单细胞与空转测序相关文章

本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!

如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!

Sample Image
添加微信请说明来意
Sample Image
微信赞赏

除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。

当前筛选条件: [分区不过滤] [IF不过滤] [发表日期不过滤] [清除筛选条件]
当前共找到 39643 篇文献,本页显示第 1641 - 1660 篇。
序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量 平台公司 平台技术 具体产品 平台详情
1641 2026-05-05
Dimethyl fumarate attenuates subcutaneous adipose tissue inflammation in psoriasis
2026-May, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
研究论文 本研究探究了富马酸二甲酯对银屑病患者皮下脂肪组织炎症的缓解作用及机制 首次联合空间转录组、批量RNA测序及体外模型,揭示富马酸二甲酯通过抑制NF-κB信号通路减轻银屑病皮下脂肪组织炎症 样本量小(6例患者)且缺乏长期随访数据 探究富马酸二甲酯治疗银屑病时对皮下脂肪组织炎症的影响及潜在机制 银屑病患者的皮下脂肪组织,以及鼠3T3-L1脂肪细胞和人脂肪细胞分化模型 数字病理学 银屑病 RNA-seq, 空间转录组学 NA 转录组数据 6名中重度斑块型银屑病患者(其中4名进行脂肪活检) 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学分析公开数据
1642 2026-05-05
Developmental neurotoxicity of thyroid hormone system-disrupting chemicals: a systems-level exploration using multi-omics approach
2026-05, Archives of toxicology IF:4.8Q1
研究论文 本研究利用多组学方法系统探索甲状腺激素系统干扰化学物质对发育神经毒性的影响 创新性地将蛋白质组学、代谢组学和空间转录组学结合,从系统层面揭示两种不同作用机制的THSDCs(PTU和PCN)对孕鼠及后代大脑发育的分子扰动,并发现尽管作用模式不同,但在脑内能量代谢和细胞骨架组织方面存在汇聚性扰动 主要针对单一物种(大鼠)和两种THSDCs,可能无法完全代表人类和更广泛化学物质的暴露情况,且PCN暴露未观察到明显不良毒理学效应,难以直接外推其神经发育风险 探究甲状腺激素系统干扰化学物质如何通过破坏特定分子靶点影响母体甲状腺激素稳态和后代大脑发育 孕鼠及其后代,包括甲状腺、肝脏和大脑等靶器官 数字病理学 神经发育疾病 蛋白质组学、代谢组学、空间转录组学 NA 蛋白质组、代谢组、空间转录组数据 孕鼠接受PTU(2.4 mg/kg/天)或PCN(300 mg/kg/天)处理,涉及母鼠和后代多个时间点样本,具体数量未明确 NA 空间转录组学 NA NA
1643 2026-05-05
Evidence of off-target probe binding affecting 10x Genomics Xenium gene panels compromise accuracy of spatial transcriptomic profiling
2026-May-01, eLife IF:6.4Q1
研究论文 通过开发离线探针追踪工具(OPT),验证10x Genomics Xenium平台存在脱靶结合,并评估其对空间转录组分析准确性的影响 首次系统评估Xenium探针的脱靶结合现象,开发OPT工具通过多参考基因组比对预测脱靶位点,并结合正交实验验证其生物学效应 仅使用乳腺癌数据集验证,未涵盖其他组织类型;脱靶预测依赖参考基因组的完整性和注释质量 评估探针型空间转录组技术中脱靶结合对基因表达谱准确性的影响 10x Genomics Xenium技术的探针结合特异性 数字病理学 乳腺癌 空间转录组学 序列比对算法 基因表达数据 1个乳腺癌肿瘤块样本 10x Genomics 空间转录组学 Xenium, Visium CytAssist, 3'单细胞RNA-seq Xenium人类乳腺基因面板、Visium CytAssist空间转录组、3'单细胞RNA-seq
1644 2026-05-05
Niacin promotes motor function recovery after spinal cord injury via Hcar2-dependent microglia immunometabolic regulation
2026-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 探讨烟酸通过Hcar2依赖的小胶质细胞免疫代谢调控促进脊髓损伤后运动功能恢复的作用 首次发现Hcar2作为脊髓损伤后小胶质细胞中保守的代谢检查点,通过免疫代谢重编程将促炎表型转化为抗炎表型,并用烟酸激活Hcar2来改善运动功能恢复 未明确说明主要局限性,但依赖小鼠和猕猴模型,体外实验使用BV2细胞系,可能不完全反映人类病理过程 研究Hcar2在脊髓损伤中的作用及其通过烟酸激活对运动功能恢复的影响 小鼠和恒河猴的脊髓损伤模型,以及LPS诱导的BV2小胶质细胞模型 神经科学 脊髓损伤 单细胞RNA测序,批量RNA测序,免疫荧光染色,Western印迹,实时聚合酶链反应 NA 基因表达数据,图像数据 公开的小鼠和恒河猴单细胞RNA测序数据集,小鼠体内模型和BV2细胞体外模型 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1645 2026-05-05
Excitatory neurons and astrocytes-specific dysregulation and aberrant interactions are vulnerable to FCDI as suggested by single-cell spatial transcriptomics
2026-May, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1
研究论文 通过单细胞空间转录组学分析,揭示FCDI中兴奋性神经元和星形胶质细胞的特异性失调及异常相互作用 构建了FCDI患者致癫痫皮层的单细胞空间转录组图谱,首次识别CBLN2highEx-1亚群在神经元过度兴奋和皮层发育中的潜在作用,并发现了兴奋性神经元与星形胶质细胞间的异常信号通路和空间共定位模式 样本量较小(仅3例FCDI患者和3例对照),且未提及验证队列或功能实验的直接因果证据 探索FCDI的分子机制,特别是兴奋性神经元和星形胶质细胞的失调及其细胞间通讯异常 FCDI患者的致癫痫皮层组织和相对正常的皮层对照组织 数字病理学 局灶性皮质发育不良I型(癫痫相关神经发育障碍) 单核RNA测序, 空间转录组学, 蛋白质印迹, 免疫荧光分析 NA 基因表达数据, 空间转录组数据, 图像数据 3例FCDI患者和3例对照的皮层组织 NA 单细胞RNA测序, 空间转录组学 NA NA
1646 2026-05-05
Integrated Single-Cell Whole-Genome Sequencing and Spatial Transcriptomics Reveal Intratumoral Heterogeneity in Ovarian Cancer
2026-May-01, Cancer research communications IF:2.0Q3
研究论文 本研究通过单细胞全基因组测序和空间转录组学分析揭示了卵巢癌的瘤内异质性 首次整合单细胞全基因组测序与空间转录组学,从基因组和转录组两个层面解析卵巢癌瘤内异质性,并发现基因组不稳定性驱动的克隆异质性与可塑性 仅纳入五例晚期初治原发性上皮性卵巢癌样本,样本量较小;研究未涉及肿瘤微环境对异质性的影响 探究卵巢癌中由基因组不稳定性驱动的瘤内异质性及其对疾病复发和治疗失败的影响 五例晚期初治原发性上皮性卵巢癌(包括高级别浆液型和透明细胞型)样本 基因组学, 空间转录组学 卵巢癌 单细胞全基因组测序, 空间转录组学 NA 单细胞DNA测序数据, 空间转录组数据 5例卵巢癌组织样本 10x Genomics 空间转录组学 10x Visium 10x Visium空间转录组学平台
1647 2026-05-05
Normalization choice drives biological interpretation in single-cell RNA-seq cancer studies: A systematic benchmarking of 465 computational pipelines
2026-May-01, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2
研究论文 系统比较单细胞RNA-seq数据分析中不同计算流程对生物学解释的影响 引入生物不一致性评分(BDS)来量化标记基因解释在不同分析流程中的变化,发现归一化方法选择对生物学解释的影响大于聚类算法选择,且高聚类一致性的流程可能识别出高达86%不同的标记基因 未提及具体局限性 评估单细胞RNA-seq数据分析中计算流程选择对肿瘤研究生物学结论的影响 3个癌症数据集,涵盖超过43.4万个细胞 机器学习 肿瘤 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 超过43.4万个细胞(来自3个癌症数据集) NA 单细胞RNA测序 NA NA
1648 2026-05-05
Unraveling the role of non-coding RNAs in Parkinson's disease: Molecular mechanisms and therapeutic insights
2026-Apr-30, The international journal of biochemistry & cell biology
综述 本文系统总结了非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)在帕金森病发病机制中的分子调控作用,并探讨其作为诊断标志物和治疗靶点的潜力 整合了从单细胞测序和多组学数据中发现的非编码RNA细胞特异性失调模式,并提出了基于ncRNA的分子分层和靶向治疗策略 未涉及非编码RNA在帕金森病中直接用于临床治疗的验证数据,也缺乏跨病理阶段的纵向研究支持 阐明非编码RNA在帕金森病中的分子机制及其作为早期诊断和治疗靶点的潜力 帕金森病患者脑组织中的非编码RNA(miRNA、lncRNA和circRNA)及其调控网络 机器学习 帕金森病 单细胞测序、多组学分析 NA 单细胞RNA测序数据、多组学数据 NA NA 单细胞RNA测序, 多组学 NA NA
1649 2026-05-05
Kidney Hematopoietic Stem and Progenitor Cells Contribute to Myeloid Development and Pathology in Lupus Nephritis
2026-Apr-28, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
研究论文 探讨肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎中对髓系发育和病理的贡献 首次证明肾脏中的造血干细胞和祖细胞参与髓外造血,并通过局部髓系细胞扩增促进狼疮性肾炎进展 主要基于小鼠模型,人源样本分析有限,可能需要进一步验证临床相关性 研究髓外造血和肾脏驻留造血干细胞和祖细胞在狼疮性肾炎发病机制中的作用 狼疮性肾炎小鼠模型(MRL/lpr和TLR7激动剂诱导)及患者尿液样本 数字病理学 狼疮性肾炎 单细胞RNA测序、免疫染色、过继转移实验 NA 序列数据、图像数据 两种小鼠模型及狼疮性肾炎患者尿液样本 10x Genomics 单细胞RNA测序 10x Chromium 10x Chromium单细胞RNA测序用于肾脏和骨髓祖细胞分析
1650 2026-05-05
scSketch: Interactive Sketch-based Trajectory Exploration and Pathway-Aware Analysis of Single-Cell Data
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 scSketch是一个交互式工具,允许用户通过草图轨迹探索单细胞数据中的基因表达梯度并进行通路感知分析 首次允许用户通过绘制轨迹交互式探索单细胞数据,并在迭代探索中保持统计有效性和生物学可解释性,同时自动计算基因-轨迹相关性并应用在线错误发现率控制 NA 开发一个能够交互式探索单细胞数据中轨迹假设并保持统计有效性和生物学可解释性的工具 单细胞RNA测序数据中的基因表达梯度及细胞状态转变过程 机器学习 NA NA NA 单细胞RNA测序数据 NA NA 单细胞RNA测序 NA NA
1651 2026-05-05
Interpreting and Validating a Deep Learning Model Predictive of Spatial Morphologic-Molecular Patterns in Lung Adenocarcinoma, Using Ground Truth Immunohistochemistry Images
2026-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 开发并验证了深度学习模型XpressO-Lung,该模型利用常规H&E染色的全切片图像预测肺腺癌中空间形态-分子模式,并通过免疫组化在外部临床样本中验证 首次实现通过常规病理切片预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性,无需空间转录组学技术,且模型具有可解释性 训练样本仅来自TCGA的200例肺腺癌病例,可能存在选择偏倚;预测基因数量有限;AUC范围0.64-0.92,部分基因预测性能中等 开发可解释的深度学习模型,通过学习组织形态与批量转录组数据的关联,在常规病理切片上预测肿瘤及其微环境的基因表达空间异质性 肺腺癌肿瘤组织及其微环境中的空间基因表达模式 数字病理学 肺癌 深度学习 可解释深度学习模型 图像 200例TCGA肺腺癌病例用于训练,外部验证集来自Dartmouth Health的临床样本 NA NA NA NA
1652 2026-05-05
Atypical memory B cell clonal expansion and inflammatory programs associate with platelet-activating antibody development in COVID-19
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 该研究通过单细胞RNA测序、单B细胞V(D)J测序及血浆细胞因子分析,揭示了COVID-19患者中血小板激活抗体发展与免疫特征的关系 首次通过单细胞多组学方法系统描绘了与血小板激活抗体产生相关的非典型记忆B细胞克隆扩增和炎症程序 NA 阐明COVID-19患者血小板激活抗体发展的免疫特征 COVID-19患者的B细胞、T细胞及血浆 数字病理学 心血管疾病 单细胞RNA测序、单细胞V(D)J测序、血浆细胞因子分析 NA 基因表达数据 NA 10x Genomics 单细胞RNA-seq, 单细胞B细胞V(D)J-seq 10x Chromium 10x Chromium Single Cell 3'
1653 2026-05-05
TNF-α blockade mitigates immune checkpoint-related nephritis in a humanized mouse model
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 使用人源化小鼠模型研究TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂相关肾炎的缓解作用 首次在人源化嵌合PD-1/PD-L1小鼠模型中评估TNF-α阻断对免疫检查点抑制剂所致急性间质性肾炎的预防效果,并利用单细胞RNA-seq揭示免疫细胞群和关键基因变化 未提及具体局限性 探讨TNF-α阻断能否预防免疫检查点抑制剂相关急性间质性肾炎 人源化PD-1/PD-L1嵌合小鼠 机器学习和数字病理学 肾炎 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 未明确样本数量,但分为4组:对照组、ICI-only组、ICI-细胞因子组、ICI-阻断组 未指定 单细胞RNA-seq NA NA
1654 2026-05-05
Single-cell profiling reveals epithelial and immune responses in BK polyomavirus-infected human kidney biopsies
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 通过单细胞RNA测序分析BK多瘤病毒感染人肾活检组织中的上皮和免疫反应 首次在单细胞分辨率下揭示BK病毒感染不同阶段(病毒滴度上升期和消退期)中肾小管上皮细胞和免疫细胞的动态分子变化 横断面研究设计无法观察纵向动态变化,且体外细胞培养模型未能完全模拟体内代谢适应和免疫反应 阐明BK多瘤病毒感染导致肾损伤的分子机制,为临床管理提供新见解 肾移植活检组织中的上皮细胞和免疫细胞 机器学, 数字病理学 BK病毒性肾病,肾移植并发症 单细胞RNA测序 NA 单细胞转录组数据 未感染者对照和BK病毒感染两个阶段(病毒滴度上升期和消退期)的肾移植活检样本 NA 单细胞RNA-seq NA NA
1655 2026-05-05
Spatial proteomic mapping of the human and mouse retina using IBEX
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 使用IBEX技术生成人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱 将抗体解离选项与化学漂白相结合,实现同一宿主物种抗体的灵活使用,并将其与超分辨率成像耦合,揭示了视网膜细胞群体和外界膜的超微结构特征 NA 绘制人和小鼠视网膜的空间蛋白质组图谱,并探究外界膜的结构组成 人和小鼠视网膜组织 数字病理学 NA 多重免疫组织化学 IBEX NA 图像 健康人和野生型小鼠视网膜,以及Crb1rd8小鼠模型 NA 空间蛋白质组学 NA IBEX 超分辨率成像
1656 2026-05-05
FOSL2 regulates endothelial cell state and chromatin accessibility in systemic sclerosis pulmonary vascular remodeling
2026-Apr-22, JCI insight IF:6.3Q1
研究论文 探究FOSL2在系统性硬化症肺部血管重塑中调控内皮细胞状态和染色质可及性的作用 首次通过多组学数据、转基因小鼠模型和深度学习模型ChromBPNet,揭示FOSL2在系统性硬化症相关肺动脉高压中调控内皮细胞表型的关键机制 未明确说明研究限制 阐明FOSL2在系统性硬化症肺部血管病变中对内皮细胞表型和染色质可及性的调控机制 系统性硬化症合并间质性肺病和肺动脉高压患者肺部组织、Fosl2转基因小鼠、Sugen/缺氧及缺氧处理小鼠、原代血管内皮细胞 数字病理学 血管疾病, 肺病, 自身免疫病 多组学分析、单细胞RNA测序、深度学习模型 ChromBPNet 基因表达数据、染色质可及性数据 系统性硬化症患者肺部样本及多种小鼠模型样本 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1657 2026-05-05
Ancestry-specific rewiring of BCR-MAPK signaling in sarcoidosis B cells
2026-Apr-22, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 通过单细胞RNA测序揭示结节病B细胞中BCR-MAPK信号通路的祖先特异性重构 首次在单细胞水平上揭示结节病B细胞中MAPK信号重编程及BCR的祖先特异性扩增,并发现与非裔和欧裔人群疾病差异相关的基因表达模式 未提及 探究B细胞在结节病发病机制中的作用及其在不同祖先人群中的差异 外周血单核细胞(PBMCs)来自非洲裔和欧洲裔个体,包括健康对照、结节病患者和系统性红斑狼疮(SLE)患者 单细胞转录组学 结节病 单细胞RNA测序 NA 单细胞基因表达数据 48名健康对照、59名结节病患者、28名SLE患者 NA 单细胞RNA测序 NA NA
1658 2026-05-05
Generative AI-assisted Bayesian-frequentist Hybrid Inference in Single-cell RNA Sequencing Analysis for Genes Associated with Alzheimer's Disease
2026-Apr-20, medRxiv : the preprint server for health sciences
research paper 提出了一种生成式AI辅助的贝叶斯-频率学派混合推断框架,用于单细胞RNA测序分析中与阿尔茨海默病相关的基因 首次将基于大语言模型的先验知识获取与混合推断理论相结合,在基因组范围贝叶斯分析中实现了计算高效和统计效能提升 依赖于ChatGPT-4o的标准化提示输出,可能受限于先验校准的准确性;仅在线性模型下推导了闭式混合估计量,尚未扩展到非线性模型 开发一种计算可扩展的贝叶斯-频率学派混合推断方法,用于高维组学数据的全基因组关联分析 ROSMAP队列中阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 machine learning 阿尔茨海默病 单细胞RNA测序 大语言模型(ChatGPT-4o)、线性模型 基因表达数据 NA NA 单细胞RNA-seq NA NA
1659 2026-05-05
Plectin promotes an aggressive phenotype and represses cytotoxic T cell activity in pancreatic cancer
2026-Apr-20, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 揭示网蛋白(plectin)在胰腺癌中促进侵袭性表型并抑制细胞毒性T细胞活性的作用机制 首次发现网蛋白作为调节PDAC中T细胞抑制性肿瘤微环境的新因子,并验证抗CSP单克隆抗体可恢复抗肿瘤免疫 未提及具体局限性,但可能包括样本量限制、小鼠模型与人类疾病的差异等 探究网蛋白在胰腺癌中调节T细胞抑制性肿瘤微环境的分子机制 胰腺腺癌(PDAC)患者的肿瘤样本及两种小鼠PDAC模型 计算机视觉 胰腺癌 RNA-seq, 单细胞RNA-seq(scRNA-seq) NA 基因表达数据, 单细胞转录组数据 229例PDAC患者(scRNA-seq分析)及TCGA-PAAD数据集(未明确具体样本数) NA 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq NA NA
1660 2026-05-05
PALINCODE: Recording cell lineage with ternary palindromic CRISPR bits
2026-Apr-19, bioRxiv : the preprint server for biology
研究论文 介绍PALINCODE系统,利用三元CRISPR位点随机写入细胞谱系信息,实现高密度谱系记录 首次提出使用三元CRISPR位点(cBits)实现更高信息密度的细胞谱系记录,通过截断的Cas9引导序列提高三元编辑效率,理论编码能力达10^25比特 未明确提及局限性,但可能受限于CRISPR编辑的随机性及体内应用时的脱靶效应 开发高密度、高精度的细胞谱系记录平台,克服传统CRISPR谱系追踪方法的局限性 细胞谱系记录系统及体内黑色素瘤模型中的克隆进化 机器学习 黑色素瘤 CRISPR NA 单细胞测序数据 293T细胞及黑色素瘤体内模型 NA 单细胞测序 NA NA
回到顶部