单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 16581 - 16600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16581 | 2024-08-07 |
Application of single-cell RNA sequencing in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
research paper | 本文总结了单细胞RNA测序在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用，探讨了其研究方法和临床转化思路。 | 通过单细胞RNA测序，发现了肿瘤细胞表达程序和分化轨迹的差异，以及免疫微环境中的免疫细胞亚群、免疫检查点的广泛表达和免疫细胞与非免疫细胞之间的复杂相互作用网络。 | NA | 探索单细胞RNA测序在头颈鳞状细胞癌中的研究方法和临床应用价值。 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的异质性和基因组突变，以及癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化状态和与肿瘤细胞、免疫细胞的相互作用。 | digital pathology | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16582 | 2024-08-07 |
A novel f -divergence based generative adversarial imputation method for scRNA-seq data analysis
2023-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.28.555223
PMID:37693609
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研究论文 | 本文提出了一种基于f-散度的生成对抗插补方法sc-GAIN，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值插补 | 该方法通过集成四种f-散度函数（交叉熵、Kullback-Leibler、反向KL和Jensen-Shannon）与生成对抗网络，实现了无需假设的插补值生成，并证明了插补数据与原始数据分布一致 | NA | 旨在提高对单细胞RNA测序数据中缺失值的插补性能，以增强对细胞多样性的理解并促进个性化治疗的发展 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 数字病理学 | NA | 生成对抗网络（GAN） | GAN | scRNA-seq数据 | NA |
| 16583 | 2024-08-05 |
scTIGER: A Deep-Learning Method for Inferring Gene Regulatory Networks from Case versus Control scRNA-seq Datasets
2023-Aug-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713339
PMID:37686146
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研究论文 | 提出了一种深度学习方法scTIGER，用于从病例与对照的scRNA-seq数据推断基因调控网络 | scTIGER通过使用配对scRNA-seq数据的共差异基因表达特征进行基因调控网络的推断，是一种创新的方法 | 该方法的具体限制在摘要中未详细说明 | 研究如何从单细胞RNA序列数据中推断基因调控网络 | 使用前列腺癌细胞和神经元的scRNA-seq数据进行研究 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 深度学习 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 使用前列腺癌细胞的scRNA-seq数据，具体样本量在摘要中未说明 |
| 16584 | 2024-08-05 |
Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Data to Explore the Key Role of Fatty Acid Metabolism in Breast Cancer
2023-Aug-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713209
PMID:37686016
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪酸代谢在乳腺癌中的关键作用 | 建立了FMGsScore以量化脂肪酸代谢相关基因的修饰模式，并揭示其与免疫微环境和免疫疗法预测之间的关系 | 研究对脂肪酸代谢机制的理解仍不充分 | 研究脂肪酸代谢在乳腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响 | 筛选了309个与脂肪酸代谢相关的基因并进行了差异表达分析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-Seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 309个脂肪酸代谢相关基因 |
| 16585 | 2024-08-07 |
Construction of a Matrix Cancer-Associated Fibroblast Signature Gene-Based Risk Prognostic Signature for Directing Immunotherapy in Patients with Breast Cancer Using Single-Cell Analysis and Machine Learning
2023-Aug-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713175
PMID:37685980
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，构建了一个基于矩阵癌相关成纤维细胞（mCAFs）特征基因的风险预测模型，用于指导乳腺癌患者的免疫治疗 | 开发了一种新的mCAF风险预测签名（mRPS），其临床结果预测准确性高于传统的TNM分期系统，并与抗肿瘤效应免疫细胞的浸润水平相关 | NA | 构建一个基于mCAFs特征基因的风险预测模型，以指导乳腺癌患者的免疫治疗 | 乳腺癌患者的癌相关成纤维细胞（CAFs）及其亚型mCAFs | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas（TCGA）的乳腺癌数据集 |
| 16586 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional and Epigenetic Profiles of Male Breast Cancer Nominate Salient Cancer-Specific Enhancers
2023-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713053
PMID:37685859
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研究论文 | 本研究提供了单细胞分辨率下男性乳腺癌肿瘤的匹配转录组（scRNA-seq）和表观遗传组（scATAC-seq）数据，以揭示男性与女性乳腺癌之间的基因表达差异，并识别潜在的治疗相关基因。 | 本研究首次在单细胞水平上分析了男性乳腺癌的转录组和表观遗传组，发现了男性乳腺癌特有的增强子，并揭示了这些增强子在调控基因表达中的重要作用。 | 本研究仅分析了两个未经治疗的男性乳腺癌肿瘤样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性。 | 旨在通过高分辨率分析男性乳腺癌的转录组和表观遗传组，为开发针对性的治疗策略提供依据。 | 男性乳腺癌肿瘤的转录组和表观遗传组。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 转录组, 表观遗传组 | 两个未经治疗的男性乳腺癌肿瘤样本 |
| 16587 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies distinct transcriptomic signatures between PMA/ionomycin- and αCD3/αCD28-activated primary human T cells
2023-Jun, Genomics & informatics
DOI:10.5808/gi.23009
PMID:37704208
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，比较了PMA/ionomycin和αCD3/αCD28两种不同激活方法对人类外周血单个核细胞来源T细胞的转录组特征 | 首次全面描述了化学和抗体两种不同激活方法对人类T细胞的差异性影响 | NA | 探讨不同激活方法对人类T细胞转录组的影响 | 人类外周血单个核细胞来源的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个独立供体的T细胞样本 |
| 16588 | 2024-08-05 |
A novel signature constructed by differential genes of muscle-invasive and non-muscle-invasive bladder cancer for the prediction of prognosis in bladder cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1187286
PMID:37691944
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研究论文 | 本研究构建了一种基于肌肉侵袭性和非肌肉侵袭性膀胱癌差异基因的预后模型 | 提出了一种新的预后模型，并发现S100A9可能成为新的预后标志物和治疗靶点 | 研究的样本数据主要来源于公共数据库，可能限制了结果的广泛适用性 | 构建膀胱癌患者的预后模型并研究其预后情况 | 膀胱癌患者的差异表达基因及其在肌肉侵袭性和非肌肉侵袭性膀胱癌中的作用 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞测序，微阵列 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 来自GEO和TCGA数据库的膀胱癌患者数据，以及GSE135337数据库的三名患者的单细胞测序数据 |
| 16589 | 2024-08-05 |
Target-Captured mRNA from Murine Olfactory Bulb
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_12
PMID:37688731
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研究论文 | 本文描述了一种从小鼠嗅球富集低丰度嗅觉受体mRNA的方法，以进行空间转录组学。 | 提出了一种通过序列切割和靶向捕获富集测序的结合方法，以克服低丰度目标表达的挑战。 | 本文未详细讨论该方法在其他物种中的适用性 | 研究嗅觉系统中受体组织和功能策略的基本原理 | 小鼠的嗅球及其中的嗅觉受体mRNA | 数字病理学 | NA | 靶向捕获富集测序 | NA | RNA | NA |
| 16590 | 2024-08-05 |
Identification of CHMP7 as a promising immunobiomarker for immunotherapy and chemotherapy and impact on prognosis of colorectal cancer patients
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1211843
PMID:37711849
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研究论文 | 本研究探讨了CHMP7作为结直肠癌患者免疫治疗和化疗的潜在免疫生物标志物及其对预后的影响 | CHMP7在肿瘤免疫中的作用和作为化疗及免疫治疗预后标志物的潜力是这项研究的创新点 | 肿瘤学对CHMP7的研究相对有限 | 旨在探讨CHMP7在结直肠癌中的表达及其对治疗效果和预后的影响 | 研究对象为结直肠癌组织样本和公共数据库中的多种肿瘤组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 分析了多个肿瘤组织和临床收集的结直肠癌组织样本 |
| 16591 | 2024-08-05 |
Genome-Wide RNA Tomography in the Mouse Whole Olfactory Mucosa
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3425-7_2
PMID:37688721
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研究论文 | 本研究描述了一种从新鲜冷冻小鼠整个嗅粘膜生成高质量RNA-seq文库的方法 | 开发了一种能够扩展到几乎任何脊椎动物器官或组织样本的空间转录组学方法 | 未提及具体的样本数量和不同类型的组织样本的应用限制 | 研究空间转录组学在组织内基因表达模式的整体轮廓 | 新鲜冷冻的小鼠整个嗅粘膜 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | NA | NA |
| 16592 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics reveals zinc and copper ions homeostasis in epicardial adipose tissue of heart failure
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.82844
PMID:37705737
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示了心力衰竭患者心外膜脂肪组织中的锌铜离子稳态 | 第一次使用伪时间重建技术绘制了心外膜脂肪组织中各种主要细胞类型的细胞轨迹 | 对心力衰竭患者心外膜脂肪组织的非免疫细胞的特征研究仍然有限 | 研究心力衰竭患者心外膜脂肪组织的免疫特征 | 包括一名新生儿、一名婴儿、一名儿童、两名成人心力衰竭患者及两名成人心脏移植供体的心外膜脂肪组织样本 | 数字病理学 | 心力衰竭 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 七个样本，包括一名新生儿、一名婴儿、一名儿童、两名成人心力衰竭患者和两名成人非心力衰竭供体 |
| 16593 | 2024-08-05 |
The core role of macrophages in hepatocellular carcinoma: the definition of molecular subtypes and the prognostic risk system
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1228052
PMID:37693905
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研究论文 | 本研究探讨了巨噬细胞在肝细胞癌中的核心作用，定义了分子亚型及预后风险系统 | 创新点在于通过分析巨噬细胞特异性高表达基因建立了肝细胞癌的分类和预后评估系统 | 本研究的限制在于未能探讨其他免疫细胞在肝细胞癌中的作用 | 研究巨噬细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的功能及其对患者预后的影响 | 研究对象为不同亚型的肝细胞癌患者，重点关注巨噬细胞的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型和多变量Cox回归模型 | 基因表达数据 | GSE149614数据集中包含的样本数量未具体说明，但涉及肝细胞癌的单细胞RNA-seq数据 |
| 16594 | 2024-08-07 |
Exploring the relationship between lactate metabolism and immunological function in colorectal cancer through genes identification and analysis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1173803
PMID:37691826
|
研究论文 | 本研究通过综合分析乳酸代谢相关基因，利用单变量Cox回归分析和随机森林算法，识别与结直肠癌代谢相关的关键基因，并探讨这些基因与免疫微环境的关系 | 本研究首次揭示了MPC1、COQ2和ADAMTS13这三个乳酸代谢关键基因在结直肠癌中的预后价值，并验证了它们与CD4 T细胞的相关性 | NA | 探索乳酸代谢与结直肠癌免疫功能之间的关系，并识别相关的关键基因 | 结直肠癌患者的乳酸代谢相关基因及免疫微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），荧光多重免疫组化 | 随机森林算法 | 基因表达数据 | NA |
| 16595 | 2024-08-07 |
ANGPTL2+cancer-associated fibroblasts and SPP1+macrophages are metastasis accelerators of colorectal cancer
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1185208
PMID:37691929
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研究论文 | 本研究探讨了结直肠癌肝转移的机制，并识别了ANGPTL2+癌症相关成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞作为转移促进因子。 | 本研究首次识别了ANGPTL2+癌症相关成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞作为结直肠癌肝转移的促进因子，并提供了潜在的治疗靶点。 | NA | 深入探索结直肠癌肝转移的新型促进因子和治疗靶点。 | 结直肠癌患者的RNA测序数据和临床病理信息。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 数百个差异表达基因在肝转移结直肠癌与原发性结直肠癌中被筛选出。 |
| 16596 | 2024-08-07 |
Pan-glioma analyses reveal species- and tumor-specific regulation of neuron-glioma synapse genes by lncRNAs
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1218408
PMID:37693314
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研究论文 | 本文通过跨物种的胶质瘤分析，揭示了长链非编码RNAs（lncRNAs）在神经-胶质瘤突触基因表达调控中的物种和肿瘤特异性 | 发现非人灵长类特异性的lncRNAs在神经-胶质瘤突触基因调控中比哺乳动物保守的lncRNAs更为重要，为肿瘤特异性胶质瘤治疗提供了新的潜在靶点 | NA | 探讨神经-胶质瘤突触基因表达及其调控的物种和肿瘤特异性 | 胶质瘤中的神经-胶质瘤突触结构及其基因表达调控 | 数字病理学 | 胶质瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 九个来自人和小鼠的scRNA-seq数据集 |
| 16597 | 2024-08-05 |
Spatial whole transcriptome profiling of primary tumor from patients with metastatic prostate cancer
2023-12-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.34708
PMID:37655984
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研究论文 | 本研究首次利用空间转录组学探索了转移性前列腺癌患者原发肿瘤内的空间基因表达异质性 | 揭示了肿瘤微环境对疾病进展的影响，并确定了潜在的预后生物标志物 | 研究仅包含三个患者样本，样本量较小 | 探讨转移性前列腺癌患者原发肿瘤中基因表达的空间异质性 | 来自三名前列腺癌患者的5459个组织点样本 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 三名患者，5459个组织点 |
| 16598 | 2024-08-05 |
Bacterial single-cell transcriptomics: Recent technical advances and future applications in dentistry
2023-Dec, The Japanese dental science review
DOI:10.1016/j.jdsr.2023.08.001
PMID:37674900
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研究论文 | 本文探讨了细菌单细胞转录组学的最新技术进展及其在牙科的未来应用 | 介绍了单细胞RNA测序在细菌研究中的应用，并突出其在细胞间多样性和宿主-细菌相互作用研究中的重要性 | 目前的研究仍面临捕获单细胞RNA的技术障碍 | 探索细菌在口腔健康中的作用和单细胞研究的未来应用 | 细菌及其与宿主细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA |
| 16599 | 2024-08-05 |
Abomasal RNA-seq reveals a strong local cellular response in suckling lambs with resistance against Haemonchus contortus
2023-Nov, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2023.06.008
PMID:37673202
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研究论文 | 本研究揭示了与Haemonchus contortus感染相关的不同羊种之间的粘膜特异性转录变化 | 首次使用RNA-seq分析比较了抗性与敏感性羊羔的胃肠道组织中的转录组变化 | 样本数量较少，可能影响结果的普适性 | 探索与Haemonchus contortus感染抗性相关的分子机制 | Santa Ines和Ile de France羊羔 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | RNA | 8只羊羔（Santa Ines 4只，Ile de France 4只） |
| 16600 | 2024-08-07 |
scGAMNN: Graph Antoencoder-Based Single-Cell RNA Sequencing Data Integration Algorithm Using Mutual Nearest Neighbors
2023-11, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2023.3311340
PMID:37656653
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研究论文 | 本文提出了一种基于图自编码器的深度学习模型scGAMNN，用于同时实现批量校正和拓扑保留的维度降低，以正确组装高维单细胞RNA测序数据集 | scGAMNN模型能够在消除数据集间的批次效应的同时，保持细胞间的拓扑关系 | NA | 开发一种新的算法，用于高维单细胞RNA测序数据集的集成和降维 | 单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 图自编码器 | 数据集 | NA |