单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1621	2025-07-11	Novel single-cell preservation and RNA sequencing technology unlocks field studies for Plasmodium natural infections 2025-Jul-07, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-08765-x PMID:40624152	研究论文	本文介绍了一种新型单细胞保存和RNA测序技术，用于疟原虫自然感染现场研究	开发了适用于低资源环境的单细胞RNA保存和测序技术，首次在自然感染疟原虫的现场研究中应用单细胞RNA测序	目前仅在P. knowlesi疟原虫中进行了验证，尚未在其他疟原虫物种或更广泛的现场环境中测试	开发适用于疟原虫自然感染现场研究的单细胞RNA测序技术	疟原虫(P. knowlesi)单细胞	基因组学	疟疾	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	6个样本中的22,345个P. knowlesi单细胞转录组
1622	2025-07-09	Author Correction: Spatial transcriptomics reveals regionally altered gene expression that drives retinal degeneration 2025-Jul-07, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-08451-8 PMID:40624286	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1623	2025-07-11	Integrated analysis of polytranscriptomics reveals TNFSF ligand genes in pancreatic cancer prognosis and immune regulation 2025-Jul-07, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-025-00733-4 PMID:40624624	研究论文	本研究通过整合分析多转录组数据，揭示了TNFSF配体基因在胰腺癌预后和免疫调节中的作用	首次基于TNFSF配体表达谱对胰腺癌进行分子分型，并发现TNFSF4在B细胞中的高表达与良好预后及免疫治疗反应相关	研究主要基于生物信息学分析，需要更多实验验证TNFSF4的具体作用机制	探究TNF配体家族成员在胰腺癌中的表达模式及预后意义	胰腺癌(PC)患者样本	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、批量RNA测序(bulk RNA-seq)、qRT-PCR	非负矩阵分解(NMF)	基因表达数据	GSE212966和TCGA-PAAD数据集中的样本
1624	2025-07-11	Microgravity modulates keratinocyte, fibroblast, and endothelial cell communication during wound healing 2025-Jul-06, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2025.123842 PMID:40628314	综述	本文综述了微重力环境下皮肤伤口愈合过程中角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞之间通讯的调节机制	强调了单细胞转录组学等先进技术在微重力环境下皮肤伤口愈合机制研究中的应用	微重力环境下伤口愈合的具体分子机制仍需进一步研究	探讨微重力对皮肤伤口愈合过程中细胞通讯的影响	角质形成细胞、成纤维细胞和内皮细胞	生物医学	皮肤损伤	单细胞转录组学	NA	NA	NA
1625	2025-07-11	The reprogramming impact of SMAC-mimetic on glioblastoma stem cells and the immune tumor microenvironment evolution 2025-Jul-04, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03452-1 PMID:40616096	研究论文	本研究评估了SMAC模拟物Xevinapant对胶质母细胞瘤干细胞（GSCs）和肿瘤免疫微环境（TME）的重编程影响	首次在单细胞水平上评估Xevinapant对GBM的抗肿瘤和免疫调节作用，并发现其能激活抗肿瘤效应免疫反应	研究主要基于体外和小鼠模型，临床转化效果尚需进一步验证	开发针对胶质母细胞瘤干细胞同时重编程肿瘤微环境的新型治疗策略	胶质母细胞瘤干细胞和肿瘤免疫微环境	肿瘤免疫治疗	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、体外存活实验、原位移植模型	NA	基因表达数据、生存数据	人类和小鼠的胶质母细胞瘤干细胞模型
1626	2025-07-11	Spotiflow: accurate and efficient spot detection for fluorescence microscopy with deep stereographic flow regression 2025-Jul, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-025-02662-x PMID:40481364	研究论文	提出了一种名为Spotiflow的深度学习方法，用于荧光显微镜图像中亚像素级精确的斑点检测	将斑点检测问题重新定义为多尺度热图和立体流回归问题，支持2D和3D图像，具有更高的时间和内存效率	未明确提及具体局限性	开发一种高效准确的斑点检测方法，用于荧光显微镜图像分析	荧光显微镜图像中的斑点状结构	计算机视觉	NA	深度学习	立体流回归模型	图像	多种数据集（未明确数量）
1627	2025-07-11	dbscATAC: a resource of single-cell super-enhancers/enhancers and gene markers derived from scATAC-seq data 2025-Jul-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf364 PMID:40581357	研究论文	介绍了一个名为dbscATAC的专用单细胞数据库，用于注释来自scATAC-seq数据的超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用	利用改进的机器学习算法，从大量scATAC-seq数据中识别出超级增强子、基因标记和增强子-基因相互作用，并开发了一个易于使用的在线平台	未明确提及具体限制，但可能涉及数据覆盖范围或算法性能的局限性	促进单细胞表观基因组学中增强子景观、基因调控和细胞类型特异性特征的探索	来自13个物种的1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型	表观基因组学	NA	scATAC-seq	改进的机器学习算法	单细胞表观基因组数据	1,668,076个单细胞，涵盖1028种组织/细胞类型，来自13个物种
1628	2025-07-11	Cancer-associated fibroblast-derived extracellular vesicles loaded with GLUT1 inhibitor synergize anti-PD-L1 to suppress tumor growth via degrading matrix stiffness and remodeling tumor microenvironment 2025-Jul-01, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.113998 PMID:40609836	研究论文	该研究通过利用癌症相关成纤维细胞(CAFs)衍生的细胞外囊泡(cEVs)靶向递送GLUT1抑制剂BAY-876，结合抗PD-L1治疗，重塑肿瘤微环境(TME)并抑制肿瘤生长	首次使用CAFs衍生的细胞外囊泡作为载体靶向递送GLUT1抑制剂，结合抗PD-L1治疗实现协同抗肿瘤效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索通过靶向肿瘤微环境代谢重塑来提高癌症免疫治疗效果的新策略	肺癌肿瘤细胞系和癌症相关成纤维细胞(CAFs)	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用公共数据集和小鼠模型
1629	2025-07-11	The foraging gene coordinates brain and heart networks to modulate socially cued interval timing in Drosophila 2025-Jul, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011752 PMID:40627675	研究论文	本研究探讨了果蝇中foraging基因在间隔时间行为中的作用，特别是交配时长，揭示了其通过神经和非神经机制调节行为的复杂性	发现foraging基因通过Pdfr阳性神经元和fru阳性心脏细胞调控交配时长，揭示了基因在整合社会线索与生理状态中的新作用	研究仅基于果蝇模型，结果在更高等生物中的普适性尚待验证	探究foraging基因在间隔时间行为调控中的作用机制	果蝇（Drosophila melanogaster）及其foraging基因的两种等位基因变体rover（forR）和sitter（forS）	行为遗传学	NA	单细胞RNA测序、基因敲除实验、CaLexA信号观察	NA	基因表达数据、钙信号数据	果蝇模型中的不同基因型个体
1630	2025-07-11	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2025-Jun-20, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.004 PMID:40578359	研究论文	通过空间蛋白质组学和转录组学分析，揭示卵巢交界性肿瘤及其侵袭性进展的分子景观	整合细胞类型分辨的空间蛋白质组学和转录组学，阐明从SBT到LGSC及其转移的演变过程，并验证了16个药物靶点	未提及样本量或研究的具体局限性	研究卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）的转变机制	上皮性浆液性交界性肿瘤（SBT）及其向低级别浆液性癌（LGSC）的转变	数字病理学	卵巢癌	空间蛋白质组学和转录组学	NA	蛋白质组和转录组数据	NA
1631	2025-07-11	Macrophages-derived NRG-1 promotes angiogenesis after ischemic stroke via the Akt-mTOR pathway 2025-Jun-19, Neural regeneration research IF:5.9Q1 DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-01323 PMID:40537024	研究论文	本研究探讨了巨噬细胞衍生的NRG-1在缺血性中风后通过Akt-mTOR途径促进血管生成的作用	首次发现外周巨噬细胞是中风后NRG-1的来源，并揭示了NRG-1通过Akt/mTOR/VEGF依赖的信号通路促进血管生成的神经保护机制	研究样本量有限，且机制研究主要在动物模型中进行，需要进一步临床验证	探究NRG-1在缺血性中风中的来源及其神经保护作用的分子机制	急性缺血性中风患者和短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	神经科学	缺血性中风	单细胞测序	短暂性大脑中动脉闭塞小鼠模型	血液样本和动物模型数据	急性缺血性中风患者的配对血栓和外周血样本及小鼠模型
1632	2025-07-11	The Spatial Atlas of Human Anatomy (SAHA): A Multimodal Subcellular-Resolution Reference Across Human Organs 2025-Jun-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.16.658716 PMID:40611896	研究论文	本文介绍了人类解剖空间图谱（SAHA），这是首个跨多个器官系统的健康成人组织的多模态亚细胞分辨率参考	首次整合空间转录组学、蛋白质组学和组织学特征，构建跨器官系统的亚细胞分辨率参考图谱	样本来源仅限于健康成人组织，未涵盖发育或衰老过程中的组织变化	构建一个全面的健康人类组织图谱，为空间诊断和下一代精准医学提供基础框架	健康成人组织的多器官系统	数字病理学	NA	空间转录组学（CosMx SMI, 10x Xenium, RNAscope, GeoMx DSP）、单核RNA测序（single-nucleus RNA-seq）	NA	多模态数据（空间转录组、蛋白质组、组织学特征）	超过15百万个细胞，来自100多名捐赠者
1633	2025-07-11	CCR2+ monocytes promote memory CD8+ T-cell differentiation via membrane-bound TGF-β 2025-Jun-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-025-01299-2 PMID:40461701	研究论文	本研究揭示了CCR2+单核细胞通过膜结合TGF-β促进记忆CD8+ T细胞分化的新机制	发现了单核细胞通过膜结合TGF-β和Smad信号通路促进记忆CD8 T细胞分化的新空间机制	研究主要关注脾脏中的CD8 T细胞分化，其他组织中的情况尚不明确	探究急性感染期间效应和记忆CD8 T细胞命运决定的空间机制	CD8 T细胞和单核细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
1634	2025-07-11	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Jun-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究探讨了妊娠和产后经历如何通过多巴胺依赖的神经转录组重塑引起持久的神经适应	揭示了多巴胺在妊娠和产后神经适应中的核心调控作用，并发现了H3多巴胺化这一新的表观遗传机制	研究主要聚焦于海马背侧区，其他脑区的适应性变化尚未完全阐明	阐明妊娠和产后经历引起持久神经适应的分子机制	雌性小鼠和人类背侧海马区	神经科学	NA	单细胞RNA测序、化学遗传学	小鼠模型	转录组数据、表观遗传数据	未明确说明具体样本数量，涉及小鼠和人类组织样本
1635	2025-07-11	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组技术，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征相关肺部疾病的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关的肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的小鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据、影像数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠
1636	2025-07-11	Epidermal Loss of PRMT5 Leads to the Emergence of an Atypical Basal Keratinocyte-Like Cell Population and Defective Epidermal Stratification 2025-May-07, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.04.008 PMID:40339790	研究论文	研究PRMT5在表皮发育中的作用及其缺失对基底角质形成细胞的影响	揭示了PRMT5通过抑制Cdkn1a防止基底角质形成细胞衰老的新机制	研究仅限于小鼠模型，人类皮肤中的类似机制尚未验证	探究PRMT5在表皮分层和角质形成细胞维持中的作用	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮	分子生物学	先天性皮肤疾病	单细胞RNA测序、ATAC-seq	条件性基因敲除小鼠模型	基因表达数据、染色质可及性数据	条件性敲除PRMT5的小鼠表皮组织
1637	2025-07-11	A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics 2025-Apr-16, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1 PMID:40321764	研究论文	开发了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，用于连接组织病理学图像和转录组学数据	首次将组织病理学图像与转录组学数据整合到一个基础模型中，并开发了Loki平台提供多种功能	未明确提及具体局限性	整合组织病理学图像和转录组学数据，提升计算生物学分析能力	组织病理学图像和转录组学数据	数字病理学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学(ST)	OmiCLIP	图像, 转录组数据	220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官
1638	2025-07-11	Parenchymal and inflammatory responses to ozone exposure in the aging healthy and surfactant protein C mutant lung 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00261.2024 PMID:39832482	研究论文	本研究探讨了臭氧暴露对健康老年小鼠和表面活性蛋白C突变小鼠肺部的结构和免疫反应的影响	结合年龄因素和基因突变，研究臭氧暴露对肺部的影响，并利用空间转录组学分析炎症和细胞外基质组织信号的变化	研究仅关注急性臭氧暴露的影响，未涉及长期暴露的效果	理解臭氧暴露在老年和基因突变个体中对肺部结构和免疫功能的影响	年轻、中年和老年小鼠，以及表面活性蛋白C突变小鼠	呼吸病理学	呼吸系统疾病	流式细胞术、空间转录组学	NA	生物学数据	不同年龄段的小鼠（年轻：8-14周，中年：44-52周，老年：>80周）和SP-C突变小鼠
1639	2025-07-11	Effects of maternal edible THC consumption on offspring lung growth and function in a rhesus macaque model 2025-Mar-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00360.2024 PMID:39903192	研究论文	本研究通过恒河猴模型探讨了母体食用THC对后代肺生长和功能的影响	首次在恒河猴模型中系统评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的长期影响，并揭示了表观遗传调控机制	样本量较小，且仅评估了单一剂量THC的影响	评估产前THC暴露对后代肺发育和功能的潜在危害	恒河猴及其后代	发育生物学	呼吸系统疾病	MRI, RNAseq, 全基因组亚硫酸氢盐测序, 空间转录组学	恒河猴动物模型	影像数据、分子生物学数据	接受THC或安慰剂处理的怀孕恒河猴及其后代
1640	2025-07-11	SeuratExtend: streamlining single-cell RNA-seq analysis through an integrated and intuitive framework 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf076 PMID:40627366	research paper	介绍了一个名为SeuratExtend的R包，旨在简化单细胞RNA测序数据分析	SeuratExtend通过整合多种工具和数据库，提供了一个用户友好且直观的界面，用于执行包括功能富集、轨迹推断等多种分析	未明确提及具体的技术或应用限制	简化单细胞RNA测序数据分析流程，提高分析的可及性和效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA