单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28126 篇文献，本页显示第 16541 - 16560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16541 | 2024-08-07 |
Combing Genome-Wide Association Studies and Single-Cell Analysis to Elucidate the Mechanisms of Kidney Disease: Proceedings of the Henry Shavelle Professorship
2023 Jan-Dec, Glomerular diseases
DOI:10.1159/000534678
PMID:38033715
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综述 | 本文综述了将全基因组关联研究（GWAS）与单细胞组学（包括转录组学）相结合在肾脏疾病研究中的创新方法 | 本文强调了GWAS和scRNA-seq结合在深入理解肾脏疾病中的变革潜力 | NA | 加深对肾脏疾病潜在机制的理解 | 肾脏疾病 | NA | 肾脏疾病 | 全基因组关联研究（GWAS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 16542 | 2024-08-07 |
IDEAS: individual level differential expression analysis for single-cell RNA-seq data
2022-01-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-022-02605-1
PMID:35073995
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研究论文 | 本文提出了一种名为IDEAS的统计方法，用于分析单细胞RNA测序数据中个体间基因表达的差异 | IDEAS方法通过总结每个基因在每个个体中的表达分布，并评估这些个体特定分布在两组个体之间是否存在差异，从而实现个体水平的差异表达分析 | NA | 旨在发现两组个体间差异表达的基因 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 自闭症, COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个个体 |
| 16543 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing in Yeast Using the 10× Genomics Chromium Device
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2257-5_1
PMID:35524108
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研究论文 | 本文描述了一种使用10× Genomics平台对酵母Saccharomyces cerevisiae进行单细胞RNA测序的简易实施方案 | 引入了Zymolyase酶来消化细胞壁，以便在液滴形成初期有效裂解酵母细胞，同时不影响液滴乳化和后续样本处理 | NA | 研究微生物中单个细胞的生理学特性 | 酵母Saccharomyces cerevisiae | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16544 | 2024-08-05 |
Computational immunogenomic approaches to predict response to cancer immunotherapies
2024-Jan, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-023-00830-6
PMID:37907723
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综述 | 本文综述了用于分析癌症免疫治疗反应的计算免疫基因组方法 | 提出了新颖的计算方法和机器学习算法，以从基因组和转录组测序数据中提取临床有用的信息 | 未能充分探讨计算方法和测序技术在改善癌症患者管理中的真实潜力和局限性 | 研究计算免疫基因组方法在癌症免疫疗法中的应用与影响 | 主要研究肿瘤、基质及免疫细胞的基因组和转录组数据 | 计算生物学 | 癌症 | 单细胞转录组测序和多组学方法 | 机器学习算法 | 基因组和转录组数据 | 涉及多种癌症类型的大规模基因组数据 |
| 16545 | 2024-08-07 |
Identification of hub genes based on integrated analysis of single-cell and microarray transcriptome in patients with pulmonary arterial hypertension
2023-Dec-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09892-3
PMID:38110868
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研究论文 | 本研究通过综合分析单细胞和微阵列转录组数据，识别肺动脉高压患者中的关键基因 | 发现了WDR43和GNL2作为肺动脉高压的新分子机制和潜在治疗靶点 | NA | 揭示肺动脉高压的分子机制和潜在治疗靶点 | 肺动脉高压患者 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），微阵列转录组 | NA | 转录组数据 | 3名健康捐赠者和3名肺动脉高压患者的细胞，共计41,472个细胞 |
| 16546 | 2024-08-07 |
Large-scale single-cell RNA sequencing atlases of human immune cells across lifespan: Possibilities and challenges
2023-12, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202250222
PMID:36826421
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研究论文 | 本文探讨了大规模单细胞RNA测序技术在人类免疫细胞研究中的应用及其面临的挑战 | 介绍了多组学和空间基因组平台在单细胞RNA测序项目中的应用趋势 | 讨论了大规模数据生成、分析和再分析以及数据传播的挑战 | 评估大规模单细胞RNA测序技术在免疫学领域的进展和挑战 | 人类免疫细胞及其在不同生命阶段的功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及人类胎儿和成人造血组织的大规模样本 |
| 16547 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of gingivo-buccal oral cancer reveals two dominant cellular programs
2023-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15979
PMID:37792582
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析龈颊口癌，揭示了两种主导的细胞程序 | 识别了与口腔黏膜下纤维化相关的独特恶性细胞类型和基质细胞群的表型转变 | NA | 研究龈颊口癌中的细胞异质性 | 12名龈颊口癌患者的口腔肿瘤样本，其中3名患者同时存在口腔黏膜下纤维化 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 12名患者 |
| 16548 | 2024-08-07 |
The Notch1 signaling pathway directly modulates the human RANKL-induced osteoclastogenesis
2023-12-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48615-2
PMID:38040752
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研究论文 | 本文研究了Notch1信号通路在人类RANKL诱导的破骨细胞生成中的直接调节作用 | 首次报道了Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用，并揭示了Notch1与IL-7R信号通路的相互作用 | NA | 探讨Notch1信号通路在人类破骨细胞生成中的作用及其机制 | 人类单核CD14细胞和破骨细胞前体 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和抗体序列（AbSeq）分析 | NA | 细胞表面标记物数据 | 从外周血单核细胞（PBMCs）中直接分离的人类单核CD14细胞 |
| 16549 | 2024-08-07 |
Temporal genomic analysis of melanoma rejection identifies regulators of tumor immune evasion
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.11.29.569032
PMID:38077050
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研究论文 | 研究探讨了低肿瘤内异质性（ITH）的鼠类肿瘤免疫逃逸机制，通过单细胞RNA测序和免疫表型分析比较了被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆的时间生长情况。 | 通过比较分析拒绝相关基因表达程序和CRISPR敲除筛选候选介质，确定了巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）作为免疫排斥的调节因子。 | 研究主要集中在鼠类肿瘤模型，需要在更多种类的肿瘤和更广泛的患者数据中验证结果。 | 研究肿瘤免疫逃逸的机制及其与肿瘤内异质性的关系。 | 低肿瘤内异质性的鼠类肿瘤及其免疫逃逸机制。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | CRISPR | 基因表达数据 | 涉及被拒绝和未被拒绝移植的单细胞克隆 |
| 16550 | 2024-08-07 |
Molecular basis of retinal remodeling in a zebrafish model of retinitis pigmentosa
2023-Nov-18, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-023-05021-1
PMID:37979052
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研究论文 | 本文通过分析成年斑马鱼视网膜的单细胞转录组数据，研究了视网膜色素变性（RP）模型中视网膜重塑的分子基础 | 提供了斑马鱼视网膜细胞类型转录组的基准图谱，并深入探讨了P23H模型中每种视网膜细胞类型的影响 | NA | 理解视网膜重塑的分子基础 | 斑马鱼视网膜的结构和功能重塑 | 数字病理学 | 视网膜色素变性 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 包括野生型AB株（WT）和P23H突变视紫红质转基因RP模型的成年斑马鱼视网膜，数据来自雌性和雄性鱼类 |
| 16551 | 2024-08-07 |
Machine Learning-Based Integration Develops a Macrophage-Related Index for Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Lung Adenocarcinoma
2023-11, Archives of medical research
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102897
PMID:37865004
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研究论文 | 本研究利用机器学习方法整合多个数据集，构建了一个与巨噬细胞相关的指数（MRI），用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 首次使用10种机器学习算法构建了肺腺癌的共识MRI，该指数有助于风险分层、预后评估和治疗方案选择 | NA | 开发一个基于机器学习的巨噬细胞相关指数，用于预测肺腺癌的预后和免疫治疗反应 | 肺腺癌中的巨噬细胞相关标志物及其在免疫微环境中的作用 | 机器学习 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Lasso算法和plsRCox | RNA序列数据 | 使用了来自TCGA、GSE30219、GSE31210和GSE72094数据集的样本 |
| 16552 | 2024-08-07 |
Gene regulatory network reconfiguration in direct lineage reprogramming
2023-01-10, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2022.11.010
PMID:36584685
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研究论文 | 本文结合CellOracle分析与纤维母细胞向诱导内胚层祖细胞（iEP）转化的谱系追踪，揭示了成功与失败命运转化背后的不同网络配置。 | 通过CellOracle模拟TF扰动，识别出新的因子以促进细胞成功转化其身份，并揭示了AP-1亚基Fos与Hippo信号效应子Yap1的中心作用。 | NA | 研究直接谱系转化中基因调控网络（GRN）的重配置。 | 纤维母细胞向诱导内胚层祖细胞（iEP）的转化过程。 | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组数据分析 | CellOracle | 转录组和表观基因组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16553 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA analysis reveals the potential risk of organ-specific cell types vulnerable to SARS-CoV-2 infections
2022-Jan, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.105092
PMID:34864302
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研究论文 | 本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，通过生物信息学分析揭示了SARS-CoV-2感染特定器官细胞类型的潜在风险 | 研究首次揭示了M1型巨噬细胞与重症COVID-19患者的高度关联，并识别了可能的治疗靶点，如核糖体相关通路 | 研究依赖于公开的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏差 | 理解SARS-CoV-2入侵人体细胞的机制及COVID-19特定器官易感细胞类型 | SARS-CoV-2感染的特定器官细胞类型及COVID-19的发病机制 | 数字病理学 | 冠状病毒病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过160万例确诊病例，包括330万例死亡 |
| 16554 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing Revealed Pivotal Genes Related to Prognosis of Myocardial Infarction Patients
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/6534126
PMID:35317194
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术揭示了心肌梗死患者中的关键基因及其预后相关性 | 首次在单细胞水平上识别出与心肌梗死预后相关的重要基因 | NA | 探索心肌梗死的分子特征及其机制 | 心肌梗死患者的免疫细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | WGCNA | scRNA-seq | 来自GSE109048的正常和心肌梗死样本 |
| 16555 | 2024-08-07 |
Analysis of Data on Fludarabine, Cyclophosphamide, and Rituximab Chemoimmunotherapy for Chronic Lymphocytic Leukemia Shows High Patient Heterogeneity and the Need for More Consideration of Individualized Treatment
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/7451395
PMID:36226246
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）患者在接受氟达拉滨、环磷酰胺和利妥昔单抗化疗免疫治疗后的数据，揭示了患者间的高度异质性，并强调了个性化治疗的重要性。 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析了CLL患者的肿瘤异质性，并提出了TP53通路在治疗策略和患者预后中的重要性。 | 研究样本量较小，仅包含7个样本，可能影响结果的普遍性和可靠性。 | 探讨慢性淋巴细胞白血病患者在接受特定化疗免疫治疗后的肿瘤异质性及个性化治疗的需求。 | 慢性淋巴细胞白血病患者的单细胞RNA测序数据。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 7个CLL患者样本 |
| 16556 | 2024-08-07 |
The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review
2021-May, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-020-02237-0
PMID:33221945
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综述 | 本文综述了肠道微生物组与宿主基因表达之间关系的最新研究 | 介绍了新兴技术如单细胞RNA测序和类器官生成在深化这一关系理解中的潜力 | NA | 探讨肠道微生物组如何影响宿主基因表达及其对宿主生理过程的重要性 | 肠道微生物组与宿主基因表达的关系 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16557 | 2024-08-07 |
Integrative Analyses of scRNA-seq, Bulk mRNA-seq, and DNA Methylation Profiling in Depressed Suicide Brain Tissues
2023-Dec-18, The international journal of neuropsychopharmacology
DOI:10.1093/ijnp/pyad057
PMID:37774423
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研究论文 | 本研究综合分析了单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）和DNA甲基化谱在抑郁症自杀脑组织中的应用 | 本研究通过跨组学分析，计算了不同甲基化CpG位点的甲基化和转录水平之间的相关性，并进行了去卷积分析 | NA | 探讨自杀行为的潜在病因和生物学机制 | 抑郁症自杀患者的脑组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量mRNA测序（bulk mRNA-seq）、DNA甲基化微阵列 | NA | 基因表达数据、甲基化数据 | 包括抑郁症自杀患者的皮质组织和氟西汀治疗的大鼠脑组织 |
| 16558 | 2024-08-05 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-Dec-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
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研究论文 | 本文介绍了一种新的空间转录组数据注释方法SpatialAnno | SpatialAnno创新性地使用了大量非标记基因和关于标记基因的'定性'信息，同时不依赖参考数据集 | 缺乏对某些空间信息的利用，可能影响某些特定类型细胞的注释准确性 | 研究空间转录组数据的细胞/区域类型分类 | 模拟数据和来自10x Visium、ST、Slide-seqV1/2及seqFISH平台的四个真实空间转录组数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学（SRT） | 因子模型和Potts模型 | 数据集 | 四个真实数据集和模拟数据 |
| 16559 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals rich pituitary-Immune interactions under systemic inflammation
2023-Dec, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3002403
PMID:38109308
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠垂体在系统性炎症下的转录组特征，揭示了垂体与免疫系统的丰富相互作用 | 首次揭示了系统性炎症如何调控垂体激素产生细胞的转录组特征，并发现了非经典的生物活性分子Nptx2的产生和释放 | NA | 探究系统性炎症对垂体激素产生细胞转录组的影响及其与免疫系统的相互作用 | 小鼠垂体激素产生细胞在系统性炎症下的转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠垂体样本 |
| 16560 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis reveals diversity of tumor-associated macrophages and their interactions with T lymphocytes in glioblastoma
2023-11-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-48116-2
PMID:38012322
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了胶质母细胞瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞的多样性和相互作用 | 本研究超越了传统的M1/M2巨噬细胞极化模型，探索了TAMs在胶质母细胞瘤中的连续状态及其与T细胞的相互作用 | NA | 旨在解析胶质母细胞瘤微环境中7种TAM亚型与T细胞的细胞间相互作用 | 胶质母细胞瘤中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）与T淋巴细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 成年IDH野生型胶质母细胞瘤样本 |