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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16461 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis constructs a novel neuroendocrine prostate cancer classifier and classification system
2025-Apr-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-96683-3
PMID:40263498
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研究论文 | 本研究通过多组学分析结合机器学习构建了新型神经内分泌前列腺癌分类器和分类系统 | 开发了NEP100模型作为首个基于多组学数据的神经内分泌前列腺癌分类器,并识别出四种具有独特生物学特征的NEPC亚型 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证模型的普适性 | 构建稳健的神经内分泌前列腺癌分类器并解决肿瘤内异质性问题 | 前列腺癌样本中的神经内分泌细胞 | 机器学习 | 前列腺癌 | 多组学分析,机器学习算法 | 随机森林 | 转录组数据,单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 70个样本,包含196,309个细胞(其中9%为神经内分泌细胞) | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 16462 | 2025-10-07 |
Sleep deprivation impacts the immunological milieu of epididymis leading to low sperm quality in rats
2025-Apr-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08091-y
PMID:40263515
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研究论文 | 本研究揭示睡眠剥夺通过破坏附睾免疫微环境导致精子质量下降的机制 | 首次结合孟德尔随机化分析与单细胞RNA测序技术,系统阐明睡眠剥夺通过改变附睾免疫微环境影响精子质量的分子机制 | 研究仅使用大鼠模型,尚未在人类中进行直接验证;观察时间较短(5天睡眠剥夺) | 探究睡眠剥夺导致男性生殖功能障碍的潜在机制 | 10周龄雄性Sprague-Dawley大鼠 | 生殖医学 | 男性不育症 | 孟德尔随机化分析, bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 组织学分析 | 动物模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 生理指标 | 大鼠实验组与对照组 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 16463 | 2025-10-07 |
Potential application of the bulk RNA sequencing in routine MPN clinics
2025-Apr-22, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13947-x
PMID:40264064
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研究论文 | 本研究探讨了批量RNA测序在骨髓增殖性肿瘤常规临床诊疗中的潜在应用价值 | 首次系统评估批量RNA测序在MPN临床实践中识别基因突变和免疫特征的应用潜力 | 研究样本量有限,且包含来自公共数据库的回顾性数据 | 评估批量RNA测序在MPN临床诊疗中的应用价值 | 初诊MPN患者(包括真性红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化)的外周血和骨髓样本 | 生物信息学 | 骨髓增殖性肿瘤 | RNA测序, 微阵列 | 生物信息学分析方法 | 基因表达数据 | 初诊MPN患者样本及公共数据集[GSE26049, GSE2191] | NA | 批量RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
| 16464 | 2025-10-07 |
Identifying PSIP1 as a critical R-loop regulator in osteosarcoma via machine-learning and multi-omics analysis
2025-Apr-22, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03775-1
PMID:40264164
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研究论文 | 本研究通过机器学习和多组学分析识别PSIP1作为骨肉瘤中关键的R-loop调控因子 | 首次构建R-loop基因预后评分模型(RGPSM),并通过单细胞RNA测序结合实验验证PSIP1在骨肉瘤进展中的关键作用 | NA | 探索R-loop在骨肉瘤发生发展中的作用机制 | 骨肉瘤患者样本和细胞系 | 机器学习 | 骨肉瘤 | RNA测序,单细胞RNA测序,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 多个骨肉瘤队列数据集 | NA | RNA-seq,scRNA-seq | NA | NA |
| 16465 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome sequencing reveals the mechanism of Realgar improvement on erythropoiesis in mice with myelodysplastic syndrome
2025-Apr-08, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-025-03768-0
PMID:40200265
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研究论文 | 通过单细胞转录组测序揭示雄黄改善骨髓增生异常综合征小鼠红细胞生成的机制 | 首次在单细胞水平研究雄黄及其活性成分AsS对小鼠成红细胞的影响,揭示其调控红细胞分化的转录组机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究雄黄改善骨髓增生异常综合征贫血症状的作用机制 | 小鼠成红细胞和骨髓细胞 | 单细胞测序 | 骨髓增生异常综合征 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16466 | 2025-10-07 |
Amino Acid Metabolism Subtypes in Neuroblastoma Identifying Distinct Prognosis and Therapeutic Vulnerabilities
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00554
PMID:39442086
|
研究论文 | 基于氨基酸代谢相关基因鉴定神经母细胞瘤的三种预后和治疗敏感性不同的亚型 | 首次在神经母细胞瘤中基于氨基酸代谢相关基因建立预后分型系统,并发现不同亚型对免疫治疗和化疗的敏感性差异 | NA | 探究氨基酸代谢与神经母细胞瘤预后的关联并建立分型系统 | 神经母细胞瘤患者 | 生物信息学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞RNA测序,基因表达分析 | NA | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16467 | 2025-10-07 |
FABP5+ lipid-loaded macrophages process tumour-derived unsaturated fatty acid signal to suppress T-cell antitumour immunity
2025-Apr, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.09.029
PMID:39357545
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研究论文 | 本研究揭示了FABP5+脂质负载巨噬细胞通过处理肿瘤来源的不饱和脂肪酸信号抑制T细胞抗肿瘤免疫的机制 | 首次发现肿瘤细胞释放的长链不饱和脂肪酸通过FABP5-PPARγ信号通路激活巨噬细胞的免疫抑制功能 | 研究主要聚焦于肝细胞癌,该机制在其他肿瘤类型中的普适性需要进一步验证 | 探究脂质代谢如何增强肿瘤相关巨噬细胞的促肿瘤作用 | 小鼠和人类肝细胞癌肿瘤样本中的肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠和人类HCC肿瘤样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16468 | 2025-10-07 |
Different inflammatory, fibrotic, and immunological signatures between pre-fibrotic and overt primary myelofibrosis
2025-Apr-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2024.285598
PMID:39385733
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析原发性骨髓纤维化不同阶段的骨髓细胞特征 | 首次在单细胞水平揭示前纤维化期和显性期原发性骨髓纤维化的炎症、纤维化和免疫特征差异 | 未发现PMF进展过程中的决定性细胞亚群 | 探究原发性骨髓纤维化进展过程中的细胞分子机制 | 骨髓穿刺样本中的造血细胞 | 单细胞组学 | 骨髓增殖性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 前纤维化PMF、显性PMF及其他MPN患者的骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16469 | 2025-10-07 |
Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveals the Regional Division of the Spatial Structure of MASH Fibrosis
2025-Apr, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.16125
PMID:39400982
|
研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序技术揭示了MASH纤维化在肝脏中的区域分布特征及其分子机制 | 首次在MASH纤维化中表征了谱系特异性基因表达变化、亚群组成和伪时序分析,并识别了6个与纤维化相关的关键基因 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 阐明MASH纤维化在肝脏中的区域分布并识别潜在治疗靶点 | 健康对照、单纯性脂肪变性患者和MASH患者的肝脏组织 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝炎 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | 伪时序分析 | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,包含健康对照、单纯性脂肪变性和MASH患者肝脏切片 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16470 | 2025-10-07 |
Schwann Cell-Mediated M2-Like Macrophage Polarization in Rhabdomyosarcoma
2025-Apr, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15214
PMID:39639424
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析头颈部横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 首次发现施万细胞通过MIF-CD74和PTN-SDC3受体-配体对促进M2样巨噬细胞极化,并揭示其在轴突导向通路中的富集 | 样本量有限,主要聚焦头颈部横纹肌肉瘤,需要更多验证实验确认机制 | 研究横纹肌肉瘤微环境的细胞组成和免疫特征 | 头颈部横纹肌肉瘤样本 | 单细胞转录组学 | 横纹肌肉瘤 | 单细胞转录组测序,流式细胞术,免疫组织化学,bulk RNA测序 | CellChat,CIBERSORT,单样本基因集富集分析 | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16471 | 2025-10-07 |
Male preference for TERT alterations and HBV integration in young-age HBV-related HCC: implications for sex disparity
2025-Apr, Clinical and molecular hepatology
IF:14.0Q1
DOI:10.3350/cmh.2024.0545
PMID:39743888
|
研究论文 | 本研究探讨TERT基因改变和HBV整合在年轻男性HBV相关肝癌中的偏好性及其对性别差异的影响 | 首次系统揭示年轻男性HBV相关肝癌患者中TERT启动子突变和HBV-TERT整合的显著偏好性 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证 | 阐明HBV相关肝癌性别差异的分子机制 | 310例HBV相关肝癌组织 | 癌症基因组学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序,基因组分析 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 310例HBV相关肝癌组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16472 | 2025-10-07 |
Ozone-induced lung injury and inflammation: Pathways and therapeutic targets for pulmonary diseases caused by air pollutants
2025-Apr, Environment international
IF:10.3Q1
DOI:10.1016/j.envint.2025.109391
PMID:40121788
|
综述 | 探讨臭氧诱导肺损伤和炎症的分子通路及其作为空气污染物相关肺部疾病治疗靶点的潜力 | 通过单细胞转录组数据定位臭氧损伤感应与信号通路基因,识别臭氧反应热点区域 | NA | 阐明臭氧诱导肺损伤的病理机制并探索潜在治疗靶点 | 臭氧暴露导致的呼吸道上皮细胞损伤和炎症反应 | 数字病理学 | 肺损伤/肺部疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16473 | 2025-10-07 |
Identifying reproducible transcription regulator coexpression patterns with single cell transcriptomics
2025-Apr, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012962
PMID:40257984
|
研究论文 | 利用大规模单细胞转录组数据识别跨细胞类型可重复的转录调控因子共表达模式 | 整合了120个人类和103个小鼠单细胞RNA-seq数据集,构建跨物种可重复的转录调控因子共表达网络 | 未深入探讨特定生物学背景下的信号保存 | 识别跨生物背景可重复的转录调控因子共表达模式 | 人类和小鼠的转录调控因子及其共表达基因伙伴 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共表达网络分析 | 单细胞转录组数据 | 超过2800万个细胞,来自223个数据集(120个人类,103个小鼠) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16474 | 2025-10-07 |
Distinct deregulation trends of transcriptional protein complexes in aging naive T cells
2025-Mar-14, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae231
PMID:39437255
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据和蛋白质相互作用网络,揭示了衰老对幼稚T细胞中转录蛋白复合物的不同调控趋势 | 首次将单细胞RNA测序数据与蛋白质-蛋白质和结构域-结构域相互作用网络整合,预测并比较不同年龄组幼稚T细胞中的转录蛋白复合物 | 研究仅关注幼稚CD4+和CD8+T细胞,未涉及其他T细胞亚型或免疫细胞 | 探究衰老过程中幼稚T细胞转录蛋白复合物的动态变化机制 | 来自3个不同年龄组的人类幼稚CD4+和CD8+T细胞 | 生物信息学 | 衰老相关免疫功能障碍 | 单细胞RNA测序 | 蛋白质相互作用网络分析 | 单细胞转录组数据 | 3个不同年龄组的幼稚CD4+和CD8+T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16475 | 2025-10-07 |
Screening and validating genes associated with cuproptosis in systemic lupus erythematosus by expression profiling combined with machine learning
2025-Mar-07, Biomolecules & biomedicine
DOI:10.17305/bb.2024.10996
PMID:39388708
|
研究论文 | 通过机器学习结合单细胞RNA测序筛选和验证与系统性红斑狼疮铜死亡相关的基因 | 首次将铜死亡机制与系统性红斑狼疮关联,并采用机器学习方法筛选诊断基因标志物 | 研究依赖于公共数据库数据,样本来源有限,需要进一步实验验证 | 识别系统性红斑狼疮中与铜死亡相关的关键基因 | 系统性红斑狼疮患者外周血样本 | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序, qPCR, 微阵列基因表达分析 | LASSO, 支持向量机递归特征消除 | 基因表达数据 | 两个公共数据集(GSE65391和GSE61635)的外周血样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列 | NA | NA |
| 16476 | 2025-10-07 |
scCrab: A Reference-Guided Cancer Cell Identification Method based on Bayesian Neural Networks
2025-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-024-00655-6
PMID:39348073
|
研究论文 | 提出一种基于贝叶斯神经网络和参考数据引导的自动癌细胞识别方法scCrab | 首次将贝叶斯神经网络与多头自注意力机制结合,能够整合外部参考数据作为先验信息进行癌细胞识别 | NA | 开发高效的癌细胞识别计算方法 | 癌细胞 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯神经网络, 线性回归模型, 多头自注意力机制 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16477 | 2025-10-07 |
Identification of novel biomarkers for atherosclerosis using single-cell RNA sequencing and machine learning
2025-Mar, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-024-10077-w
PMID:39400603
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和机器学习方法识别动脉粥样硬化的新型生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序、WGCNA和多种机器学习算法(LASSO和SVM-RFE)系统筛选动脉粥样硬化生物标志物 | 研究样本量有限,需在更大规模队列中进一步验证 | 开发可靠的动脉粥样硬化诊断生物标志物 | 动脉粥样硬化患者样本和正常对照样本 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,差异表达分析,免疫细胞浸润分析,免疫荧光,免疫组化,ELISA | LASSO, SVM-RFE | 基因表达数据 | 256个差异表达基因,使用GSE21545数据集验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16478 | 2025-10-07 |
Sandwich Therapy with Radionuclide Combined with Intralesional Injections Based on Differences in the Spatial Structure Components of Keloids
2025-Mar, Aesthetic plastic surgery
IF:2.0Q2
DOI:10.1007/s00266-024-04442-y
PMID:39402198
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研究论文 | 基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异设计放射性核素联合病灶内注射的'三明治'疗法 | 首次通过单细胞测序分析发现瘢痕疙瘩血管壁中两个高表达基因及其富集通路在血管生成和胶原合成中的关键作用,并基于空间结构差异设计改良疗法 | 样本量较小(40例患者41个部位),缺乏长期随访数据 | 开发基于瘢痕疙瘩空间结构成分差异的改良治疗方法 | 瘢痕疙瘩患者 | 数字病理学 | 皮肤瘢痕疾病 | 单细胞测序, 超声检查, 组织病理学染色 | NA | 基因表达数据, 影像数据, 病理图像 | 40例患者41个瘢痕部位 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16479 | 2025-10-07 |
SCG2 Mediates HNSCC Progression With CCL2/TGFβ1high M2 Macrophage Infiltration
2025-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.15154
PMID:39404611
|
研究论文 | 本研究揭示了SCG2在头颈部鳞状细胞癌中通过调控CCL2/TGFβ1促进M2巨噬细胞极化的机制 | 首次发现SCG2是HNSCC中M2巨噬细胞极化的关键调控因子,并鉴定出与M2巨噬细胞浸润相关的五基因预后标志物 | NA | 阐明头颈部鳞状细胞癌中M2巨噬细胞极化的机制并识别潜在治疗靶点 | 头颈部鳞状细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 生物信息学分析、单细胞转录组测序、基因敲低、细胞共培养 | NA | 转录组数据、单细胞转录组数据 | TCGA和GEO数据库中的HNSCC批量转录组数据 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 16480 | 2025-10-07 |
Integrating spatial transcriptomics and single-nucleus RNA-seq revealed the specific inhibitory effects of TGF-β on intramuscular fat deposition
2025-Mar, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2696-5
PMID:39422812
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研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序技术,揭示了TGF-β信号通路对肌肉内脂肪沉积的特异性抑制作用 | 首次结合空间转录组和单核RNA测序技术揭示TGF-β信号通路在肌肉内脂肪沉积中的空间异质性调控机制 | 研究主要基于猪和小鼠模型,在人类临床应用的转化价值需要进一步验证 | 探究影响肌肉内脂肪沉积的关键调控因子及其分子机制 | 猪的背最长肌组织、猪内皮细胞、肥胖小鼠模型 | 空间转录组学 | 肌肉萎缩 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 体外实验 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 不同IMF含量的猪背最长肌样本 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | NA |