单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16581 - 16600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16581 | 2024-08-07 |
Identification of the therapeutic mechanism of the saffron crocus on glioma through network pharmacology and bioinformatics analysis
2023-Sep-10, Medical oncology (Northwood, London, England)
DOI:10.1007/s12032-023-02142-2
PMID:37691037
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和生物信息学分析方法，探讨藏药西红花对胶质瘤的治疗机制 | 首次综合运用网络药理学和生物信息学方法，深入解析西红花对胶质瘤的作用机制 | 研究主要基于数据库分析，尚未进行实验验证 | 研究西红花对胶质瘤的治疗机制 | 西红花的活性成分及其对胶质瘤的作用 | 生物信息学 | 胶质瘤 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了来自TCGA和CGGA数据库的胶质瘤患者RNA-seq数据 |
| 16582 | 2024-08-07 |
Zika virus targets human trophoblast stem cells and prevents syncytialization in placental trophoblast organoids
2023-09-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41158-0
PMID:37684223
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研究论文 | 研究探讨了寨卡病毒（ZIKV）对人类滋养层干细胞（hTSCs）的影响及其在胎盘滋养层器官样体中的病理效应 | 首次展示了hTSCs对ZIKV的易感性及其分化状态的影响，以及ZIKV感染对hTSC衍生滋养层器官样体结构和功能的破坏 | 研究主要集中在细胞和器官样体水平，未涉及临床样本或动物模型 | 探究ZIKV在早期人类胚胎中对胎盘滋养层前体细胞的感染性和病理效应 | 人类滋养层干细胞（hTSCs）及其衍生的滋养层器官样体 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 16583 | 2024-08-07 |
Identification of co-diagnostic effect genes for aortic dissection and metabolic syndrome by multiple machine learning algorithms
2023-09-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-41017-4
PMID:37684281
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研究论文 | 本研究通过多种机器学习算法识别主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并探索其潜在分子机制。 | 本研究首次通过机器学习算法识别出主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因，并揭示了它们的共同发病机制。 | 研究使用的数据集主要来自公共数据库，可能存在样本选择偏倚；此外，机器学习模型的泛化能力需要在更多独立数据集上进行验证。 | 探索主动脉夹层和代谢综合征的共同发病机制，并识别共诊断效应基因。 | 主动脉夹层和代谢综合征的共诊断效应基因及其潜在分子机制。 | 机器学习 | 心血管疾病 | RNA测序 | 随机森林、LASSO回归、XGBoost | RNA-seq数据 | 5个主动脉夹层bulk RNA-seq数据集，1个升主动脉瘤单细胞RNA-seq数据集，1个代谢综合征bulk RNA-seq数据集 |
| 16584 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics identify TNFRSF1B as a novel T-cell exhaustion marker for ovarian cancer
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1416
PMID:37712139
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研究论文 | 单细胞转录组学确认TNFRSF1B作为卵巢癌的新型T细胞耗竭标记 | 识别并验证了一种与卵巢癌预后不良相关的新型CD8+ TNFRSF1B+ T细胞耗竭亚群 | 尚未进行大规模临床试验验证TNFRSF1B作为靶点的实际治疗效果 | 探索新的免疫治疗标记以改善卵巢癌患者的免疫治疗反应 | 高分化浆液性卵巢癌、高度免疫抑制的肿瘤微环境中CD8+ T细胞的亚群 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型 | 转录组数据 | 140名卵巢癌患者 |
| 16585 | 2024-08-05 |
Taxane chemotherapy induces stromal injury that leads to breast cancer dormancy escape
2023-09, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002275
PMID:37699010
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研究论文 | 这篇文章展示了紫杉烷化疗如何损伤间质细胞，导致乳腺癌的休眠逃逸 | 提出通过针对促肿瘤细胞因子或抑制细胞因子信号通路来防止癌症复发的Novel治疗策略 | 未明确讨论研究的临床转化或普遍适用性 | 研究化疗后乳腺癌细胞休眠逃逸的机制 | 研究乳腺癌模型中的肿瘤细胞和间质细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组学 | 肿瘤间质类器官模型和小鼠乳腺癌模型 | 细胞组织数据 | NA |
| 16586 | 2024-08-05 |
Identification of experimentally-supported poly(A) sites in single-cell RNA-seq data with SCINPAS
2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad079
PMID:37705828
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研究论文 | 这篇文章介绍了一种计算方法SCINPAS，用于从单细胞RNA测序数据中识别实验支持的poly(A)位点 | SCINPAS通过修改读数去重复步骤，优先选择远端读数，从而提高了poly(A)位点的恢复分辨率 | 该研究未提及任何具体的局限性 | 识别和量化不同细胞类型中的poly(A)位点 | 单细胞RNA测序数据中的poly(A)位点 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 16587 | 2024-08-05 |
Long noncoding RNA Regulating ImMune Escape regulates mixed lineage leukaemia protein-1-H3K4me3-mediated immune escape in oesophageal squamous cell carcinoma
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1410
PMID:37712124
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研究论文 | 本研究探讨了长非编码RNA (lncRNA) 在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗抵抗中的作用 | 识别了一个与肿瘤免疫逃逸和免疫治疗抵抗相关的lncRNA，并阐明了其机制 | 尚未在临床环境中验证该lncRNA作为生物标志物的有效性 | 研究lncRNA在食管鳞状细胞癌免疫逃逸和免疫治疗中的作用 | 食管鳞状细胞癌及其免疫细胞相互作用 | 数字病理学 | 食管癌 | CRISPR-Cas9，单细胞测序，流式细胞术 | 人源化PBMC小鼠模型 | 生物样本，RNA序列 | 涉及食管鳞状细胞癌患者的样本以及huPBMC-NOG小鼠模型 |
| 16588 | 2024-08-07 |
A Network Landscape of HPVOPC Reveals Methylation Alterations as Significant Drivers of Gene Expression via an Immune-Mediated GPCR Signal
2023-Sep-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers15174379
PMID:37686653
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研究论文 | 本文通过网络传播分析研究了HPV相关口咽癌（HPVOPC）中多种肿瘤改变，包括DNA甲基化改变、可变剪接事件（ASE）和拷贝数变异（CNV），并验证了TCGA数据中的发现。 | 本文首次揭示了甲基化改变在HPVOPC中通过免疫介导的GPCR信号对基因表达的重要驱动作用，并发现CXCR3轴在肿瘤免疫交互中的调节作用。 | 本文的研究结果主要基于发现队列和TCGA数据的验证，需要进一步的临床研究来探索靶向治疗的机会。 | 阐明HPVOPC中肿瘤改变的相对贡献，特别是甲基化改变、ASE和CNV，以深入理解该疾病的致癌驱动因素。 | HPV相关口咽癌（HPVOPC）肿瘤及其肿瘤改变，包括DNA甲基化、可变剪接事件和拷贝数变异。 | 数字病理学 | 口咽癌 | 网络传播分析 | NA | DNA甲基化数据、基因表达数据 | 46例HPVOPC肿瘤和25例癌症无关对照 |
| 16589 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing captures patient-level heterogeneity and associated molecular phenotypes in breast cancer pleural effusions
2023-09, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.1356
PMID:37691350
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞异质性和相关分子表型 | 首次在单细胞分辨率下无偏见地评估了与乳腺癌相关的恶性胸腔积液，为研究提供了宝贵的资源 | NA | 研究乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞异质性和相关分子表型 | 乳腺癌恶性胸腔积液中的细胞类型、基因表达和拷贝数变异模式 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个恶性胸腔积液样本，来自7名转移性乳腺癌患者，包含近65,000个细胞 |
| 16590 | 2024-08-07 |
Mechanisms of Extraorbital Lacrimal Gland Aging in Mice: An Integrative Analysis of the Temporal Transcriptome
2023-09-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.12.18
PMID:37695604
|
研究论文 | 本研究使用高通量RNA测序（RNA-Seq）和生物信息学分析，探讨了小鼠泪腺衰老过程中24小时周期内转录组的变化 | 首次全面分析了小鼠泪腺衰老过程中24小时周期内转录组的变化，并验证了这些变化在单细胞RNA测序水平上的细胞群和信号通路 | 研究仅限于C57BL/6J小鼠，可能不适用于其他品种的小鼠 | 探讨小鼠泪腺衰老过程中转录组的变化及其潜在机制 | 小鼠的外泪腺（ELGs） | 生物信息学 | NA | RNA测序（RNA-Seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 12周龄和20月龄的C57BL/6J雄性小鼠各一组，每组在24小时内收集8个时间点的样本 |
| 16591 | 2024-08-07 |
Therapeutic Effects of Upadacitinib on Experimental Autoimmune Uveitis: Insights From Single-Cell Analysis
2023-09-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.12.28
PMID:37713206
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研究论文 | 本研究旨在阐明JAK1特异性抑制剂upadacitinib对实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）的影响及其潜在机制 | 利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）技术，首次深入分析了upadacitinib对EAU中JAK/STAT通路的影响，并揭示了其对免疫细胞基因表达和细胞间通讯的调控作用 | 研究样本仅限于12名Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者和EAU的颈淋巴结细胞，样本量较小可能影响结果的普遍性 | 探讨upadacitinib对EAU的治疗效果及其作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）和Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者的外周血单个核细胞（PBMCs）及颈淋巴结细胞（CDLN） | NA | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞可及染色质测序（scATAC-seq）、流式细胞术、蛋白质印迹法 | NA | 单细胞数据 | 12名Vogt-Koyanagi-Harada（VKH）疾病患者和EAU的颈淋巴结细胞 |
| 16592 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional Landscape Reveals the Regulatory Network and Its Heterogeneity of Renal Mitochondrial Damages in Diabetic Kidney Disease
2023-Aug-31, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713502
PMID:37686311
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了db/db小鼠（一种2型糖尿病和糖尿病肾病研究模型）肾细胞中线粒体稳态的单细胞水平转录组异质性。 | 研究揭示了糖尿病肾病进展和药物治疗期间，收集管主细胞和B细胞等不同细胞类型中线粒体紊乱的异质性，为理解糖尿病肾病的发病机制提供了新视角。 | NA | 探讨糖尿病肾病中肾细胞线粒体损伤的调控网络及其异质性。 | db/db小鼠的肾细胞线粒体稳态。 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 包含13种精心捕获和验证的肾细胞类型的综合数据集 |
| 16593 | 2024-08-07 |
Dynamic changes in macrophage subtypes during lung cancer progression and metastasis at single-cell resolution
2023-Aug-31, Journal of thoracic disease
IF:2.1Q3
DOI:10.21037/jtd-23-1012
PMID:37691661
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据的重分析和图谱重建，系统比较了不同阶段肺癌中巨噬细胞亚型的组成和转录变化 | 发现随着肺癌的进展，肺泡巨噬细胞的比例逐渐减少，而巨噬细胞和单核细胞的比例逐渐增加，并识别出9种在肺癌进展和转移中富集的巨噬细胞特异性相互作用 | NA | 揭示肺癌进展和转移过程中巨噬细胞在不同阶段的详细变化，并提供潜在的治疗靶点 | 肺癌中的巨噬细胞亚型及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16594 | 2024-08-07 |
Application of single-cell RNA sequencing in head and neck squamous cell carcinoma
2023-Aug-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
|
research paper | 本文总结了单细胞RNA测序在头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中的应用，探讨了其研究方法和临床转化思路。 | 通过单细胞RNA测序，发现了肿瘤细胞表达程序和分化轨迹的差异，以及免疫微环境中的免疫细胞亚群、免疫检查点的广泛表达和免疫细胞与非免疫细胞之间的复杂相互作用网络。 | NA | 探索单细胞RNA测序在头颈鳞状细胞癌中的研究方法和临床应用价值。 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC）的异质性和基因组突变，以及癌症相关成纤维细胞（CAFs）的分化状态和与肿瘤细胞、免疫细胞的相互作用。 | digital pathology | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16595 | 2024-08-07 |
A novel f -divergence based generative adversarial imputation method for scRNA-seq data analysis
2023-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.08.28.555223
PMID:37693609
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研究论文 | 本文提出了一种基于f-散度的生成对抗插补方法sc-GAIN，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的缺失值插补 | 该方法通过集成四种f-散度函数（交叉熵、Kullback-Leibler、反向KL和Jensen-Shannon）与生成对抗网络，实现了无需假设的插补值生成，并证明了插补数据与原始数据分布一致 | NA | 旨在提高对单细胞RNA测序数据中缺失值的插补性能，以增强对细胞多样性的理解并促进个性化治疗的发展 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 数字病理学 | NA | 生成对抗网络（GAN） | GAN | scRNA-seq数据 | NA |
| 16596 | 2024-08-05 |
scTIGER: A Deep-Learning Method for Inferring Gene Regulatory Networks from Case versus Control scRNA-seq Datasets
2023-Aug-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713339
PMID:37686146
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研究论文 | 提出了一种深度学习方法scTIGER，用于从病例与对照的scRNA-seq数据推断基因调控网络 | scTIGER通过使用配对scRNA-seq数据的共差异基因表达特征进行基因调控网络的推断，是一种创新的方法 | 该方法的具体限制在摘要中未详细说明 | 研究如何从单细胞RNA序列数据中推断基因调控网络 | 使用前列腺癌细胞和神经元的scRNA-seq数据进行研究 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 深度学习 | 卷积神经网络 | 基因表达数据 | 使用前列腺癌细胞的scRNA-seq数据，具体样本量在摘要中未说明 |
| 16597 | 2024-08-05 |
Integrating Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Data to Explore the Key Role of Fatty Acid Metabolism in Breast Cancer
2023-Aug-25, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713209
PMID:37686016
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研究论文 | 本研究探讨了脂肪酸代谢在乳腺癌中的关键作用 | 建立了FMGsScore以量化脂肪酸代谢相关基因的修饰模式，并揭示其与免疫微环境和免疫疗法预测之间的关系 | 研究对脂肪酸代谢机制的理解仍不充分 | 研究脂肪酸代谢在乳腺癌中的作用及其对免疫微环境的影响 | 筛选了309个与脂肪酸代谢相关的基因并进行了差异表达分析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-Seq | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 309个脂肪酸代谢相关基因 |
| 16598 | 2024-08-07 |
Construction of a Matrix Cancer-Associated Fibroblast Signature Gene-Based Risk Prognostic Signature for Directing Immunotherapy in Patients with Breast Cancer Using Single-Cell Analysis and Machine Learning
2023-Aug-24, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713175
PMID:37685980
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和机器学习技术，构建了一个基于矩阵癌相关成纤维细胞（mCAFs）特征基因的风险预测模型，用于指导乳腺癌患者的免疫治疗 | 开发了一种新的mCAF风险预测签名（mRPS），其临床结果预测准确性高于传统的TNM分期系统，并与抗肿瘤效应免疫细胞的浸润水平相关 | NA | 构建一个基于mCAFs特征基因的风险预测模型，以指导乳腺癌患者的免疫治疗 | 乳腺癌患者的癌相关成纤维细胞（CAFs）及其亚型mCAFs | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 使用了The Cancer Genome Atlas（TCGA）的乳腺癌数据集 |
| 16599 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional and Epigenetic Profiles of Male Breast Cancer Nominate Salient Cancer-Specific Enhancers
2023-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms241713053
PMID:37685859
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研究论文 | 本研究提供了单细胞分辨率下男性乳腺癌肿瘤的匹配转录组（scRNA-seq）和表观遗传组（scATAC-seq）数据，以揭示男性与女性乳腺癌之间的基因表达差异，并识别潜在的治疗相关基因。 | 本研究首次在单细胞水平上分析了男性乳腺癌的转录组和表观遗传组，发现了男性乳腺癌特有的增强子，并揭示了这些增强子在调控基因表达中的重要作用。 | 本研究仅分析了两个未经治疗的男性乳腺癌肿瘤样本，样本量较小，可能影响结果的普遍性。 | 旨在通过高分辨率分析男性乳腺癌的转录组和表观遗传组，为开发针对性的治疗策略提供依据。 | 男性乳腺癌肿瘤的转录组和表观遗传组。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, scATAC-seq | NA | 转录组, 表观遗传组 | 两个未经治疗的男性乳腺癌肿瘤样本 |
| 16600 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies distinct transcriptomic signatures between PMA/ionomycin- and αCD3/αCD28-activated primary human T cells
2023-Jun, Genomics & informatics
DOI:10.5808/gi.23009
PMID:37704208
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术，比较了PMA/ionomycin和αCD3/αCD28两种不同激活方法对人类外周血单个核细胞来源T细胞的转录组特征 | 首次全面描述了化学和抗体两种不同激活方法对人类T细胞的差异性影响 | NA | 探讨不同激活方法对人类T细胞转录组的影响 | 人类外周血单个核细胞来源的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个独立供体的T细胞样本 |