单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 16641 - 16660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16641 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics and neurofilament light chain reveal changes in lesion patterns in murine autoimmune neuroinflammation
2023-Nov-13, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02947-y
PMID:37957728
|
研究论文 | 这项研究探讨了小鼠自身免疫性神经炎中的损伤模式变化。 | 本文揭示了急性复发和慢性阶段中神经轴突损伤的时空分布及其病理机制。 | 研究主要基于小鼠模型，可能会限制对人类疾病的直接应用。 | 研究神经轴突损伤在多发性硬化不同阶段的变化及机制。 | 实验性自免疫性脑脊髓炎（EAE）模型的神经轴突损伤。 | 数字病理学 | 多发性硬化 | 免疫组化、单分子阵列、空间转录组学、微胶质细胞/轴突共同培养 | NA | NA | 使用了EAE模型的神经元和神经胶质细胞样本 |
| 16642 | 2024-08-07 |
Comparative immunological landscape between pre- and early-stage LUAD manifested as ground-glass nodules revealed by scRNA and scTCR integrated analysis
2023-11-13, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-023-01322-x
PMID:37957625
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序的整合分析，揭示了早期肺腺癌（LUAD）表现为磨玻璃结节（GGN）的免疫学特征 | 发现了五个关键模块驱动早期LUAD的恶性进展，并揭示了早期LUAD的肿瘤微环境特征，包括调节性T细胞的积累和CD8+ T细胞的功能丧失 | NA | 探究早期肺腺癌（LUAD）表现为磨玻璃结节（GGN）的恶性进展机制及其免疫学特征 | 正常肺组织、癌前病变和早期LUAD表现为肺磨玻璃结节（GGN）的样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA）和T细胞受体（TCR）测序 | NA | 单细胞数据 | 5个正常肺组织，3个癌前病变和4个早期LUAD表现为肺磨玻璃结节（GGN）的样本 |
| 16643 | 2024-08-05 |
Implications of single-cell immune landscape of tumor microenvironment for the colorectal cancer diagnostics and therapy
2023-Nov-11, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-023-02226-z
PMID:37950801
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综述 | 这篇文章提供了对结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中免疫景观的单细胞研究的综合概述 | 重点探讨了肿瘤相关巨噬细胞等关键免疫因子如何调节CRC的肿瘤微环境 | 没有提及具体的实验数据或样本分析 | 旨在揭示结直肠癌微环境中的免疫细胞相互作用及其对治疗响应的影响 | 主要研究结直肠癌中的免疫细胞以及它们与肿瘤的相互作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序技术 | NA | NA | NA |
| 16644 | 2024-08-07 |
Infiltrating myeloid cell-derived properdin markedly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke
2023-Nov-11, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02946-z
PMID:37951917
|
研究论文 | 本文研究了渗入的髓系细胞来源的properdin在缺血性中风后通过微胶质细胞介导的神经炎症中的作用 | 发现properdin作为渗入的外周髓系细胞与微胶质细胞之间的新媒介，进一步激活微胶质细胞并加剧缺血性脑损伤 | NA | 探讨properdin在调节中风后微胶质细胞介导的神经炎症中的作用 | 髓系细胞来源的properdin及其在缺血性中风中的作用 | 神经科学 | 中风 | 单细胞RNA测序，免疫荧光染色，转录组测序 | NA | RNA | 使用全局和条件性（髓系特异性）properdin敲除小鼠进行实验 |
| 16645 | 2024-08-05 |
Mediating oxidative stress through the Palbociclib/miR-141-3p/STAT4 axis in osteoporosis: a bioinformatics and experimental validation study
2023-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46813-6
PMID:37949959
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研究论文 | 本研究探索了Palbociclib/miR-141-3p/STAT4轴在骨质疏松症中介导氧化应激的作用 | 首次提出了Palbociclib/miR-141-3p/STAT4轴，并提供了氧化应激在骨质疏松症机制中的新见解 | 该研究的局限性在于仅利用了特定的基因组数据集，缺乏更广泛的人体样本验证 | 研究氧化应激在骨质疏松症中作用的分子机制 | 探讨与氧化应激相关的基因及其与炎症因子的关系 | 数字病理学 | 骨质疏松症 | RT-qPCR, Elisa, 加权相关网络分析（WGCNA） | NA | 基因表达数据 | 人类血液样本 |
| 16646 | 2024-08-07 |
Subtyping of COVID-19 samples based on cell-cell interaction in single cell transcriptomes
2023-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46350-2
PMID:37949890
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研究论文 | 本研究利用细胞间相互作用评分对单细胞转录组数据进行样本级聚类，以探索COVID-19患者的异质性并发现新的亚型 | 首次采用细胞间相互作用评分进行样本级聚类，揭示了COVID-19患者在同一严重程度级别下的免疫异质性 | NA | 探索COVID-19患者的异质性并发现新的亚型 | COVID-19患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16647 | 2024-08-05 |
CamoTSS: analysis of alternative transcription start sites for cellular phenotypes and regulatory patterns from 5' scRNA-seq data
2023-11-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42636-1
PMID:37945584
|
研究论文 | 本研究介绍了一种计算方法套件CamoTSS，用于准确识别转录起始位点（TSS）并量化其表达 | CamoTSS通过利用cDNA在读取1中的信息，有效检测替代TSS的使用，这是其创新之处 | 该研究未提及具体的局限性 | 研究旨在开发一种有效的方法来分析细胞转录组数据中的转录起始位点 | 研究对象包括来自不同生物过程的人类细胞类型、胸腺的发展以及癌症状态 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 包含多种实验数据集 |
| 16648 | 2024-08-05 |
Leveraging a disulfidptosis/ferroptosis-based signature to predict the prognosis of lung adenocarcinoma
2023-Nov-09, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-03125-z
PMID:37946181
|
研究论文 | 本研究利用基于二硫酯死亡和铁死亡的特征预测肺腺癌的预后 | 首次识别出四个与肺腺癌预后相关的最佳二硫酯死亡/铁死亡相关基因 | 尚需更多临床样本以验证模型的普适性 | 探讨二硫酯死亡和铁死亡在肺腺癌发展中的关系并建立预后模型 | 肺腺癌患者及其相关基因 | 数字病理学 | 肺癌 | RNA测序、单细胞测序、SNP数据分析 | LASSO COX预后模型 | 基因组数据、临床数据 | NA |
| 16649 | 2024-08-05 |
The integrative multi-omics approach identifies the novel competing endogenous RNA (ceRNA) network in colorectal cancer
2023-11-09, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-46620-z
PMID:37945594
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研究论文 | 本研究识别了结直肠癌中的新竞争性内源RNA（ceRNA）网络 | 揭示了hsa_circ_000240作为ceRNA在结直肠癌中的作用，以及与其相关的关键基因和表观遗传学机制 | 研究未能阐明hsa_circ_000240在结直肠癌中的具体致病机制 | 探讨hsa_circ_000240在结直肠癌中的功能及其相关的基因网络 | 研究对象为结直肠癌患者的肿瘤和正常组织样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | qRT-PCR, 微阵列, RNA测序, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 包括匹配的结直肠癌肿瘤和相邻正常组织样本 |
| 16650 | 2024-08-05 |
Integrative single-cell RNA-seq analysis of vascularized cerebral organoids
2023-11-09, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-023-01711-1
PMID:37940920
|
研究论文 | 本文探讨了不同血管化策略对人类脑类器官中神经系统和血管的影响 | 整合多种血管化和未血管化类器官及胎儿大脑的单细胞RNA测序数据，揭示了多种血管化策略的相似性和独特性 | 缺乏对不同血管化策略的全面表征和比较可能影响结果的普遍性 | 探索不同血管化策略对人类脑类器官内神经和血管细胞的影响 | 人类脑类器官及其血管化模型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个血管化和未血管化类器官及胎儿大脑 |
| 16651 | 2024-08-07 |
A new and effective two-step clustering approach for single cell RNA sequencing data
2023-Nov-09, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09577-x
PMID:37946133
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研究论文 | 本文提出了一种新的两步聚类方法TSC，用于有效聚类单细胞RNA测序数据 | TSC方法通过将细胞分为核心细胞和非核心细胞，并分别进行层次聚类和分配，提高了聚类性能 | NA | 开发一种新的聚类方法以提高单细胞RNA测序数据的分析效果 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 层次聚类 | 基因表达数据 | 12个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 16652 | 2024-08-05 |
Insights gained from single-cell analysis of chimeric antigen receptor T-cell immunotherapy in cancer
2023-Nov-08, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-023-00486-4
PMID:37941075
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评论 | 本文探讨了单细胞分析在癌症治疗中对嵌合抗原受体T细胞免疫疗法的影响 | 总结了单细胞测序技术在优化CAR-T细胞治疗的应用进展 | 对CAR-T细胞在体内行为的理解仍然不足，限制了更广泛的临床应用 | 旨在揭示CAR-T细胞免疫疗法在临床实践中的失败原因及其应用的进展 | 关注于CAR-T细胞的靶抗原、CAR转基因整合及其在临床和前临床应用中的研究 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 16653 | 2024-08-07 |
Unraveling temporal and spatial biomarkers of epithelial-mesenchymal transition in colorectal cancer: insights into the crucial role of immunosuppressive cells
2023-11-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04600-x
PMID:37940972
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了结直肠癌中上皮-间质转化（EMT）相关恶性肿瘤与免疫细胞在不同阶段的时空相互作用 | 研究构建了伪时间终点-EMT-侵袭肿瘤程序（EMTPs），并揭示了肿瘤侵袭和扩张过程中免疫抑制细胞的空间重编程 | NA | 探讨结直肠癌中EMT相关恶性肿瘤与免疫细胞的时空相互作用及其在肿瘤形成和进展中的作用 | 结直肠癌组织中的EMT-侵袭恶性肿瘤与免疫细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST） | NA | 转录组数据 | 不同阶段的结直肠癌组织（I/II期和III期含肿瘤沉积） |
| 16654 | 2024-08-07 |
ScLSTM: single-cell type detection by siamese recurrent network and hierarchical clustering
2023-Nov-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05494-8
PMID:37932672
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研究论文 | 本文提出了一种基于元学习的单细胞聚类模型ScLSTM，用于单细胞类型检测 | ScLSTM通过改进的sigmoid核函数将相似度矩阵映射到孪生长短期记忆网络（LSTM）特征空间，以分析细胞间的差异 | NA | 开发一种高精度的聚类方法来分类细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | LSTM | 数据 | 8个来自不同平台、物种和组织的scRNA-seq数据集 |
| 16655 | 2024-08-05 |
Preneoplastic liver colonization by 11p15.5 altered mosaic cells in young children with hepatoblastoma
2023-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42418-9
PMID:37932266
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研究论文 | 本研究揭示了在没有Beckwith-Wiedemann综合症临床诊断的肝母细胞瘤患者中11p15.5位点的马赛克遗传改变 | 首次在没有Beckwith-Wiedemann综合症的肝母细胞瘤患者中发现11p15.5位点的马赛克遗传改变及其功能影响 | 未能在其他类型的儿科肝肿瘤患者中检索到这些改变 | 研究马赛克11p15.5改变在肝母细胞瘤发生早期的作用 | 肝母细胞瘤患者的肝脏样本 | 数字病理学 | 肝母细胞瘤 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 16656 | 2024-08-05 |
METTL3-mediated m6A methylation regulates ovarian cancer progression by recruiting myeloid-derived suppressor cells
2023-Nov-06, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01149-6
PMID:37932814
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研究论文 | 本研究探讨了METTL3介导的m6A甲基化如何通过招募骨髓来源的抑制细胞来调节卵巢癌进展 | 研究揭示了METTL3在调节卵巢癌中的宿主免疫细胞反应方面的重要性 | 未详细说明其他可能影响免疫反应的因素 | 研究METTL3在卵巢癌中的作用及其对宿主免疫细胞反应的调控 | 使用Mettl3基因敲除小鼠作为研究对象来分析免疫细胞的变化 | 数字病理 | 卵巢癌 | ELISA, 单细胞测序, 流式细胞术 | Cre-LoxP系统 | 细胞, 血清 | 使用了Mettl3基因敲除小鼠和ID8细胞作为模型 |
| 16657 | 2024-08-07 |
Integration of risk variants from GWAS with SARS-CoV-2 RNA interactome prioritizes FUBP1 and RAB2A as risk genes for COVID-19
2023-11-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-44705-3
PMID:37932299
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研究论文 | 本文通过整合GWAS中的风险变异与SARS-CoV-2 RNA相互作用组，优先识别FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因 | 本文首次将人类遗传学与RNA结合蛋白的表达水平关联，识别出FUBP1和RAB2A作为COVID-19的风险基因，并揭示了FUBP1的抗病毒作用和RAB2A的促病毒作用 | NA | 研究宿主遗传因素在COVID-19结果中的作用 | COVID-19的风险基因及其在SARS-CoV-2感染中的作用 | 遗传学 | COVID-19 | GWAS, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, RNA相互作用数据 | 503个RNA结合蛋白 |
| 16658 | 2024-08-07 |
Collaborating single-cell and bulk RNA sequencing for comprehensive characterization of the intratumor heterogeneity and prognostic model development for bladder cancer
2023-11-06, Aging
DOI:10.18632/aging.205166
PMID:37950728
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和批量RNA测序技术，全面分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个预测模型 | 本文首次结合单细胞和批量RNA测序技术，深入分析了膀胱癌的肿瘤内异质性，并开发了一个有效的预测模型 | NA | 深入理解膀胱癌的单细胞RNA测序结果，揭示其致癌的分子机制，并开发一个预测模型 | 膀胱癌的肿瘤内异质性和预测模型的开发 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | RNA数据 | 四个不同类型的膀胱癌细胞，包括免疫细胞、内皮细胞、上皮细胞和成纤维细胞 |
| 16659 | 2024-08-07 |
An Activated Dendritic-Cell-Related Gene Signature Indicative of Disease Prognosis and Chemotherapy and Immunotherapy Response in Colon Cancer Patients
2023-Nov-03, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms242115959
PMID:37958942
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研究论文 | 本研究基于公开的转录组数据和临床数据，开发并验证了一种激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 首次提出并验证了激活的树突状细胞相关基因签名（aDCRS），用于预测结肠癌患者的生存和治疗反应 | 本研究为回顾性研究，需要进一步的前瞻性研究来验证结果 | 开发和验证一种新的基因签名，用于预测结肠癌患者的预后和治疗反应 | 结肠癌患者的生存结果和对化疗及免疫治疗的反应 | 数字病理学 | 结肠癌 | CIBERSORT, 单细胞RNA测序 | LASSO回归, Cox比例风险回归 | 转录组数据 | 使用了Gene Expression Omnibus和The Cancer Genome Atlas数据库中的公开转录组数据和临床数据 |
| 16660 | 2024-08-05 |
MIGGRI: A multi-instance graph neural network model for inferring gene regulatory networks for Drosophila from spatial expression images
2023-Nov, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011623
PMID:37939200
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研究论文 | 本文提出了一种多实例图神经网络模型MIGGRI，用于从果蝇的空间表达图像推断基因调控网络 | 提出了一种两阶段的方法，结合对比学习和半监督学习来解析基因调控模式 | 图像集合的复杂性和规模对基因调控网络推断提出了重大挑战 | 探索如何从空间转录组数据中推断基因调控网络 | 主要研究果蝇的胚胎空间基因表达图像 | 数字病理学 | NA | 对比学习和半监督学习 | 图神经网络 | 图像 | 大量果蝇胚胎空间基因表达图像 |