作为疼痛和神经再生的保护因子的作用	首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了Adcyap1在疼痛和神经再生之间的内在联系，并验证了其在疼痛缓解和神经再生中的作用	研究主要基于大鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索外周神经损伤后疼痛和神经再生之间的内在联系，并寻找潜在的分子治疗靶点	大鼠背根神经节神经元	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个时间点的SNC和正常大鼠的背根神经节
16724	2024-08-07	Decoding meningioma heterogeneity and neoplastic cell-macrophage interaction through single-cell transcriptome profiling across pathological grades 2023-10-25, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04445-4 PMID:37880655	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了不同病理类型脑膜瘤的异质性和肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用	首次揭示了脑膜瘤中肿瘤细胞的高异质性和不同生物学功能，以及肿瘤细胞与巨噬细胞之间的关键相互作用	研究样本量较小，且仅限于特定类型的脑膜瘤	探究脑膜瘤的异质性和肿瘤细胞与巨噬细胞的相互作用	不同病理类型的脑膜瘤样本	数字病理学	脑膜瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	五种不同病理类型的脑膜瘤样本
16725	2024-08-07	A risk score model based on lipid metabolism-related genes could predict response to immunotherapy and prognosis of lung adenocarcinoma: a multi-dataset study and cytological validation 2023-Oct-24, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-023-00802-3 PMID:37874388	研究论文	本研究基于脂质代谢相关基因构建了一个风险评分模型，用于预测肺腺癌对免疫治疗的反应和预后	首次探讨了脂质代谢与肺腺癌预后及治疗反应之间的关系，并构建了一个基于脂质代谢相关基因的风险评分模型	需要进一步的临床试验来验证该模型的预测准确性和实用性	研究脂质代谢在肺腺癌中的作用，并开发一个能够预测患者对免疫治疗反应和预后的风险评分模型	肺腺癌患者的脂质代谢相关基因及其对免疫治疗反应和预后的影响	数字病理学	肺腺癌	RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	RNA测序数据	包括七个批量RNA测序数据集和一个单细胞RNA测序数据集，以及多个用于测试免疫治疗反应的数据集
16726	2024-08-07	ZDHHC9: a promising therapeutic target for triple-negative breast cancer through immune modulation and immune checkpoint blockade resistance 2023-Oct-24, Discover. Oncology DOI:10.1007/s12672-023-00790-4 PMID:37875591	研究论文	本研究通过分析不同表达基因（DEGs）的表达谱，旨在识别三阴性乳腺癌（TNBC）的潜在治疗靶点	发现ZDHHC9通过免疫调节和免疫检查点阻断抵抗，是三阴性乳腺癌的一个有前景的治疗靶点	NA	识别三阴性乳腺癌的潜在治疗靶点	三阴性乳腺癌（TNBC）	NA	乳腺癌	Limma包，免疫组织化学（IHC）分析，蛋白质印迹（western blotting），流式细胞术，组织免疫荧光分析，加权基因共表达网络分析（WGCNA），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据，组织样本	使用了TCGA和GEO数据集，具体样本数量未详细说明
16727	2024-08-07	Single-cell analysis reveals exosome-associated biomarkers for prognostic prediction and immunotherapy in lung adenocarcinoma 2023-10-24, Aging DOI:10.18632/aging.205140 PMID:37878007	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肺腺癌肿瘤微环境中的外泌体相关基因，并开发了外泌体相关签名用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗效果	首次综合利用单细胞和批量RNA测序分析，开发了外泌体相关签名，为肺腺癌的临床诊断和治疗管理提供了重要见解	NA	探索外泌体相关基因在肺腺癌中的作用，并开发用于预后预测和免疫治疗的生物标志物	肺腺癌肿瘤微环境中的外泌体相关基因	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	多个批量RNA测序数据集
16728	2024-08-05	The Communication from Immune Cells to the Fibroblasts in Keloids: Implications for Immunotherapy 2023-Oct-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015475 PMID:37895153	综述	本文更新了关于瘢痕疙瘩微环境的知识，重点关注免疫细胞与成纤维细胞之间的沟通。	探讨了瘢痕疙瘩作为一种炎症性皮肤疾病的潜力，为靶向免疫介导的新药开发提供了新的思路。	未提及具体的实验数据或临床试验结果以支持观点。	旨在加深对瘢痕疙瘩发病机制的理解，以促进有效治疗方法的发展。	重点研究免疫细胞与瘢痕疙瘩成纤维细胞之间的交流及其对治疗的影响。	数字病理学	瘢痕疙瘩	单细胞测序	NA	文献综述	NA
16729	2024-08-07	TSPLASSO: A Two-stage Prior LASSO Algorithm for Gene Selection using Omics Data 2023-Oct-23, IEEE journal of biomedical and health informatics IF:6.7Q1 DOI:10.1109/JBHI.2023.3326485 PMID:37871092	研究论文	本文提出了一种名为TSPLASSO的两阶段先验LASSO算法，用于利用组学数据进行基因选择	TSPLASSO算法首次尝试在特征选择中使用先验信息，通过两阶段过程进行基因选择和样本分类	NA	开发一种新的算法，用于提高从组学数据中选择癌症基因的准确性	癌症基因和样本分类	生物信息学	NA	LASSO	线性回归和逻辑回归模型	组学数据	涉及六个真实世界数据集
16730	2024-08-07	Venetoclax Overcomes Sorafenib Resistance in Acute Myeloid Leukemia by Targeting BCL2 2023-Oct-16, Biology DOI:10.3390/biology12101337 PMID:37887047	研究论文	研究通过分析单细胞和批量转录数据，探讨了维奈托克克服索拉非尼在急性髓系白血病中的耐药性的机制	开发了一个平台来预测AML患者在接受索拉非尼治疗后的耐药性和临床结果，并发现维奈托克与索拉非尼联合使用可能是一种有效的治疗策略	NA	探讨索拉非尼在急性髓系白血病中的耐药机制及克服耐药性的策略	急性髓系白血病患者的单细胞和批量转录数据	NA	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	转录数据	耐药性和对照的急性髓系白血病患者
16731	2024-08-05	A Methodological Approach to Identify Natural Compounds with Antifibrotic Activity and the Potential to Treat Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell Sequencing and Primary Human Lung Macrophages 2023-Oct-12, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms242015104 PMID:37894784	研究论文	本文提出了一种方法论来识别具有抗纤维化活性的天然化合物，潜在用于治疗肺纤维化	文章创新地利用单细胞测序和人肺巨噬细胞筛选抗纤维化化合物，为肺纤维化治疗提供新思路	研究中使用的人肺巨噬细胞来自硅肺病患者，可能影响结果的广泛适用性	识别能够促进巨噬细胞向抗纤维化转化的天然化合物	以特定的单细胞转录组数据为基础，研究巨噬细胞基因表达和反应	数字病理学	肺纤维化	单细胞测序	NA	基因组数据	从整个肺洗液中回收的人肺巨噬细胞样本
16732	2024-08-07	Using LLMs and Explainable ML to Analyze Biomarkers at Single-Cell Level for Improved Understanding of Diseases 2023-10-12, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom13101516 PMID:37892198	研究论文	本文提出了一种结合大型语言模型（LLM）和可解释机器学习的方法，用于分析单细胞水平的生物标志物，以更好地理解疾病	本文的创新点在于使用LLM框架和可解释机器学习来促进单细胞数据集之间的泛化，并识别基因签名以捕捉疾病驱动的转录变化	NA	旨在通过分析单细胞RNA测序数据，提高对疾病相关细胞类型的识别和理解	单细胞RNA测序数据和疾病相关细胞类型	数字病理学	溃疡性结肠炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	scBERT	转录组数据	使用了来自健康个体和溃疡性结肠炎患者的四个公开可用的单细胞RNA测序数据集
16733	2024-08-05	The Overlooked Role of Specimen Preparation in Bolstering Deep Learning-Enhanced Spatial Transcriptomics Workflows 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296700 PMID:37873287	研究论文	本文探讨了改进的标本处理流程在深度学习增强的空间转录组学评估中的作用	提出了一种结合自动H&E染色和高分辨率全切片成像的新型标本准备流程	研究基于小规模的患者队列，可能影响结果的广泛适用性	研究如何通过改进的标本准备流程增强空间转录组学的可靠性和精确性	针对13例pT3期结直肠癌患者的组织样本进行深度学习模型的训练与评估	数字病理学	结直肠癌	Visium CytAssist分析	Inceptionv3神经网络	组织切片图像	13例结直肠癌患者
16734	2024-08-05	Feasibility of Inferring Spatial Transcriptomics from Single-Cell Histological Patterns for Studying Colon Cancer Tumor Heterogeneity 2023-Oct-09, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.10.09.23296701 PMID:37873186	研究论文	本研究探讨了通过整合单细胞组织学和转录组数据推断结肠癌肿瘤异质性的空间mRNA表达模式的可行性	该研究提出了一种创新的方法，通过单细胞层面的组织学和转录组数据的协同共映射，提高了空间分子检测的分辨率	初步结果尚需严格验证，包括与病理学家合作以精确识别不同细胞类型	研究通过单细胞水平的整合分析，提升空间分子检测的效率与准确性	针对阶段pT3结肠癌患者的全幻灯片图像进行分析	数字病理学	结肠癌	单细胞RNA测序	图神经网络	图像	NA
16735	2024-08-07	Glioblastoma initiation, migration, and cell types are regulated by core bHLH transcription factors ASCL1 and OLIG2 2023-Oct-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.30.560206 PMID:37873200	研究论文	本文研究了神经发育转录因子ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用，揭示了它们在调控GBM肿瘤细胞异质性和层次结构中的关键角色	首次展示了ASCL1和OLIG2在GBM肿瘤细胞类型和迁移程度中的动态水平和相互结合作用，并通过单细胞RNA测序揭示了ASCL1在定义胶质瘤干细胞（GSCs）中的关键作用	NA	探讨ASCL1和OLIG2在胶质母细胞瘤中的调控作用及其对肿瘤细胞异质性和层次结构的影响	胶质母细胞瘤（GBM）及其肿瘤细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
16736	2024-08-05	YAP/ACSL4 Pathway-Mediated Ferroptosis Promotes Renal Fibrosis in the Presence of Kidney Stones 2023-Oct-01, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines11102692 PMID:37893066	研究论文	这项研究探讨了YAP/ACSL4通路介导的铁死亡如何促进肾结石引发的肾纤维化	首次阐明了YAP-ACSL4轴介导的铁死亡在钙草酸盐结晶沉积引发的肾纤维化中的作用及其分子机制	未提及具体的临床试验数据或长期影响评估	探讨钙草酸盐结石对肾纤维化的影响及其相关机制	钙草酸盐结石患者的肾组织和小鼠模型	数字病理学	肾脏疾病	单细胞测序、转录组RNA测序、免疫组化分析、西方 blot 分析	NA	组织样本	患者的肾组织和小鼠模型的样本
16737	2024-08-07	Single-cell transcriptome and metagenome profiling reveals the genetic basis of rumen functions and convergent developmental patterns in ruminants 2023-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.278239.123 PMID:37884341	研究论文	研究通过单细胞转录组和元基因组分析，揭示了反刍动物瘤胃功能和发育模式的遗传基础	构建了从胚胎早期到反刍阶段的全面转录组和元基因组图谱，重现了瘤胃的组织形态学和转录特征，揭示了瘤胃细胞、微生物群和核心转录调控网络发育的关键过渡特征	NA	研究瘤胃发育过程中的动态变化，并揭示其遗传基础	羊和山羊的瘤胃组织	NA	NA	单细胞转录组和元基因组分析	NA	转录组和元基因组数据	约308,000个细胞，来自17个时间点的羊和山羊瘤胃组织
16738	2024-08-07	An RNA-Scaffold Protein Subunit Vaccine for Nasal Immunization 2023-Sep-29, Vaccines IF:5.2Q1 DOI:10.3390/vaccines11101550 PMID:37896953	研究论文	本文开发了一种自佐剂的蛋白质-RNA核糖核蛋白疫苗，用于鼻腔免疫，并在小鼠和SARS-CoV-2感染模型中验证了其有效性	该疫苗结合了刺突RBD（作为抗原）、核蛋白（作为适配器）和ssRNA（作为佐剂和RNA支架），能强有力地诱导黏膜IgA、中和抗体和多功能T细胞，同时提供对活病毒挑战的灭菌免疫	NA	开发安全且有效的鼻腔疫苗以对抗呼吸道病毒感染	蛋白质-RNA核糖核蛋白疫苗在小鼠和SARS-CoV-2感染模型中的效果	疫苗学	呼吸道病毒感染	scRNA-seq	NA	RNA	小鼠和SARS-CoV-2感染模型
16739	2024-08-07	White Adipose Tissue Heterogeneity in the Single-Cell Era: From Mice and Humans to Cattle 2023-Sep-27, Biology DOI:10.3390/biology12101289 PMID:37886999	综述	本文综述了利用单细胞技术研究白色脂肪组织在不同哺乳动物中的转录和功能细胞多样性，特别关注了牛的研究进展和未来方向	利用下一代测序技术进行单细胞RNA测序，揭示了人类和小鼠模型中白色脂肪组织的细胞异质性，并探讨了其在畜牧物种中的应用	NA	总结当前关于白色脂肪组织细胞多样性的知识，并强调其在不同哺乳动物物种中的特定功能	白色脂肪组织在不同哺乳动物中的细胞类型和功能	NA	代谢性疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
16740	2024-08-07	Robust Identification of Differential Gene Expression Patterns from Multiple Transcriptomics Datasets for Early Diagnosis, Prognosis, and Therapies for Breast Cancer 2023-09-24, Medicina (Kaunas, Lithuania) DOI:10.3390/medicina59101705 PMID:37893423	研究论文	本研究通过综合稳健统计学和生物信息学方法，从多个转录组数据集中识别出与乳腺癌相关的差异表达基因，用于早期诊断、预后和治疗。	本研究采用稳健的统计方法来识别乳腺癌相关的关键基因，这些方法对异常值不敏感，提高了结果的可靠性。	NA	探索乳腺癌相关潜在的关键基因，并评估其在早期诊断、预后和治疗中的表现。	乳腺癌相关的差异表达基因及其在诊断、预后和治疗中的应用。	数字病理学	乳腺癌	微阵列分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析, 分子对接分析	NA	基因表达数据	从三个微阵列（GSE26910, GSE42568, GSE65194）和一个单细胞RNA测序（GSE235168）数据集中识别出46个共同差异表达基因。