单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 1641 - 1660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2025-10-05 |
Less is more: improving cell-type identification with augmentation-free single-cell RNA-Seq contrastive learning
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf437
PMID:40794574
|
研究论文 | 提出一种无需数据增强的单细胞RNA测序对比学习算法AF-RCL，用于改进细胞类型识别 | 简化传统数据增强操作并采用新的对比学习损失函数，在细胞类型识别任务中实现最先进的预测性能 | NA | 改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型识别任务 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1642 | 2025-10-05 |
Mitigation of multi-scale biases in cell-type deconvolution for spatially resolved transcriptomics using HarmoDecon
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf451
PMID:40796171
|
研究论文 | 提出HarmoDecon模型用于缓解空间转录组学中细胞类型反卷积的多尺度偏差问题 | 首次解决了空间转录组学中三个尺度的偏差问题：单个点、整个组织样本以及不同平台间的数据分布差异 | NA | 开发能够减少空间转录组学细胞类型反卷积偏差的新方法 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 半监督深度学习，高斯混合图卷积网络 | 基因表达空间数据 | STARmap和osmFISH数据集，10x Visium数据集，人类乳腺癌样本 | 10x Genomics | 空间转录组学，单细胞RNA测序 | 10x Visium | NA |
| 1643 | 2025-10-05 |
Unveiling the role of STAT1-activated macrophages in abdominal aortic aneurysm: Insights from scRNA-seq and prognostic signature development
2025-Sep, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107528
PMID:40803394
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示STAT1激活的巨噬细胞在腹主动脉瘤中的作用并开发预后特征 | 首次通过单细胞RNA测序发现STAT1通路介导M1/M2巨噬细胞间通讯，并构建了十基因炎症特征预测AAA预后 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证 | 阐明腹主动脉瘤发病机制中巨噬细胞极化的分子机制 | 腹主动脉瘤小鼠模型和健康对照小鼠 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，Western blotting，实时PCR | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3个AAA小鼠模型和2个健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1644 | 2025-10-05 |
Maternal-Fetal Interface Cell Dysfunction in Patients With Preeclampsia Revealed via Single-Cell RNA Sequencing
2025-Sep, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70101
PMID:40924867
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者母胎界面细胞功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示先兆子痫患者绒毛滋养层细胞向合体滋养层细胞异常分化的趋势，并发现TMEM200A基因表达下降导致绒毛外滋养细胞侵袭能力减弱 | 样本量较小（PE组3例，正常妊娠组3例），需要更大规模研究验证 | 探究先兆子痫发病机制中胎盘和蜕膜组织细胞类型的异质性变化 | 剖宫产获取的胎盘和蜕膜组织细胞 | 单细胞测序 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序 | 基因集变异分析(GSVA)，伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 6例患者（3例先兆子痫，3例正常妊娠），共32,279个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1645 | 2025-10-05 |
Segmentation Matters: Recognizing the Cell Segmentation Challenge in Spatial Transcriptomics
2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.672145
PMID:40909538
|
研究论文 | 系统评估空间转录组学中细胞分割方法的性能并提出改进策略 | 首次系统评估多种自动分割方法在人类感觉神经节神经元中的表现，并提出结合人工质量检查的改进方案 | 研究主要关注人类感觉神经节神经元，结果可能不适用于其他细胞类型或组织 | 解决空间转录组学中细胞分割准确性的挑战 | 人类感觉神经节神经元和非神经元细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学，探针杂交技术 | 神经网络 | 空间转录组图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1646 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing of mouse cornea during wound healing after infrared laser irradiation
2025-Aug-29, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110615
PMID:40886962
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析红外激光损伤后小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术绘制小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞图谱，揭示了三个新分化的上皮亚群和免疫细胞动态变化 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型，样本量相对有限 | 研究角膜伤口愈合过程中的细胞类型变化和动态相互作用 | C57BL/6J小鼠的角膜组织 | 单细胞组学 | 角膜损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12,956个细胞，来自10个健康角膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1647 | 2025-10-05 |
SAMHD1 deficiency disrupts macrophage autophagy-lysosomal homeostasis and promotes inflammation via the mTOR-MITF-CTSD axis in ulcerative colitis
2025-Aug-29, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147188
PMID:40886983
|
研究论文 | 本研究揭示了SAMHD1通过调控mTOR-MITF-CTSD轴维持巨噬细胞自噬-溶酶体稳态，在溃疡性结肠炎炎症反应中的关键作用 | 首次发现SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞中的表达下调及其通过mTOR-MITF-CTSD轴调控自噬-溶酶体稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型，尚未在人类患者中进行验证 | 探究SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞稳态调控中的作用机制 | 髓系特异性SAMHD1缺陷小鼠和结肠组织 | 分子生物学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1648 | 2025-10-05 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Aug-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02405-7
PMID:40877935
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组数据和计算模型，研究细胞间信号传导如何增强癌细胞表型可塑性并维持肿瘤异质性 | 开发多尺度推断方法整合单细胞转录组数据与数学模型，揭示细胞间通讯在表型可塑性和肿瘤异质性维持中的新机制 | 主要基于计算推断和模型模拟，需要实验验证来确认预测的生物学机制 | 探究细胞间信号传导在癌细胞表型可塑性和肿瘤异质性维持中的作用机制 | 小细胞肺癌和其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 计算建模 | 常微分方程模型, 网络推断模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1649 | 2025-10-05 |
Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls
2025-Aug-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.20.25334075
PMID:40909829
|
研究论文 | 通过多祖先群体的全基因组关联研究分析乳腺癌的遗传结构 | 迄今为止最大的多祖先乳腺癌GWAS研究，整合了四种不同祖先群体的数据并进行了单细胞分析 | 不同祖先群体间的遗传相关性差异较大，某些群体间样本量可能不足 | 探索乳腺癌在多祖先群体中的遗传结构和细胞类型关联 | 159,297例乳腺癌患者和212,102例对照 | 基因组学 | 乳腺癌 | GWAS, scRNA-seq | 稀疏正态混合效应模型 | 基因组关联汇总统计数据 | 159,297病例和212,102对照，涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙/拉丁裔祖先群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Tabula Sapiens scRNA-seq图谱 |
| 1650 | 2025-10-05 |
LXR-β regulates microglial efferocytosis and neuroinflammation in CPSP via STAT6 activation
2025-Aug-21, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106089
PMID:40848997
|
研究论文 | 本研究探讨LXR-β通过激活STAT6调控小胶质细胞胞葬作用缓解脑卒中后中枢性疼痛的机制 | 首次揭示LXR-β通过p-STAT6信号通路调控小胶质细胞胞葬作用缓解神经炎症的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，尚未进行临床验证 | 探究LXR-β调控小胶质细胞胞葬作用缓解中枢性卒中后疼痛的分子机制 | 脑出血患者单细胞测序数据、CPSP大鼠模型、BV2小胶质细胞系 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞测序, 行为学测试, 分子生物学检测 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 行为数据, 分子标记数据 | 大鼠模型和细胞系，具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1651 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal dynamics of neuron differentiation and migration in the developing human spinal cord
2025-Aug-16, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.08.004
PMID:40825501
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组学揭示了人类脊髓发育过程中神经元分化和迁移的时空动态 | 首次系统揭示了人类脊髓神经元在前体状态的分化与迁移关键机制，并识别了跨物种调控这些过程的关键转录因子 | 研究仅涵盖Carnegie Stages 16-21和胚胎期E8.0-11.5的发育阶段，未覆盖更早期或更晚期的发育过程 | 探究人类脊髓神经元分化和迁移的时空动态机制 | 人类和小鼠发育期脊髓组织 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞转录组测序, 原位测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 人类Carnegie Stages 16-21和小鼠胚胎期E8.0-11.5的脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1652 | 2025-10-05 |
Pediatric Atopic Dermatitis Exhibits Distinctive Patterns in JAK/STAT Pathway Activation and CD6-ALCAM Signaling
2025-Aug, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e26
PMID:40917795
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了儿童和成人特应性皮炎的免疫特征差异 | 首次发现儿童特应性皮炎缺乏成人患者中观察到的JAK/STAT通路上调，并独特激活CD6-ALCAM通路 | 样本量较小（9例儿童和12例成人患者） | 识别儿童特应性皮炎的独特免疫特征并比较儿童与成人患者的差异 | 特应性皮炎患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | 单细胞转录组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例儿童患者（6-16岁）和12例成人患者（20-60岁），以及年龄和性别匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1653 | 2025-10-05 |
Long-read RNA sequencing of transposable elements from single cells using CELLO-seq
2025-Jul-16, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-025-01203-2
PMID:40670609
|
研究论文 | 开发了一种名为CELLO-seq的单细胞长读长RNA测序方案，用于准确定位转座元件的表达 | 通过整合50核苷酸长UMI和高PCR重复数实现长读长的错误校正，能够将表达数据高保真地映射到高度序列相似的年轻转座元件 | 需要用户具备分子生物学和转录组分析经验 | 开发能够准确定位转座元件表达的单细胞测序方法 | 哺乳动物转座元件 | 单细胞测序 | NA | 长读长RNA测序, 单细胞测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | CELLO-seq（单细胞长读长RNA测序） |
| 1654 | 2025-10-05 |
scPlantLLM: A Foundation Model for Exploring Single-cell Expression Atlases in Plants
2025-Jul-11, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf024
PMID:40094454
|
研究论文 | 开发了一个名为scPlantLLM的Transformer基础模型，用于探索植物单细胞表达图谱 | 首个专门针对植物单细胞数据的Transformer基础模型，采用序列预训练策略，在零样本学习场景下达到0.91的准确率 | 目前主要应用于拟南芥数据集，在其他植物系统中的泛化能力有待验证 | 解决植物单细胞RNA测序数据中的批次整合、细胞类型注释和基因调控网络推断等挑战 | 植物单细胞表达数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Transformer | 单细胞基因表达数据 | 数百万个植物单细胞数据点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1655 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA profiling identifies immune cell population shifts in diabetes associated mucosal inflammation
2025-Jun-27, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.mucimm.2025.06.008
PMID:40582570
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析糖尿病牙周组织，揭示γ T细胞增加、Tregs减少和中性粒细胞极化是糖尿病加重牙周炎的关键机制 | 首次在单细胞水平揭示糖尿病通过改变免疫细胞群促进牙周炎的具体机制，并发现γ T细胞作为驱动因素 | 研究样本量有限，机制验证主要在动物模型中进行 | 探究糖尿病加重牙周炎的免疫学机制 | 糖尿病牙周组织中的免疫细胞 | 单细胞生物学 | 糖尿病并发症 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据, 流式细胞数据 | 糖尿病小鼠和人类糖尿病牙周标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1656 | 2025-10-05 |
A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases
2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.05.22.25328104
PMID:40475139
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法分析B细胞在不同激活状态下的基因调控机制，揭示免疫介导疾病的遗传风险机制 | 首次系统性地在26种B细胞激活状态下进行多组学分析，揭示了刺激特异性开放染色质区域与疾病风险的关联 | 研究仅纳入26名健康女性捐赠者，样本多样性有限，且未包括疾病患者样本 | 阐明B细胞激活状态下的基因调控动态及其在免疫介导疾病中的作用机制 | 来自26名健康女性捐赠者的B细胞 | 基因组学 | 自身免疫性疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 26名健康女性捐赠者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 多组学分析 | NA | NA |
| 1657 | 2025-10-05 |
Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception
2025-Jun-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2025.04.003
PMID:40345189
|
研究论文 | 本研究通过空间免疫分析和多组学技术揭示了肺腺癌前病变中TIM-3作为潜在干预靶点的重要作用 | 首次系统揭示肺腺癌前病变进展过程中免疫微环境的动态变化，并验证TIM-3在癌前阶段的治疗价值 | 样本量相对有限，动物模型数量较少，需要进一步临床验证 | 探究肿瘤微环境如何影响肺腺癌前病变的演化过程 | 人类肺腺癌及前病变组织样本、小鼠肺腺癌模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间免疫分析,单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | 114例人类肺腺癌及前病变样本,5个小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1658 | 2025-10-05 |
Enhanced Production of Lipid Mediators in Plasma and Activation of DNA Damage Pathways in PBMCs Are Correlated With the Severity of Ancestral SARS-CoV-2 Infection
2025-May-15, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202403195R
PMID:40322970
|
研究论文 | 本研究通过分析PBMCs和血浆样本，揭示了特定脂质介质与DNA损伤通路激活与SARS-CoV-2感染严重程度的相关性 | 首次将脂质代谢物变化与DNA损伤通路激活联系起来，并发现不同鼻咽细胞类型中类二十烷酸合成基因的特异性上调 | 样本量有限（10名感染者和10名未感染者），且为观察性研究无法确定因果关系 | 探索遗传因素和脂质代谢物与严重SARS-CoV-2感染的关联机制 | COVID-19患者和健康对照者的PBMCs、血浆及鼻咽拭子样本 | 生物信息学 | COVID-19 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 脂肪酸组分析 | NA | 基因表达数据, 脂质代谢数据 | 20名患者（10名感染者+10名未感染者）的PBMCs和血浆，58名参与者的鼻咽拭子 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1659 | 2025-10-05 |
Defining the host dependencies and the transcriptional landscape of RSV infection and bystander activation
2025-Mar-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.26.645108
PMID:40196489
|
研究论文 | 通过全基因组CRISPR敲除筛选和单细胞RNA测序技术研究RSV感染的宿主决定因素及宿主反应 | 首次结合全基因组CRISPR筛选和单细胞RNA测序揭示RSV感染细胞与旁观者细胞的转录差异，并比较了29个已发表病毒筛选数据 | 未明确说明样本来源和具体样本量 | 阐明RSV感染的宿主依赖关系和转录特征 | RSV感染细胞和未感染的旁观者细胞 | 基因组学 | 呼吸道感染疾病 | 全基因组CRISPR敲除筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1660 | 2025-10-05 |
Serine supplementation suppresses hypoxia-induced pathological retinal angiogenesis
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.105299
PMID:40303351
|
研究论文 | 本研究探讨丝氨酸补充对缺氧诱导的病理性视网膜血管生成的影响 | 首次揭示丝氨酸通过增强线粒体脂肪酸氧化和氧化磷酸化来抑制病理性视网膜新生血管的机制 | 研究仅限于小鼠氧诱导视网膜病变模型，尚未在人类临床试验中验证 | 研究丝氨酸代谢在抑制缺氧驱动的视网膜新生血管中的作用 | C57BL/6J小鼠氧诱导视网膜病变模型 | 眼科疾病研究 | 视网膜病变 | 代谢组学、脂质组学、蛋白质组学、单细胞RNA测序、Western blotting | 动物模型 | 多组学数据、组织学图像、分子表达数据 | 未明确样本数量的小鼠视网膜组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |