单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16541	2024-08-07	Comparative single-cell analysis reveals heterogeneous immune landscapes in adenocarcinoma of the esophagogastric junction and gastric adenocarcinoma 2024-01-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-023-06388-6 PMID:38182569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤微环境（TME），揭示了AEG中异质性恶性细胞和肿瘤相关成纤维细胞（CAFs）的特征	首次全面解析了AEG的TME，识别了具有多样生物功能和内在恶性特性的异质性AEG恶性细胞，并揭示了AEG中T细胞的转录特征和TCR谱系	NA	旨在深入理解食管胃结合部腺癌（AEG）的肿瘤微环境（TME）	食管胃结合部腺癌（AEG）和胃腺癌（GAC）的肿瘤和邻近正常组织	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四名AEG患者和公开的GAC单细胞数据集
16542	2024-08-05	Exploring distinct properties of endometrial stem cells through advanced single-cell analysis platforms 2023-12-20, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03616-w PMID:38124100	综述	本研究综述了先进的单细胞分析技术在子宫内膜干细胞研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学等新技术在识别和表征子宫内膜干细胞群体方面的创新	现有技术仍存在许多需要改进的技术局限性	探索子宫内膜干细胞在相关疾病中的重要性	子宫内膜干细胞及其在月经周期和分化过程中的动态变化	数字病理	子宫内膜疾病	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序，空间转录组学	NA	NA	NA
16543	2024-08-07	PD-L1 expression levels in mesenchymal stromal cells predict their therapeutic values for autoimmune hepatitis 2023-12-18, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03594-z PMID:38111045	研究论文	本研究探讨了间充质基质细胞中PD-L1表达水平对其治疗自身免疫性肝炎疗效的预测作用	首次揭示了PD-L1表达水平与间充质基质细胞治疗自身免疫性肝炎疗效之间的正相关关系	研究仅限于从58个人类供体中分离的Wharton's jelly衍生的间充质基质细胞，且使用小鼠模型进行验证	探索间充质基质细胞中PD-L1表达水平作为选择治疗自身免疫性肝炎最佳细胞的指标	间充质基质细胞（MSCs）及其在自身免疫性肝炎治疗中的应用	NA	自身免疫性疾病	转录组和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	58个不同供体来源的Wharton's jelly衍生的间充质基质细胞
16544	2024-08-05	Imputation for Single-cell RNA-seq Data with Non-negative Matrix Factorization and Transfer Learning 2023-Dec, Journal of bioinformatics and computational biology IF:0.9Q4 DOI:10.1142/S0219720023500294 PMID:38248911	研究论文	提出了一种集成非负矩阵分解和迁移学习的单细胞RNA-seq数据插补方法	该方法通过结合额外的数据集借用基因表达信息，并在分解矩阵中添加图正则化项，有效提升了表达值的估计准确性	NA	探索单细胞RNA-seq数据中的稀疏性问题并改进数据插补方法	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	非负矩阵分解和迁移学习	NA	RNA-seq数据	NA
16545	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of human traumatic brain injury reveals activation of endogenous retroviruses in oligodendroglia 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113395 PMID:37967557	研究论文	本研究揭示了创伤性脑损伤中寡突胶质细胞内源性逆转录病毒的激活。	本研究首次展示了在创伤性脑损伤后寡突胶质细胞在神经炎症中的重要作用和内源性逆转录病毒的转录上调。	该研究的限制包括其结果基于急性样本，可能无法完全代表长期的神经反应。	本研究旨在探讨创伤性脑损伤后神经炎症反应的启动事件。	研究对象为人类脑组织中不同细胞群体的转录组变化。	数字病理学	NA	单核RNA测序 (snRNA-seq)	NA	基因表达数据	人类脑组织样本，具体数量未提及
16546	2024-08-05	Single-cell transcriptomics identifies a WNT7A-FZD5 signaling axis that maintains fallopian tube stem cells in patient-derived organoids 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113354 PMID:37917586	研究论文	该研究揭示了WNT7A-FZD5信号轴在患者衍生的类器官中维持输卵管干细胞的作用	研究首次通过优化的类器官培养条件深入表征了输卵管干细胞及其自我更新的分子要求	研究中对输卵管干细胞的知识仍有限，且模型可能无法完全模拟生理状态	揭示输卵管干细胞的功能及其在健康和疾病中的作用	输卵管干细胞及其在类器官中的表现	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
16547	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing-guided fate-mapping toolkit delineates the contribution of yolk sac erythro-myeloid progenitors 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113364 PMID:37922312	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）的异质性，并建立了多种命运图谱工具来追踪不同EMP亚群的贡献	首次详细描述了卵黄囊EMPs的异质性，并利用单细胞RNA测序技术建立了命运图谱工具来追踪其贡献	NA	阐明卵黄囊EMPs在胚胎发育至成年阶段的贡献	卵黄囊中的红系髓系前体细胞（EMPs）及其亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个卵黄囊EMP亚群
16548	2024-08-05	Single-cell transcriptomics of the ocular anterior segment: a comprehensive review 2023-11, Eye (London, England) DOI:10.1038/s41433-023-02539-3 PMID:37138096	综述	本文全面回顾了眼前节的单细胞转录组学，探讨了相关技术和应用	提供了眼前节相关的单细胞RNA测序数据集的概述，并强调了其在靶向治疗中的重要性	技术限制及目前大部分研究集中在视网膜组织上	阐明眼组织的细胞和遗传组成，以揭示眼病的病理生理机制	主要研究眼前节相关的单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16549	2024-08-07	miR-126 identifies a quiescent and chemo-resistant human B-ALL cell subset that correlates with minimal residual disease 2023-10, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-023-02009-5 PMID:37640845	研究论文	研究探讨了微小RNA-126（miR-126）在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-ALL）中的作用，发现miR-126高表达的细胞亚群具有化疗抵抗和静止状态的特征，与最小残留病相关。	首次揭示了miR-126在B-ALL中的作用，及其与化疗抵抗和疾病持续的关系。	研究主要基于患者来源的异种移植模型，可能与临床实际情况存在差异。	探究miR-126在B-ALL中的作用及其与化疗抵抗和疾病持续的关系。	B细胞急性淋巴细胞白血病细胞及其亚群。	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	8/9个患者来源的异种移植模型，多个成人和儿童B-ALL队列。
16550	2024-08-05	Single-cell brain organoid screening identifies developmental defects in autism 2023-Sep, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06473-y PMID:37704762	研究论文	本研究开发了CRISPR人类类器官单细胞RNA测序系统，以筛查自闭症相关的发育缺陷	提出了一种新的系统用于高通量表型特征分析，揭示了自闭症谱系障碍基因对细胞命运决定的影响	研究主要集中在特定的基因突变，可能未涵盖所有自闭症相关的遗传变异	探讨自闭症谱系障碍的发育缺陷及其与基因调控网络的关系	聚焦于与自闭症谱系障碍相关的36个高风险基因的功能筛查	数字病理学	自闭症	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序	类器官模型	单细胞转录组数据	NA
16551	2024-08-07	A Single-Cell Taxonomy Predicts Inflammatory Niche Remodeling to Drive Tissue Failure and Outcome in Human AML 2023-09-01, Blood cancer discovery IF:11.5Q1 DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0043 PMID:37470778	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类急性髓系白血病（AML）中组织驻留造血干细胞/祖细胞（HSPC）与其肿瘤对应物及其原生微环境之间的预测信号相互作用	识别了LEPR+基质细胞作为造血作用的核心调节因子，并预测炎症微环境重塑和关键HSPC调节因子的剥夺会抑制NPM1突变AML中的高输出造血干细胞亚群	NA	揭示人类AML中细胞间信号传导，预测炎症微环境重塑对组织抑制和克隆选择的影响	人类急性髓系白血病（AML）中的造血干细胞/祖细胞（HSPC）及其微环境	数字病理学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16552	2024-08-05	Acquisition of drug resistance in basal cell nevus syndrome tumors through basal to squamous cell carcinoma transition 2023-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.26.550719 PMID:37546976	研究论文	本文报道了在戈尔林综合症患者中，基底细胞癌如何通过基底到鳞状细胞癌的转变获得药物抗性。	本研究首次系统性地研究了戈尔林综合症患者肿瘤中抗SMO的遗传机制，并提出了新的遗传抑制因子。	相对少见病例的研究可能限制了结论的广泛适用性，且抗性机制的普遍性还有待进一步验证。	探讨基底细胞癌在戈尔林综合症患者中获得药物抗性的机制。	研究了戈尔林综合症患者的SMO抗性肿瘤克隆。	数字病理学	基底细胞癌	多组学和空间转录组学	NA	细胞和组织层面的肿瘤群体数据	一例戈尔林综合症患者的肿瘤样本
16553	2024-08-07	Vision-Dependent and -Independent Molecular Maturation of Mouse Retinal Ganglion Cells 2023-01-01, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2022.07.013 PMID:35870562	研究论文	本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了小鼠视网膜神经节细胞在胚胎期和出生后不同阶段的分子成熟过程，并探讨了视觉依赖和独立的影响因素。	首次全面分析了视觉依赖和独立对小鼠视网膜神经节细胞分子成熟的影响，并揭示了视觉活动在细胞类型特异性表达和成熟过程中的作用。	研究主要集中在分子层面，未来研究可以进一步探讨这些分子变化如何在细胞和组织层面影响视网膜神经节细胞的功能和连接。	探讨视网膜神经节细胞的发育和连接过程中，活动依赖和活动独立转录程序的分子相关性。	小鼠视网膜神经节细胞在不同发育阶段的分子成熟过程。	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	45种不同转录组特征的视网膜神经节细胞类型
16554	2024-08-05	Time-resolved single-cell transcriptomics defines immune trajectories in glioblastoma 2024-01-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.032 PMID:38134933	研究论文	此研究介绍了一种新技术Zman-seq，该技术记录了胶质母细胞瘤中免疫细胞的转录动态。	Zman-seq技术引入时间戳以捕获单细胞转录组学动态，解决了当前缺乏能够记录细胞动态变化的体内基因组技术的问题	NA	本研究旨在揭示胶质母细胞瘤中的免疫适应过程中的细胞状态转变	研究对象为在胶质母细胞瘤微环境中变化的免疫细胞，特别是细胞毒性自然杀伤细胞和单核细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	Zman-seq	NA	转录组数据	NA
16555	2024-08-07	CD317+ MSCs expanded with chemically defined media have enhanced immunological anti-inflammatory activities 2024-01-02, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-023-03618-8 PMID:38169422	研究论文	本研究探讨了使用化学定义培养基扩增的CD317+ MSCs在免疫抗炎活性方面的增强作用	发现CD317+ MSCs具有改善的分化能力和增强的免疫抑制活性，其抗炎功能增强与TSG6水平升高有关	研究主要集中在体外和体内实验，临床应用的实际效果和安全性需要进一步验证	探索MSCs在治疗免疫相关疾病中的应用潜力	CD317+ MSCs及其在免疫抗炎活性中的作用	细胞生物学	免疫系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自脐带的MSCs样本
16556	2024-08-05	Spatiotemporal transcriptome atlas reveals the regional specification of the developing human brain 2023-12-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.016 PMID:38091994	research paper	本研究构建了人脑发育的时空转录组图谱，揭示了不同功能区域的特征	本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序，探索了人脑发育期间的区域特异性，对于人脑发育的理解具有创新性	研究主要集中在妊娠6-23周的时间段，可能未覆盖更早或更晚的发育阶段	旨在揭示人脑发育过程中不同区域的特异性	研究对象包括在妊娠6-23周内发育的多个人脑区域	数字病理学	NA	空间转录组学（scStereo-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	6-23周妊娠的多个人脑区域样本
16557	2024-08-05	Choroid plexus mast cells drive tumor-associated hydrocephalus 2023-12-21, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.11.001 PMID:38056463	研究论文	本研究揭示了脉络丛肥大细胞在肿瘤相关性脑积水中的作用	首次确定脉络丛肥大细胞通过特定途径影响脑脊液生成，并提出针对该途径的治疗方法	研究主要集中在小鼠模型和类人胚胎干细胞衍生的脉络丛类器官上，缺乏大规模临床试验数据	探究导致肿瘤相关性脑积水的具体机制	脉络丛肥大细胞及其在肿瘤相关性脑积水中的作用	数字病理学	脑转移癌	单核RNA测序和空间转录组学	生物模型	生物样本	包含小鼠模型和人类脉络丛的样本
16558	2024-08-07	Molecular signatures define subtypes of auditory afferents with distinct peripheral projection patterns and physiological properties 2023-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2217033120 PMID:37487063	研究论文	本文通过生成表达CreERT2的鼠标线，研究了螺旋神经节神经元（SGNs）的分子亚型与生理亚型之间的关系	首次展示了不同分子亚型的SGNs在生理特性和外周投射模式上的差异	使用现有工具严格划分所有SGNs为三个分子亚类并不明显	探讨螺旋神经节神经元的分子亚型与生理亚型之间的对应关系	螺旋神经节神经元的分子亚型和生理亚型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用表达CreERT2的鼠标线进行研究
16559	2024-08-07	Development and validation of a ligand-receptor pairs signature to predict outcome and provide a therapeutic strategy in gastric cancer 2023 Jul-Dec, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2023.2219843 PMID:37248704	研究论文	本文开发并验证了一种基于配体-受体对（LR-pairs）的特征，用于预测胃癌（GC）的预后并提供治疗策略	本文首次基于LR-pairs构建了细胞通信网络，并提出了一个新的分子亚型模型，用于区分胃癌的不同亚型及其预后和免疫治疗反应	NA	开发和验证一种新的预测模型，用于胃癌的分子亚型分类、靶点和通路筛选、预后判断及免疫治疗反应预测	胃癌患者的肿瘤微环境（TME）和LR-pairs的表达模式	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	LR.Score模型	细胞数据, 基因表达数据	44,953个细胞来自9名胃癌患者，1159名胃癌患者的bulk RNA-seq数据
16560	2024-08-07	Challenges facing minimal residual disease testing for acute myeloid leukemia and promising strategies to overcome them 2023 Jul-Dec, Expert review of hematology IF:2.3Q2 DOI:10.1080/17474086.2023.2285985 PMID:37978882	研究论文	本文总结了急性髓系白血病（AML）微小残留病（MRD）检测技术面临的挑战及其临床应用，并讨论了克服这些挑战的策略	提出了基于白血病干细胞的多参数流式细胞术（MFC）MRD方法，单细胞DNA测序或单细胞RNA测序用于研究残留白血病细胞的生物学特性，以及omics技术在MRD检测中的潜力	需要前瞻性临床试验来回答与AML患者MRD相关的临床问题	探讨提高AML患者MRD检测技术的特异性和敏感性	急性髓系白血病患者及其MRD检测	NA	急性髓系白血病	多参数流式细胞术（MFC），实时定量聚合酶链反应，下一代测序	NA	NA	NA