单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16701 - 16720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16701 | 2024-08-07 |
T Cell Clonal Analysis Using Single-cell RNA Sequencing and Reference Maps
2023-Aug-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4735
PMID:37638293
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研究论文 | 本文介绍了一种基于R包Seurat、ProjecTILs和scRepertoire的计算工作流程，用于从scRNA-seq数据中进行T细胞状态和克隆分析 | 结合单细胞RNA测序和TCR序列信息，实现T细胞克隆型的特定分析，并探索克隆扩张与功能表型之间的关系 | NA | 研究T细胞的克隆结构及其与转录状态的关系 | T细胞及其克隆型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16702 | 2024-08-05 |
Advancing Breast Cancer Heterogeneity Analysis: Insights from Genomics, Transcriptomics and Proteomics at Bulk and Single-Cell Levels
2023-Aug-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15164164
PMID:37627192
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review | 这篇综述深入评估了乳腺癌的分子特征，重点在于多组学策略在传统和单细胞水平的应用 | 提出了全方位整合多种'组学'策略以解读乳腺癌的异质性 | 需要全面整合多组学策略以完全解析乳腺癌异质性 | 研究乳腺癌固有的分子异质性 | 乳腺癌细胞的基因组、转录组和蛋白质组 | NA | 乳腺癌 | 组学 | NA | NA | NA |
| 16703 | 2024-08-07 |
CXCR4 Expressed by Tumor-Infiltrating B Cells in Gastric Cancer Related to Survival in the Tumor Microenvironment: An Analysis Combining Single-Cell RNA Sequencing with Bulk RNA Sequencing
2023-Aug-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612890
PMID:37629071
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（bulk RNA-Seq）数据，分析了胃癌中肿瘤浸润B细胞表达的CXCR4与患者生存率的关系。 | 首次结合scRNA-Seq和bulk RNA-Seq数据，识别并验证了胃癌中肿瘤浸润B细胞的关键基因CXCR4，并探讨了其在肿瘤微环境中的作用。 | 研究仅基于TCGA和GEO数据库的数据，未涉及更大范围的临床样本验证。 | 探讨胃癌中肿瘤浸润B细胞的作用及其与患者生存率的关系。 | 胃癌中的肿瘤浸润B细胞及其表达的CXCR4基因。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq），批量RNA测序（bulk RNA-Seq） | NA | RNA序列数据 | 15个细胞集群在scRNA-seq数据库中 |
| 16704 | 2024-08-05 |
Informing virtual clinical trials of hepatocellular carcinoma with spatial multi-omics analysis of a human neoadjuvant immunotherapy clinical trial
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.11.553000
PMID:37645761
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研究论文 | 提出了一种新的计算模型以促进肝细胞癌的虚拟临床试验 | 首次基于人类临床试验的高通量空间多组学数据构建了空间肿瘤模型 | 模型依赖于真实世界数据，可能受限于数据的可用性和质量 | 旨在推进肝细胞癌的新疗法并优化治疗效果 | 针对接受新型免疫联合治疗的肝细胞癌患者进行分析 | 数字病理学 | 肝癌 | 空间定量系统药理学（spQSP）平台 | NA | 空间多组学数据 | 来自原始临床试验的样本（具体样本量未提及） |
| 16705 | 2024-08-05 |
Integrated spatial transcriptomics and lipidomics of precursor lesions of pancreatic cancer identifies enrichment of long chain sulfatide biosynthesis as an early metabolic alteration
2023-Aug-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.14.553002
PMID:37645752
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研究论文 | 本研究整合了空间转录组学和脂质组学，以识别胰腺癌前体病变的早期代谢改变 | 首次进行跨物种评估，结合空间转录组学和空间代谢组学，发现长链硫脂质生物合成的富集是胰腺癌前病变的早期代谢改变 | 样本涉及的数量相对较少，可能会影响结果的广泛适用性 | 探究胰腺癌前体病变的分子机制，尤其是代谢变化 | 人类切除的胰腺内管乳头状黏液瘤（IPMN）组织及相关小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | MALDI-Mass Spectrometry（MALDI-MS）和Visium空间转录组学 | NA | 组织样本，脂质组数据 | 涉及23个人类IPMN组织样本和89名患者的囊性液体样本 |
| 16706 | 2024-08-07 |
Epithelial Galectin-3 Induced the Mitochondrial Complex Inhibition and Cell Cycle Arrest of CD8+ T Cells in Severe/Critical COVID-19
2023-Aug-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241612780
PMID:37628961
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞T细胞受体测序分析，揭示了严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞的增殖耗竭表型，并探讨了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过抑制NRF1的核转位，影响CD8 T细胞线粒体呼吸链复合体III/IV基因的转录，从而导致细胞周期阻滞和线粒体生物发生抑制的机制。 | 本研究首次揭示了上皮细胞中的半乳糖凝集素-3通过特定的信号通路影响CD8 T细胞的功能，为COVID-19的免疫发病机制提供了新的见解。 | NA | 探讨严重/危重COVID-19患者中CD8 T细胞功能障碍的机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 严重/危重COVID-19患者中的CD8 T细胞和感染的肺上皮细胞。 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | 单细胞数据 | NA |
| 16707 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.10.552878
PMID:37645794
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在不同上皮细胞群中的表达差异，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | NA | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞群 |
| 16708 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomic Technologies
2023-08-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12162042
PMID:37626852
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综述 | 空间转录组技术能系统地测量组织空间中基因的表达水平 | 本文回顾了关键的空间转录组技术及其应用，并展望了应对当前空间方法局限的新兴技术 | 目前的空间技术在空间分辨率、灵敏度和通量等方面存在差异 | 加深对细胞组织及其在组织内的相互作用的理解 | 空间转录组技术及其在生物医学中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16709 | 2024-08-07 |
A Comparison of Cell-Cell Interaction Prediction Tools Based on scRNA-seq Data
2023-08-02, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom13081211
PMID:37627276
|
研究论文 | 本文通过比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具，评估了它们在特发性肺纤维化中的预测性能和处理时间 | 提出了一个包含多种细胞间相互作用预测工具的基准研究，并推荐了根据不同研究项目选择特定工具的建议 | NA | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的细胞间相互作用预测工具的性能 | 细胞间相互作用预测工具在特发性肺纤维化中的应用 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16710 | 2024-08-07 |
Identification of HPV oncogene and host cell differentiation associated cellular heterogeneity in cervical cancer via single-cell transcriptomic analysis
2023-08, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29060
PMID:37638381
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组分析技术，探讨了人乳头瘤病毒（HPV）阳性宫颈癌组织中病毒基因与宿主细胞分化相关的细胞异质性 | 首次从单细胞层面分析了HPV16基因在宫颈癌细胞中的表达模式，并揭示了HPV阳性细胞与正常上皮细胞在基因表达上的显著差异 | 研究仅限于HPV16基因的分析，未涵盖其他HPV亚型 | 探究HPV在宫颈癌中的作用机制及其与宿主细胞分化之间的关系 | HPV阳性宫颈癌组织中的病毒基因与宿主细胞分化 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 九个上皮细胞集群 |
| 16711 | 2024-08-05 |
Restoration of CPT1A-mediated fatty acid oxidation in mesothelial cells protects against peritoneal fibrosis
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84921
PMID:37649600
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研究论文 | 这篇文章探讨了CPT1A介导的脂肪酸氧化在腹膜细胞中的恢复如何保护 against 腹膜纤维化 | 通过基因和药理手段调节CPT1A，改善腹膜细胞的代谢状态并逆转纤维化表型 | 尚未明确CPT1A在人类长时间PD中的具体治疗机制 | 研究脂肪酸氧化在腹膜纤维化中的作用和CPT1A的潜在治疗功能 | 腹膜透析患者和小鼠模型中的腹膜细胞 | 数字病理学 | 腹膜纤维化 | 单细胞测序、海马测试、实时定量PCR、西方印迹和免疫荧光染色 | NA | 细胞样本 | 来自长期PD患者的细胞和小鼠的细胞 |
| 16712 | 2024-08-05 |
Identification and validation of potential hypoxia-related genes associated with coronary artery disease
2023, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2023.1181510
PMID:37637145
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研究论文 | 本文识别并验证了与冠状动脉疾病相关的潜在缺氧基因 | 首次系统地揭示缺氧在冠状动脉疾病(CAD)发展中的作用，并识别了4个重要的中心基因 | 研究主要基于微阵列数据，可能存在样本量不足和结果的普适性问题 | 探讨缺氧与冠状动脉疾病之间的关系 | 研究对象为93名冠状动脉疾病患者和48名健康对照者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 微阵列分析 | 机器学习 | 基因表达数据 | 共141个样本，包括93名CAD患者和48名健康对照 |
| 16713 | 2024-08-05 |
Case Report: Molecular and microenvironment change upon midostaurin treatment in mast cell leukemia at single-cell level
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1210909
PMID:37638009
|
案例报告 | 本案例报告了在中性细胞白血病患者中，米多佐仑治疗前后分子和微环境的变化。 | 这是第一个报告米多佐仑治疗前后中性细胞白血病患者临床、免疫学和分子变化的案例，揭示了米多佐仑抗药性的机制。 | 仅报告了一名59岁男性患者的案例，可能缺乏广泛推广到更大群体的可行性。 | 探究米多佐仑治疗对中性细胞白血病基因表达和微环境的影响。 | 一名带有F522C突变的中性细胞白血病患者。 | 数字病理学 | 中性细胞白血病 | 单细胞测序和全外显子组测序（WES） | NA | 血液和骨髓样本 | 1名患者 |
| 16714 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals that immune cells induce human nucleus pulposus ossification and degeneration
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1224627
PMID:37638033
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫细胞诱导人类核髓质骨化和退化的分子机制 | 揭示了免疫细胞（巨噬细胞和T细胞）在核髓质骨化过程中的作用，以及干细胞向骨化表型分化的相互作用 | 研究仅基于4名退行性核髓质患者，样本量较小，可能影响结果的普适性 | 阐明人类退化性核髓质的分子机制和骨化过程 | 研究目标是人类退行性核髓质细胞及其与免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | 退行性椎间盘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 4名退行性核髓质患者 |
| 16715 | 2024-08-05 |
Pan-cancer analysis of IFN-γ with possible immunotherapeutic significance: a verification of single-cell sequencing and bulk omics research
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1202150
PMID:37646041
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研究论文 | 本研究探讨了干扰素-γ在多种癌症中的免疫治疗意义。 | 首次系统分析了干扰素-γ在全癌症中的作用，提供了新的免疫治疗指征。 | 研究基于已有数据，可能缺乏临床实证验证。 | 旨在阐明干扰素-γ在多种癌症中的角色及其对免疫治疗的影响。 | 分析干扰素-γ在不同癌症类型中的表达和预后相关性。 | 数字病理学 | 肿瘤 | RNA测序 | PPI网络分析 | RNA表达数据和临床数据 | 涉及TCGA中的多种肿瘤样本 |
| 16716 | 2024-08-05 |
Opportunities and challenges in the application of single-cell and spatial transcriptomics in plants
2023, Frontiers in plant science
IF:4.1Q1
DOI:10.3389/fpls.2023.1185377
PMID:37636094
|
综述 | 本文回顾了植物单细胞和空间转录组技术的应用机会与挑战 | 提出了结合单细胞转录组、空间转录组及空间元素分布的研究方向 | 单细胞和空间转录组分析存在适用性不足、空间信息缺失或分辨率不高等挑战 | 探索单细胞和空间转录组技术在植物研究中的应用前景 | 植物单细胞和空间转录组技术的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组、空间转录组 | NA | NA | NA |
| 16717 | 2024-08-05 |
Aligning the Cord Blood-Bone Marrow Differences and the Post-transplantation Clinical Manifestations by Single-Cell RNA-Seq
2023 Jan-Dec, Cell transplantation
IF:3.2Q2
DOI:10.1177/09636897231193067
PMID:37650431
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序比较脐血、骨髓和粒细胞集落刺激因子诱导的骨髓，探讨了这些移植物的差异。 | 研究首次从综合视角揭示了脐血与骨髓的关键生物特征差异，特别关注了造血干/祖细胞的归巢信号和分化潜力。 | 临床数据的样本量和多样性可能限制了结果的普遍适用性。 | 本研究旨在理解脐血与骨髓之间的生物学差异及其在临床表现中的关联。 | 研究对象为脐血、骨髓和粒细胞集落刺激因子诱导的骨髓样本，以及接受移植的患者的相关临床数据。 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 生物样本 | NA |
| 16718 | 2024-08-07 |
Characterization of the pleural microenvironment niche and cancer transition using single-cell RNA sequencing in EGFR-mutated lung cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.85084
PMID:37649596
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肺癌患者的胸腔积液中的细胞转录组，揭示了胸膜微环境在肺癌转移中的细胞特异性机制 | 首次发现胸膜间皮细胞的间皮-间质转化（MesoMT）在胸膜转移中的作用，并验证了铁死亡抵抗在胸膜转移中的关键作用 | NA | 研究肺癌胸膜转移的细胞特异性机制 | 肺癌患者的胸腔积液细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自肺癌患者和充血性心力衰竭患者的胸腔积液细胞 |
| 16719 | 2024-08-07 |
Histone deacetylase-mediated tumor microenvironment characteristics and synergistic immunotherapy in gastric cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.86928
PMID:37649598
|
研究论文 | 本文通过构建基于组蛋白去乙酰化酶（HDAC）表达水平的HDAC评分（HDS）模型，研究了胃癌肿瘤微环境（TME）特征及其对免疫治疗的影响 | 本文创新性地构建了HDS模型，用于评估胃癌TME特征并预测免疫治疗效果，同时发现MIF信号通路抑制和GPX4表达可能是胃癌冷肿瘤协同免疫治疗的重要策略 | 本文仅基于HDAC表达水平构建模型，未考虑其他可能影响TME的因素 | 研究胃癌肿瘤微环境特征及其对免疫治疗的影响 | 胃癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞转录组测序 | HDS模型 | 转录组数据 | 未明确具体样本数量 |
| 16720 | 2024-08-07 |
Global analysis of HLA-A2 restricted MAGE-A3 tumor antigen epitopes and corresponding TCRs in non-small cell lung cancer
2023, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.84710
PMID:37649599
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研究论文 | 本研究全面筛选了HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位，并使用人工抗原呈递细胞系统、单细胞转录组和TCR V(D)J测序以及机器学习技术，鉴定了相应的TCRs，并筛选和验证了具有杀伤能力的肿瘤反应性TCRs。 | 本研究首次系统分析了针对MAGE-A3抗原的T细胞免疫反应和相应的抗原特异性TCR，并鉴定了能够有效诱导CD8+ T细胞活化和细胞毒性的HLA-A2限制性T细胞表位。 | NA | 研究目的是鉴定适用于针对HLA-A2限制性MAGE-A3肿瘤抗原的TCR-T设计的候选TCRs。 | 研究对象包括HLA-A2限制的MAGE-A3肿瘤抗原表位及其相应的TCRs。 | 数字病理学 | 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序、TCR V(D)J测序、机器学习 | NA | 文本 | 一批HLA-A2+的非小细胞肺癌供体 |