单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16661	2024-08-07	Dynamic scRNA-seq of live human pancreatic slices reveals functional endocrine cell neogenesis through an intermediate ducto-acinar stage 2023-11-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.10.001 PMID:37898119	研究论文	本研究通过动态单细胞RNA测序技术，分析了人胰腺切片在不同时间点和再生刺激下的细胞变化，揭示了内分泌细胞通过中间导管腺泡阶段的新生过程。	首次对整个人类胰腺组织进行纵向单细胞RNA测序分析，动态展示了胰腺的可塑性。	研究主要基于同一供体的胰腺切片，可能限制了结果的普遍性。	探究人类胰腺的可塑性及其内分泌细胞的生成过程。	人胰腺切片及其在不同时间点和再生刺激下的细胞变化。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	来自同一供体的多个时间点的胰腺切片样本
16662	2024-08-07	Kidney single-cell transcriptomes uncover SGLT2i-induced metabolic reprogramming via restoring glycolysis and fatty acid oxidation 2023-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.31.564836 PMID:37961186	研究论文	本研究通过分析公开的单细胞RNA测序数据，探讨了SGLT2抑制剂对db/db小鼠肾脏代谢的影响	首次揭示了SGLT2抑制剂通过恢复糖酵解和脂肪酸氧化来保护肾脏代谢的新机制	研究仅基于db/db小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨SGLT2抑制剂对糖尿病肾病肾脏代谢的保护作用及其机制	db/db小鼠的肾脏单细胞	数字病理学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	db/db小鼠及对照组
16663	2024-08-05	Single-cell RNA-seq reveals characteristics in tumor microenvironment of PDAC with MSI-H following neoadjuvant chemotherapy with anti-PD-1 therapy 2023-11-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2023.216421 PMID:37778681	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了接受新辅助化疗和免疫治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的肿瘤微环境特征	首次揭示了新辅助治疗后高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌残余病变的特征以及肿瘤微环境的变化	研究只基于单个病例，样本量较小，结果可能不具广泛适用性	探讨高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌的肿瘤微环境在化疗与免疫治疗联合治疗后的变化	一例接受新辅助治疗后进行根治性手术的高微卫星不稳定性胰腺导管腺癌患者的残余病变	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	1例
16664	2024-08-05	Landscape and the immune patterns of cuproptosis in oral squamous cell carcinoma 2023-Nov, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13489 PMID:37828627	研究论文	本研究旨在探讨与口腔鳞状细胞癌相关的cuproptosis基因及其预后价值	首次将cuproptosis相关基因与口腔鳞状细胞癌的免疫微环境和预后相结合进行分析	仅分析了特定的基因和数据集，可能不适用于所有类型的口腔鳞状细胞癌	研究cuproptosis相关基因在口腔鳞状细胞癌中的作用及其预后意义	分析了13个与cuproptosis相关的基因	数字病理学	口腔癌	RNA-seq	随机森林算法	基因组数据和RNA-seq数据	NA
16665	2024-08-07	Interactions of Indoleamine 2,3-dioxygenase-expressing LAMP3+ dendritic cells with CD4+ regulatory T cells and CD8+ exhausted T cells: synergistically remodeling of the immunosuppressive microenvironment in cervical cancer and therapeutic implications 2023-11, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12486 PMID:37794698	研究论文	本研究探讨了表达吲哚胺2,3-双加氧酶的LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的相互作用，以及这些相互作用在宫颈癌免疫抑制微环境重塑中的作用及其治疗意义。	研究揭示了LAMP3+树突状细胞与CD4+调节T细胞和CD8+耗竭T细胞之间的协同作用，形成了一个恶性的免疫抑制循环，并介导了宫颈癌的免疫逃逸。	研究主要基于小鼠模型和临床样本的单细胞RNA测序，需要进一步的临床试验来验证这些发现。	旨在探讨宫颈癌免疫重塑的机制并探索潜在的治疗靶点。	研究对象包括正常宫颈组织、高级别鳞状上皮内病变和宫颈癌组织。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	组织样本	17个临床样本
16666	2024-08-05	Single-cell transcriptomics illuminates regulatory steps driving anterior-posterior patterning of Drosophila embryonic mesoderm 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113289 PMID:37858470	研究论文	本研究应用单细胞技术和遗传分析探讨果蝇胚胎中胚层形态发生的动态转录变化	揭示了转录状态的空间调控时间过渡，以及ecdysone信号在胚层的上皮-间质转变中的早期作用	未提及具体样本数量的限制	研究果蝇胚胎发育过程中转录程序如何驱动前后轴模式的调控步骤	果蝇胚胎中的细胞谱系和转录状态	生物学	NA	单细胞转录组技术	NA	基因表达数据	NA
16667	2024-08-05	Exosome and lipid metabolism-related genes in pancreatic adenocarcinoma: a prognosis analysis 2023-10-18, Aging DOI:10.18632/aging.205130 PMID:37857015	研究论文	本研究旨在探讨外泌体和脂质代谢相关基因在胰腺腺癌中的诊断和预后的作用	创新点在于构建了基于EALMRGs的预后模型，并验证其在多种癌症中的预后价值	研究的样本来源主要依赖于TCGA和GEO数据库，可能存在样本偏倚	研究胰腺腺癌中外泌体和脂质代谢相关基因的mRNA水平与疾病的诊断和预后的关系	胰腺腺癌及其他类型的癌症患者的基因表达数据	数字病理学	胰腺癌	LASSO回归	COX回归分析	基因表达数据	NA
16668	2024-08-07	S100P as a potential biomarker for immunosuppressive microenvironment in pancreatic cancer: a bioinformatics analysis and in vitro study 2023-Oct-18, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-023-11490-1 PMID:37853345	研究论文	本研究探讨了S100P蛋白在胰腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为免疫抑制微环境标志物的潜力	发现S100P与免疫细胞浸润呈负相关，特别是CD8+ T细胞，并且与免疫治疗相关基因表达水平和肿瘤突变负荷有显著关联	NA	研究S100P在胰腺癌肿瘤微环境中的作用及其作为免疫抑制微环境标志物的潜力	S100P蛋白在胰腺癌中的表达及其对肿瘤微环境的影响	数字病理学	胰腺癌	RNA-Seq, 微阵列, scRNA-Seq, DNA甲基化分析, 逆转录PCR, 免疫组化	NA	RNA序列, 微阵列数据, 单细胞RNA序列, DNA甲基化数据, 组织样本	五个胰腺癌细胞系和60个胰腺癌组织样本
16669	2024-08-05	Identification of novel therapeutic target and prognostic biomarker in matrix metalloproteinase gene family in pancreatic cancer 2023-10-11, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-44506-8 PMID:37821678	研究论文	本文探讨了基质金属蛋白酶基因家族在胰腺癌中的新治疗靶点和预后生物标志物	本研究发现MMP28在胰腺导管腺癌中的表达与患者预后及临床特征密切相关，提出了其作为潜在生物标志物的可能性	本研究未探讨MMP28与免疫细胞浸润之间的相关性	探究基质金属蛋白酶在胰腺导管腺癌中的表达模式及其预后和免疫学价值	主要研究对象为与胰腺导管腺癌相关的基质金属蛋白酶基因	数字病理学	胰腺癌	实时定量PCR	NA	基因表达数据	研究涉及多个胰腺癌细胞系和正常胰腺细胞的样本
16670	2024-08-05	Identifying Subpopulations of Cells in Single-Cell Transcriptomic Data: A Bayesian Mixture Modeling Approach to Zero Inflation of Counts 2023-10, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2022.0273 PMID:37871291	研究论文	本文开发了一种新的贝叶斯混合模型，用于在单细胞转录组数据中识别细胞亚群。	提出了一种新的Dirichlet过程混合模型，结合细胞水平的混合和转录本水平的零膨胀负二项混合模型，以更好地处理scRNA-Seq数据中的计数膨胀现象。	本文未提及可能存在的具体限制。	研究的目的是通过建模基因表达来识别单细胞数据中的细胞亚群。	研究对象是来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的scRNA-Seq计数数据。	数字病理学	NA	scRNA-Seq	Dirichlet过程混合模型	计数数据	来自小鼠皮层和海马体的多个细胞类型的公开可用scRNA-Seq计数数据
16671	2024-08-07	Potential involvement of IL-32 in cell-to-cell communication between macrophages and hepatoblastoma 2023-Sep-26, Pediatric surgery international IF:1.5Q3 DOI:10.1007/s00383-023-05557-0 PMID:37751001	研究论文	本研究调查了白细胞介素32（IL-32）在肝母细胞瘤中的表达及其在肿瘤发生中的可能作用	发现IL-32在肝母细胞瘤细胞系中的表达上调，并可能通过诱导肿瘤激活的巨噬细胞介导肝母细胞瘤的化学耐药性	IL-32的免疫组化染色仅在48%的病例中呈阳性，且在下载的数据集中IL-32基因表达为阴性	研究IL-32在肝母细胞瘤中的表达及其在肿瘤发生中的作用	肝母细胞瘤细胞系和巨噬细胞	NA	肝母细胞瘤	RNA-seq分析、RT-qPCR、免疫组化染色（IHC）、western blot分析	NA	RNA-seq数据	21例肝母细胞瘤患者样本
16672	2024-08-05	[Heterogeneity analysis of pancreatic cancer and identification of molecular subtypes of tumor cells based on CEACAM5, LGALS1 and CENPF gene expression] 2023-Sep-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2023.09.14 PMID:37814871	研究论文	本研究探讨了胰腺癌的异质性以及肿瘤细胞分子亚型的新方法，识别了胰腺癌进展中的标志基因	通过分析单细胞测序数据，识别了胰腺癌细胞的不同亚型及其特征基因，揭示了其在发育过程中的表达模式	本研究主要基于有限的样本数据，可能无法全面反映胰腺癌的所有亚型特征	研究胰腺癌的异质性及肿瘤细胞的分子亚型	16个胰腺癌组织样本中的单细胞	数字病理	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	16个胰腺癌样本和179名胰腺癌患者及171名健康对照的数据
16673	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis revealing the intratumoral heterogeneity of ccRCC and validation of MT2A in pathogenesis 2023-Sep-15, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-023-01225-7 PMID:37713131	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并验证了MT2A在ccRCC发病机制中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了ccRCC的单细胞景观，并发现了MT2A在ccRCC中的重要作用	NA	探讨ccRCC的肿瘤内异质性及MT2A在其发病机制中的作用	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其相关细胞类型	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CNN	转录组数据	来自TCGA和Young等人的研究数据
16674	2024-08-07	Combination of RUNX1 inhibitor and gemcitabine mitigates chemo-resistance in pancreatic ductal adenocarcinoma by modulating BiP/PERK/eIF2α-axis-mediated endoplasmic reticulum stress 2023-Sep-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-023-02814-x PMID:37697370	研究论文	本研究探讨了RUNX1抑制剂与吉西他滨联合使用通过调节内质网应激的BiP/PERK/eIF2α轴来减轻胰腺导管腺癌的化疗抗性	首次揭示了RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及其通过内质网应激信号通路的机制	研究主要基于体外和动物模型，需要进一步的临床试验验证	探索RUNX1在胰腺导管腺癌化疗抗性中的作用及机制，并评估其作为预测生物标志物的潜力	胰腺导管腺癌及其化疗抗性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), qRT-PCR, 免疫组织化学(IHC), 蛋白质印迹(western blot)	NA	RNA	使用了多个数据集，包括GSE223463和GSE183795，以及构建了稳定表达shRUNX1和RUNX1的细胞系
16675	2024-08-05	Unveiling the role of regulatory T cells in the tumor microenvironment of pancreatic cancer through single-cell transcriptomics and in vitro experiments 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1242909 PMID:37753069	研究论文	本研究探讨了调节性T细胞在胰腺癌肿瘤微环境中的作用	首次通过单细胞转录组学和体外实验揭示了Treg细胞在胰腺癌免疫反应中的重要性	研究的特定细胞类型和信号通路可能限制了对Treg细胞功能全面了解的能力	调查Treg细胞浸润对胰腺癌免疫反应的影响及其相关的mRNA标记物	案例研究胰腺癌中的调节性T细胞及其相关基因	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组分析，机器学习	NA	转录组数据	NA
16676	2024-08-07	Transcriptional profiles of non-neuronal and immune cells in mouse trigeminal ganglia 2023, Frontiers in pain research (Lausanne, Switzerland) DOI:10.3389/fpain.2023.1274811 PMID:38028432	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、流式细胞术和免疫组化技术，对正常雄性小鼠三叉神经节中的非神经元细胞进行了鉴定、分类和总结	首次详细描述了三叉神经节中非神经元细胞的类型和特征，包括三种巨噬细胞和四种中性粒细胞的亚型	研究仅限于正常雄性小鼠，未涉及其他性别或病理状态下的情况	旨在识别和总结三叉神经节中非神经元细胞的类型，为研究细胞可塑性、神经元与非神经元细胞间的相互作用网络及疼痛功能提供基础信息	小鼠三叉神经节中的非神经元细胞，包括神经胶质细胞、成纤维细胞、平滑肌细胞、内皮细胞和免疫细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫组化	NA	基因表达数据	正常雄性小鼠的三叉神经节样本
16677	2024-08-05	Vimentin promotes glioma progression and maintains glioma cell resistance to oxidative phosphorylation inhibition 2023-Dec, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-023-00844-3 PMID:37646965	研究论文	本研究探讨了粘附蛋白VIM在胶质瘤进展及其对氧化磷酸化抑制的耐药性中的作用	揭示了VIM在胶质瘤细胞中的高表达与氧化磷酸化抑制耐药性之间的关系	该研究主要依赖于生物信息学数据和细胞实验，缺乏临床试验验证	研究VIM在胶质瘤中的作用，尤其是在氧化磷酸化抑制敏感性方面	黏附蛋白VIM及其在胶质瘤细胞中的表达与功能	数字病理学	胶质瘤	RNA测序，单细胞测序，DNA甲基化分析	NA	基因表达数据	从TCGA数据库获取胶质瘤患者和正常样本的数据进行分析
16678	2024-08-07	Meta-Analysis of COVID-19 BAL Single-Cell RNA Sequencing Reveals Alveolar Epithelial Transitions and Unique Alveolar Epithelial Cell Fates 2023-12, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0077OC PMID:37523502	meta-分析	本研究对COVID-19患者的BAL单细胞RNA测序数据进行meta分析，揭示了肺泡上皮细胞的转变和独特的肺泡上皮细胞命运	发现了先前未描述的肺泡上皮细胞I型状态，并确认了SPRR3在COVID-19中的上调	研究受限于小规模患者队列	通过meta分析探讨COVID-19中BAL单细胞RNA测序数据的特征	COVID-19患者的BAL细胞	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	167,280个高质量细胞，来自13名健康对照和20名COVID-19患者
16679	2024-08-05	Identification of a novel cuproptosis-related gene signature for rheumatoid arthritis-A prospective study 2023-Nov, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3535 PMID:37338187	研究论文	本研究旨在识别与类风湿性关节炎（RA）发病机制相关的中心铜死亡基因。	首次将铜死亡基因与类风湿性关节炎的免疫细胞浸润关联起来，并识别了中心基因DLAT。	样本规模和实验条件可能限制了结果的普遍适用性。	识别与类风湿性关节炎相关的铜死亡基因。	针对类风湿性关节炎患者的基因表达和免疫细胞浸润进行分析。	数字病理学	类风湿性关节炎	qRT-PCR	NA	基因表达数据	类风湿性关节炎患者样本和细胞实验样本
16680	2024-08-07	Integrating imaging-based classification and transcriptomics for quality assessment of human oocytes according to their reproductive efficiency 2023-Nov, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-023-02911-y PMID:37610606	研究论文	本文通过结合基于影像的分类和转录组学，评估人类卵母细胞的生殖效率	开发了一种使用影像数据和单细胞RNA测序的排名工具，用于预测卵母细胞的受精、发育和植入率	排名工具的特异性有限，需要进一步的多中心研究验证	利用非侵入性影像参数评估人类卵母细胞的受精、发育和植入，并研究其对转录组学的影响	人类卵母细胞的影像数据和转录组学	数字病理学	NA	Hoffman调制对比显微镜，单细胞RNA测序	二元逻辑回归	影像，转录组	957个中期II阶段卵母细胞，23个成熟卵母细胞