单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28561 篇文献，本页显示第 16621 - 16640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16621 | 2024-08-05 |
Cell composition inference and identification of layer-specific spatial transcriptional profiles with POLARIS
2023-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.add9818
PMID:36857450
|
研究论文 | 本文介绍了一种称为POLARIS的空间转录组学分析方法 | POLARIS方法能够进行细胞类型去卷积，并能从组织学图像推断细胞组成及鉴定层特异性差异表达基因 | 该方法的应用仍依赖于高质量的组织学图像数据 | 研究空间转录组学技术在健康和疾病相关关键生物过程中的应用 | 四种组织的细胞组成和差异表达基因 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 组织学图像 | 四种组织样本 |
| 16622 | 2024-08-05 |
Identification of diagnostic molecules and potential traditional Chinese medicine components for Alzheimer's disease by single cell RNA sequencing combined with a systematic framework for network pharmacology
2023, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2023.1335512
PMID:38249960
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研究论文 | 本研究结合单细胞RNA测序和网络药理学框架，发现与阿尔茨海默病相关的关键基因和潜在的传统中药成分 | 创新点在于整合单细胞RNA测序与网络药理学，以识别潜在的治疗阿尔茨海默病的传统中药成分 | 研究可能受限于数据集的多样性和样本规模，影响结果的普适性 | 研究旨在探索与阿尔茨海默病相关的分子以及中药成分的潜在治疗作用 | 研究对象包括与阿尔茨海默病相关的基因和传统中药成分 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 使用了多种样本的数据集，具体样本数量不详 |
| 16623 | 2024-08-07 |
The purinergic P2Y14 receptor links hepatocyte death to hepatic stellate cell activation and fibrogenesis in the liver
2022-04-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe5795
PMID:35385339
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研究论文 | 本文探讨了嘌呤能受体P2Y14在肝细胞死亡与肝星状细胞激活及纤维化中的作用 | 首次揭示了P2Y14受体及其配体在肝细胞死亡与肝纤维化之间的直接联系 | NA | 研究肝纤维化的机制及潜在的治疗靶点 | 肝细胞、肝星状细胞及P2Y14受体 | NA | 肝病 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、RNA | 多个小鼠模型及人类样本 |
| 16624 | 2024-08-07 |
scRNA-Seq Reveals New Enteric Nervous System Roles for GDNF, NRTN, and TBX3
2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.12.014
PMID:33444816
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研究论文 | 本研究通过单核和单细胞RNA测序技术，揭示了GDNF、NRTN和TBX3在肠神经系统中的新作用 | 首次通过单细胞分析定义了肠神经系统中不同神经元亚型的差异表达基因，并发现了TBX3、GDNF和NRTN的新作用 | NA | 旨在通过定义神经元亚型的基因表达，促进针对肠神经病变的新型治疗策略的开发，并深入了解肠神经系统功能 | 成年小鼠和人类结肠的肠神经元亚型 | 数字病理学 | 肠神经病变 | 单核RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 635个成年小鼠结肠肠神经元和707个E17.5小鼠肠神经元，以及48个人类结肠肠神经元和其他细胞类型 |
| 16625 | 2024-08-05 |
The gut microbiota and its biogeography
2024-Feb, Nature reviews. Microbiology
DOI:10.1038/s41579-023-00969-0
PMID:37740073
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综述 | 本文探讨了肠道微生物群的生物地理学及其在生态系统中的重要性 | 文章介绍了更高分辨率的测序和单细胞数据在理解肠道微生物多样性方面的重要性 | 缺乏针对微观交互的系统长期研究 | 研究肠道微生物群的分布和多样性以及与宿主的关系 | 肠道微生物群落及其空间异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 16626 | 2024-08-05 |
Multi-omics data integration shines a light on the renal medulla
2024-Feb, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.11.014
PMID:38245213
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研究论文 | 该文章研究了肾髓质在肾功能中的作用，并构建了肾髓质标记基因的参考集 | 创新点在于利用多组学数据整合来定义肾髓质的分子程序 | 获取高质量组织的挑战限制了对调控髓质的分子程序的表征 | 研究肾髓质在维持盐和水平衡中的作用 | 研究标记基因以定义肾髓质在肾功能中的角色 | 数字病理学 | NA | 基因表达、染色质可及性、长程染色体相互作用和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 16627 | 2024-08-07 |
Specialized Retinal Endothelial Cells Modulate Blood-Retina Barrier in Diabetic Retinopathy
2024-Feb-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db23-0368
PMID:37976214
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用 | 发现了一种新的糖尿病特异性视网膜内皮细胞群，并通过上调ACER2表达来减少神经酰胺含量和内皮细胞功能障碍的负反馈调节途径 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用 | 视网膜内皮细胞及其在糖尿病视网膜病变中的作用 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括非增生性糖尿病视网膜病变（NPDR）伴有或不伴有糖尿病黄斑水肿（DME/NDME）和活动性增生性DR（PDR）患者的血浆样本，以及糖尿病小鼠模型 |
| 16628 | 2024-08-07 |
Changes in cuproptosis-related gene expression in periodontitis: An integrated bioinformatic analysis
2024-Feb-01, Life sciences
IF:5.2Q1
DOI:10.1016/j.lfs.2023.122388
PMID:38181851
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探讨了牙周炎中铜死亡相关基因（CRGs）的表达变化及其生物学功能 | 首次全面分析了不同表达的CRGs（DE-CRGs）在牙周炎中的综合效应，并探讨了其与免疫浸润、免疫因子、线粒体功能障碍、诊断效能及预测药物的相关性 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限 | 探讨牙周炎中铜死亡相关基因的表达变化及其在疾病发生和治疗中的作用 | 牙周炎中的铜死亡相关基因及其生物学功能 | NA | 牙周病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 使用了正常和牙周炎牙龈样本，具体数量未详细说明 |
| 16629 | 2024-08-07 |
Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages
2024-Jan-19, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adi5791
PMID:38241368
|
研究论文 | 本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用 | 首次揭示了TD角质形成细胞具有多种表皮细胞系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞 | 尚未完全阐明TD角质形成细胞在稳态下的维持机制 | 研究TD角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用 | 触觉圆顶角质形成细胞及其在表皮中的作用 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16630 | 2024-08-05 |
Exploring the mechanism of Celastrol in the treatment of rheumatoid arthritis based on systems pharmacology and multi-omics
2024-01-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48248-5
PMID:38238321
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研究论文 | 本研究探索了Celastrol在类风湿关节炎治疗中的分子网络机制 | 提出了一种新的策略，将系统药理学、蛋白质组学、转录组学和单细胞转录组学相结合 | NA | 揭示Celastrol在类风湿关节炎治疗中的作用机制 | 类风湿关节炎相关基因和Celastrol的潜在靶标 | 系统药理学 | 类风湿关节炎 | 系统药理学、转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据 | 195个靶标、2068个差异基因、294个差异蛋白 |
| 16631 | 2024-08-05 |
PROST: quantitative identification of spatially variable genes and domain detection in spatial transcriptomics
2024-Jan-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-44835-w
PMID:38238417
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研究论文 | 本文提出了一个框架（PROST），用于定量识别空间转录组中的空间变异基因和组织域 | 提出了PROST Index，可以有效定量表征基因表达的空间变异，并通过自注意力机制进行空间域的无监督聚类 | 现有方法在均匀量化空间变异基因方面存在不足，且大部分方法在技术上将空间变异基因和空间域的描绘割裂开 | 研究空间转录组数据的定量识别和分析 | 针对空间表达模式的基因和组织域进行定量识别 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序 | 自注意力机制 | 基因表达数据 | 不同空间分辨率的样本，包括多细胞和细胞级别的数据 |
| 16632 | 2024-08-05 |
Anoikis related genes may be novel markers associated with prognosis for ovarian cancer
2024-01-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-52117-0
PMID:38238592
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研究论文 | 本研究旨在确定与凋亡相关基因在卵巢癌中的预后意义，并基于ARG表达开发预后标志。 | 本研究首次提出ARG可能在卵巢癌预后中发挥新颖作用，并建立了基于ARG表达的预后签名。 | 需要进一步研究来验证结果并探索潜在机制。 | 探讨凋亡相关基因在卵巢癌预后中的作用。 | 卵巢癌患者的临床数据和单细胞测序数据的分析。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单样本基因集富集分析（ssGSEA），非负矩阵分解（NMF），LASSO | NA | 基因表达数据，单细胞测序数据 | NA |
| 16633 | 2024-08-07 |
Immune characteristics of kidney transplant recipients with acute respiratory distress syndrome induced by COVID-19 at single-cell resolution
2024-Jan-18, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-024-02682-9
PMID:38238762
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，构建了肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞免疫图谱，以探讨COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在KTRs中的免疫微环境异质性 | 本研究首次在单细胞分辨率下探讨了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征，揭示了KTRs在病毒感染和免疫抑制双重影响下的免疫微环境异质性 | 研究样本量较小，仅包括八名COVID-19诱导的ARDS患者和五名KTRs，可能影响结果的普遍性 | 旨在深入理解COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征 | 肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs） | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 八名COVID-19诱导的ARDS患者，五名KTRs，五名健康个体 |
| 16634 | 2024-08-05 |
Multipotent progenitors instruct ontogeny of the superior colliculus
2024-Jan-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.009
PMID:38096816
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研究论文 | 这篇文章探讨了哺乳动物上丘的多能前体细胞如何指导细胞类型的多样性生成 | 首次建立了单细胞水平上哺乳动物上丘发育的新框架 | 目前尚不清楚其他因素如何进一步影响上丘细胞的多样性 | 研究上丘细胞类型多样性的生成原理 | 主要研究了上丘的放射胶质前体细胞的多能性 | 数字病理学 | NA | 基因马赛克分析和单细胞测序 | NA | 细胞谱系数据 | 使用了多个标记的遗传马赛克小鼠 |
| 16635 | 2024-08-05 |
Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0296672
PMID:38241213
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研究论文 | 该文章探讨了微生物真核浮游生物的单细胞转录组学，应用了一种新技术用于高通量成像。 | 首次将微阵列单细胞测序技术应用于微生物真核生物，并展示了其在不同细胞结构的微生物群体中的应用潜力。 | 在研究较小的硅藻细胞时，无法有效分离单细胞转录组与背景噪音，信噪比尚需提高。 | 探索微生物真核生物的转录组特征并揭示其对生态系统的影响。 | 研究三种重要浮游生物：纤毛虫Tetrahymena thermophila、硅藻Phaeodactylum tricornutum和甲藻Heterocapsa sp。 | 数字病理学 | NA | 微阵列单细胞测序技术 (MASC-seq) | NA | 图像和转录组数据 | 三种浮游生物物种的多个单细胞样本 |
| 16636 | 2024-08-05 |
Cross-species single-cell landscape of vertebrate pineal gland
2024-Jan, Journal of pineal research
IF:8.3Q1
DOI:10.1111/jpi.12927
PMID:38018267
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研究论文 | 本研究详细分析了从鱼类到哺乳动物的松果体进化过程 | 揭示了松果体细胞在不同物种间的独特转录变化和配体-受体相互作用 | 研究样本主要局限于斑马鱼、老鼠和猴子，结果的普遍性需进一步验证 | 探讨松果体从鱼类到哺乳动物的进化及其功能多样性 | 斑马鱼、老鼠和猴子的松果体单细胞转录组数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共计22,431个细胞 |
| 16637 | 2024-08-07 |
sc2MeNetDrug: A computational tool to uncover inter-cell signaling targets and identify relevant drugs based on single cell RNA-seq data
2024-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1011785
PMID:38181047
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研究论文 | 开发了一种名为sc2MeNetDrug的计算工具，用于基于单细胞RNA测序数据揭示细胞间信号传导目标并识别相关药物 | sc2MeNetDrug工具专门设计用于识别疾病微环境中的细胞类型，揭示单个细胞类型内的功能障碍信号通路及不同细胞类型间的相互作用，并预测可能破坏细胞间信号传导的有效药物 | NA | 开发一种新的计算工具，帮助研究人员基于单细胞RNA测序数据发现新的细胞间信号传导和治疗方案 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间信号传导和相关药物 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 16638 | 2024-08-05 |
Multi-omics analysis in developmental bone biology
2023-Dec, The Japanese dental science review
DOI:10.1016/j.jdsr.2023.10.006
PMID:38022387
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研究论文 | 本文探讨了单细胞组学和多组学在骨生物学中的应用，揭示了骨细胞的多样性和动态过程 | 发现了新的骨骼干细胞亚型，并通过单细胞多组学提供了对细胞未来状态及其分化潜力的预测 | 需要通过组织学方法进行体内验证以解释计算预测 | 研究骨生物学中细胞的分化及其在骨生长和再生中的作用 | 骨骼干细胞及其在复杂组织结构中的动态交互 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 基因表达，染色质可及性 | NA |
| 16639 | 2024-08-05 |
THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad464
PMID:38145948
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研究论文 | THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息 | 该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号 | 当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足 | 研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达 | 研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 人工智能，深度学习 | 混合神经网络 | 图像 | NA |
| 16640 | 2024-08-05 |
Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network
2023-11-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad481
PMID:38171931
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研究论文 | 本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。 | 该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果 | 尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性 | 提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性 | 单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多层感知器和图神经网络 | 基因表达数据 | 四个具有金标准细胞标签的数据集 |