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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2026-04-15 |
Hepatic organoids move from adolescence to maturity
2024-06, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15893
PMID:38451053
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综述 | 本文回顾了肝类器官作为研究工具的发展历程,并探讨了其在肝脏基础研究、药物发现与安全性测试以及疾病病理生物学理解三个领域的贡献 | 系统性地阐述了肝类器官从“青春期”向“成熟期”发展的关键路径,并前瞻性地指出了未来五年内单细胞RNA测序、CRISPR技术与类器官方法学改进相结合将带来的突破 | 未提供具体的实验数据或案例研究,主要基于现有文献和发展趋势进行评述 | 评估肝类器官作为研究工具的当前应用与未来潜力,推动其在肝脏疾病研究和治疗中的应用 | 肝类器官及其在肝脏研究中的应用 | 组织工程与疾病模型 | 肝脏疾病(包括肝纤维化) | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CRISPR技术、类器官培养技术 | 类器官模型 | 综述性文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1622 | 2026-04-15 |
Thrombospondin 2 is a key determinant of fibrogenesis in non-alcoholic fatty liver disease
2024-02, Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver
IF:6.0Q1
DOI:10.1111/liv.15792
PMID:38010940
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研究论文 | 本研究通过分析NAFLD患者的单细胞RNA测序数据、肝组织样本和LX-2细胞,揭示了THBS2/TSP2在肝星状细胞中的高表达及其通过TGFβ通路调控纤维化的机制 | 首次在NAFLD中通过单细胞RNA测序和原位杂交技术,明确了THBS2/TSP2在肝星状细胞中的特异性高表达,并发现其通过非经典TGFβ-SMAD2/3通路调控胶原生成 | 研究主要基于体外细胞模型(LX-2细胞)和基因数据集分析,缺乏体内实验验证;样本量未明确说明,可能影响结果的普适性 | 识别NAFLD中表达THBS2/TSP2的特定细胞,并探究其上调的分子机制 | 非酒精性脂肪肝病(NAFLD)患者肝组织、肝星状细胞(HSCs)及LX-2细胞系 | 数字病理学 | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量聚合酶链反应(qPCR)、原位杂交、计算生物学、遗传学、免疫学和药理学方法 | NA | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据、肝组织样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1623 | 2026-04-14 |
A multi-scale biocompatibility atlas of porous silicon nanoparticles: From whole embryo to single-cell resolution
2026-Aug, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究建立了一个多尺度评估流程,利用斑马鱼模型结合整体表型分析和单细胞RNA测序,系统评估了多孔硅纳米颗粒的生物相容性 | 首次将整体生物体表型分析与单细胞转录组测序相结合,构建了从胚胎到单细胞分辨率的多尺度生物相容性图谱 | 研究主要基于斑马鱼胚胎模型,其结果向更复杂哺乳动物系统的外推仍需进一步验证 | 评估多孔硅纳米颗粒的生物安全性和生物相容性,为其临床转化提供依据 | 多孔硅纳米颗粒 | 纳米医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1624 | 2026-04-14 |
Multi-layer molecular profiling defines an immune-active colorectal cancer subtype with therapeutic relevance
2026-Jun-16, Molecular therapy. Nucleic acids
DOI:10.1016/j.omtn.2026.102907
PMID:41971068
|
研究论文 | 本研究通过整合多组学数据定义了结直肠癌的免疫活性亚型,并开发了预后模型和联合治疗策略 | 建立了整合转录组、表观遗传和突变谱的多组学框架,识别出具有免疫活性的CS3亚型,该亚型在临床微卫星稳定肿瘤中可能被常规检测忽略 | 未明确说明样本的具体来源和验证队列的规模,临床转化仍需进一步验证 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1625 | 2026-04-14 |
Subtypes estimation in single-cell multi-omics data via S-multi-SNE
2026-Jun-07, Journal of theoretical biology
IF:1.9Q3
DOI:10.1016/j.jtbi.2026.112442
PMID:41895518
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研究论文 | 本文提出S-multi-SNE方法,用于单细胞多组学数据的细胞亚型估计和可视化 | 将多视图降维方法multi-SNE和S-multi-SNE应用于单细胞RNA测序数据,并展示其在跨个体、跨物种和跨测序技术数据中识别细胞亚型的有效性,同时整合scATAC-seq和scRNA-seq数据以改进细胞亚型识别 | NA | 开发用于单细胞多组学数据细胞亚型估计和可视化的多视图降维方法 | 单细胞RNA测序数据和单细胞多组学数据(包括scATAC-seq和scRNA-seq) | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | S-multi-SNE,multi-SNE | mRNA计数矩阵,多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞ATAC-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 1626 | 2026-04-14 |
Identifying Potential Drug Targets in the Knee Osteoarthritis: Insights from the Druggable Genome
2026-Jun, Rejuvenation research
IF:2.2Q3
DOI:10.1177/15491684251403435
PMID:41457786
|
研究论文 | 本研究通过整合可药基因组和孟德尔随机化分析,识别了膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 结合了可药基因组、孟德尔随机化、单细胞MR分析、蛋白质组学验证及遗传信息空间映射框架,从外周和中枢组织角度识别并验证了多个潜在治疗靶点 | 需要未来进一步实验验证所识别靶点在膝骨关节炎中的作用机制 | 寻找膝骨关节炎的潜在药物靶点 | 膝骨关节炎(KOA) | 生物信息学 | 骨关节炎 | 孟德尔随机化分析、单细胞MR分析、蛋白质组学验证、空间转录组学 | NA | 基因表达数据、蛋白质定量性状位点数据、全基因组关联研究数据、空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1627 | 2026-04-14 |
A proliferative subpopulation of coelomocytes in sea cucumber is identified and characterized by single-cell RNA-seq after evisceration
2026-Jun, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111262
PMID:41796696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,在海参中鉴定并表征了去内脏后体腔中一个增殖性亚群的体腔细胞 | 首次在海参中利用单细胞RNA测序技术,系统识别了体腔和水管系统中的体腔细胞亚群,并揭示了去内脏后一个增殖性亚群(簇10)的动态变化和分化能力 | 研究主要基于海参单一物种,且依赖于同源物种的细胞标记进行亚群分配,可能限制了结果的普适性 | 探究海参去内脏后体腔细胞的恢复机制,特别是增殖性亚群的鉴定和功能表征 | 海参(Apostichopus japonicus)的体腔细胞,包括体腔和水管系统中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确指定样本数量,但涉及海参体腔和水管系统的细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1628 | 2026-04-14 |
Single-cell sequencing reveals metabolic reprogramming and immune regulation underlie the maintenance of teleost granulomas
2026-Jun, Fish & shellfish immunology
IF:4.1Q1
DOI:10.1016/j.fsi.2026.111287
PMID:41866100
|
研究论文 | 本研究通过整合多组织转录组学、单细胞RNA测序、超微结构成像和荧光原位杂交技术,揭示了硬骨鱼肉芽肿中代谢重编程和免疫调控的维持机制 | 首次在脊椎动物模型中系统解析了肉芽肿的代谢和功能景观,发现了上皮样巨噬细胞(E-Macs)同时上调氧化磷酸化和糖酵解基因的代谢适应现象,并证实了该调控特征在斑马鱼中的进化保守性 | 研究主要基于硬骨鱼模型,在哺乳动物中的普适性仍需进一步验证;单细胞测序样本量相对有限 | 探究脊椎动物肉芽肿结构的生物能量学和维持调控机制 | 大口黑鲈(Micropterus salmoides)和诺卡氏菌(Nocardia seriolae)感染模型,以及斑马鱼比较分析 | 单细胞组学 | 慢性肉芽肿性疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、多组织转录组学、超微结构成像、荧光原位杂交(FISH) | NA | 单细胞转录组数据、组织转录组数据、图像数据 | 多组织(头肾、脾脏、肝脏、肾脏)样本,具体数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1629 | 2026-04-14 |
SpNeigh: spatial neighborhood and differential expression analysis for high-resolution spatial transcriptomics
2026-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqag039
PMID:41972009
|
研究论文 | 本文介绍了SpNeigh,一个用于高分辨率空间转录组学空间邻域分析和差异表达建模的R包 | SpNeigh通过边界检测、空间邻域提取、距离加权和基于梯度的统计测试,明确建模局部组织环境,如边界、邻域或梯度 | NA | 开发一个灵活且可解释的框架,用于解析复杂组织中的空间基因表达动态 | 小鼠大脑、人类乳腺癌和人类肝脏组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组学 | 基于样条的回归模型 | 空间基因表达数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | NA |
| 1630 | 2026-04-14 |
COUP-TFII promotes macrophage-myofibroblast transition by attenuating HIF-1α-mediated glycolysis
2026-May-28, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2026.153640
PMID:41916009
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研究论文 | 本文研究了COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化中通过抑制HIF-1α介导的糖酵解促进巨噬细胞-肌成纤维细胞转化的机制 | 揭示了COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化中的新作用机制,即通过调控HIF-1α依赖性糖酵解来促进巨噬细胞向肌成纤维细胞转化 | 研究主要基于体外细胞实验和动物模型,尚未在人体临床试验中得到验证 | 探究COUP-TFII在糖尿病肾病纤维化进程中的调控机制 | 巨噬细胞、DB/DB糖尿病肾病小鼠模型 | NA | 糖尿病肾病 | Western blotting、单细胞测序、免疫荧光 | NA | 蛋白质表达数据、单细胞测序数据、GEO数据库数据 | 22周龄DB/DB糖尿病肾病小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1631 | 2026-04-14 |
From antigen to atlas: A multi-omics, single-cell pipeline for discovering safe and effective CAR targets in ovarian cancer
2026-May, Critical reviews in oncology/hematology
DOI:10.1016/j.critrevonc.2026.105249
PMID:41794160
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综述 | 本文提出了一种用于发现卵巢癌安全有效CAR靶点的多组学单细胞整合分析流程 | 提出了一个结合多组学、单细胞和空间转录组学的综合分级验证流程,并建立了三级同质性分类系统来指导CAR靶点的工程策略 | 作为一篇综述,主要提出概念框架,缺乏大规模实验数据的验证 | 开发一个用于发现和验证卵巢癌CAR-T细胞疗法安全有效靶点的综合流程 | 卵巢癌(OC)的肿瘤抗原和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组学,空间转录组学,糖蛋白组学,免疫表型分析 | NA | 多组学数据,单细胞数据,空间数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1632 | 2026-04-14 |
Integrated Plasma Proteomics and Functional Analyses Reveal Hepatic CDHR2 as a Potential Therapeutic Target in MASLD
2026-May, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.70623
PMID:41804813
|
研究论文 | 本研究通过整合血浆蛋白质组学与功能分析,发现肝细胞中的CDHR2是MASLD发展的新型调控因子和潜在治疗靶点 | 首次通过整合多源数据(包括孟德尔随机化分析)识别并功能验证了CDHR2在MASLD中的因果作用 | 研究主要基于体外细胞模型,需要进一步的体内实验和临床验证 | 识别和验证与代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD)相关的蛋白质治疗靶点 | MASLD患者、肝细胞(原代肝细胞、HepG2和AML12细胞系) | 生物信息学与功能基因组学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病(MASLD) | 血浆蛋白质组学、孟德尔随机化分析、RNA-seq、免疫染色、基因沉默与过表达 | NA | 蛋白质组数据、基因表达数据、影像数据、临床数据 | UK Biobank中具有影像学cT1和血浆蛋白质组数据的MASLD参与者 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 1633 | 2026-04-14 |
Chronic psychological stress disrupts liver homeostasis by dysregulating oxidative phosphorylation via the PI3K/AKT/FoxO3a axis
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115389
PMID:41971987
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研究论文 | 本研究通过慢性束缚应激小鼠模型,揭示了慢性心理应激通过PI3K/AKT/FoxO3a轴抑制氧化磷酸化,从而破坏肝脏稳态的机制 | 首次在单细胞水平上识别FoxO3a作为关键转录因子,介导心理应激诱导的氧化磷酸化抑制,并发现FoxO3a驱动的表观遗传沉默作用 | 研究基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证;机制细节如FoxO3a具体靶基因有待深入探索 | 探究慢性心理应激导致慢性肝病的分子机制 | 慢性束缚应激小鼠模型中的肝细胞,特别是门静脉周围肝细胞(区域1) | 单细胞组学 | 慢性肝病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,生化分析,电子显微镜 | NA | 单细胞RNA测序数据,组织图像,生化指标 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1634 | 2026-04-14 |
SpaHE-Infil: A spatial heterogeneity framework for decoding TME infiltration from H&E-stained slides
2026-Apr-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.115155
PMID:41971992
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研究论文 | 开发了一个名为SpaHE-Infil的多模态计算框架,通过整合空间转录组学和全切片图像,从H&E染色切片中解码肿瘤微环境中的免疫细胞浸润 | 结合空间转录组学和全切片图像,利用随机森林模型提取形态、纹理和密度特征,动态校准临床样本中的免疫细胞比例偏差,实现高精度的空间细胞分布预测 | 未明确提及具体局限性,但可能依赖于图像质量和样本可用性 | 解码肿瘤微环境中免疫细胞的空间分布,以预测免疫治疗反应和患者生存 | 肿瘤微环境中的12种核心细胞类型,包括免疫细胞 | 数字病理学 | 多种癌症 | 空间转录组学,全切片图像分析 | 随机森林 | 图像,空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1635 | 2026-04-14 |
PEPITEM Regulates the Synovial Microenvironment During Immune-Mediated Inflammatory Arthritis to Limit Disease
2026-Apr-13, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.)
DOI:10.1002/art.70108
PMID:41968960
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研究论文 | 本文研究了PEPITEM在早期、未治疗类风湿关节炎和银屑病关节炎中的状态及其在临床前模型中的治疗效果 | 揭示了PEPITEM通过抑制COX-2和NF-κB信号通路,改变关节内白细胞亚群组成,从而减轻关节炎严重性 | 研究主要基于临床前动物模型,尚未在人类患者中进行大规模临床试验验证 | 探究PEPITEM在免疫介导的炎症性关节炎中的调控作用及治疗潜力 | 类风湿关节炎和银屑病关节炎患者的外周血单核细胞,以及三种不同的炎症性关节炎动物模型 | 数字病理学 | 类风湿关节炎 | 流式细胞术、Western blot、单细胞RNA测序、多重分析 | NA | 流式细胞数据、蛋白质印迹数据、单细胞RNA测序数据、组织学数据 | 临床疑似关节痛和疑似炎症性关节炎患者的外周血样本,以及三种动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1636 | 2026-04-14 |
CKAP4 Regulates ERS-Induced Apoptosis in Osteoclasts Through FOXO3 in Periodontitis
2026-Apr-13, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.70208
PMID:41969105
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研究论文 | 本研究揭示了CKAP4通过FOXO3调控内质网应激诱导的破骨细胞凋亡在牙周炎中的作用机制 | 首次发现CKAP4在牙周炎破骨细胞凋亡中的调控作用,并阐明其通过FOXO3介导的内质网应激通路 | 研究主要基于动物模型和测序数据分析,临床样本验证相对有限 | 探究牙周炎中破骨细胞凋亡失调的分子机制 | 破骨细胞(Osteoclasts) | 单细胞组学 | 牙周炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GEO数据库中的牙周炎患者组织样本数据及Ckap4基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1637 | 2026-04-14 |
Vorinostat Potentiates Chemoimmunotherapy in Immune-Enriched Pancreatic Cancer
2026-Apr-13, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202521844
PMID:41969226
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研究论文 | 本研究探讨了组蛋白去乙酰化酶抑制剂伏立诺他(SAHA)在免疫富集型胰腺癌中增强化疗免疫疗法效果的机制 | 通过整合体外药物筛选和计算机敏感性预测,首次识别出SAHA作为IE-PDAC中化疗免疫疗法的有效增敏剂,并揭示了其通过抑制FASN和PARP9破坏肿瘤微环境中代谢陷阱的新机制 | 研究主要基于临床前模型(如患者来源的异种移植模型和类器官共培养),尚未进行大规模临床试验验证 | 探究免疫富集型胰腺癌(IE-PDAC)的潜在机制并寻找有效疗法 | 胰腺导管腺癌(PDAC),特别是免疫富集型亚型 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),体外药物筛选,计算机敏感性预测,患者来源的异种移植模型 | NA | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1638 | 2026-04-14 |
Integrating Radiomics and Computational Pathology to Predict Early Recurrence of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma and Uncover Its Biological Basis in Tumor Microenvironment
2026-Apr-13, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202523985
PMID:41969272
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研究论文 | 本研究开发并验证了一个整合放射组学和计算病理学的模型,用于预测胰腺导管腺癌的早期复发,并揭示了其与肿瘤微环境中细胞外基质重塑相关的生物学机制 | 首次整合放射组学和计算病理学特征构建预测模型,并结合单细胞RNA测序和空间转录组学验证了预测结果与肿瘤微环境中成纤维细胞和胰腺星状细胞富集以及细胞外基质通路失调的关联 | 研究为回顾性设计,样本量有限(225例患者),且模型在外部验证中的性能略有下降 | 预测胰腺导管腺癌根治性切除后的早期复发,并阐明其生物学基础 | 胰腺导管腺癌患者 | 计算病理学 | 胰腺导管腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 机器学习模型(11种) | CT图像, 全切片图像 | 225例胰腺导管腺癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1639 | 2026-04-14 |
MELK is Required for G2/M Phase Progression in Cortical Progenitors: Insights from Rare ASD-Associated Variants
2026-Apr-13, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-026-01728-4
PMID:41973119
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研究论文 | 本研究探讨了母体胚胎亮氨酸拉链激酶(MELK)在胚胎皮层发育中的作用,特别是其与自闭症谱系障碍(ASD)相关罕见变异的功能关联 | 首次将ASD相关的罕见MELK功能丧失变异与皮层发育中G2/M期进程和神经元形态发生的调控机制联系起来 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,人类直接证据有限,且未全面评估其他神经发育条件 | 阐明MELK在胚胎皮层发育中的功能角色及其与神经发育障碍的机制联系 | 小鼠皮层祖细胞和ASD个体中发现的MELK罕见变异 | 神经发育生物学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞转录组学、子宫内电穿孔、流式细胞分选、转录组分析 | NA | 转录组数据、细胞表型数据 | 未明确指定样本数量,涉及小鼠皮层细胞和ASD个体变异 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1640 | 2026-04-14 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals cellular heterogeneity and immune microenvironment dynamics in colorectal cancer
2026-Apr-12, The International journal of biological markers
DOI:10.1177/03936155261441324
PMID:41968056
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了结直肠癌中的细胞异质性和免疫微环境动态,重点关注CD8+ CD101hiTim3+ T细胞及其前体细胞与免疫治疗反应的关联 | 识别并注释了结直肠癌中的多种T细胞亚型,构建了CCT T细胞及其前体细胞的伪时间轨迹,揭示了PD-1免疫治疗组中CCT T细胞前体与其他细胞间增强的相互作用,并开发了一个包含15个基因特征的预后模型 | 研究主要基于生物信息学分析,缺乏实验验证;样本来源和数量可能限制结果的普适性;对免疫治疗反应的预测仍需临床数据进一步确认 | 通过研究结直肠癌微环境中的CCT T细胞及其前体细胞,识别新的治疗靶点和潜在生物标志物,并探索它们与免疫治疗反应的关联 | 结直肠癌患者样本中的T细胞,特别是CD8+ CD101hiTim3+ T细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | 预后模型(基于基因特征) | 单细胞测序数据,转录组数据 | 未明确指定具体样本数量,但使用了单细胞测序数据和TCGA数据库 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |