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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2025-12-09 |
A DSSM network for inferring and prioritizing cell-type-specific regulons using single-cell RNA-seq data
2025-Dec-07, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-025-06329-4
PMID:41354912
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研究论文 | 本研究提出了一种名为DSSMReg的深度结构化语义模型,用于从单细胞RNA-seq数据中推断和优先排序细胞类型特异性调控子 | 开发了首个结合单细胞转录组数据和转录因子基序数据,通过深度结构化语义模型将转录因子和靶基因映射到低维语义空间,并利用余弦相似度评估调控强度以推断细胞类型特异性调控子的方法 | 未明确说明模型对数据质量和规模的敏感性,以及在不同组织或疾病类型中的泛化能力 | 开发一种能够准确推断和优先排序细胞类型特异性调控子的计算方法 | 转录因子、靶基因、调控子、单细胞RNA-seq数据 | 计算生物学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA-seq | 深度结构化语义模型(DSSM) | 单细胞转录组数据、转录因子基序数据 | 五个细胞系、三阴性乳腺癌样本、人骨髓造血干细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1642 | 2025-12-09 |
Organoid-derived photoreceptor precursors enriched by CD9⁻CD81mid sorting restore visual function in RCS rats
2025-Dec-07, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-025-04848-8
PMID:41354961
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研究论文 | 本研究通过分析人视网膜类器官的单细胞RNA测序数据,鉴定出CD9⁻CD81mid表面标记物,用于富集光感受器前体细胞,并将其移植到RCS大鼠视网膜下腔,成功改善了视觉功能 | 开发了一种基于CD9⁻CD81mid表面标记物、无需基因标记的临床可转化策略,用于富集高纯度、低增殖活性的光感受器前体细胞 | 研究仅在RCS大鼠这一临床前模型中进行,尚未在人体中进行验证 | 开发一种安全、可临床转化的细胞疗法,用于治疗视网膜退行性疾病 | 人视网膜类器官来源的光感受器前体细胞和RCS大鼠模型 | 单细胞组学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量,涉及人视网膜类器官和RCS大鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1643 | 2025-12-09 |
Fibroblast-driven MMP-9/TIMP-1 imbalance in bronchoalveolar lavage reflects fibrotic progression in interstitial lung disease
2025-Dec-07, European journal of clinical investigation
IF:4.4Q2
DOI:10.1111/eci.70162
PMID:41354972
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研究论文 | 本研究通过分析间质性肺病患者的支气管肺泡灌洗液,揭示了成纤维细胞驱动的MMP-9/TIMP-1失衡与纤维化进展的关系 | 首次在人类ILD患者中系统评估BAL液中MMP-9/TIMP-1比值与纤维化严重程度的关系,并利用单细胞RNA测序数据确认了成纤维细胞/肌成纤维细胞是TIMP-1的主要细胞来源 | 样本量较小(48例),为单中心研究,需要更大规模的多中心研究进行验证 | 评估ILD患者BAL液中MMP-9/TIMP-1比值,探究其与纤维化严重程度的关系及成纤维细胞/肌成纤维细胞的贡献 | 间质性肺病患者(包括非纤维化ILD、纤维化ILD和特发性肺纤维化) | 数字病理学 | 肺纤维化 | 酶联免疫吸附试验,明胶酶谱法,免疫荧光,单细胞RNA测序数据分析 | DESeq2模型 | 蛋白质浓度数据,酶活性数据,单细胞RNA测序数据 | 48例连续ILD患者的BAL样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1644 | 2025-12-09 |
MicroRNA-mediated neuronal detargeting alters astrocyte cell fate conversion trajectories in vivo
2025-Dec-05, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-09169-3
PMID:41350397
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研究论文 | 本研究通过在GFAP微型启动子驱动的转录盒中引入microRNA-124靶序列,优化了体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并揭示了不同转录因子组合对细胞命运转换轨迹的调控作用 | 首次将microRNA-124靶序列整合到星形胶质细胞重编程系统中,有效避免了内源性神经元的脱靶转染,并通过单细胞转录组学揭示了重编程过程中细胞命运分叉的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类细胞或临床环境中验证;对长期重编程细胞的稳定性和功能整合评估有限 | 优化体内星形胶质细胞向神经元重编程的特异性,并探究细胞命运转换的分子机制 | 小鼠星形胶质细胞 | 神经科学 | 神经系统疾病 | 单细胞转录组学、谱系追踪、假时间轨迹分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及谱系追踪和单细胞测序分析 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1645 | 2025-12-09 |
Genetic insights into drug targets for alzheimer's disease: integrative multi-omics analysis
2025-Dec-05, Alzheimer's research & therapy
DOI:10.1186/s13195-025-01901-9
PMID:41350740
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研究论文 | 本研究通过整合多组学孟德尔随机化分析,识别阿尔茨海默病的潜在药物靶点 | 克服了先前研究表型覆盖窄、多组学验证不足和机制探索不充分的限制,通过全面MR分析识别稳健治疗靶点 | NA | 识别阿尔茨海默病的遗传药物靶点 | 阿尔茨海默病及相关生物标志物、神经影像内表型、认知特征和风险因素 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化, 全基因组关联研究, 蛋白质组学, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组, 蛋白质组, 转录组 | 超过50个GWAS数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 1646 | 2025-12-09 |
Ptbp1 is not required for retinal neurogenesis and cell fate specification
2025-Dec-04, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.108331
PMID:41342897
|
研究论文 | 本研究通过条件性敲除小鼠视网膜前体细胞中的Ptbp1基因,评估其在发育性神经发生中的作用,发现Ptbp1对视网膜细胞命运决定并非必需 | 首次在体内条件下系统评估Ptbp1在视网膜神经发生中的功能,挑战了Ptbp1作为神经发生核心抑制因子的传统观点 | 研究仅聚焦于视网膜发育,未在其他神经系统或成年神经发生中验证Ptbp1的功能 | 探究RNA结合蛋白Ptbp1在发育性神经发生中的具体作用机制 | 小鼠视网膜前体细胞和Müller胶质细胞 | 发育神经生物学 | NA | 条件性基因敲除、免疫染色、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据、剪接模式数据 | 突变型小鼠视网膜组织(具体数量未明确说明) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1647 | 2025-12-09 |
Altered somatostatin receptor 3 expression and functional dysregulation in tuberous sclerosis complex
2025-Dec-04, Progress in neurobiology
IF:6.7Q1
DOI:10.1016/j.pneurobio.2025.102864
PMID:41352576
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和电生理学方法,揭示了结节性硬化症中生长抑素信号通路的功能失调及其对抑制性网络的影响 | 首次在结节性硬化症中系统描述了生长抑素受体3的表达改变及其功能代偿作用,并揭示了该受体亚型在疾病中独特的调节机制 | 研究样本量有限,且主要基于体外电生理实验,体内验证和临床转化仍需进一步探索 | 探究结节性硬化症中生长抑素信号通路的表达变化和功能失调机制 | 人脑皮质样本(对照组和结节性硬化症组)及非洲爪蟾卵母细胞 | 神经科学 | 结节性硬化症 | 单细胞RNA测序,电生理记录,膜片钳技术 | NA | 单细胞转录组数据,电生理信号数据 | 未明确具体样本数量,涉及对照组和结节性硬化症组的人脑皮质样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1648 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA Sequencing Analysis Reveals the Molecular Mechanisms of Neutrophil Dysfunction in Chronic Bone Infection
2025-Dec-04, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了慢性骨感染中中性粒细胞功能障碍的分子机制 | 首次在MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中,通过单细胞RNA测序识别出7个中性粒细胞亚群,并发现NeuP2ry10亚群变化最显著,揭示了中性粒细胞向N2抗炎表型极化的分子特征 | 研究基于大鼠模型,结果向人类临床转化的有效性有待验证;单细胞测序样本量可能有限 | 探究慢性骨感染中中性粒细胞功能异常的分子机制 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型中的骨髓细胞 | 单细胞组学 | 骨感染 | 单细胞RNA测序,基因本体论分析,通路富集分析,免疫荧光染色,活性氧定量 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | MRSA诱导的慢性骨感染大鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1649 | 2025-12-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals a putative lncRNA-associated ceRNA network in high-grade serous ovarian cancer
2025-Dec, Genes & genomics
IF:1.6Q3
DOI:10.1007/s13258-025-01691-2
PMID:41099994
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了高级别浆液性卵巢癌中一个由长链非编码RNA MIR100HG、微小RNA mir-224-5p和EYA4基因组成的竞争性内源RNA网络,该网络可能通过调控Wnt信号通路促进肿瘤进展 | 首次在高级别浆液性卵巢癌中结合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,识别出癌细胞特异性的竞争性内源RNA网络,并揭示了MIR100HG可能作为mir-224-5p的分子海绵调控EYA4表达的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析和公共数据库验证,缺乏直接的实验功能验证来证实ceRNA网络的具体调控机制 | 识别高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中活跃的长链非编码RNA相关竞争性内源RNA网络 | 高级别浆液性卵巢癌的癌细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | 加权基因共表达网络分析 | RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量,但使用了单细胞RNA测序和批量RNA测序数据集,并利用癌症基因组图谱数据进行验证 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1650 | 2025-12-09 |
Spatial Transcriptomics of Patients With Kaposi Sarcoma Identifies Mechanisms of Immune Evasion
2025-Dec, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.70728
PMID:41342328
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析卡波西肉瘤(KS)皮肤病变,以识别KSHV感染的细胞类型和免疫相互作用 | 首次将空间转录组学与单细胞RNA测序参考数据集结合,对KS病变进行空间解析的细胞类型反卷积分析,并同时检测人类和KSHV基因表达 | 样本量较小(7个KS肿瘤和6个正常皮肤样本),且仅针对皮肤病变进行分析 | 阐明KSHV感染如何重塑皮肤组织、抑制免疫反应并导致抗癌治疗耐药的潜在机制 | 卡波西肉瘤(KS)患者的皮肤肿瘤组织 | 空间转录组学 | 卡波西肉瘤 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 空间解析的细胞类型反卷积方法 | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 7个KS皮肤肿瘤样本,6个正常皮肤样本 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1651 | 2025-12-09 |
Retinoic Acid Reprograms Mast Cells Toward a Proinflammatory State to Enhance Antitumor Immunity
2025-Nov-27, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509340
PMID:41309490
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学数据,全面绘制了十种癌症类型中肥大细胞的转录和空间异质性,揭示了视黄酸信号在驱动肥大细胞向促炎状态重编程中的关键作用 | 识别出一种独特的促炎肥大细胞(PMC)群体,并揭示了视黄酸-RARα-CIITA信号通路在肥大细胞重编程中的新机制,为增强抗肿瘤免疫提供了潜在治疗靶点 | 研究主要基于转录组学数据,功能验证和临床转化仍需进一步实验支持 | 探究肥大细胞在肿瘤微环境中的分子特征和功能多样性,以增强抗肿瘤免疫 | 十种癌症类型中的肥大细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 空间数据 | 十种癌症类型 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1652 | 2025-12-09 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals metabolic reprogramming and tumor microenvironment remodeling in aldosterone-producing adenoma
2025-Nov-27, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2025.111164
PMID:41317749
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了醛固酮瘤的代谢重编程和肿瘤微环境重塑机制 | 首次构建了醛固酮瘤的单细胞图谱,系统揭示了肿瘤细胞的代谢重编程(脂质生成、氧化磷酸化、mTOR信号上调)、分化轨迹紊乱以及肿瘤微环境中免疫浸润、血管生成和基质重塑的特征 | 样本量较小(仅3例患者和3例对照),且为观察性研究,需进一步功能验证 | 阐明醛固酮瘤的细胞异质性、肿瘤发生机制及微环境特征 | 醛固酮瘤患者的肾上腺组织 | 数字病理学 | 肾上腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 3例醛固酮瘤患者和3例对照的肾上腺组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1653 | 2025-12-09 |
Adaptive resampling for improved machine learning in imbalanced single-cell datasets
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.04.686583
PMID:41279118
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研究论文 | 本文提出了一种自适应的重采样方法,用于改善不平衡单细胞数据集中的机器学习性能 | 提出了一种通用的自适应重采样方法,能够基于学习到的潜在结构在线、自适应地重采样数据,以增强单细胞表示学习 | 未明确提及具体限制,可能包括方法在特定数据集或任务中的泛化能力需要进一步验证 | 旨在提高单细胞转录组学数据中机器学习模型的表示学习和预测性能 | 单细胞转录组学数据,特别是基因表达重建、细胞类型分类和扰动响应预测任务 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1654 | 2025-12-09 |
Pan-cancer multi-omics profiling of MS4A2 unveils its functional landscape in lung adenocarcinoma
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002903
PMID:40607924
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了MS4A2在肺腺癌中的功能景观及其预后价值 | 首次在四种生存指标(OS、DSS、PFI、DFI)上系统评估MS4A2在肺腺癌中的预后分层,并发现其通过双向趋化因子调控塑造免疫抑制微环境 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证和前瞻性临床队列 | 阐明MS4A2在肺腺癌中的表达模式、预后意义及功能机制 | 肺腺癌患者及多种癌症类型的肿瘤样本 | 生物信息学 | 肺腺癌 | RNA-seq, 单细胞转录组学, 甲基化分析, 药物敏感性分析 | Cox回归模型, Kaplan-Meier模型 | 基因表达数据, 生存数据, 甲基化数据, 药物反应数据 | TCGA/GTEx数据库中的33种癌症类型及NSCLC单细胞队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1655 | 2025-12-09 |
Multi-omic profiling reveals age-specific blood biomarkers and aging-driven B cell remodeling in osteoarthritis
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000003076
PMID:40696927
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研究论文 | 本研究通过多组学分析,揭示了骨关节炎中年龄特异性的血液生物标志物以及衰老驱动的B细胞重塑 | 首次整合了四种OA受累关节组织的转录组分析,并利用机器学习识别出五个外周血生物标志物,同时通过单细胞RNA测序揭示了老年OA患者中B细胞分化轨迹和功能状态的年龄特异性改变 | 研究样本量相对有限,且主要关注膝关节OA,其他关节类型的OA可能具有不同的特征 | 开发骨关节炎的非侵入性诊断工具并阐明其与年龄相关的免疫失调机制 | 骨关节炎患者(包括年轻和老年患者)的关节组织(软骨、滑膜等)和外周血样本 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 转录组分析,单细胞RNA测序,流式细胞术 | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 217,983个关节细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1656 | 2025-12-09 |
Unraveling molecular characteristics and functional exploration of panoptosis for prognosis stratification in lung adenocarcinoma: a tumor marker prognostic study
2025-Nov-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000002968
PMID:40844260
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研究论文 | 本研究通过整合多组学数据和机器学习方法,开发了一个基于PANoptosis的预后评分模型(PAN Score),用于预测肺腺癌患者的预后和治疗反应,并探索了YWHAG基因在其中的关键作用 | 首次将PANoptosis这一新型细胞死亡模式与肺腺癌预后关联,结合10种机器学习方法构建了101种算法组合的预后模型,并发现了YWHAG-血管加压素-PANoptosis轴作为潜在治疗靶点 | 研究主要基于回顾性队列数据,需要前瞻性临床验证;体外和体内实验仅验证了YWHAG基因的部分机制 | 探索PANoptosis在肺腺癌中的分子特征和预后价值,开发预后分层模型 | 肺腺癌患者活检样本(超过1500例)及其他癌症样本 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、机器学习算法 | 多种机器学习算法组合(10种方法形成101种组合) | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 超过1500例肺腺癌活检样本及其他癌症样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1657 | 2025-12-09 |
ResNet50 and Single-Cell Multi-Omics analysis identify key cellular and molecular features in pediatric acute lymphoblastic leukemia
2025-Nov, Annals of hematology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s00277-025-06675-6
PMID:41125957
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研究论文 | 本研究通过整合基于深度学习的图像分析与单细胞转录组学和T细胞受体测序,揭示了儿童急性淋巴细胞白血病的细胞和分子特征 | 首次将ResNet50深度学习模型用于白血病单细胞图像分类,并与单细胞多组学数据整合,以阐明疾病机制并发现潜在的复发生物标志物 | 未明确说明样本的具体数量或来源,可能限制了结果的普遍适用性 | 解决儿童急性淋巴细胞白血病早期诊断、复发预测和个体化治疗的挑战 | 儿童急性淋巴细胞白血病(ALL) | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序 | ResNet50, Grad-CAM | 图像, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 1658 | 2025-12-09 |
Rationale, design and baseline characteristics of REMODEL, a mechanism-of-action trial with semaglutide in people with type 2 diabetes and chronic kidney disease
2025-Oct-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association
DOI:10.1093/ndt/gfaf114
PMID:40608494
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研究论文 | 本文介绍了REMODEL试验的设计和基线特征,旨在通过多模态方法探究索马鲁肽在2型糖尿病和慢性肾病中的肾脏特异性效应和作用机制 | 该试验首次结合MRI成像、肾脏活检以及单核和空间转录组学等多维技术,系统研究GLP-1受体激动剂在糖尿病肾病中的机制 | 样本量相对较小(106名参与者),且研究周期为52周,可能无法完全捕捉长期效应 | 探究索马鲁肽在2型糖尿病和慢性肾病患者中的肾脏保护作用机制 | 患有2型糖尿病和慢性肾病的成年人 | NA | 2型糖尿病和慢性肾病 | 磁共振成像(MRI)、单核转录组学、空间转录组学、病理学和组织学评估 | NA | 影像数据、组织样本数据、临床生化数据 | 106名参与者(其中33名为肾脏活检亚组) | NA | 单核转录组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1659 | 2025-12-09 |
A Dynamic DNA Nano-Antioxidant Targeting Galectin-3 Attenuates Liver Fibrosis via Reducing Macrophage Oxidative Stress
2025-Oct-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202509977
PMID:41168966
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研究论文 | 开发了一种靶向Galectin-3的动态DNA纳米抗氧化剂,通过减少巨噬细胞氧化应激来减轻肝纤维化 | 利用单细胞RNA测序识别Galectin-3与巨噬细胞氧化应激的正相关性,并设计动态DNA纳米结构实现肝巨噬细胞特异性siRNA递送 | 研究基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证,且长期安全性和脱靶效应需进一步评估 | 开发靶向治疗肝纤维化的纳米递送平台,以减轻巨噬细胞介导的氧化应激 | 肝巨噬细胞和Galectin-3蛋白,在CCl4诱导的小鼠肝纤维化模型中测试 | 生物医学工程 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序,IVIS成像,转录组分析 | NA | 基因表达数据,荧光成像数据 | CCl4诱导的小鼠模型,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1660 | 2025-12-09 |
Scaling Large Language Models for Next-Generation Single-Cell Analysis
2025-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648850
PMID:41279114
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研究论文 | 本文基于Cell2Sentence框架,通过训练大型语言模型(LLMs)整合单细胞RNA测序数据和文本信息,以提升单细胞分析的预测和生成能力 | 将单细胞RNA测序数据表示为文本“细胞句子”,并训练参数达270亿的大型语言模型,实现转录组和文本数据在空前规模上的统一,支持多细胞上下文信息合成的高级下游任务 | 模型在训练期间未见过的人类细胞模型中进行了实验验证,但可能存在其他未知细胞类型或条件的泛化限制 | 开发可扩展、灵活且能整合文本信息的下一代单细胞分析平台 | 单细胞RNA测序数据、生物文本和元数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | 大型语言模型(LLMs) | 文本 | 包含超过十亿个转录组数据、生物文本和元数据标记的语料库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |