单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16661	2024-08-07	Microbiome characteristics description of COVID-19 patients based on bulk RNA-seq and scRNA-Seq data 2023-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107400 PMID:37651767	research paper	本文通过重新注释COVID-19患者的bulk RNA-seq和scRNA-Seq数据中的微生物序列，描述了COVID-19患者的细胞微生物景观并识别了各组织中的特征微生物	发现了与COVID-19症状高度相关的Acinetobacter lwoffii，并揭示了SARS-CoV-2与hMPV的共感染现象	NA	研究COVID-19患者体内微生物群落的变化及其与疾病进展的关系	COVID-19患者的微生物群落特征	digital pathology	COVID-19	RNA-seq	NA	RNA-seq data	具体样本数量未在摘要中提及
16662	2024-08-07	Deciphering pathogenic cellular module at single-cell resolution in checkpoint inhibitor-related pneumonitis 2023-Oct, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-023-02805-4 PMID:37653115	研究论文	本文通过单细胞转录组分析，揭示了检查点抑制剂相关肺炎（CIP）中的关键细胞和分子途径	提出了一个新的免疫特征，具有高诊断能力区分CIP+和CIP-样本	NA	全面剖析与CIP病理生物学相关的关键细胞参与者和分子途径，以实现精准诊断和开发新的治疗策略	检查点抑制剂相关肺炎（CIP）的免疫反应	数字病理学	肺部疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
16663	2024-08-05	Exploring the dynamics and influencing factors of CD4 T cell activation using single-cell RNA-seq 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107588 PMID:37646019	研究论文	本研究分析了CD4 T细胞在不同条件下激活的动态及其影响因素	首次识别和表征了在由休息T细胞转变为激活T细胞过程中的惰性T细胞亚群，及其响应刺激的效率	研究主要集中在CD4 T细胞，其他T细胞类型的影响未充分探讨	探讨影响CD4 T细胞激活的因素和动态	CD4 T细胞，特别是在不同刺激条件下的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	刺激的CD4 T细胞亚群
16664	2024-08-05	Gene signature reveals decreased SOX10-dependent transcripts in malignant cells from immune checkpoint inhibitor-resistant cutaneous melanomas 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107472 PMID:37636077	研究论文	该文章探讨了与免疫检查点抑制剂耐药性相关的SOX10依赖性转录本的减少	研究开发了一个稳健的SOX10基因特征，以揭示SOX10表达/活性降低与免疫检查点抑制剂耐药性之间的关联	在肿瘤细胞模型之外的数据验证可能受到技术和样本异质性的限制	探究SOX10在皮肤黑色素瘤患者免疫检查点抑制剂耐药性中的作用	使用黑色素瘤细胞模型进行SOX10的基因特征分析	数字病理学	皮肤黑色素瘤	ChIP-seq, RNA-seq, ATAC-seq	NA	RNA-seq	涉及多个黑色素瘤细胞模型和患者单细胞RNA-seq数据
16665	2024-08-07	MAP3K19 regulatory variation in populations with African ancestry may increase COVID-19 severity 2023-Sep-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107555 PMID:37649700	研究论文	本文通过综合分析两个全基因组关联研究，识别与COVID-19住院相关的与祖先相关的遗传风险变异，特别是在非洲祖先人群中发现了与COVID-19严重性相关的MAP3K19基因变异。	本文首次报道了MAP3K19基因的单核苷酸多态性rs16831827在非洲和欧洲祖先人群中与COVID-19严重性的关联，并揭示了该变异可能通过影响特定基因的表达来增加疾病风险。	研究主要集中在非洲和欧洲祖先人群，可能需要进一步研究以验证其他人群中的相关性。	旨在识别与COVID-19住院相关的祖先相关遗传风险变异。	研究对象包括具有非洲和欧洲祖先的COVID-19住院患者。	遗传学	COVID-19	全基因组关联研究	NA	基因组数据	涉及多个具有不同祖先背景的COVID-19住院患者样本。
16666	2024-08-05	Chromatin accessibility dynamics in colorectal cancer liver metastasis: Uncovering the liver tropism at single cell resolution 2023-09, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2023.106896 PMID:37633511	研究论文	本研究揭示了结直肠癌肝转移过程中染色质可及性动态变化，特别是在单细胞分辨率下的肝特异性转录因子的表达情况	发现肝转移的结直肠癌细胞失去结肠特异的染色质可及位点，获得肝特异性可及位点，并揭示了HNF4A在此过程中的重要作用	对表观遗传调控机制的理解仍然有限，研究结果可能需要在更多样本中验证	本研究旨在了解结直肠癌肝转移过程中基因的表观遗传调控	研究对象为结直肠癌患者衍生的原发性和肝转移性肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞ATAC-seq，单细胞RNA-seq，微阵列，批量RNA-seq，免疫组化，蛋白质组学	NA	细胞数据	使用了来自结直肠癌患者的配对样本以及患者衍生的异种移植模型
16667	2024-08-05	Pan-cancer Analysis Reveals Cancer-dependent Expression of SOX17 and Associated Clinical Outcomes 2023 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics IF:2.6Q3 DOI:10.21873/cgp.20395 PMID:37643784	研究论文	该研究探讨了SOX17在多种癌症中的表达模式及其临床相关性	首次系统性分析了SOX17在不同癌症类型中的表达异质性及其与临床结果的关联	缺乏对SOX17在不同组织或微环境中的功能验证	探索SOX17基因在多种癌症中的表达模式及其对药物反应的影响	多种癌症样本中SOX17的表达情况及其与临床结果的关系	数字病理学	癌症	RNA-seq, qPCR, 免疫组化	NA	基因表达数据	多种类型癌症样本的单细胞和大规模RNA-seq分析
16668	2024-08-05	The developmental dynamics of the human male germline 2023-09-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.202046 PMID:37650565	研究论文	本文概述了人类男性生殖细胞的发育动态及其发育过程中的细胞、信号和表观遗传级联事件	通过使用各种模型和单细胞测序方法提供了对人类男性生殖细胞发育的新见解	在研究人类发育过程时面临挑战，可能导致对某些方面的理解不够全面	探讨人类男性生殖细胞的发育动态及其相关机制	人类男性生殖细胞及其分化过程	生物医学	不孕症	单细胞测序	N/A	细胞数据	N/A
16669	2024-08-07	Multiplexed transcriptomic profiling of the fate of human CAR T cells in vivo via genetic barcoding with shielded small nucleotides 2023-09, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-023-01085-3 PMID:37652986	研究论文	本文介绍了一种基于屏蔽小核酸的细胞条形码方法，用于在体内多重纵向分析人类CAR-T细胞的命运，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）实现。	提出了一种名为屏蔽小核酸基础的scRNA-seq（SSN-seq）的新方法，该方法兼容3'和5'单细胞分析，并利用普遍存在的Pol III U6启动子来稳健表达经过直接捕获序列修饰的小RNA条形码。	NA	旨在了解CAR-T细胞在体内的命运，以改进嵌合抗原受体（CAR）T细胞的设计。	研究对象为人类CAR-T细胞及其在体内的动态状态。	生物技术	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	使用了肿瘤再挑战小鼠模型
16670	2024-08-07	Scalable production of tissue-like vascularized liver organoids from human PSCs 2023-09, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-023-01074-1 PMID:37653039	研究论文	本文开发了一种无需二维图案化、不依赖细胞外基质且使用小分子模拟胚胎肝脏发育的方法，生产大量类似肝脏的类器官	该方法不依赖二维图案化和细胞外基质，使用小分子模拟胚胎肝脏发育，生产出具有更高细胞复杂性和血管腔结构的肝脏类器官	NA	开发更接近生理状态的肝脏类器官模型	肝脏类器官的生成和功能	组织工程	NA	单细胞RNA测序，免疫荧光	NA	细胞	大量肝脏类器官
16671	2024-08-07	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data identifies the characteristics of ferroptosis in lumbar disc herniation 2023-Sep-01, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01216-8 PMID:37653201	研究论文	本研究通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，识别腰椎间盘突出症中铁死亡的特征	首次综合利用单细胞和批量RNA测序数据，深入分析了铁死亡在腰椎间盘突出症中的具体影响和相关生物机制	NA	旨在揭示铁死亡在腰椎间盘突出症发病机制中的作用	腰椎间盘突出症中的铁死亡相关基因和细胞类型	数字病理学	腰椎间盘突出症	单细胞RNA测序, 批量RNA测序, RT-qPCR, CIBERSORT算法	LASSO, SVM-RFE	RNA测序数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
16672	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals multiple chemoresistant properties in leukemic stem and progenitor cells in pediatric AML 2023-08-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03031-7 PMID:37653425	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了儿童急性髓性白血病患者中的多种化疗耐药特性	发现CD69作为化疗耐药白血病干细胞亚群的潜在生物标志物	样本量有限，仅涵盖13名患者，可能影响结果的普遍性	研究儿童急性髓性白血病患者的化疗耐药机制	研究对象为13名儿童急性髓性白血病患者的骨髓样本	数字病理学	急性髓性白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	13个儿童急性髓性白血病患者的骨髓样本
16673	2024-08-07	Development and validation a prognostic model based on natural killer T cells marker genes for predicting prognosis and characterizing immune status in glioblastoma through integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing 2023-Aug-31, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01217-7 PMID:37650991	研究论文	本文通过综合分析单细胞和批量RNA测序数据，开发并验证了一种基于自然杀伤T细胞标记基因的预测胶质母细胞瘤预后和表征免疫状态的预后模型。	本研究首次整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种包含CD44和TNFSF14两个关键自然杀伤T细胞标记基因的预后预测模型，并初步探讨了不同风险组的免疫微环境。	NA	开发一种预后模型，用于预测胶质母细胞瘤患者的预后并表征其免疫状态。	胶质母细胞瘤患者的自然杀伤T细胞标记基因及其在肿瘤微环境中的作用。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	LASSO和多元Cox回归分析	RNA测序数据	从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库获取的胶质母细胞瘤单细胞RNA测序数据，以及来自The Cancer Genome Atlas（TCGA）和中国胶质瘤基因组图谱（CGGA）数据库的胶质母细胞瘤队列。
16674	2024-08-07	Interlukin-4 weakens resistance to stress injury and megakaryocytic differentiation of hematopoietic stem cells by inhibiting Psmd13 expression 2023-08-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41479-6 PMID:37653079	研究论文	本研究探讨了白细胞介素-4（IL-4）通过抑制Psmd13表达，影响造血干细胞（HSCs）对压力损伤的抵抗力和巨核细胞分化的机制	揭示了IL-4-Psmd13信号通路在HSCs抗压力和巨核细胞分化能力中的新调控作用	NA	阐明IL-4在急性髓系白血病（AML）中对造血干细胞巨核细胞分化的具体机制	造血干细胞（HSCs）和巨核细胞分化	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞转录组分析	NA	转录组	来自AML骨髓的HSCs样本
16675	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of anti-PD-L1 therapy on 3LL lung cancer model and its tumor microenvironment 2023-Aug-31, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-023-02156-w PMID:37653265	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了抗PD-L1疗法对3LL肺癌模型及其肿瘤微环境的影响	首次详细描述了抗PD-L1疗法对肺癌肿瘤微环境的重组，并发现了治疗后肿瘤免疫原性的增强和炎症反应的促进	NA	探讨抗PD-L1疗法对肺癌肿瘤微环境的具体影响及其潜在机制	3LL肺癌细胞模型及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括肿瘤细胞、基质细胞、髓系细胞、T细胞和NK细胞等五种主要细胞群
16676	2024-08-07	scSNPdemux: a sensitive demultiplexing pipeline using single nucleotide polymorphisms for improved pooled single-cell RNA sequencing analysis 2023-Aug-31, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05440-8 PMID:37653401	研究论文	本文介绍了一种名为scSNPdemux的单细胞RNA测序样本解复用管道，利用人类自然遗传变异进行样本识别	该管道在单细胞和单核RNA测序数据集上展示了优于CellPlex和Multi-seq技术的解复用性能，特别是在低RNA含量的免疫细胞类型上表现出更高的敏感性和特异性	NA	设计一个简化的单细胞样本解复用管道，旨在克服使用单细胞文库进行样本复用时可能影响数据质量和成本的问题	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
16677	2024-08-05	Single-cell sequencing reveals the existence of fetal vascular endothelial stem cell-like cells in mouse liver 2023-08-30, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03460-y PMID:37649114	研究论文	本研究揭示了小鼠肝脏中胎儿血管内皮干细胞样细胞的存在。	首次确定了围产期血管内皮干细胞样细胞的存在及其与成年干细胞样细胞群体的关系。	研究仅限于小鼠模型，结果的转化性需要进一步验证。	探究围产期血管内皮干细胞样细胞的存在及其发育过程。	围产期小鼠肝脏的内皮细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自不同发育阶段的小鼠肝脏内皮细胞，样本分别为E14，E18，P7，P14和W8
16678	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing to detect age-associated genes that identify senescent cells in the liver of aged mice 2023-08-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41352-6 PMID:37648885	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在老年动物肝脏中鉴定出与衰老相关的基因，以识别衰老细胞	首次在老鼠肝脏中鉴定出Glipr1、Clec12a和Phlda3作为与年龄相关的基因	NA	寻找与年龄相关的基因，以识别老年动物组织中的衰老细胞	老年动物肝脏中的衰老细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA表达数据	年轻和老年大鼠的原代肝细胞，27个月大的小鼠原代肝细胞
16679	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human non-hematopoietic bone marrow cells reveals a unique set of inter-species conserved biomarkers for native mesenchymal stromal cells 2023-08-30, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03437-x PMID:37649081	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对人类非造血骨髓细胞进行分析，揭示了原生间充质基质细胞的跨物种保守生物标志物。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，对人类骨髓中的非造血细胞亚群进行了详细的分类和生物标志物的鉴定，特别是在间充质基质细胞方面，发现了跨物种保守的核心基因。	研究仅基于5个骨髓捐献者的样本，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性。	旨在通过单细胞RNA测序技术，定义人类骨髓中非造血细胞亚群的正确分类，特别是间充质基质细胞。	人类骨髓中的非造血细胞亚群，包括内皮细胞、壁细胞和间充质基质细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	5个不同的骨髓捐献者
16680	2024-08-07	Combining bulk and single-cell RNA-sequencing data to develop an NK cell-related prognostic signature for hepatocellular carcinoma based on an integrated machine learning framework 2023-Aug-30, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-023-01300-6 PMID:37649103	研究论文	本研究结合批量和单细胞RNA测序数据，基于综合机器学习框架开发了与自然杀伤细胞（NK细胞）相关的肝细胞癌（HCC）预后标志物	本研究创新性地结合了批量和单细胞RNA测序数据，并开发了一个包含77种算法的共识机器学习框架，以建立基因标志物，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应	NA	开发一种基于NK细胞相关基因的基因标志物，用于评估HCC患者的预后和免疫治疗反应	肝细胞癌（HCC）患者的预后和免疫治疗反应	机器学习	肝癌	RNA测序	机器学习框架	RNA测序数据	使用了来自TCGA-LIHC、GSE14520、GSE76427和ICGC-LIRI-JP等多个数据集的数据