单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16641 - 16660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16641 | 2024-08-05 |
ShIVA: a user-friendly and interactive interface giving biologists control over their single-cell RNA-seq data
2023-09-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-40959-z
PMID:37658061
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研究论文 | 本文提出了ShIVA，一个用户友好且互动的界面，旨在使生物学家能够控制他们的单细胞RNA-seq数据 | ShIVA提供了一种直观和迭代的分析过程，专门为生物学家设计，结合了视频教程，增强了用户体验 | 该界面主要依赖于Seurat v4 R包，可能限制了其对其他分析工具的适用性 | 研究单细胞RNA-seq和CITE-seq数据的分析方法，以帮助生物学家 | 单细胞RNA-seq和CITE-seq数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 16642 | 2024-08-05 |
Inhibition of TCA cycle improves the anti-PD-1 immunotherapy efficacy in melanoma cells via ATF3-mediated PD-L1 expression and glycolysis
2023-09, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2023-007146
PMID:37678921
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研究论文 | 本研究探讨了抑制TCA循环如何通过ATF3介导的PD-L1表达和糖酵解，提高黑色素瘤细胞对抗PD-1免疫治疗的疗效 | 研究揭示了TCA循环在免疫检查点抑制中的作用，并提供了一种新的抗PD-1免疫治疗组合策略 | 本研究主要集中在黑色素瘤细胞，结果可能不具有普遍适用性 | 旨在改善黑色素瘤患者抗PD-1免疫治疗的有效性 | 主要研究黑色素瘤细胞及其对免疫治疗的反应 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | NMR，RNA测序，qRT-PCR，西方印迹，氧气凝胶法 | NA | 代谢物，转录组 | 患者的血浆样本及B16F10肿瘤小鼠 |
| 16643 | 2024-08-05 |
Clinical characterization of EFHD2 (swiprosin-1) in Glioma-associated macrophages and its role in regulation of immunosuppression
2023-Sep, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110702
PMID:37673235
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研究论文 | 本文探讨了EFHD2在胶质瘤相关巨噬细胞中的作用以及其对免疫抑制的调节 | 该研究首次利用多种族群的大规模临床数据探讨EFHD2在胶质瘤中的角色，并提出其作为潜在生物标志物和预后因子的可能性 | 缺乏针对不同种族群体的充分实验验证，且部分数据来源于回顾性分析 | 研究EFHD2对胶质瘤微环境中巨噬细胞极化及免疫抑制的影响 | 胶质瘤患者的临床数据、胶质瘤细胞系及Efhd2缺失小鼠初级巨噬细胞 | 数字病理学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 临床数据 | 313和657名胶质瘤患者的RNA-seq数据，以及603名来自TCGA的胶质瘤患者数据 |
| 16644 | 2024-08-07 |
CD31 defines a subpopulation of human adipose-derived regenerative cells with potent angiogenic effects
2023-09-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41535-1
PMID:37658225
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研究论文 | 本文研究了人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）中CD31+亚群的血管生成效应 | 发现CD31+ ADRCs在血管生成和旁分泌效应方面优于CD31- ADRCs和未分选的ADRCs | NA | 探讨ADRCs中特定细胞亚群在再生治疗中的作用 | 人类脂肪来源的再生细胞（ADRCs）及其CD31+亚群 | 再生医学 | 勃起功能障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 9种内皮ADRC亚群 |
| 16645 | 2024-08-07 |
A novel signature of the ligand and receptor genes associated with disulfidoptosis for prediction of prognosis, immunologic therapy responses in hepatocellular carcinoma
2023-Sep, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e19502
PMID:37662746
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研究论文 | 研究旨在探索与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因在肝细胞癌中的预后特征，并利用这些基因建立风险标志以预测肝细胞癌患者的预后 | 开发了一种基于与二硫化物凋亡相关配体和受体基因的风险标志，用于有效预测肝细胞癌的预后，并可能指导免疫治疗策略 | NA | 探索肝细胞癌中与二硫化物凋亡相关的配体和受体基因的预后特征 | 肝细胞癌患者的预后预测 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | scRNA-seq | LASSO | 基因表达数据 | 来自GSE166635的scRNA-seq数据 |
| 16646 | 2024-08-07 |
Trackplot: A flexible toolkit for combinatorial analysis of genomic data
2023-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011477
PMID:37669275
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研究论文 | 介绍Trackplot，一个用于生成高质量可视化基因组数据的Python包 | Trackplot提供了一个多功能平台，用于从多种来源（包括基因注释、isoform表达、scRNA-seq和长读序列识别的isoform结构、染色质可及性和结构）直观解释基因组数据，无需任何预处理，并提供广泛的输出文件格式灵活性 | NA | 开发一个灵活的工具包，用于组合分析基因组数据 | 基因组数据的可视化和分析 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq, 长读序列 | NA | 基因组数据 | NA |
| 16647 | 2024-08-07 |
Single-cell Profiling Uncovers a Muc4-Expressing Metaplastic Gastric Cell Type Sustained by Helicobacter pylori-driven Inflammation
2023-09, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0142
PMID:37674528
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序揭示了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型 | 首次发现并描述了由幽门螺杆菌驱动的炎症维持的表达MUC4的胃黏膜化生细胞类型，并证实了其在人类胃癌组织中的存在 | 研究主要基于转基因小鼠模型，需要进一步的人体临床研究来验证这些发现 | 揭示幽门螺杆菌驱动的胃癌机制 | 胃黏膜化生细胞类型及其在胃癌中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 转基因小鼠模型及人类胃癌样本 |
| 16648 | 2024-08-07 |
RBP7 Regulated by EBF1 Affects Th2 Cells and the Oocyte Meiosis Pathway in Bone Metastases of Bladder Urothelial Carcinoma
2023-08-31, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2808189
PMID:37664915
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研究论文 | 本研究通过RNA测序数据分析，揭示了EBF1调控RBP7在膀胱尿路上皮癌骨转移中的潜在重要性，特别是通过Th2细胞和卵母细胞减数分裂途径 | 首次揭示了EBF1与RBP7之间的调控关系在膀胱尿路上皮癌骨转移中的作用，并通过多种技术手段进行了验证 | 研究主要基于TCGA数据库的数据，未来需要更多的临床样本验证 | 探讨EBF1调控RBP7在膀胱尿路上皮癌骨转移中的作用机制 | 膀胱尿路上皮癌的骨转移机制 | 数字病理学 | 膀胱癌 | RNA测序, ATAC-seq, ChIP-seq, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 31个差异表达的免疫基因 |
| 16649 | 2024-08-07 |
[Imputation method for dropout in single-cell transcriptome data]
2023-Aug-25, Sheng wu yi xue gong cheng xue za zhi = Journal of biomedical engineering = Shengwu yixue gongchengxue zazhi
DOI:10.7507/1001-5515.202301009
PMID:37666769
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review | 本文综述了单细胞转录组测序数据中技术零值的填补方法，并讨论了现有方法的优缺点 | NA | NA | 探讨单细胞转录组测序数据中技术零值的填补方法及其应用 | 单细胞转录组测序数据中的技术零值 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | NA |
| 16650 | 2024-08-07 |
Cell Fate Programming by Transcription Factors and Epigenetic Machinery in Stomatal Development
2023-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.23.554515
PMID:37662219
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研究论文 | 本文探讨了转录因子与表观遗传机制在气孔发育中的细胞命运编程作用 | 通过scRNA-seq和ChIP-seq数据分析，揭示了气孔发育中转录调控的独特阶段，并提出了染色质重塑通过特定的物理相互作用因子介导的模型 | NA | 研究转录因子和表观遗传机器如何在气孔发育中协同调控转录和染色质重塑 | 气孔发育中的细胞命运编程 | NA | NA | scRNA-seq, ChIP-seq, MNase-seq | NA | 基因组数据 | 特定阶段的植物样本 |
| 16651 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals the Molecular Profile of Go-Opsin Photoreceptor Cells in Sea Urchin Larvae
2023-08-23, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12172134
PMID:37681865
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析揭示了海胆幼虫中Go-Opsin光感受器细胞的分子特征 | 研究了Go-Opsin光感受器细胞的发育及其古老的调控程序 | 没有提到具体的实验样本和数量限制 | 探讨海胆幼虫光感受器细胞的分子特征及发育机制 | 海胆幼虫中的Go-Opsin光感受器细胞 | NA | NA | 免疫组化和荧光原位杂交，单细胞转录组学 | NA | 分子数据 | NA |
| 16652 | 2024-08-05 |
Spatiotemporal molecular dynamics of the developing human thalamus
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.554174
PMID:37662287
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类丘脑发育过程中的分子动态 | 揭示了人类丘脑发育中细胞命运特征和组织的分子轨迹 | 在人类丘脑发育过程中，某些分子结构尚未完全明确 | 旨在阐明人类丘脑发育的分子动态 | 研究对象为正在发育的人类丘脑神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞和多重空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 16653 | 2024-08-05 |
Olfactomedin-4 + neutrophils exacerbate intestinal epithelial damage and worsen host survival after Clostridioides difficile infection
2023-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.21.553751
PMID:37662327
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研究论文 | 本研究探讨了嗅觉素-4阳性中性粒细胞在艰难梭状芽胞杆菌感染中加重肠上皮损伤和降低宿主生存率的作用 | 建立了第一个关于骨髓、血液和结肠中性粒细胞的转录组图谱，揭示了其在艰难梭状芽胞杆菌感染后的病理作用 | 本文未详细探讨中性粒细胞在不同阶段感染中的具体功能角色 | 旨在阐明中性粒细胞在艰难梭状芽胞杆菌感染中的功能及其对宿主的影响 | 研究了中性粒细胞与肠上皮细胞的共同培养以及预临床动物模型中的反应 | 数字病理学 | 艰难梭状芽胞杆菌感染 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠样本均显示感染后OLFM4水平升高 |
| 16654 | 2024-08-05 |
Liver Injury and Regeneration: Current Understanding, New Approaches, and Future Perspectives
2023-08-22, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12172129
PMID:37681858
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研究论文 | 这篇文章探讨了肝脏损伤和再生的当前理解、创新方法以及未来展望 | 文章强调了基因编辑、组织工程、干细胞分化等领域的最新进展在肝再生研究中的重要性 | 文章未具体提及实验数据或样本量，这可能限制了结论的广泛适用性 | 研究肝脏损伤和再生的细胞和分子机制，以开发有效的肝病治疗方法 | 解析肝脏损伤和再生过程中的信号通路、细胞类型和基质成分 | 数字病理 | 肝病 | 基因编辑、干细胞分化、单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 16655 | 2024-08-05 |
Bulk RNA-Seq Combined with Single-Cell Transcriptome Sequencing Reveals the Possible Mechanisms by Which HDGFL3 Involves in Prostate Cancer Growth and Metastasis
2023-Aug, Archivos espanoles de urologia
IF:0.6Q4
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研究论文 | 本研究探讨了肝细胞癌衍生生长因子样3（HDGFL3）在前列腺癌生长和转移中的分子机制 | 识别出HDGFL3作为内皮细胞的关键基因，可能刺激肿瘤血管生成以增强前列腺癌的生长和扩散 | 该研究可能缺乏大规模临床验证以确认结果 | 探索HDGFL3在前列腺癌发育和转移中的作用机制 | 研究对象包括前列腺癌细胞系及相关的基因表达数据 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序，RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及的样本包括前列腺癌细胞系PC-3和DU145及小鼠模型 |
| 16656 | 2024-08-07 |
Identification and validation of biomarkers for epithelial-mesenchymal transition-related cells to estimate the prognosis and immune microenvironment in primary gastric cancer by the integrated analysis of single-cell and bulk RNA sequencing data
2023-06-16, Mathematical biosciences and engineering : MBE
DOI:10.3934/mbe.2023614
PMID:37679111
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，识别和验证了与上皮-间质转化（EMT）相关细胞的生物标志物，用于预测原发性胃癌的预后和免疫微环境 | 首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建并验证了与EMT相关细胞的预后基因标志物（ERCPG） | NA | 旨在通过分析胃癌患者的单细胞和批量RNA测序数据，识别和验证与EMT相关细胞的生物标志物，以预测患者的预后和肿瘤的免疫微环境 | 胃癌患者的单细胞和批量RNA测序数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 来自胃癌患者的肿瘤样本 |
| 16657 | 2024-08-05 |
Upregulated CD8+ MAIT cell differentiation and KLRD1 gene expression after inactivated SARS-CoV-2 vaccination identified by single-cell sequencing
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1174406
PMID:37654490
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研究论文 | 这项研究分析了灭活新冠病毒疫苗接种后T细胞的动态和转录组基因表达 | 通过单细胞测序技术揭示了CD8+ MAIT细胞分化和KLRD1基因表达的上调 | 研究仅基于三名参与者的数据，样本量较小 | 探讨灭活新冠病毒疫苗接种后T细胞亚群的特征和机制 | 三名参与者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 三名参与者的外周血单核细胞在四个时间点提取 |
| 16658 | 2024-08-05 |
Helicase-like transcription factor (HLTF)-deleted CDX/TME model of colorectal cancer increased transcription of oxidative phosphorylation genes and diverted glycolysis to boost S-glutathionylation in lymphatic intravascular metastatic niches
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0291023
PMID:37682902
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研究论文 | 本研究探讨了缺失赫利卡酶样转录因子（HLTF）对结直肠癌的影响，发现其与代谢重编程和淋巴血管转移微环境中的S-谷胱甘肽化相关 | 首次展示了HLTF缺失在癌细胞及肿瘤微环境中的代谢重编程，减轻了淋巴血管转移微环境中的氧化应激 | 研究中未探讨肠道微生物组的多样性对代谢的潜在影响 | 研究HLTF缺失对结直肠癌细胞代谢及其微环境的作用 | 缺失HLTF的结直肠癌细胞与肿瘤微环境中的内皮细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | RNA测序，空间转录组学，2D DIGE，MALDI-TOF/TOF质谱 | 细胞系源性异种移植模型（CDX） | 转录组数据，蛋白质组数据 | NA |
| 16659 | 2024-08-05 |
Identification and comprehensive analysis of super-enhancer related genes involved in epithelial-to-mesenchymal transition in lung adenocarcinoma
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0291088
PMID:37669296
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研究论文 | 该文章探讨了与肺腺癌上皮到间充质转化（EMT）相关的超增强子基因及其影响 | 文章首次识别出与肺腺癌EMT相关的超增强子调控基因，并建立了相应的预测模型 | 样本量虽然较大，但可能仍不足以全面代表所有肺腺癌患者的情况 | 探讨超增强子相关基因对肺腺癌肿瘤发展的影响 | 本研究的对象为肺腺癌中的TMSB10基因及其表达群体 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序，TCGA数据库分析 | 随机森林 | 基因表达数据 | 513个肺腺癌样本 |
| 16660 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct chondrocyte states in femoral cartilage under weight-bearing load in Rheumatoid arthritis
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1247355
PMID:37654485
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了类风湿性关节炎中承受体重负荷的股骨软骨中软骨细胞的不同状态 | 发现了两种新的与免疫相关的软骨细胞亚型，并验证了它们在承受体重负荷和非承受体重负荷区域的分布 | NA | 探究类风湿性关节炎中体重负荷对股骨软骨中软骨细胞状态的影响 | 类风湿性关节炎中股骨软骨的软骨细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 共分析了87,542个细胞，分为9个集群，最终鉴定出6个软骨细胞亚群 |