单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1641	2025-07-20	CRISPR-based genetic screens in human pluripotent stem cells derived neurons and brain organoids 2025-Jan, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-024-03934-2 PMID:39585363	review	本文总结了基于CRISPR的功能基因组学筛选方法在人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官中的应用	结合CRISPR基因筛选与单细胞RNA测序技术，揭示神经发育障碍的发病机制	当前方法仍面临一些挑战，如技术限制和样本复杂性	研究神经发育障碍的遗传机制并探索潜在治疗策略	人类多能干细胞衍生的神经元和脑类器官	功能基因组学	神经发育障碍（如小头畸形和自闭症谱系障碍）	CRISPR, scRNA-seq	NA	基因组数据, 转录组数据	NA
1642	2025-07-20	Single-Cell Profiling of Lineages and Cell Types in the Vertebrate Brain 2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-4310-5_15 PMID:39745647	研究论文	本文介绍了一种结合CRISPR-Cas9编辑和单细胞RNA测序的技术scGESTALTv2，用于在斑马鱼大脑发育过程中进行细胞谱系追踪和转录组分析	开发了scGESTALTv2技术，将CRISPR-Cas9谱系追踪与单细胞RNA测序相结合，实现了大规模单细胞分辨率的谱系追踪	研究仅限于斑马鱼模型，尚未在其他生物体中验证	开发新的细胞谱系追踪技术并研究脊椎动物大脑中的细胞类型和谱系关系	斑马鱼大脑发育过程中的细胞	单细胞组学	NA	CRISPR-Cas9编辑, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	scGESTALTv2	单细胞转录组数据	数千个大脑细胞和数十种细胞类型
1643	2025-07-20	Single-cell analysis of CD14+CD16+ monocytes identifies a subpopulation with an enhanced migratory and inflammatory phenotype 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1475480 PMID:40051633	研究论文	通过单细胞RNA测序分析CD14+CD16+单核细胞，发现了一个具有增强迁移和炎症表型的亚群	首次在CD14+CD16+单核细胞中鉴定出具有特定炎症和迁移特性的亚群（Group 1 monocytes）	研究主要基于体外实验，未在体内模型中验证Group 1 monocytes的功能	探究CD14+CD16+单核细胞亚群在神经炎症疾病中的作用	人类CD14+CD16+单核细胞	单细胞分析	HIV相关神经认知障碍（HIV-NCI）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1644	2025-07-20	Single-cell technologies and spatial transcriptomics: decoding immune low - response states in endometrial cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1636483 PMID:40672944	研究论文	本文探讨了单细胞测序和空间转录组学在解码子宫内膜癌免疫低反应状态中的应用	结合单细胞测序和空间转录组学技术，进行整合多组学分析，以开发免疫疗法并改善预后和诊断	存在道德和法律问题	解决子宫内膜癌中缺乏可靠预测生物标志物的问题，改善免疫疗法效果	子宫内膜癌，特别是无特定分子谱（NSMP）亚型伴随p53突变的宫颈癌	数字病理学	子宫内膜癌	单细胞测序，空间转录组学（ST）	NA	基因表达数据，空间组织数据	NA
1645	2025-07-20	Multi-omics analysis reveals glutathione metabolism-related immune suppression and constructs a prognostic model in lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1608407 PMID:40672941	研究论文	通过多组学分析揭示了谷胱甘肽代谢相关的免疫抑制，并构建了肺腺癌的预后模型	揭示了谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系，构建了基于关键基因的预后模型	研究结果需要进一步在更大样本和临床实践中验证	探究谷胱甘肽代谢与肺腺癌免疫微环境的关系及其临床意义	肺腺癌患者及其免疫微环境	肿瘤免疫学	肺腺癌	GWAS, scRNA-seq, WGCNA, LASSO-Cox回归, qRT-PCR	预后风险模型	基因组数据, 转录组数据, 单细胞RNA测序数据	TCGA数据库和两个独立的GEO数据集中的肺腺癌样本
1646	2025-07-20	Integrated single-cell chromatin and transcriptomic analyses of peripheral immune cells in patients with alopecia areata 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565241 PMID:40672948	研究论文	通过整合单细胞染色质和转录组分析，研究斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调	首次整合单细胞RNA测序和染色质可及性测序技术，全面分析斑秃患者外周免疫细胞的转录和表观遗传变化	研究样本量相对较小，且仅关注外周血单个核细胞，未涉及病变皮肤组织	探索斑秃患者外周免疫细胞的系统免疫失调机制	斑秃患者和健康对照者的外周血单个核细胞	单细胞组学	斑秃	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	32,453个高质量细胞，涵盖36种免疫细胞亚型
1647	2025-07-20	Prediction and immune landscape study of potentially key autophagy-related biomarkers in preeclampsia with gestational diabetes mellitus 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1571795 PMID:40672961	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了妊娠期糖尿病合并子痫前期中自噬相关基因的表达变化	整合多组学方法，识别了新的生物标志物和治疗靶点，并利用单细胞RNA测序验证了结果	需要进一步实验验证和更大样本量的研究	探讨妊娠期糖尿病合并子痫前期的分子机制，寻找潜在生物标志物	妊娠期糖尿病合并子痫前期的患者	生物信息学	妊娠期糖尿病和子痫前期	基因表达谱分析、WGCNA、GO和KEGG富集分析、机器学习建模、免疫浸润分析、单细胞RNA测序、RT-qPCR	机器学习模型	基因表达数据	胎盘样本（具体数量未提及）
1648	2025-07-20	Precancerous pathways to gastric cancer: a review of experimental animal models recapitulating the correa cascade 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1620756 PMID:40673273	综述	本文全面分析了胃癌前病变的动物模型，评估了各类模型的优缺点及其在模拟人类胃癌发生Correa级联中的能力	重点介绍了遗传工程特别是胃特异性诱导Cre重组酶系统的最新进展，这些模型能忠实再现人类胃癌亚型的谱系及转移性疾病特征	现有模型主要产生表达解痉多肽的化生而非真正的肠化生，限制了其转化相关性	研究胃癌前病变的发病机制以制定有效的预防和治疗策略	胃癌前病变的动物模型	病理学	胃癌	单细胞RNA测序、类器官模型	遗传工程小鼠模型（GEMMs）	实验数据	NA
1649	2025-07-20	Cellular communication network factor 2 regulates smooth muscle cell transdifferentiation and lipid accumulation in atherosclerosis 2024-Dec-31, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae215 PMID:39365752	研究论文	本研究探讨了细胞通讯网络因子2（CCN2）在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞转分化和脂质积累的功能及机制	揭示了CCN2在平滑肌细胞转分化中的保护作用及其调控机制	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证有限	阐明CCN2在动脉粥样硬化中调节平滑肌细胞可塑性的功能及机制	人类和小鼠的动脉粥样硬化模型	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	人类和小鼠的主动脉平滑肌细胞
1650	2025-07-20	sc-SPLASH provides ultra-efficient reference-free discovery in barcoded single-cell sequencing 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630263 PMID:39763839	研究论文	介绍了一种名为sc-SPLASH的高效、无需参考基因组的单细胞RNA测序分析流程	sc-SPLASH扩展了SPLASH框架，支持条形码单细胞RNA测序和空间转录组学，能够发现参考基因组中缺失的序列变异	未明确提及具体限制	开发一种无需参考基因组的单细胞RNA测序分析方法，以发现转录组多样性	人类、海鞘和海绵的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 10x Chromium, 10x Visium	NA	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	涉及人类、海鞘和海绵的数据，具体样本量未明确
1651	2025-07-20	Chondroitin sulfate proteoglycan 4 increases invasion of recessive dystrophic epidermolysis bullosa-associated cutaneous squamous cell carcinoma by modifying transforming growth factor-β signalling 2024-Dec-23, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljae295 PMID:39018437	研究论文	该研究探讨了硫酸软骨素蛋白聚糖4（CSPG4）在隐性营养不良性大疱性表皮松解症（RDEB）相关皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的作用及其通过改变转化生长因子-β（TGF-β）信号传导促进肿瘤侵袭的机制	首次揭示了CSPG4通过调节TGF-β信号通路中的SMAD3磷酸化增强RDEB cSCC的侵袭性，并证实CSPG4可能成为RDEB cSCC的治疗靶点	研究主要基于体外细胞系和有限的组织样本，未进行大规模临床验证	评估CSPG4在RDEB cSCC中的表达和功能	RDEB cSCC细胞系、RDEB cSCC肿瘤组织及非RDEB cSCC肿瘤组织	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	免疫组织化学、单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	体外全层肿瘤模型	基因表达数据、组织病理学数据	多个RDEB cSCC细胞系及已发表的scRNA-Seq数据集
1652	2025-07-20	CFTR represses a PDX1 axis to govern pancreatic ductal cell fate 2024-Dec-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111393 PMID:39687022	研究论文	该研究揭示了CFTR蛋白通过调控PDX1表达影响胰腺导管细胞命运的机制	发现了CFTR蛋白水平（而非其通道功能）调控PDX1表达的新机制，解释了CF突变如何影响胰腺外分泌/内分泌重塑	研究主要基于CF雪貂模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CFTR蛋白缺失对胰腺导管细胞命运及胰岛功能的影响机制	CF雪貂模型的胰腺导管细胞	分子生物学	囊性纤维化	RNA-seq, scRNA-seq, ATAC-seq	NA	转录组数据、表观遗传数据	CF雪貂模型（具体数量未明确说明）
1653	2025-07-20	Cycling alpha cells in regenerative drug-treated human pancreatic islets may serve as key beta cell progenitors 2024-Dec-17, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101832 PMID:39626675	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了DYRK1A抑制剂单独或与GLP-1或LY联合使用时对人类胰腺胰岛中α细胞的影响，揭示了循环α细胞可能作为β细胞前体细胞的机制	首次发现循环α细胞对DYRK1A抑制最为敏感，并可能通过转分化成为β细胞前体细胞	研究未明确DYRK1A抑制剂促使α细胞转分化的具体分子机制	探索恢复糖尿病患者β细胞数量的潜在治疗方法	人类胰腺胰岛中的α细胞和β细胞	再生医学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	人类胰腺胰岛样本（具体数量未提及）
1654	2025-07-20	Elucidating Sex-Specific Immune Profiles in a Breast Cancer Model 2024-Dec-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms252313113 PMID:39684829	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌雄小鼠乳腺癌模型中性别特异的免疫和激素特征差异	首次在雌雄ER+乳腺癌转基因小鼠模型中系统揭示性别依赖的肿瘤免疫微环境差异	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	阐明乳腺癌中性别特异的免疫特征差异	MMTV-PyMT转基因雌雄小鼠的ER+乳腺癌模型	肿瘤免疫学	乳腺癌	scRNA-Seq, 全片免疫组化, 流式细胞术	MMTV-PyMT转基因小鼠模型	基因表达数据, 图像数据, 细胞计数数据	未明确说明数量的雌雄转基因小鼠样本
1655	2025-07-20	Sex-specific regulatory architecture of pancreatic islets from subjects with and without type 2 diabetes 2024-Dec, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00313-z PMID:39567827	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和单核ATAC测序技术，探讨了2型糖尿病和非糖尿病供体胰岛细胞的性别特异性调控差异	揭示了2型糖尿病胰岛细胞在性染色体和常染色体基因上的性别差异，并提出了线粒体功能在女性向2型糖尿病转变中的作用	样本量相对较小（52名供体），且仅针对胰岛细胞进行研究	探究2型糖尿病胰岛细胞性别差异的分子机制	人类胰岛细胞（来自52名2型糖尿病和非糖尿病供体）	基因组学	2型糖尿病	scRNA-seq, snATAC-seq	NA	基因组数据	52名供体的胰岛细胞
1656	2025-07-20	Sample multiplexing for retinal single-cell RNA sequencing 2024-Nov-15, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.111250 PMID:39569377	research paper	本文介绍了一种用于视网膜单细胞RNA测序的样本多重标记方法，以提高稀有细胞群体的表征效率	开发了一种使用胆固醇修饰寡核苷酸进行样本多重标记的scRNA-seq流程，能够解析样本来源并与表型数据结合	方法主要应用于小鼠视网膜神经节细胞，尚未在其他细胞类型或物种中验证	解决稀有细胞群体在单细胞RNA测序中的表征挑战	小鼠视网膜神经节细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, 样本多重标记技术	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量，但涉及多个视网膜样本
1657	2025-07-20	Collapsible tree: interactive web app to present collapsible hierarchies 2024-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae645 PMID:39460943	research paper	介绍了一个名为Collapsible Tree的JavaScript框架和交互式网络应用，用于展示可折叠的层次结构	提出了一个能够同时展示细胞状态和基因表达的交互式层次图，克服了t-SNE和UMAP需要分开展示的局限性	未提及具体的技术限制或性能瓶颈	开发一个直观的数据可视化工具，用于展示层次树结构	单细胞转录组学数据	数据可视化	NA	JavaScript框架	NA	基因表达数据	NA
1658	2025-07-20	Multiomic single-cell sequencing defines tissue-specific responses in Stevens-Johnson syndrome and toxic epidermal necrolysis 2024-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52990-3 PMID:39379371	研究论文	通过单细胞多组学测序技术，研究Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症（SJS/TEN）的组织特异性反应	首次使用单细胞转录组、表面蛋白质组和T细胞受体（TCR）测序技术，全面解析SJS/TEN患者的免疫病理机制	样本量较小（15名患者），且为罕见疾病，可能限制结果的普遍性	揭示SJS/TEN的细胞免疫病理机制，并识别潜在的治疗靶点	15名SJS/TEN患者的未受影响皮肤、受影响皮肤和水疱液	单细胞测序	Stevens-Johnson综合征和中毒性表皮坏死松解症	单细胞转录组测序、表面蛋白质组测序、T细胞受体（TCR）测序	NA	单细胞多组学数据	15名患者的109,888个细胞
1659	2025-07-20	Preventive Treatment with a CD73 Small Molecule Inhibitor Enhances Immune Surveillance in K-Ras Mutant Pancreatic Intraepithelial Neoplasia 2024-Oct-01, Cancer prevention research (Philadelphia, Pa.) DOI:10.1158/1940-6207.CAPR-24-0200 PMID:39099209	research paper	该研究探讨了CD73小分子抑制剂AB-680在K-Ras突变胰腺上皮内瘤变（PanIN）中的免疫预防作用	首次证明CD73抑制剂AB-680可增强免疫监视，减少PanIN进展，并改变肿瘤微环境中的免疫细胞组成	研究仅在KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中进行，尚未在人体试验验证	探索CD73抑制作为胰腺导管腺癌（PDAC）免疫预防新策略的潜力	KrasG12D; PdxCre1基因工程小鼠模型中的胰腺上皮内瘤变（PanIN）	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	KrasG12D; PdxCre1（KC）基因工程小鼠模型	基因表达数据	KC小鼠模型（具体数量未明确说明）
1660	2025-07-20	Therapeutic single-cell landscape: methotrexate exacerbates interstitial lung disease by compromising the stemness of alveolar epithelial cells under systemic inflammation 2024-Oct, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105339 PMID:39303666	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了甲氨蝶呤（MTX）和TNF抑制剂对类风湿关节炎相关间质性肺病（RA-ILD）的影响	揭示了MTX通过促进免疫细胞浸润、Th17激活和纤维化加剧肺炎症，而TNF抑制剂则改善这些特征并抑制ILD进展	研究主要基于SKG小鼠模型，人类队列数据仍需进一步验证	评估MTX和TNF抑制剂对RA-ILD的影响	SKG小鼠模型和人类RA-ILD队列	单细胞转录组学	间质性肺病	单细胞转录组学	SKG小鼠模型	转录组数据	NA