单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1641	2025-05-27	Heterogeneity of fibroblasts from different anatomical sites in healthy human knee ligaments revealed by single-cell RNA sequencing 2025-May, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111040 PMID:40139473	research paper	通过单细胞RNA测序揭示了健康人膝关节韧带中不同解剖部位成纤维细胞的异质性	鉴定了可能与膝关节韧带解剖相关的三个成纤维细胞亚群，并揭示了它们的分化关系，以及可能与膝关节韧带解剖功能相关的FTH1/FTL_SCARA5信号通路	研究仅针对健康受试者，未涉及膝关节韧带疾病患者	研究膝关节韧带的生理功能和特性，以及不同部位韧带结构与功能的关系	15名健康受试者的膝关节韧带细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	约106,077个细胞，来自15名健康受试者
1642	2025-05-27	NAE1 protein: a prognostic, immunomodulatory, and therapeutic biomarker associated with neddylation in hepatocellular carcinoma 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143539 PMID:40300298	研究论文	本研究探讨了NAE1蛋白作为肝细胞癌（HCC）的预后、免疫调节和治疗生物标志物的潜力	首次将NAE1确定为HCC预后最显著的neddylation相关基因，并通过多种方法验证其作为独立风险因素和免疫调节因子的作用	未明确说明样本量大小，且研究结果需要进一步的临床验证	探索NAE1作为HCC的新型生物标志物和治疗靶点的潜力	肝细胞癌（HCC）患者和HCC细胞系	癌症研究	肝细胞癌	加权基因共表达网络分析（WGCNA）、机器学习、单细胞RNA测序、分子对接	Cox回归模型、nomogram预测模型	基因表达数据、临床数据	NA
1643	2025-05-27	[The effects of resveratrol on osteosarcoma cells: Regulation of the interaction between JAK2/STAT3 signaling pathway and tumor immune microenvironment] 2025-May, Xi bao yu fen zi mian yi xue za zhi = Chinese journal of cellular and molecular immunology PMID:40415621	研究论文	研究白藜芦醇对骨肉瘤肿瘤微环境的影响及其通过调节JAK2/STAT3信号通路与肿瘤免疫微环境相互作用的机制	揭示了白藜芦醇通过抑制JAK2/STAT3信号通路促进CD8 T细胞浸润的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索白藜芦醇在骨肉瘤治疗中的潜在作用	LM8骨肉瘤细胞和C57BL/6小鼠模型	肿瘤免疫学	骨肉瘤	单细胞测序、免疫组化、Western blotting	C57BL/6异种移植小鼠模型	测序数据、蛋白质印迹数据、免疫组化数据	未明确说明样本数量的小鼠模型
1644	2025-05-27	Distinct transcriptional changes in hematopoietic progenitor subsets on LPS-induced emergency granulopoiesis 2025-Apr-30, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104792 PMID:40316244	研究论文	研究探讨了在LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中，不同多能祖细胞（MPPs）在早期阶段的转录变化及其对粒细胞生成的贡献	揭示了LPS暴露如何影响淋巴偏向的MPP4的移植能力，并通过单细胞RNA测序发现了非谱系定向的MPPs向髓系和红系偏向祖细胞的转录重编程	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类或其他动物模型	探究LPS诱导的紧急粒细胞生成过程中不同MPP亚群的作用	野生型小鼠的多能祖细胞（MPPs）	免疫学	感染性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	野生型小鼠的MPPs
1645	2025-05-27	A spatiotemporal cell atlas of cardiopulmonary progenitor cell allocation during development 2025-Apr-22, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115513 PMID:40178979	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和计算分析，构建了一个心肺祖细胞在发育过程中的时空细胞图谱	揭示了Wnt2心肺祖细胞衍生细胞谱系的多样性，包括所有肺中胚层谱系、心室心肌细胞、心外膜和心包细胞	研究仅追踪了E8.5时期的Wnt2心肺祖细胞，可能未涵盖其他发育阶段的祖细胞	阐明心肺祖细胞在器官发育过程中的分配机制	小鼠胚胎中的Wnt2表达心肺祖细胞及其衍生细胞	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 谱系追踪, 计算分析	NA	单细胞转录组数据, 空间映射数据	E8.5小鼠胚胎中的Wnt2心肺祖细胞及其发育过程中的衍生细胞
1646	2025-05-27	Systemic coordination of whole-body tissue remodeling during local regeneration in sea anemones 2025-03-10, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.11.001 PMID:39615481	研究论文	本研究探讨了海葵在局部再生过程中全身组织重塑的系统性协调机制	揭示了局部再生触发全身稳态反应的机制，并发现金属蛋白酶在其中的关键作用	研究仅在海葵中进行，尚未在其他生物体验证	理解再生过程中全身反应的协调机制	海葵(Nematostella vectensis)的再生过程	发育生物学	NA	空间转录组学、内源蛋白标记、活体成像	NA	分子表达数据、影像数据	NA
1647	2025-05-27	Frizzled5 controls murine intestinal epithelial cell plasticity through organization of chromatin accessibility 2025-02-03, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.021 PMID:39579769	研究论文	本文阐明了Frizzled5（Fzd5）在小鼠肠道上皮细胞命运决定中的关键作用，通过调控染色质可及性来影响肠道上皮的可塑性	揭示了Fzd5通过组织染色质可及性调控肠道上皮细胞可塑性的新机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究Fzd5在肠道上皮细胞可塑性调控中的作用	小鼠肠道上皮细胞，特别是Lgr5标记的肠道干细胞（ISCs）和Krt19细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq）	NA	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	NA
1648	2025-05-27	Dynamic Reprogramming of Stromal Pdgfra-expressing cells during WNT-Mediated Transformation of the Intestinal Epithelium 2025-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.22.634326 PMID:39896606	研究论文	本研究揭示了在WNT驱动的肿瘤发生过程中，表达Pdgfra的成纤维细胞如何动态重编程以促进肠道上皮的再生样状态	首次揭示了Pdgfra成纤维细胞在WNT介导的组织转化中的动态重编程作用，并发现TGFB信号在这一过程中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证尚未进行	探究WNT介导的肠道上皮转化过程中基质细胞的作用机制	表达Pdgfra的成纤维细胞和肠道上皮细胞	肿瘤生物学	肠道肿瘤	单细胞RNA测序(RNA-seq)	小鼠模型	RNA测序数据	NA
1649	2025-05-26	The immune system in cardiovascular diseases: from basic mechanisms to therapeutic implications 2025-May-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-025-02220-z PMID:40404619	综述	本文综述了免疫系统在心血管疾病中的生理和病理调节作用，从基础机制到治疗应用	深入探讨了免疫系统在心血管疾病中的多层次调控机制，并总结了免疫疗法在临床前和临床研究中的最新进展	NA	探讨免疫系统在心血管疾病中的作用及其治疗潜力	心血管疾病中的免疫系统	NA	心血管疾病	多组学分析（单细胞测序、空间转录组等）、CAR-T细胞疗法	NA	NA	NA
1650	2025-05-26	Viral tropism in plants, reproductive tissues, and seeds 2025-May-23, Archives of microbiology IF:2.3Q3 DOI:10.1007/s00203-025-04353-9 PMID:40404962	综述	本文综述了植物病毒趋向性的分子和细胞决定因素，包括病毒如何靶向生殖器官、分生组织和种子，以及宿主因素如何影响病毒分布	利用超分辨率显微镜、单细胞转录组学和蛋白质组学等先进技术，在纳米尺度上解析病毒与宿主的相互作用，揭示了病毒积累的新机制	NA	理解植物病毒趋向性的分子机制，以改进作物抗性和设计综合疾病管理策略，同时探索植物病毒在靶向传递和生物技术应用中的潜力	植物病毒及其与宿主植物的相互作用	植物病理学	植物病毒病	超分辨率显微镜、单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	NA	NA
1651	2025-05-26	PTMA controls cardiomyocyte proliferation and cardiac repair by enhancing STAT3 acetylation 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adt9446 PMID:40408476	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术发现PTMA是促进心肌细胞增殖的关键因子，并探讨了其在心脏修复中的潜在治疗作用	首次鉴定PTMA作为心肌细胞增殖的关键驱动因子，并阐明其通过调节STAT3乙酰化促进心脏再生的分子机制	研究主要基于小鼠和体外模型，尚未在大型哺乳动物或人体中进行验证	探索促进心肌细胞增殖和心脏再生的关键分子机制	胚胎和成年哺乳动物心肌细胞	心血管生物学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), AAV9基因治疗	小鼠和人类iPSC来源的心肌细胞模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠、大鼠和人类iPSC来源的心肌细胞
1652	2025-05-26	Blockade of CLEVER-1 restrains immune evasion and enhances anti-PD-1 immunotherapy in gastric cancer 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-011080 PMID:40404204	research paper	该研究探讨了CLEVER-1在胃癌中的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究了CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜力	首次在胃癌中研究了CLEVER-1+TAM浸润的临床意义，并探索了CLEVER-1阻断与PD-1抑制联合治疗的协同效应	研究仅基于两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据，样本量可能有限	探索CLEVER-1+TAM浸润的临床意义及其在调节肿瘤免疫景观中的作用，并研究CLEVER-1阻断在增强免疫治疗中的潜力	胃癌患者和肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	胃癌	多重免疫荧光、流式细胞术、RNA测序	NA	RNA测序数据、免疫荧光图像、流式细胞数据	两个独立的胃癌队列和单细胞RNA测序数据（GSE183904）
1653	2025-05-26	Single-cell RNA sequencing of baseline PBMCs predicts ICI efficacy and irAE severity in patients with NSCLC 2025-May-22, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2025-011636 PMID:40404203	研究论文	通过单细胞RNA测序分析基线PBMCs，预测NSCLC患者ICI疗效和irAE严重程度	首次使用治疗前的PBMCs单细胞RNA测序数据，识别出与ICI预后和irAE严重程度相关的生物标志物和通路	样本量较小（33例患者），需要更大规模的验证研究	预测非小细胞肺癌患者对免疫检查点抑制剂的治疗反应和免疫相关不良事件风险	非小细胞肺癌患者治疗前的外周血单个核细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、细胞计数珠阵列（CBA）、T细胞受体测序	NA	RNA测序数据	33名NSCLC患者的PBMCs样本
1654	2025-05-26	Machine learning using scRNA-seq Combined with bulk-seq to identify lactylation-related hub genes in carotid arteriosclerosis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00834-5 PMID:40404675	研究论文	本研究结合scRNA-seq和bulk-seq技术，识别了与颈动脉粥样硬化中乳酰化相关的关键基因，并构建了诊断模型	首次结合单细胞转录组和大规模转录组数据，识别了乳酰化相关基因在颈动脉粥样硬化中的作用，并构建了诊断模型	研究样本来源于公开数据库GEO，可能缺乏多样性和代表性	研究颈动脉粥样硬化斑块形成中的免疫景观，探索乳酰化相关基因的诊断标志物	颈动脉粥样硬化样本	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq, bulk-seq	10种机器学习算法和101种算法的组合	转录组数据	来自GEO数据库的颈动脉粥样硬化样本
1655	2025-05-26	Single-cell sequencing and transcriptomic data reveal that P65 activation significantly promotes microglia-mediated neuroinflammation after ischemic stroke 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00524-2 PMID:40404711	研究论文	该研究通过单细胞测序和转录组数据分析，揭示了P65激活在缺血性中风后小胶质细胞介导的神经炎症中的关键作用	识别了与脑缺血再灌注损伤后炎症反应相关的两个小胶质细胞亚型Cx3cr1+和Cdk1+，并证实P65是其关键调控因子	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类样本验证不足	探究脑缺血再灌注损伤后小胶质细胞介导的神经炎症机制	小胶质细胞亚型及其在脑缺血再灌注损伤中的作用	神经科学	缺血性中风	单细胞测序、转录组分析、qPCR、Western blotting、免疫荧光染色	MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞模型	单细胞转录组数据、基因表达数据	五个数据集(GSE227651等)、MCAO小鼠模型、OGD/R处理的BV2细胞
1656	2025-05-26	Elucidating the tumor microenvironment interactions in breast, cervical, and ovarian cancer through single-cell RNA sequencing 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-03017-4 PMID:40404741	研究论文	通过单细胞RNA测序技术解析乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌肿瘤微环境中的关键细胞类型及其相互作用	识别了四种癌症相关成纤维细胞（CAF）亚型，并揭示了它们与肿瘤相关巨噬细胞（TAM）在肿瘤进展中的关键作用及信号通路	研究依赖于GEO数据库中的样本，可能受到数据来源的限制	解析妇科肿瘤（乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌）微环境中的细胞类型及其相互作用	乳腺癌、宫颈癌和卵巢癌的肿瘤样本	数字病理学	乳腺癌、宫颈癌、卵巢癌	单细胞RNA测序	SingleR, CellChat	RNA测序数据	来自GEO数据库的妇科肿瘤样本
1657	2025-05-26	Single cell analysis of diverse immune cell in pneumococcal meningitis 2025-May-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-02258-7 PMID:40404806	研究论文	通过单细胞RNA测序分析肺炎球菌性脑膜炎(PM)患者和健康个体的外周血单核细胞，揭示了PM中免疫细胞亚群的组成变化和功能特征	首次在单细胞分辨率下全面描绘了PM的免疫反应转录组景观，发现了中性粒细胞过度激活和适应性免疫反应相对抑制的新机制	样本量有限，且仅分析了外周血免疫细胞而未涉及中枢神经系统局部免疫反应	阐明肺炎球菌性脑膜炎的免疫病理机制	肺炎球菌性脑膜炎患者和健康个体的外周血单核细胞	单细胞转录组学	脑膜炎/肺炎球菌感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	PM患者和健康个体的外周血单核细胞(具体数量未明确说明)
1658	2025-05-26	Integrating Mendelian randomization and multi-transcriptomic analyses to unveil the genetic association risk of regulatory T cell-mediated free cholesterol and gastric cancer 2025-May-22, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02739-1 PMID:40405007	research paper	该研究通过整合孟德尔随机化和多转录组分析，揭示了调节性T细胞介导的游离胆固醇与胃癌的遗传关联风险	首次结合孟德尔随机化和多转录组分析方法，探讨游离胆固醇通过调节性T细胞影响胃癌的因果机制	研究结果主要基于遗传数据，需要进一步的实验验证	阐明游离胆固醇与胃癌之间的因果关系及其免疫调节机制	游离胆固醇、调节性T细胞和胃癌	生物医学研究	胃癌	孟德尔随机化(MR)、GWAS、单细胞测序	NA	遗传数据、转录组数据	233种代谢物、731种免疫细胞的GWAS数据，以及TCGA数据库和单细胞测序数据
1659	2025-05-26	Identification of shared mechanisms between Alzheimer's disease and atherosclerosis by integrated bioinformatics analysis 2025-May-22, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-025-02642-z PMID:40405226	研究论文	通过整合生物信息学分析，识别阿尔茨海默病与动脉粥样硬化之间的共同机制	首次通过加权基因共表达网络分析、基于机器学习的Lasso Cox回归分析和随机森林分析，识别出WIPF3作为两种疾病中最受影响的基因，并揭示了炎症在两种疾病共现中的关键作用	研究依赖于公开的测序数据集，可能受到数据质量和样本量的限制	探索阿尔茨海默病与动脉粥样硬化的共同发病机制	阿尔茨海默病患者脑组织和动脉粥样硬化斑块的测序数据	生物信息学	阿尔茨海默病, 动脉粥样硬化	加权基因共表达网络分析, Lasso Cox回归分析, 随机森林分析, 单细胞RNA测序	机器学习	测序数据	NA
1660	2025-05-26	Identification of m5C RNA modification-related gene signature for predicting prognosis and immune microenvironment-related characteristics of heart failure 2025-May-22, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-025-00454-z PMID:40405297	研究论文	本研究通过识别m5C RNA修饰相关基因特征，预测心力衰竭的预后和免疫微环境相关特征	首次系统地研究了m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系，并开发了基于4个m5C RNA修饰生物标志物的诊断模型	研究主要基于公开数据集GSE141910和GSE183852，样本量相对有限，且实验验证仅在HF大鼠模型中进行	探索m5C RNA修饰在心力衰竭中的作用及其与免疫微环境的关系	心力衰竭患者样本和心肌梗死后HF大鼠模型	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, scRNA-seq, qRT-PCR, WB, WGCNA, PPI网络分析	随机森林(RF), LASSO逻辑回归, SVM-RFE	基因表达数据	训练队列：200例HF患者和166例NFDs；验证队列：HF大鼠模型