单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16421	2024-08-07	Meningeal macrophages inhibit chemokine signaling in pre-tumor cells to suppress mouse medulloblastoma initiation 2023-10-23, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.033 PMID:37774709	研究论文	本文探讨了脑膜巨噬细胞通过抑制前肿瘤细胞中的趋化因子信号来抑制小鼠髓母细胞瘤的启动	首次揭示了脑膜巨噬细胞在趋化因子调控的抗肿瘤对话中的关键作用，特别是在抑制髓母细胞瘤启动方面	NA	研究脑肿瘤微环境对肿瘤启动的影响	脑膜巨噬细胞和小鼠髓母细胞瘤	数字病理学	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
16422	2024-08-05	ScribbleDom: using scribble-annotated histology images to identify domains in spatial transcriptomics data 2023-Oct-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad594 PMID:37756699	研究论文	本文提出了一种名为“ScribbleDom”的半监督卷积神经网络方法，用于在空间转录组学中识别领域。	通过利用人类专家的输入作为半监督的方法，ScribbleDom结合了人的认知能力与机器的计算能力。	在缺乏专家输入时，尽管ScribbleDom可以全自监督运行，但其性能可能无法与带专家输入时的效果相比。	研究空间转录组学中领域识别的重要性及其改进方法。	该研究以人类侧面前额皮层样本和黑色素瘤数据集为研究对象。	数字病理学	黑色素瘤	卷积神经网络	半监督卷积神经网络	图像	12个人类侧面前额皮层样本和多个黑色素瘤数据集
16423	2024-08-05	Circulating Tumor Cells and Tumor Progression, Metastasis, and Poor Prognosis in Patients With Neuroblastoma 2023-Oct, Anticancer research IF:1.6Q4 DOI:10.21873/anticanres.16627 PMID:37772576	评论	本文简要回顾了循环神经母细胞瘤细胞的定量方法及其与神经母细胞瘤患者预后的关系	强调了循环神经母细胞瘤细胞数量与预后不良之间的关系，并提出了对这些细胞进行全面遗传分析的必要性	目前大多数研究仅代表肿瘤负担，没有直接证据表明循环肿瘤细胞是神经母细胞瘤患者肿瘤进展和转移的来源	探讨循环肿瘤细胞在神经母细胞瘤进展、转移及预后不良中的作用	研究神经母细胞瘤患者中的循环肿瘤细胞	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞测序，外源细胞培养功能测定	NA	NA	NA
16424	2024-08-07	The unique interplay of mitochondrial oxidative phosphorylation (OXPHOS) and immunity and its potential implication for the sex- and age-related morbidity of severe COVID-19 patients 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.371 PMID:37750090	研究论文	本研究分析了先前发表的单细胞RNA测序数据，揭示了线粒体氧化磷酸化（OXPHOS）和免疫在严重或危重COVID-19患者中的细胞类型、性别和年龄相关变化	发现OXPHOS和免疫在严重或危重COVID-19患者中的相互作用显示出细胞类型特异性、年龄相关性和性别偏向性	研究主要基于先前发表的数据，未进行新的实验验证	探讨线粒体氧化磷酸化与免疫在COVID-19患者中的相互作用及其对性别和年龄相关发病率的影响	严重或危重COVID-19患者、去势和再生小鼠模型	生物信息学	COVID-19	scRNA-seq, bulk RNA-seq	NA	RNA	大量COVID-19患者、去势和再生小鼠、400个基因的RNAi文库
16425	2024-08-07	Leprosy-specific subsets of macrophages and Schwann cells identified by single-cell RNA-sequencing 2023-Oct, Pathology, research and practice DOI:10.1016/j.prp.2023.154821 PMID:37757621	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了感染麻风分枝杆菌的小鼠模型中巨噬细胞和施万细胞的特定亚群及其相互作用	首次详细描述了麻风病中巨噬细胞的M1和M2样亚群及其与施万细胞的相互作用，揭示了这些细胞在疾病中的分子状态和功能	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类样本中验证这些发现	探究麻风病中巨噬细胞和施万细胞的分子状态及其相互作用，以深入理解疾病的发病机制	麻风分枝杆菌感染的小鼠模型中的单个细胞	数字病理学	麻风病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类麻风病组织样本
16426	2024-08-05	Integration of single-nuclei RNA-sequencing, spatial transcriptomics and histochemistry defines the complex microenvironment of NF1-associated plexiform neurofibromas 2023-09-28, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-023-01639-1 PMID:37770931	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和免疫组化定义了NF1相关的多发性神经纤维瘤的复杂微环境	首次描述了在多发性神经纤维瘤中存在的NRXN1/NLGN1受体-配体交互作用，可能表明细胞间的直接交流通路	由于多发性神经纤维瘤的细胞凝聚性，单细胞RNA测序很难进行，可能导致关键细胞亚群的检测丧失	探讨多发性神经纤维瘤肿瘤微环境中的细胞异质性和潜在的新通讯通路	研究了8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本的空间转录组学数据	数字病理学	神经纤维瘤	单核RNA测序（snRNA-seq），空间转录组学（ST），免疫组化	NA	RNA测序数据，转录组数据	8个冷冻多发性神经纤维瘤样本和4个多发性神经纤维瘤样本
16427	2024-08-07	Identifying immune checkpoint-related lncRNA biomarkers for immunotherapy response and prognosis in cancers 2023-09-28, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02550-z PMID:37770497	研究论文	本文开发了一个多步骤流程，用于识别跨癌症的免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物，以预测免疫治疗反应和预后	首次构建了免疫检查点与长非编码RNA的合作调控网络，并验证了这些生物标志物在预测免疫检查点抑制剂反应中的有效性	NA	旨在增强对长非编码RNA功能的理解，并加速发现基于长非编码RNA的免疫检查点抑制剂治疗生物标志物	免疫检查点相关长非编码RNA生物标志物	数字病理学	癌症	RNA测序	NA	RNA	涉及多个独立数据集，包括大量和单细胞RNA测序数据
16428	2024-08-05	Single-cell transcriptomics delineates the immune cell landscape in equine lower airways and reveals upregulation of FKBP5 in horses with asthma 2023-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43368-4 PMID:37758813	研究论文	该文章研究了马的下呼吸道中的免疫细胞概况，并揭示了哮喘马中FKBP5的上调	首次通过单细胞转录组测序描绘了马的免疫细胞景观，并发现FKBP5在哮喘病例中的显著上调	仅研究了轻度至中度哮喘马的免疫细胞，是否适用于重度哮喘尚未确定	探讨马的免疫细胞在哮喘中的变化	健康马和轻度至中度马哮喘病例的免疫细胞	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
16429	2024-08-07	Loss of Notch signaling in skeletal stem cells enhances bone formation with aging 2023-09-27, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-023-00283-8 PMID:37752132	研究论文	研究探讨了骨骼干细胞中Notch信号通路的缺失如何增强老年时期的骨形成	发现Notch信号通路的调节可以改善骨骼老化现象，增加骨质量，并识别出Ebf3转录因子作为潜在的治疗目标	NA	探究Notch信号通路在骨骼干细胞中的作用及其对老年骨骼健康的影响	骨骼干细胞和前体细胞（SSPCs）及其在老化过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	中年条件性敲除小鼠
16430	2024-08-05	Tracing immune cells around biomaterials with spatial anchors during large-scale wound regeneration 2023-09-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41608-9 PMID:37752124	研究论文	本研究介绍了一种使用生物可降解的对齐细胞外基质支架进行大面积伤口再生的方法	揭示了调节性T细胞在抑制过度2型炎症方面的潜在作用	未具体提及实验中样本的多样性和应用的局限性	探讨免疫系统在伤口再生过程中的协调作用	探索免疫细胞在生物材料周围的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	NA	使用了缺乏成熟T淋巴细胞的免疫缺陷小鼠
16431	2024-08-05	Benchmarking data-driven filtering for denoising of TCRpMHC single-cell data 2023-09-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-43048-3 PMID:37752190	研究论文	本研究评估了两种用于去噪单细胞TCR-pMHC特异性数据的方法	评估了ICON和ITRAP去噪方法的性能，并发现ITRAP在数据一致性和性能上优于ICON	研究主要依赖公共可用的免疫分析数据，未涉及其他类型的数据	提高TCR-pMHC特异性高通量研究的数据质量	针对单细胞TCR-pMHC特异性数据进行去噪处理	计算机视觉	NA	去噪技术	机器学习方法	免疫分析数据	使用了10x Genomics提供的公共数据集
16432	2024-08-07	Role of microRNAs and their downstream target transcription factors in zebrafish thrombopoiesis 2023-09-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-42868-7 PMID:37752184	研究论文	本研究探讨了斑马鱼血栓形成过程中microRNAs及其下游靶点转录因子的作用	首次在斑马鱼模型中系统研究了microRNAs及其靶点在血栓形成中的作用，并揭示了microRNAs通过调控转录因子网络影响血栓形成的机制	研究主要集中在少数特定的microRNAs和转录因子上，可能未能全面覆盖所有相关的调控因子	探究microRNAs及其下游靶点转录因子在斑马鱼血栓形成中的作用	斑马鱼的血栓细胞（thrombocytes）及其相关的microRNAs和转录因子	分子生物学	血栓形成	单细胞RNA测序（single-cell RNA sequencing）	NA	基因表达数据	15种microRNAs在血栓细胞中的表达，以及14种转录因子的表达水平
16433	2024-08-05	Transcription factor E4F1 dictates spermatogonial stem cell fate decisions by regulating mitochondrial functions and cell cycle progression 2023-Sep-25, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-023-01134-z PMID:37749649	研究论文	本研究探讨了转录因子E4F1如何通过调节线粒体功能和细胞周期进程来影响精原干细胞的命运决策	本研究首次揭示E4F1在精原干细胞发展和维持中的关键作用，特别是在细胞代谢和命运决策中的新机制	该研究主要集中于小鼠模型，结果的普遍性可能受到限制	探求转录因子E4F1在精原干细胞命运决策中的角色及其机制	未分化的精原干细胞及其代谢程序	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	控制组和缺失E4F1的小鼠精原细胞
16434	2024-08-05	Three-dimensional molecular cartography of human cerebral organoids revealed by double-barcoded spatial transcriptomics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100573 PMID:37751695	研究论文	本文介绍了一种低成本的制造双条形码DNA阵列的策略，用于大规模空间转录组学研究	提出了制造分子双条形码DNA阵列的新策略，从而使大型空间转录组学研究成为可能	在多组织切片和三维组织重建的扩展上仍然面临挑战和成本限制	提高对复杂组织的理解，尤其是人脑类器官的基因表达	人类脑类器官	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	基因表达数据	多个连续切片的人类脑类器官
16435	2024-08-05	Evolutionary signatures of human cancers revealed via genomic analysis of over 35,000 patients 2023-09-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-41670-3 PMID:37749078	研究论文	本文通过对超过35,000名患者的基因组分析揭示了人类癌症的进化特征	提出了一个名为ASCETIC的框架来提取与不同疾病结果相关的癌症进化特征	研究可能受限于所使用的数据集的代表性和多样性	探讨癌症的进化过程及其对预测癌症进展的影响	研究对象包括不同类型癌症患者的基因组数据	数字病理学	肺癌	测序技术	NA	基因组数据	超过35,000名患者的样本
16436	2024-08-07	Transcriptional profiling of dental sensory and proprioceptive trigeminal neurons using single-cell RNA sequencing 2023-09-25, International journal of oral science IF:10.8Q1 DOI:10.1038/s41368-023-00246-z PMID:37749100	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术结合逆行追踪法，分析了牙本质感觉和本体感受三叉神经元的转录特征	首次揭示了牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的内在转录特征，并发现了这些神经元在机械痛觉和本体感觉中的特殊功能	NA	研究牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元的分子身份	牙本质初级传入神经元和本体感受中脑三叉神经核神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	小鼠样本
16437	2024-08-07	Network pharmacology and experimental verification-based strategy for exploring the mechanisms of luteolin in the treatment of osteosarcoma 2023-Sep-25, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-023-03046-x PMID:37749554	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证策略，探索了木犀草素治疗骨肉瘤的作用机制。	本研究整合了网络药理学预测、单细胞RNA测序分析、分子对接和实验验证，以揭示木犀草素抑制骨肉瘤增殖和转移的机制。	NA	阐明木犀草素基于网络药理学和实验验证的抗骨肉瘤机制。	木犀草素对骨肉瘤的抑制作用及其机制。	NA	骨肉瘤	scRNA-seq, 分子对接	NA	基因表达数据	涉及251个木犀草素对抗骨肉瘤靶点和8个关键靶点，以及骨肉瘤原位小鼠模型。
16438	2024-08-05	Self-supervised deep clustering of single-cell RNA-seq data to hierarchically detect rare cell populations 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad335 PMID:37769630	研究论文	本文介绍了一种名为DeepScena的自监督深度聚类工具，用于分层检测稀有细胞群体	创新性地结合了非线性降维、基于负二项分布的卷积自编码器和自我监督模型来增强细胞相似性	现有聚类方法无法准确捕捉数据的分布类型或充分利用细胞之间的关系	探索自监督深度聚类在单细胞RNA测序数据中的应用，以提高稀有细胞群体的检测能力	使用大型单细胞RNA-seq数据集对DeepScena的聚类性能进行评估	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	卷积自编码器	基因表达数据	多个大型scRNA-seq数据集
16439	2024-08-07	GOWDL: gene ontology-driven wide and deep learning model for cell typing of scRNA-seq data 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad332 PMID:37756593	研究论文	本文介绍了一种基于基因本体驱动的宽深学习模型（GOWDL），用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	GOWDL模型结合了基因本体的功能注释和特定细胞类型的标记基因，实现了混合架构	在召回率方面，GOWDL达到了约92%，而最佳工具达到了97%	开发一种自动分类方法，用于基于最新的深度学习技术对单细胞RNA测序数据进行细胞类型分类	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	宽深学习模型	基因表达数据	涉及多种组织
16440	2024-08-07	scRNA-seq Reveals the Mechanism of Fatty Acid Desaturase 2 Mutation to Repress Leaf Growth in Peanut (Arachis hypogaea L.) 2023-09-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182305 PMID:37759528	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了花生叶中脂肪酸去饱和酶2突变对叶片生长的影响及其分子机制	首次在单细胞水平上阐明了脂肪酸去饱和酶2突变抑制花生叶片生长的分子机制	NA	探究脂肪酸去饱和酶2突变对花生叶片生长的影响及其分子机制	花生叶中的脂肪酸去饱和酶2突变及其对叶片生长的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约24,988个单细胞，表达10,249个基因