单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16501 - 16520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16501 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics delineates molecular features and cellular plasticity in lung adenocarcinoma progression
2023-Sep-19, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-023-00591-7
PMID:37723144
|
研究论文 | 本研究结合空间转录组学和多重免疫组织化学，阐明了肺腺癌不同组织学亚型的分子特征和细胞可塑性 | 揭示了导致亚型进展的转录重编程和动态细胞信号，并确定了特定组织学亚型的肿瘤相关巨噬细胞亚群 | 尚未明确不同亚型之间的分子特征和过渡的详细机制 | 研究肺腺癌不同组织学亚型的分子特征及其细胞塑性 | 肺腺癌的不同组织学亚型 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学和多重免疫组织化学 | NA | NA | NA |
| 16502 | 2024-08-05 |
Translating genomic tools to Raman spectroscopy analysis enables high-dimensional tissue characterization on molecular resolution
2023-09-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41417-0
PMID:37726278
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研究论文 | 本研究展示了一种结合拉曼光谱技术与生物信息学分析的新方法，能够在分子水平上对组织进行高维特征化。 | 创新点在于将最先进的生物信息学分析工具应用于拉曼光谱分析，实现了对细胞基质的均质性、异质性和动态性的空间分辨分析。 | 本研究的限制在于主要基于鼠类心肌梗死和心脏肥大样本，可能对人类样本的适用性需进一步验证。 | 研究的目的是通过拉曼光谱分析实现组织的高维特征化，填补生物分子组成分析的空白。 | 研究对象主要为鼠类心肌梗死和心脏肥大组织切片。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 拉曼光谱 | NA | 组织切片 | 使用了鼠类模型中的心肌梗死和心脏肥大的切片 |
| 16503 | 2024-08-07 |
ScRNA analysis and ferroptosis-related ceRNA regulatory network investigation in microglia cells at different time points after spinal cord injury
2023-Sep-19, Journal of orthopaedic surgery and research
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s13018-023-04195-5
PMID:37726826
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研究论文 | 本研究通过分析脊髓损伤后不同时间点的单细胞RNA测序数据，探讨了小胶质细胞中与铁死亡相关的ceRNA调控网络 | 首次在单细胞水平上预测了脊髓损伤后不同时间点小胶质细胞中与免疫炎症过程相关的关键基因，并提供了分子基础 | NA | 深入研究脊髓损伤后的免疫调节机制 | 小胶质细胞在脊髓损伤后的免疫炎症反应 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠脊髓损伤后3天和14天的样本 |
| 16504 | 2024-08-07 |
Ferroptosis and WDFY4 as novel targets for immunotherapy of lung adenocarcinoma
2023-Sep-19, Aging
DOI:10.18632/aging.205042
PMID:37728413
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研究论文 | 本研究通过分析铁死亡指数（FPI）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，探索肺腺癌（LUAD）免疫治疗的新靶点 | 研究发现了铁死亡和WDFY4作为肺腺癌免疫治疗的新靶点，并证实了WDFY4在调控B细胞分化中的重要作用 | NA | 探索肺腺癌免疫治疗的新靶点，以改善患者的长期生存 | 肺腺癌（LUAD）患者 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及肺腺癌和癌旁组织的单细胞RNA测序数据 |
| 16505 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing revealed the molecular characteristics and prognostic roles of neutrophils in pancreatic cancer
2023-Sep-19, Aging
DOI:10.18632/aging.205044
PMID:37728418
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中中性粒细胞的分子特征及其预后作用 | 本研究构建了一个基于中性粒细胞标记基因的胰腺癌生存预测模型，该模型在生存预后、临床病理特征、免疫浸润和药物敏感性方面表现出独立性能 | NA | 研究中性粒细胞如何影响胰腺癌的致癌和发展过程，并构建基于中性粒细胞标记基因的生存预测模型 | 胰腺癌中的中性粒细胞及其分子特征和预后作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA测序 | 随机森林算法和Cox回归分析 | RNA表达数据 | 27,000个细胞来自3名胰腺癌患者 |
| 16506 | 2024-08-05 |
Disparities in spatially variable gene calling highlight the need for benchmarking spatial transcriptomics methods
2023-09-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03045-1
PMID:37723583
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研究论文 | 本研究比较了多个专门用于识别空间可变基因的工具的性能，强调了方法的基准测试需求 | 首次系统比较了6个专用软件包在不同数据集上的表现，揭示了结果之间的差异 | 缺乏已验证的基准测试方法来准确评估现有工具的性能 | 改进空间转录组学方法用于识别空间可变基因 | 比较6个用于SVG识别的软件包在多个公共和模拟数据集上的结果 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 公共数据集和模拟数据集 | 9个公共数据集和5个模拟数据集 |
| 16507 | 2024-08-05 |
A comprehensive analysis of the role of QPRT in breast cancer
2023-09-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42566-4
PMID:37723185
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研究论文 | 本文探讨了QPRT在乳腺癌中的临床角色 | 提供了QPRT在乳腺癌中的表达、甲基化水平及预后价值的综合分析 | 可能受到数据来源和样本选择的限制 | 研究QPRT在乳腺癌中的作用和预后潜力 | 乳腺癌患者和细胞系中的QPRT表达及其相关性 | 数字病理学 | 乳腺癌 | TCGA数据分析, GEO数据集验证, ROC曲线 | NA | 基因表达数据, 甲基化数据, 生存数据 | 涉及多种乳腺癌组织样本和细胞系的数据 |
| 16508 | 2024-08-07 |
COL5A2 is a prognostic-related biomarker and correlated with immune infiltrates in gastric cancer based on transcriptomics and single-cell RNA sequencing
2023-09-18, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-023-01659-9
PMID:37723519
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研究论文 | 本研究探讨了COL5A2在胃癌中的表达及其与免疫浸润的关系，基于转录组学和单细胞RNA测序数据分析 | 首次揭示了COL5A2在胃癌中的表达与免疫浸润和预后的关联，并探讨了其作为治疗干预策略的潜力 | 研究依赖于公开数据库的数据，可能存在样本选择偏倚和数据异质性 | 评估COL5A2作为胃癌预后标志物的潜力及其与免疫浸润的关系 | 胃癌患者的转录组和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 使用了TCGA和GEO数据库中的多个数据集，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 16509 | 2024-08-07 |
Prediction of survival and immunotherapy response by the combined classifier of G protein-coupled receptors and tumor microenvironment in melanoma
2023-Sep-16, European journal of medical research
IF:2.8Q2
DOI:10.1186/s40001-023-01346-6
PMID:37716991
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研究论文 | 本文通过结合G蛋白偶联受体（GPCRs）和肿瘤微环境（TME）的多组学分析，开发了一种分类器，用于预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应 | 首次结合GPCRs和TME从多组学角度预测黑色素瘤患者的生存率和免疫治疗反应 | NA | 开发一种能够有效预测黑色素瘤患者生存率和免疫治疗反应的分类器 | 黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），实时定量聚合酶链反应（qPCR） | 机器学习算法 | 基因突变，免疫治疗反应，临床病理特征数据 | 涉及A375和HaCaT细胞系以及多个黑色素瘤免疫治疗队列 |
| 16510 | 2024-08-07 |
Performance of tumour microenvironment deconvolution methods in breast cancer using single-cell simulated bulk mixtures
2023-09-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41385-5
PMID:37717006
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研究论文 | 本文通过使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据模拟大量混合物，比较了九种肿瘤微环境（TME）解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 本文首次详细比较了九种TME解卷积方法在不同肿瘤纯度水平下的表现，并验证了这些方法在独立数据集上的准确性 | 大多数方法在肿瘤纯度增加时倾向于错误预测正常上皮细胞为癌细胞，且乳腺癌分子亚型对此有影响 | 评估和比较不同TME解卷积方法在乳腺癌中的性能 | 乳腺癌肿瘤微环境中的细胞组成 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 数千个模拟的肿瘤混合物 |
| 16511 | 2024-08-07 |
Deep dissection of stemness-related hierarchies in hepatocellular carcinoma
2023-09-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04425-8
PMID:37717019
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研究论文 | 本研究旨在构建一个与干细胞相关评分（SRscores）模型，以深入分析肝细胞癌（HCC）中与干细胞相关的基因，辅助预测HCC患者的预后和个性化治疗 | 首次构建了SRscores模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应，并发现LPCAT1基因在肿瘤组织中高表达并促进肿瘤细胞球形成 | NA | 构建与干细胞相关评分模型，分析肝细胞癌中与干细胞相关的基因，预测患者预后和免疫治疗反应 | 肝细胞癌（HCC）患者及其干细胞相关基因 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 免疫组织化学、随机森林、单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | 基因数据 | 使用TCGA-LIHC数据集，具体样本数量未详述 |
| 16512 | 2024-08-07 |
Continual learning approaches for single cell RNA sequencing data
2023-09-15, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42482-7
PMID:37714869
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研究论文 | 本文提出了一种持续学习方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的硬件瓶颈问题 | 使用XGBoost和Catboost算法在持续学习框架下，相较于最佳的静态分类器，实现了高达10%的中位F1分数提升 | 算法在不同数据集间的数据特征变化下可能遭遇灾难性遗忘问题 | 解决处理大规模单细胞RNA测序数据时的硬件限制问题 | 单细胞RNA测序数据及其细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | XGBoost, Catboost | 测序数据 | 大规模数据集 |
| 16513 | 2024-08-07 |
Comparative analysis of single-cell transcriptome reveals heterogeneity in the tumor microenvironment of lung adenocarcinoma and brain metastases
2023-Sep-15, Discover. Oncology
DOI:10.1007/s12672-023-00784-2
PMID:37715019
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞水平上揭示了肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，并发现了一些新的潜在治疗靶点 | NA | 深入理解肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境特征，为脑转移瘤的治疗提供新的策略 | 肺腺癌和脑转移瘤的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 15个肺腺癌样本和10个脑转移瘤样本，共86,282个单细胞 |
| 16514 | 2024-08-07 |
Sex differences in renal cell carcinoma: a single-cell analysis reveals exhausted CD8+ T-cells highly infiltrated in males
2023-09-15, Biology of sex differences
IF:4.9Q1
DOI:10.1186/s13293-023-00540-9
PMID:37715192
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术，探讨了肾细胞癌（RCC）患者肿瘤微环境（TME）中的性别差异，并探索了增强免疫治疗效果的潜在联合药物方案 | 首次揭示了雄激素-雄激素受体轴在男性RCC中对CD8+ T细胞功能障碍和耗竭的作用，并提出雄激素受体抑制剂与免疫治疗的联合使用可能是一种有前景的治疗策略 | NA | 研究肾细胞癌患者肿瘤微环境中的性别差异及其潜在机制，并探索增强免疫治疗效果的新策略 | 肾细胞癌患者的肿瘤微环境及CD8+ T细胞的状态 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫荧光（MxIF）、流式细胞术（FCM） | NA | 细胞 | 220,156个细胞 |
| 16515 | 2024-08-07 |
Polygenic regression uncovers trait-relevant cellular contexts through pathway activation transformation of single-cell RNA sequencing data
2023-Sep-13, Cell genomics
IF:11.1Q1
DOI:10.1016/j.xgen.2023.100383
PMID:37719150
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研究论文 | 本文开发了一种名为scPagwas的计算方法，通过整合单细胞RNA测序数据的路径激活转换和GWAS汇总统计数据，揭示与特征相关的细胞环境 | scPagwas方法有效地优先考虑与特征相关的基因，有助于高精度地识别与特征相关的细胞类型/群体 | NA | 旨在通过路径激活转换的单细胞RNA测序数据和GWAS汇总统计数据，发现与特征相关的细胞类型，并增强对疾病变异的机制理解 | 与特征相关的细胞环境和疾病相关的遗传变异 | 基因组学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及广泛的模拟和真实数据集 |
| 16516 | 2024-08-07 |
Germ cells do not progress through spermatogenesis in the infertile zebrafish testis
2023-Sep-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.05.556432
PMID:37732254
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，生成了斑马鱼睾丸的发育图谱，并描述了在生育期和生育后睾丸中的细胞特征变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了斑马鱼睾丸在生育能力下降过程中的细胞和分子变化 | NA | 探究斑马鱼睾丸在生育能力下降过程中的分子和细胞机制 | 斑马鱼睾丸中的生殖细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了5个时间点的斑马鱼样本 |
| 16517 | 2024-08-07 |
A new immunological index for the elderly: high proportion of multiple TCR T cells based on scRNA-seq
2023-Sep-04, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2023.0509-01
PMID:37733445
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16518 | 2024-08-07 |
Correction to: Clustering spatial transcriptomics data
2023-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad574
PMID:37738522
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16519 | 2024-08-07 |
A bioinformatics analysis of potential cellular communication networks in non-alcoholic steatohepatitis and colorectal adenoma using scRNA-seq and bulk-seq
2023-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology
IF:2.0Q3
DOI:10.21037/jgo-23-502
PMID:37720432
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞数据和在线数据库中的高通量测序数据，筛选了非酒精性脂肪肝炎（NASH）和结直肠腺瘤（CRA）之间的差异表达基因和核心效应通路，以探索NASH/NAFLD-CRA的潜在机制 | 本研究利用scRNA-seq和bulk-seq技术，通过细胞注释和细胞通信分析，筛选了NASH-CRA共病的核心效应通路和特定信号通路，揭示了WNT通路在NASH-CRA细胞信号通信中的关键作用 | 本研究可能遗漏一些生物学上重要的基因表达程序 | 寻找NASH-CRA的潜在生物标志物、治疗靶点和相关效应通路 | 非酒精性脂肪肝炎（NASH）和结直肠腺瘤（CRA） | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝病 | scRNA-seq, bulk-seq | NA | 单细胞数据, 高通量测序数据 | CRA患者单细胞数据和GSE37364、GSE89632数据库中的高通量测序数据 |
| 16520 | 2024-08-05 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Changes in Cell Subsets in the Cortical Microenvironment during Acute Phase of Ischemic Stroke Rats
2023-Aug-22, Journal of integrative neuroscience
IF:2.5Q3
DOI:10.31083/j.jin2205128
PMID:37735120
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了急性缺血性中风大鼠皮层微环境中细胞亚群的变化 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了缺血再灌注损伤（CIRI）中不同细胞亚群的生物功能和信号通路 | 仅限于大鼠模型，可能无法完全反映人类中风的复杂生物机制 | 研究缺血性中风中CIRI的机制，以找到更好的预防和治疗方法 | 缺血性中风大鼠模型及其脑皮层细胞亚群 | 数字病理学 | 缺血性中风 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠的21个脑细胞群集以及6个显著差异的细胞亚群 |