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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1641 | 2025-10-05 |
Long-chain sulfatide enrichment is an actionable metabolic vulnerability in intraductal papillary mucinous neoplasm (IPMN)-associated pancreatic cancers
2025-Sep-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2025-335220
PMID:40268349
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研究论文 | 本研究通过跨物种空间分析发现长链硫苷脂富集是胰腺导管内乳头状黏液性肿瘤恶性进展的关键代谢弱点 | 首次发现长链硫苷脂在IPMN/PDAC中的选择性富集,并证实UGT8抑制可通过神经酰胺介导的线粒体自噬激活内在凋亡通路 | 样本量相对有限(n=23),主要基于小鼠模型验证 | 揭示IPMN向PDAC恶性进展的生化分子驱动机制 | 人类切除的IPMN/PDAC组织(n=23)和Kras;Gnas突变小鼠模型 | 空间多组学 | 胰腺癌 | MALDI质谱成像, Visium空间转录组, CRISPR/cas9, siRNA, 药理学抑制 | NA | 空间代谢组, 空间转录组 | 23例人类组织样本及小鼠模型 | 10x Genomics | 空间转录组 | Visium | Visium空间转录组技术 |
1642 | 2025-10-05 |
The ferroptosis-associated gene TIMP1 facilitates skin scar formation through the interaction with CST3 in fibroblasts
2025-Sep-08, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115496
PMID:40925202
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研究论文 | 本研究揭示铁死亡相关基因TIMP1通过与CST3相互作用促进皮肤瘢痕形成的分子机制 | 首次发现TIMP1通过调控铁死亡过程促进成纤维细胞分化,并构建了'成纤维细胞-巨噬细胞'双向调控网络 | 研究主要基于体外实验,需要进一步的体内实验验证 | 探究皮肤瘢痕形成的分子调控机制 | 人皮肤成纤维细胞和巨噬细胞 | 生物医学 | 皮肤瘢痕 | Bulk RNA-seq, 单细胞RNA测序 | 细胞通讯分析 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1643 | 2025-10-05 |
Repurposing zafirlukast confers renal protection in ischemia-reperfusion injury via suppressing macrophage METosis
2025-Sep-08, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2025.115459
PMID:40925201
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研究论文 | 本研究通过重新利用哮喘药物扎鲁司特,发现其通过抑制巨噬细胞METosis对肾脏缺血再灌注损伤具有保护作用 | 首次证明扎鲁司特通过靶向巨噬细胞METosis发挥肾脏保护作用,为药物再利用提供了新策略 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化效果需进一步验证 | 开发更安全的肾脏缺血再灌注损伤治疗药物 | 小鼠肾脏缺血再灌注损伤模型 | 医学研究 | 肾脏疾病 | RNA测序、单细胞转录组学、免疫荧光、流式细胞术 | 动物模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1644 | 2025-10-05 |
Differential phagocytosis induces diverse macrophage activation states in malignant gliomas
2025-Sep-05, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012211
PMID:40912739
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研究论文 | 本研究探讨放疗和CD47阻断如何通过调节巨噬细胞吞噬作用影响恶性胶质瘤中的巨噬细胞活化状态 | 首次通过单细胞RNA测序揭示吞噬性巨噬细胞与非吞噬性巨噬细胞的转录组差异,发现吞噬作用驱动巨噬细胞特化和可塑性的新机制 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探索放疗与CD47阻断联合治疗对巨噬细胞吞噬功能和活化状态的影响机制 | 弥漫性中线胶质瘤和胶质母细胞瘤细胞系,外周血单核细胞来源和骨髓来源的巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 恶性胶质瘤 | 流式细胞术, ELISA, 单细胞RNA测序, 体外吞噬实验 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 人源和小鼠胶质瘤细胞系,异种移植和同系小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1645 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of Barrett's esophagus and carcinoma reveals cell types conferring risk via genetic predisposition
2025-Sep-02, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2025.100980
PMID:40925382
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析巴雷特食管和食管腺癌,揭示与遗传易感性相关的风险细胞类型 | 首次整合单细胞RNA测序与全基因组关联数据,确定巴雷特食管和食管腺癌的细胞类型特异性遗传风险 | 未探讨所识别细胞类型和细胞过程标记物的诊断价值 | 确定参与巴雷特食管和食管腺癌遗传易感性的特定细胞类型 | 巴雷特食管、食管腺癌及配对正常组织 | 单细胞基因组学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 巴雷特食管、食管腺癌及配对正常组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1646 | 2025-10-05 |
Validation of single-cell transcriptomic profiles from Illumina and MGI Tech sequencing platforms
2025-Sep, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.70087
PMID:40490970
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研究论文 | 本研究验证了Illumina和MGI Tech两个测序平台在单细胞转录组分析中的性能比较 | 首次系统比较Illumina和MGI Tech在单细胞RNA测序中的表现,特别是在异质性样本中的影响 | 仅使用三个人类癌症样本,样本量有限 | 评估不同测序平台对单细胞转录组分析结果的影响 | 人类癌症样本 | 单细胞测序 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3个人类癌症样本 | Illumina, MGI Tech | 单细胞RNA-seq | NA | 高通量短读长测序平台 |
1647 | 2025-10-05 |
Genetics of Congenital Heart Disease: A Narrative Review of Challenges and Strategies in Identifying Novel Genes
2025-Sep, Cureus
DOI:10.7759/cureus.91674
PMID:40917916
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综述 | 本文综述了先天性心脏病遗传学研究面临的挑战与识别新基因的策略 | 系统总结了新一代测序技术在发现表观遗传修饰、体细胞嵌合和非编码调控变异等新型遗传因素方面的最新进展 | 将基因组数据转化为临床风险预测和治疗指导仍面临挑战 | 通过基因组技术进展更好理解心脏发育遗传学与CHD发病机制的关联 | 先天性心脏病患者及其遗传因素 | 基因组学 | 先天性心脏病 | 新一代测序,单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
1648 | 2025-10-05 |
Inherent single-cell heterogeneity of the transcriptional response to hypoxia in cancer cells
2025-Sep, NAR cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/narcan/zcaf021
PMID:40918648
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了癌细胞在缺氧条件下HIF反应的内在异质性 | 首次在相同培养条件下证明癌细胞对缺氧的转录反应存在显著的单细胞异质性,特别是HIF-2靶基因的异质性远超预期 | 研究主要基于体外细胞系模型,未涉及完整的肿瘤微环境 | 探究癌细胞在缺氧条件下转录反应的单个细胞水平异质性 | 非克隆细胞系和多个克隆衍生物,包括HIF-1α或HIF-2α敲除细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个非克隆细胞系和克隆衍生物 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1649 | 2025-10-05 |
Less is more: improving cell-type identification with augmentation-free single-cell RNA-Seq contrastive learning
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf437
PMID:40794574
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研究论文 | 提出一种无需数据增强的单细胞RNA测序对比学习算法AF-RCL,用于改进细胞类型识别 | 简化传统数据增强操作并采用新的对比学习损失函数,在细胞类型识别任务中实现最先进的预测性能 | NA | 改进单细胞RNA测序分析中的细胞类型识别任务 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 对比学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1650 | 2025-10-05 |
Mitigation of multi-scale biases in cell-type deconvolution for spatially resolved transcriptomics using HarmoDecon
2025-Sep-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf451
PMID:40796171
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研究论文 | 提出HarmoDecon模型用于缓解空间转录组学中细胞类型反卷积的多尺度偏差问题 | 首次解决了空间转录组学中三个尺度的偏差问题:单个点、整个组织样本以及不同平台间的数据分布差异 | NA | 开发能够减少空间转录组学细胞类型反卷积偏差的新方法 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 半监督深度学习,高斯混合图卷积网络 | 基因表达空间数据 | STARmap和osmFISH数据集,10x Visium数据集,人类乳腺癌样本 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 10x Visium | NA |
1651 | 2025-10-05 |
Unveiling the role of STAT1-activated macrophages in abdominal aortic aneurysm: Insights from scRNA-seq and prognostic signature development
2025-Sep, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2025.107528
PMID:40803394
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示STAT1激活的巨噬细胞在腹主动脉瘤中的作用并开发预后特征 | 首次通过单细胞RNA测序发现STAT1通路介导M1/M2巨噬细胞间通讯,并构建了十基因炎症特征预测AAA预后 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步在人类样本中验证 | 阐明腹主动脉瘤发病机制中巨噬细胞极化的分子机制 | 腹主动脉瘤小鼠模型和健康对照小鼠 | 单细胞基因组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,Western blotting,实时PCR | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3个AAA小鼠模型和2个健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1652 | 2025-10-05 |
Maternal-Fetal Interface Cell Dysfunction in Patients With Preeclampsia Revealed via Single-Cell RNA Sequencing
2025-Sep, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.70101
PMID:40924867
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示先兆子痫患者母胎界面细胞功能障碍 | 首次在单细胞水平揭示先兆子痫患者绒毛滋养层细胞向合体滋养层细胞异常分化的趋势,并发现TMEM200A基因表达下降导致绒毛外滋养细胞侵袭能力减弱 | 样本量较小(PE组3例,正常妊娠组3例),需要更大规模研究验证 | 探究先兆子痫发病机制中胎盘和蜕膜组织细胞类型的异质性变化 | 剖宫产获取的胎盘和蜕膜组织细胞 | 单细胞测序 | 先兆子痫 | 单细胞RNA测序 | 基因集变异分析(GSVA),伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 6例患者(3例先兆子痫,3例正常妊娠),共32,279个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1653 | 2025-10-05 |
Segmentation Matters: Recognizing the Cell Segmentation Challenge in Spatial Transcriptomics
2025-Aug-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.672145
PMID:40909538
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研究论文 | 系统评估空间转录组学中细胞分割方法的性能并提出改进策略 | 首次系统评估多种自动分割方法在人类感觉神经节神经元中的表现,并提出结合人工质量检查的改进方案 | 研究主要关注人类感觉神经节神经元,结果可能不适用于其他细胞类型或组织 | 解决空间转录组学中细胞分割准确性的挑战 | 人类感觉神经节神经元和非神经元细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学,探针杂交技术 | 神经网络 | 空间转录组图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1654 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing of mouse cornea during wound healing after infrared laser irradiation
2025-Aug-29, Experimental eye research
IF:3.0Q1
DOI:10.1016/j.exer.2025.110615
PMID:40886962
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析红外激光损伤后小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术绘制小鼠角膜伤口愈合过程中的细胞图谱,揭示了三个新分化的上皮亚群和免疫细胞动态变化 | 研究仅使用C57BL/6J小鼠模型,样本量相对有限 | 研究角膜伤口愈合过程中的细胞类型变化和动态相互作用 | C57BL/6J小鼠的角膜组织 | 单细胞组学 | 角膜损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12,956个细胞,来自10个健康角膜 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1655 | 2025-10-05 |
SAMHD1 deficiency disrupts macrophage autophagy-lysosomal homeostasis and promotes inflammation via the mTOR-MITF-CTSD axis in ulcerative colitis
2025-Aug-29, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147188
PMID:40886983
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研究论文 | 本研究揭示了SAMHD1通过调控mTOR-MITF-CTSD轴维持巨噬细胞自噬-溶酶体稳态,在溃疡性结肠炎炎症反应中的关键作用 | 首次发现SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞中的表达下调及其通过mTOR-MITF-CTSD轴调控自噬-溶酶体稳态的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类患者中进行验证 | 探究SAMHD1在溃疡性结肠炎巨噬细胞稳态调控中的作用机制 | 髓系特异性SAMHD1缺陷小鼠和结肠组织 | 分子生物学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1656 | 2025-10-05 |
Intercellular signaling reinforces single-cell level phenotypic transitions and facilitates robust re-equilibrium of heterogeneous cancer cell populations
2025-Aug-28, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-025-02405-7
PMID:40877935
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组数据和计算模型,研究细胞间信号传导如何增强癌细胞表型可塑性并维持肿瘤异质性 | 开发多尺度推断方法整合单细胞转录组数据与数学模型,揭示细胞间通讯在表型可塑性和肿瘤异质性维持中的新机制 | 主要基于计算推断和模型模拟,需要实验验证来确认预测的生物学机制 | 探究细胞间信号传导在癌细胞表型可塑性和肿瘤异质性维持中的作用机制 | 小细胞肺癌和其他多种癌症类型的癌细胞 | 计算生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序, 计算建模 | 常微分方程模型, 网络推断模型 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1657 | 2025-10-05 |
Genetic and Cellular Architecture of Breast Cancer Risk in Multi-Ancestry Studies of 159,297 Cases and 212,102 Controls
2025-Aug-25, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.08.20.25334075
PMID:40909829
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研究论文 | 通过多祖先群体的全基因组关联研究分析乳腺癌的遗传结构 | 迄今为止最大的多祖先乳腺癌GWAS研究,整合了四种不同祖先群体的数据并进行了单细胞分析 | 不同祖先群体间的遗传相关性差异较大,某些群体间样本量可能不足 | 探索乳腺癌在多祖先群体中的遗传结构和细胞类型关联 | 159,297例乳腺癌患者和212,102例对照 | 基因组学 | 乳腺癌 | GWAS, scRNA-seq | 稀疏正态混合效应模型 | 基因组关联汇总统计数据 | 159,297病例和212,102对照,涵盖非洲、东亚、欧洲和西班牙/拉丁裔祖先群体 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | Tabula Sapiens scRNA-seq图谱 |
1658 | 2025-10-05 |
LXR-β regulates microglial efferocytosis and neuroinflammation in CPSP via STAT6 activation
2025-Aug-21, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106089
PMID:40848997
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研究论文 | 本研究探讨LXR-β通过激活STAT6调控小胶质细胞胞葬作用缓解脑卒中后中枢性疼痛的机制 | 首次揭示LXR-β通过p-STAT6信号通路调控小胶质细胞胞葬作用缓解神经炎症的新机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,尚未进行临床验证 | 探究LXR-β调控小胶质细胞胞葬作用缓解中枢性卒中后疼痛的分子机制 | 脑出血患者单细胞测序数据、CPSP大鼠模型、BV2小胶质细胞系 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞测序, 行为学测试, 分子生物学检测 | 动物模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 行为数据, 分子标记数据 | 大鼠模型和细胞系,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1659 | 2025-10-05 |
Spatiotemporal dynamics of neuron differentiation and migration in the developing human spinal cord
2025-Aug-16, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.08.004
PMID:40825501
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和空间转录组学揭示了人类脊髓发育过程中神经元分化和迁移的时空动态 | 首次系统揭示了人类脊髓神经元在前体状态的分化与迁移关键机制,并识别了跨物种调控这些过程的关键转录因子 | 研究仅涵盖Carnegie Stages 16-21和胚胎期E8.0-11.5的发育阶段,未覆盖更早期或更晚期的发育过程 | 探究人类脊髓神经元分化和迁移的时空动态机制 | 人类和小鼠发育期脊髓组织 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞转录组测序, 原位测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 人类Carnegie Stages 16-21和小鼠胚胎期E8.0-11.5的脊髓样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
1660 | 2025-10-05 |
Pediatric Atopic Dermatitis Exhibits Distinctive Patterns in JAK/STAT Pathway Activation and CD6-ALCAM Signaling
2025-Aug, Immune network
IF:4.3Q2
DOI:10.4110/in.2025.25.e26
PMID:40917795
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析比较了儿童和成人特应性皮炎的免疫特征差异 | 首次发现儿童特应性皮炎缺乏成人患者中观察到的JAK/STAT通路上调,并独特激活CD6-ALCAM通路 | 样本量较小(9例儿童和12例成人患者) | 识别儿童特应性皮炎的独特免疫特征并比较儿童与成人患者的差异 | 特应性皮炎患者的外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞转录组学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 9例儿童患者(6-16岁)和12例成人患者(20-60岁),以及年龄和性别匹配的健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |