单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 16481 - 16500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16481 | 2024-08-05 |
Genome and transcriptome of Selaginella kraussiana reveal evolution of root apical meristems in vascular plants
2023-10-09, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2023.08.061
PMID:37716350
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研究论文 | 该文章研究了石松类植物 Selaginella kraussiana 的基因组和转录组，揭示了维管植物根尖分生组织的进化 | 展示了石松类植物和真叶植物在根尖分生组织发育中的部分相似分子模块 | 未提及具体样本数量及实验范围的限制 | 探讨维管植物根的进化及调控机制 | 石松类植物 Selaginella kraussiana | 数字病理学 | NA | mRNA-seq 和单细胞 RNA-seq | NA | 基因组和转录组数据 | NA |
| 16482 | 2024-08-07 |
DeepCCI: a deep learning framework for identifying cell-cell interactions from single-cell RNA sequencing data
2023-10-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad596
PMID:37740953
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研究论文 | 本文开发了一种名为DeepCCI的深度学习框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞间相互作用 | DeepCCI利用深度学习方法，能够从高稀疏性和异质性的单细胞RNA测序数据中提取关键潜在信息，这是传统统计方法所忽略的 | NA | 旨在从不断增长的单细胞RNA测序数据中准确有效地识别细胞间相互作用 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间相互作用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习框架 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及多种技术和平台的大量公开数据集 |
| 16483 | 2024-08-05 |
Spatiotemporal, optogenetic control of gene expression in organoids
2023-Oct, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-023-01986-w
PMID:37735569
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研究论文 | 本文结合光遗传学和基因干扰技术，在类器官中以可编程时空模式激活或抑制目标基因的RNA表达 | 提出了一种结合光遗传学和空间转录组学的新技术，以时空控制基因表达 | 实验中可能未覆盖所有类型的类器官和基因调控机制 | 研究时空控制基因在类器官中的表达模式 | 类器官模型用于人类神经发育的研究 | 数字病理学 | NA | 光遗传学 | NA | 转录组数据 | 使用了数个类器官模型进行实验 |
| 16484 | 2024-08-05 |
DNA damage repair profiling of esophageal squamous cell carcinoma uncovers clinically relevant molecular subtypes with distinct prognoses and therapeutic vulnerabilities
2023-Oct, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104801
PMID:37725855
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研究论文 | 本文主要描述了食管鳞状细胞癌（ESCC）中DNA损伤修复（DDR）概况的特征及其临床意义 | 发现了两种不同的DDR亚型，DDRactive和DDRsilent，并且对于局部区域ESCC具有独立的预后价值 | 在转移性ESCC中，识别的DDR亚型未表现出预后价值 | 研究ESCC的DDR概况及其对个性化治疗策略的潜在指导作用 | 分析了来自377例ESCC病例的散装和单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 食管癌 | 转录组学 | 小鼠同源模型 | 基因组数据 | 377例ESCC案例 |
| 16485 | 2024-08-07 |
Targeting hnRNPC suppresses thyroid follicular epithelial cell apoptosis and necroptosis through m6A-modified ATF4 in autoimmune thyroid disease
2023-Oct, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2023.106933
PMID:37729957
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）和代谢组测序，探讨了自身免疫性甲状腺疾病中hnRNPC通过m6A修饰的ATF4抑制甲状腺滤泡上皮细胞凋亡和坏死的作用机制。 | 本研究首次揭示了hnRNPC通过m6A修饰的ATF4在自身免疫性甲状腺疾病中的作用机制，并提出了新的治疗靶点。 | 研究样本量较小，仅包括2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者。 | 探讨自身免疫性甲状腺疾病的发病机制及寻找新的治疗靶点。 | 桥本甲状腺炎和Graves病患者的甲状腺病变组织及健康甲状腺组织。 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞转录组、全转录组、全长转录组（牛津纳米孔技术）、代谢组测序 | NA | 转录组数据、代谢组数据 | 2名桥本甲状腺炎患者、2名Graves病患者和1名健康对照者的甲状腺组织 |
| 16486 | 2024-08-07 |
Methods for cell-type annotation on scRNA-seq data: A recent overview
2023-10, Journal of bioinformatics and computational biology
IF:0.9Q4
DOI:10.1142/S0219720023400024
PMID:37743364
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综述 | 本文综述了过去四年中开发的细胞类型注释技术，并展示了该领域的最新趋势 | 强调了对结合生物学背景的工具的需求，并预测图神经网络方法将在未来几年引领该研究领域 | 单细胞基因表达中的细胞类型注释仍然是一个重大挑战 | 概述单细胞RNA测序数据中细胞类型注释技术的最新进展 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释技术 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | NA |
| 16487 | 2024-08-05 |
Microfluidic design in single-cell sequencing and application to cancer precision medicine
2023-09-25, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100591
PMID:37725985
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综述 | 本文评估了微流体设计在单细胞测序和癌症精准医学中的应用 | 讨论了微流体架构如何促进单细胞组学分析在肿瘤学研究中的最新应用 | 未详细描述微流体方法在不同癌症类型中的适用性 | 探讨微流体技术在单细胞测序中的重要性和潜在应用 | 单细胞测序技术及其在肿瘤研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 组学数据 | NA |
| 16488 | 2024-08-07 |
Synovium is a sensitive tissue for mapping the negative effects of systemic iron overload in osteoarthritis: identification and validation of two potential targets
2023-09-23, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04541-5
PMID:37741987
|
研究论文 | 本研究旨在探讨骨关节炎（OA）患者中与铁超载相关的潜在靶基因 | 识别并验证了JUN和ZFP36作为OA治疗中减轻铁超载的潜在靶基因 | 需要进一步研究JUN和ZFP36在OA发病机制中诱导细胞成分变化的作用 | 研究骨关节炎中与铁超载相关的潜在靶基因 | 骨关节炎患者的滑膜组织 | NA | 骨关节炎 | 定量逆转录-PCR, 免疫印迹, 免疫组织化学, ELISA | NA | RNA测序数据 | 使用了多个微阵列数据集和单细胞RNA测序数据集 |
| 16489 | 2024-08-07 |
Establishing a prognostic model based on immune-related genes and identification of BIRC5 as a potential biomarker for lung adenocarcinoma patients
2023-Sep-23, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-023-11249-8
PMID:37741993
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研究论文 | 本文构建了一个基于免疫相关基因的预测模型，并识别BIRC5作为肺腺癌潜在的生物标志物 | 本文首次利用免疫相关mRNA构建预测模型，并通过单细胞RNA测序和体外实验验证了BIRC5的功能 | NA | 开发一种基于免疫基因的预测模型，用于早期诊断和准确预测肺腺癌的预后 | 肺腺癌患者及其免疫相关基因 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA | NA |
| 16490 | 2024-08-05 |
Hypoxia-induced AFAP1L1 regulates pathological neovascularization via the YAP-DLL4-NOTCH axis
2023-09-22, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04503-x
PMID:37737201
|
研究论文 | 本研究探讨了AFAP1L1在肿瘤和眼部病理性新生血管形成中的作用 | 首次确认AFAP1L1作为一种与缺氧相关的调节蛋白，通过YAP-DLL4-NOTCH轴抑制血管生成 | 目前尚未探讨AFAP1L1在其他类型疾病中的影响 | 研究AFAP1L1在调控病理性新生血管形成中的机制和作用 | 肿瘤细胞和人脐静脉内皮细胞(HUVECs) | 数字病理学 | 肿瘤和眼部病理性新生血管疾病 | 高通量测序技术，qRT-PCR，西方印迹 | 肿瘤异种移植模型和眼部病理性新生血管模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 16491 | 2024-08-05 |
Defining and identifying cell sub-crosstalk pairs for characterizing cell-cell communication patterns
2023-09-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42883-8
PMID:37735248
|
研究论文 | 本研究通过定义和识别细胞亚间质对来表征细胞间通信模式 | 提出了细胞亚间质对（CSCP）的概念，能够识别细胞亚群之间的相似信号，揭示被掩盖的配体-受体相互作用 | 研究可能受限于所用的数据集和方法，需在更广泛的样本上验证 | 旨在通过细分细胞类型的亚群体，深入理解组织和肿瘤微环境中的细胞间通信 | 使用小鼠嗅球和视觉皮层的单细胞空间转录组数据进行分析 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组测序 | 非负矩阵分解 | 转录组数据 | 来自29名不同免疫治疗反应的乳腺癌患者的单细胞转录组数据 |
| 16492 | 2024-08-05 |
Reducing gut microbiome-driven adipose tissue inflammation alleviates metabolic syndrome
2023-09-21, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01637-4
PMID:37735685
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研究论文 | 这篇文章探讨了啤酒花衍生的类黄酮对饮食诱导的肥胖和代谢综合症的影响 | 本研究首次揭示了四羟基黄酮在减轻脂肪组织中巨噬细胞介导的炎症中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，缺乏对人类的临床验证 | 识别和开发能够减少代谢综合症影响的干预措施 | 小鼠模型，尤其是C57Bl/6J小鼠 | 数字病理学 | 代谢综合症 | 16S rRNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 多组学数据 | C57Bl/6J小鼠实验 |
| 16493 | 2024-08-05 |
Characterization of tumor microenvironment and tumor immunology based on the double-stranded RNA-binding protein related genes in cervical cancer
2023-09-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04505-9
PMID:37735483
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研究论文 | 该文章探讨了与宫颈癌相关的双链RNA结合蛋白的基因特征与肿瘤免疫环境. | 研究揭示了dsRBP在宫颈癌预后和肿瘤免疫调节中的重要作用，并开发了基于dsRBP特征的风险模型. | 研究主要基于单一人群样本和公开数据集，可能限制了结果的普遍适用性. | 本研究的目的是探讨dsRBP在宫颈癌中的作用以及其对预后和免疫治疗的影响. | 研究对象是来自地方队列的宫颈癌患者的肿瘤样本. | 数字病理学 | 宫颈癌 | RNA-seq | Cox模型 | RNA测序数据 | 使用了地方队列中的宫颈癌患者肿瘤样本，并利用了多个外部验证数据集 |
| 16494 | 2024-08-07 |
Dynamic single-cell mapping unveils Epstein‒Barr virus-imprinted T-cell exhaustion and on-treatment response
2023-09-21, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-023-01622-1
PMID:37735150
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序和配对的单细胞TCR/BCR测序，精细刻画了接受免疫化疗的人类EBV阳性胃癌的动态肿瘤免疫环境，揭示了EBV印迹的T细胞耗竭和治疗反应的细胞基础。 | 首次详细描述了EBV阳性胃癌中免疫化疗如何触发效应T细胞的克隆复兴和重新激活，以及这些变化如何决定治疗反应。 | 研究主要集中在EBV阳性胃癌患者，可能不适用于所有胃癌患者。 | 旨在精细刻画EBV阳性胃癌在接受免疫化疗后的动态肿瘤免疫环境。 | EBV阳性胃癌患者的肿瘤免疫环境及免疫化疗后的T细胞反应。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 16495 | 2024-08-07 |
Identification of memory B-cell-associated miRNA signature to establish a prognostic model in gastric adenocarcinoma
2023-09-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04366-2
PMID:37735667
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和mRNA-miRNA共表达网络，识别与记忆B细胞相关的miRNA特征，并构建了一个胃腺癌的预后风险模型。 | 首次研究了记忆B细胞相关的miRNA在预测胃腺癌预后中的应用，并构建了一个基于scRNA-seq和bulk RNA-seq数据的预后风险模型。 | NA | 研究记忆B细胞相关的miRNA在胃腺癌预后预测中的作用。 | 记忆B细胞相关的miRNA及其在胃腺癌预后中的应用。 | NA | 胃腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 16496 | 2024-08-05 |
singleCellBase: a high-quality manually curated database of cell markers for single cell annotation across multiple species
2023-Sep-20, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-023-00523-3
PMID:37730627
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研究论文 | singleCellBase是一个高质量人工整理的细胞标记数据库，用于跨多物种的单细胞注释 | 提供了一个包含1,221种细胞类型和8,740个细胞标记基因的手动整理资源，涵盖31种物种 | 目前高质量已知标记基因与细胞类型之间的关系仍然有限，主要集中在人类和小鼠之外的物种 | 提供一个用户友好的界面，帮助科学界浏览和使用细胞标记和细胞类型的记录 | 涉及高质量细胞类型和基因标记的关联数据 | 数字病理学 | 464种疾病/状态 | 单细胞RNA测序 | NA | 数据库 | 9,158条记录，涵盖1,221种细胞类型和8,740个基因 |
| 16497 | 2024-08-05 |
DISCERN: deep single-cell expression reconstruction for improved cell clustering and cell subtype and state detection
2023-09-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-03049-x
PMID:37730638
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研究论文 | 本研究提出了DISCERN，一种深度生成网络，用于精确重建缺失的单细胞基因表达 | DISCERN的创新点在于能够使用参考数据集精确重建单细胞基因表达，从而显著改善细胞聚类、细胞类型和活性检测 | 该方法仍然受到每个细胞表达基因数量有限的技术限制 | 研究单细胞测序中的基因表达重建及其在细胞聚类和亚型检测中的应用 | 研究对象为单细胞基因表达数据和COVID-19相关的T细胞类型 | 数字病理学 | COVID-19 | 深度生成网络 | 生成对抗网络 | 基因表达数据 | NA |
| 16498 | 2024-08-07 |
Inferring single-cell gene regulatory network by non-redundant mutual information
2023-09-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad326
PMID:37715282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Normi的新型基因调控网络（GRN）推断方法，该方法基于非冗余互信息 | Normi方法通过滑动固定大小的窗口和平均平滑策略处理伪时间信息中的噪声和数据集中的大量缺失值，使用混合KSG估计器量化基因间的高阶时间延迟互信息，并通过Max-Relevance和Min Redundancy算法过滤冗余边，以及通过距离相关确定每对基因的最佳时间延迟 | NA | 解析复杂的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络 | 系统生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16499 | 2024-08-07 |
A CCL2+DPP4+ subset of mesenchymal stem cells expedites aberrant formation of creeping fat in humans
2023-09-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-41418-z
PMID:37730641
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研究论文 | 本研究通过脂质组学和单细胞RNA测序分析，揭示了在克罗恩病患者中，一种特定的间充质干细胞亚群CCL2+DPP4+在爬行脂肪形成中的作用 | 首次鉴定出CCL2+DPP4+间充质干细胞亚群在爬行脂肪形成中的作用，并揭示了其与CCL20CD14单核细胞和IL-6的相互作用 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 探究爬行脂肪的形成机制及其在克罗恩病治疗中的潜在应用 | 克罗恩病患者的肠系膜脂肪组织和健康对照组的肠系膜脂肪组织 | NA | 克罗恩病 | 脂质组学分析, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 克罗恩病患者22人（16男6女），健康对照15人（5男10女） |
| 16500 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell and bulk RNA sequencing to predict prognosis and immunotherapy response in prostate cancer
2023-09-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-023-42858-9
PMID:37730847
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析探索前列腺癌中癌症相关成纤维细胞（CAFs）的作用和特征，并构建基于CAFs的风险模型，用于预测前列腺癌患者的预后和治疗反应 | 本研究首次结合单细胞和批量RNA测序数据，构建了基于CAFs的预后模型，并预测了免疫治疗反应和抗肿瘤药物的敏感性 | NA | 探索前列腺癌中CAFs的作用，并构建预后模型以预测患者的预后和治疗反应 | 前列腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | Cox比例风险模型，LASSO回归 | RNA测序数据 | NA |