单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16561	2024-08-05	Defining and identifying cell sub-crosstalk pairs for characterizing cell-cell communication patterns 2023-09-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42883-8 PMID:37735248	研究论文	本研究通过定义和识别细胞亚间质对来表征细胞间通信模式	提出了细胞亚间质对（CSCP）的概念，能够识别细胞亚群之间的相似信号，揭示被掩盖的配体-受体相互作用	研究可能受限于所用的数据集和方法，需在更广泛的样本上验证	旨在通过细分细胞类型的亚群体，深入理解组织和肿瘤微环境中的细胞间通信	使用小鼠嗅球和视觉皮层的单细胞空间转录组数据进行分析	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	非负矩阵分解	转录组数据	来自29名不同免疫治疗反应的乳腺癌患者的单细胞转录组数据
16562	2024-08-05	Reducing gut microbiome-driven adipose tissue inflammation alleviates metabolic syndrome 2023-09-21, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-023-01637-4 PMID:37735685	研究论文	这篇文章探讨了啤酒花衍生的类黄酮对饮食诱导的肥胖和代谢综合症的影响	本研究首次揭示了四羟基黄酮在减轻脂肪组织中巨噬细胞介导的炎症中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类的临床验证	识别和开发能够减少代谢综合症影响的干预措施	小鼠模型，尤其是C57Bl/6J小鼠	数字病理学	代谢综合症	16S rRNA测序和单细胞RNA测序	NA	多组学数据	C57Bl/6J小鼠实验
16563	2024-08-05	Characterization of tumor microenvironment and tumor immunology based on the double-stranded RNA-binding protein related genes in cervical cancer 2023-09-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04505-9 PMID:37735483	研究论文	该文章探讨了与宫颈癌相关的双链RNA结合蛋白的基因特征与肿瘤免疫环境.	研究揭示了dsRBP在宫颈癌预后和肿瘤免疫调节中的重要作用，并开发了基于dsRBP特征的风险模型.	研究主要基于单一人群样本和公开数据集，可能限制了结果的普遍适用性.	本研究的目的是探讨dsRBP在宫颈癌中的作用以及其对预后和免疫治疗的影响.	研究对象是来自地方队列的宫颈癌患者的肿瘤样本.	数字病理学	宫颈癌	RNA-seq	Cox模型	RNA测序数据	使用了地方队列中的宫颈癌患者肿瘤样本，并利用了多个外部验证数据集
16564	2024-08-07	Dynamic single-cell mapping unveils Epstein‒Barr virus-imprinted T-cell exhaustion and on-treatment response 2023-09-21, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-023-01622-1 PMID:37735150	研究论文	本研究通过纵向单细胞RNA测序和配对的单细胞TCR/BCR测序，精细刻画了接受免疫化疗的人类EBV阳性胃癌的动态肿瘤免疫环境，揭示了EBV印迹的T细胞耗竭和治疗反应的细胞基础。	首次详细描述了EBV阳性胃癌中免疫化疗如何触发效应T细胞的克隆复兴和重新激活，以及这些变化如何决定治疗反应。	研究主要集中在EBV阳性胃癌患者，可能不适用于所有胃癌患者。	旨在精细刻画EBV阳性胃癌在接受免疫化疗后的动态肿瘤免疫环境。	EBV阳性胃癌患者的肿瘤免疫环境及免疫化疗后的T细胞反应。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
16565	2024-08-07	Identification of memory B-cell-associated miRNA signature to establish a prognostic model in gastric adenocarcinoma 2023-09-21, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04366-2 PMID:37735667	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和mRNA-miRNA共表达网络，识别与记忆B细胞相关的miRNA特征，并构建了一个胃腺癌的预后风险模型。	首次研究了记忆B细胞相关的miRNA在预测胃腺癌预后中的应用，并构建了一个基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据的预后风险模型。	NA	研究记忆B细胞相关的miRNA在胃腺癌预后预测中的作用。	记忆B细胞相关的miRNA及其在胃腺癌预后中的应用。	NA	胃腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	未具体说明样本数量
16566	2024-08-05	singleCellBase: a high-quality manually curated database of cell markers for single cell annotation across multiple species 2023-Sep-20, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-023-00523-3 PMID:37730627	研究论文	singleCellBase是一个高质量人工整理的细胞标记数据库，用于跨多物种的单细胞注释	提供了一个包含1,221种细胞类型和8,740个细胞标记基因的手动整理资源，涵盖31种物种	目前高质量已知标记基因与细胞类型之间的关系仍然有限，主要集中在人类和小鼠之外的物种	提供一个用户友好的界面，帮助科学界浏览和使用细胞标记和细胞类型的记录	涉及高质量细胞类型和基因标记的关联数据	数字病理学	464种疾病/状态	单细胞RNA测序	NA	数据库	9,158条记录，涵盖1,221种细胞类型和8,740个基因
16567	2024-08-05	DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection 2023-09-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03049-x PMID:37730638	研究论文	本研究提出了DISCERN，一种深度生成网络，用于精确重建缺失的单细胞基因表达	DISCERN的创新点在于能够使用参考数据集精确重建单细胞基因表达，从而显著改善细胞聚类、细胞类型和活性检测	该方法仍然受到每个细胞表达基因数量有限的技术限制	研究单细胞测序中的基因表达重建及其在细胞聚类和亚型检测中的应用	研究对象为单细胞基因表达数据和COVID-19相关的T细胞类型	数字病理学	COVID-19	深度生成网络	生成对抗网络	基因表达数据	NA
16568	2024-08-07	Inferring single-cell gene regulatory network by non-redundant mutual information 2023-09-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad326 PMID:37715282	研究论文	本文介绍了一种名为Normi的新型基因调控网络（GRN）推断方法，该方法基于非冗余互信息	Normi方法通过滑动固定大小的窗口和平均平滑策略处理伪时间信息中的噪声和数据集中的大量缺失值，使用混合KSG估计器量化基因间的高阶时间延迟互信息，并通过Max-Relevance和Min Redundancy算法过滤冗余边，以及通过距离相关确定每对基因的最佳时间延迟	NA	解析复杂的基因调控网络	单细胞基因调控网络	系统生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
16569	2024-08-07	A CCL2+DPP4+ subset of mesenchymal stem cells expedites aberrant formation of creeping fat in humans 2023-09-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41418-z PMID:37730641	研究论文	本研究通过脂质组学和单细胞RNA测序分析，揭示了在克罗恩病患者中，一种特定的间充质干细胞亚群CCL2+DPP4+在爬行脂肪形成中的作用	首次鉴定出CCL2+DPP4+间充质干细胞亚群在爬行脂肪形成中的作用，并揭示了其与CCL20CD14单核细胞和IL-6的相互作用	样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究爬行脂肪的形成机制及其在克罗恩病治疗中的潜在应用	克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织和健康对照组的肠系膜脂肪组织	NA	克罗恩病	脂质组学分析, 单细胞RNA测序	NA	组织样本	克罗恩病患者22人（16男6女），健康对照15人（5男10女）
16570	2024-08-07	Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to predict prognosis and immunotherapy response in prostate cancer 2023-09-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42858-9 PMID:37730847	研究论文	本研究通过生物信息学分析探索前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的作用和特征，并构建基于CAFs的风险模型，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应	本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，构建了基于CAFs的预后模型，并预测了免疫治疗反应和抗肿瘤药物的敏感性	NA	探索前列腺癌中CAFs的作用，并构建预后模型以预测患者的预后和治疗反应	前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	Cox比例风险模型，LASSO回归	RNA测序数据	NA
16571	2024-08-05	Spatial transcriptomics delineates molecular features and cellular plasticity in lung adenocarcinoma progression 2023-Sep-19, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00591-7 PMID:37723144	研究论文	本研究结合空间转录组学和多重免疫组织化学，阐明了肺腺癌不同组织学亚型的分子特征和细胞可塑性	揭示了导致亚型进展的转录重编程和动态细胞信号，并确定了特定组织学亚型的肿瘤相关巨噬细胞亚群	尚未明确不同亚型之间的分子特征和过渡的详细机制	研究肺腺癌不同组织学亚型的分子特征及其细胞塑性	肺腺癌的不同组织学亚型	数字病理学	肺癌	空间转录组学和多重免疫组织化学	NA	NA	NA
16572	2024-08-05	Translating genomic tools to Raman spectroscopy analysis enables high-dimensional tissue characterization on molecular resolution 2023-09-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41417-0 PMID:37726278	研究论文	本研究展示了一种结合拉曼光谱技术与生物信息学分析的新方法，能够在分子水平上对组织进行高维特征化。	创新点在于将最先进的生物信息学分析工具应用于拉曼光谱分析，实现了对细胞基质的均质性、异质性和动态性的空间分辨分析。	本研究的限制在于主要基于鼠类心肌梗死和心脏肥大样本，可能对人类样本的适用性需进一步验证。	研究的目的是通过拉曼光谱分析实现组织的高维特征化，填补生物分子组成分析的空白。	研究对象主要为鼠类心肌梗死和心脏肥大组织切片。	数字病理学	心血管疾病	拉曼光谱	NA	组织切片	使用了鼠类模型中的心肌梗死和心脏肥大的切片
16573	2024-08-07	ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury 2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research IF:2.8Q1 DOI:10.1186/s13018-023-04195-5 PMID:37726826	研究论文	本研究通过分析脊髓损伤后不同时间点的单细胞RNA测序数据，探讨了小胶质细胞中与铁死亡相关的ceRNA调控网络	首次在单细胞水平上预测了脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞中与免疫炎症过程相关的关键基因，并提供了分子基础	NA	深入研究脊髓损伤后的免疫调节机制	小胶质细胞在脊髓损伤后的免疫炎症反应	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠脊髓损伤后3天和14天的样本
16574	2024-08-07	Ferroptosis and WDFY4 as novel targets for immunotherapy of lung adenocarcinoma 2023-Sep-19, Aging DOI:10.18632/aging.205042 PMID:37728413	研究论文	本研究通过分析铁死亡指数（FPI）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，探索肺腺癌（LUAD）免疫治疗的新靶点	研究发现了铁死亡和WDFY4作为肺腺癌免疫治疗的新靶点，并证实了WDFY4在调控B细胞分化中的重要作用	NA	探索肺腺癌免疫治疗的新靶点，以改善患者的长期生存	肺腺癌（LUAD）患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及肺腺癌和癌旁组织的单细胞RNA测序数据
16575	2024-08-07	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing revealed the molecular characteristics and prognostic roles of neutrophils in pancreatic cancer 2023-Sep-19, Aging DOI:10.18632/aging.205044 PMID:37728418	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中中性粒细胞的分子特征及其预后作用	本研究构建了一个基于中性粒细胞标记基因的胰腺癌生存预测模型，该模型在生存预后、临床病理特征、免疫浸润和药物敏感性方面表现出独立性能	NA	研究中性粒细胞如何影响胰腺癌的致癌和发展过程，并构建基于中性粒细胞标记基因的生存预测模型	胰腺癌中的中性粒细胞及其分子特征和预后作用	数字病理学	胰腺癌	RNA测序	随机森林算法和Cox回归分析	RNA表达数据	27,000个细胞来自3名胰腺癌患者
16576	2024-08-05	Disparities in spatially variable gene calling highlight the need for benchmarking spatial transcriptomics methods 2023-09-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-03045-1 PMID:37723583	研究论文	本研究比较了多个专门用于识别空间可变基因的工具的性能，强调了方法的基准测试需求	首次系统比较了6个专用软件包在不同数据集上的表现，揭示了结果之间的差异	缺乏已验证的基准测试方法来准确评估现有工具的性能	改进空间转录组学方法用于识别空间可变基因	比较6个用于SVG识别的软件包在多个公共和模拟数据集上的结果	数字病理学	NA	RNA测序	NA	公共数据集和模拟数据集	9个公共数据集和5个模拟数据集
16577	2024-08-05	A comprehensive analysis of the role of QPRT in breast cancer 2023-09-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42566-4 PMID:37723185	研究论文	本文探讨了QPRT在乳腺癌中的临床角色	提供了QPRT在乳腺癌中的表达、甲基化水平及预后价值的综合分析	可能受到数据来源和样本选择的限制	研究QPRT在乳腺癌中的作用和预后潜力	乳腺癌患者和细胞系中的QPRT表达及其相关性	数字病理学	乳腺癌	TCGA数据分析, GEO数据集验证, ROC曲线	NA	基因表达数据, 甲基化数据, 生存数据	涉及多种乳腺癌组织样本和细胞系的数据
16578	2024-08-07	COL5A2 is a prognostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in gastric cancer based on transcriptomics and single-cell RNA sequencing 2023-09-18, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-023-01659-9 PMID:37723519	研究论文	本研究探讨了COL5A2在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系，基于转录组学和单细胞RNA测序数据分析	首次揭示了COL5A2在胃癌中的表达与免疫浸润和预后的关联，并探讨了其作为治疗干预策略的潜力	研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性	评估COL5A2作为胃癌预后标志物的潜力及其与免疫浸润的关系	胃癌患者的转录组和单细胞RNA测序数据	数字病理学	胃癌	转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，具体样本数量未在摘要中明确
16579	2024-08-07	Prediction of survival and immunotherapy response by the combined classifier of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment in melanoma 2023-Sep-16, European journal of medical research IF:2.8Q2 DOI:10.1186/s40001-023-01346-6 PMID:37716991	研究论文	本文通过结合G蛋白偶联受体（GPCRs）和肿瘤微环境（TME）的多组学分析，开发了一种分类器，用于预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应	首次结合GPCRs和TME从多组学角度预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应	NA	开发一种能够有效预测黑色素瘤患者生存率和免疫治疗反应的分类器	黑色素瘤患者	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），实时定量聚合酶链反应（qPCR）	机器学习算法	基因突变，免疫治疗反应，临床病理特征数据	涉及A375和HaCaT细胞系以及多个黑色素瘤免疫治疗队列
16580	2024-08-07	Performance of tumour microenvironment deconvolution methods in breast cancer using single-cell simulated bulk mixtures 2023-09-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41385-5 PMID:37717006	研究论文	本文通过使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟大量混合物，比较了九种肿瘤微环境（TME）解卷积方法在乳腺癌中的性能	本文首次详细比较了九种TME解卷积方法在不同肿瘤纯度水平下的表现，并验证了这些方法在独立数据集上的准确性	大多数方法在肿瘤纯度增加时倾向于错误预测正常上皮细胞为癌细胞，且乳腺癌分子亚型对此有影响	评估和比较不同TME解卷积方法在乳腺癌中的性能	乳腺癌肿瘤微环境中的细胞组成	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	数千个模拟的肿瘤混合物