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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1621 | 2025-12-10 |
Intratumoral Collinsella aerofaciens exhibits antitumor activity in endometrial carcinoma through activation of the p53 signaling pathway
2025-Dec-08, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07543-7
PMID:41361827
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研究论文 | 本研究通过分析子宫内膜癌(EC)的瘤内微生物组,发现柯林斯氏菌(C. aerofaciens)通过激活p53信号通路发挥抗肿瘤作用,并揭示了肠道微生物对瘤内微生物组成的调控作用 | 首次在子宫内膜癌中鉴定出柯林斯氏菌(C. aerofaciens)作为新型抑菌菌,并通过多组学技术揭示了其通过p53通路抑制肿瘤的机制,同时证明了肠道微生物对瘤内微生物的调控作用 | 研究样本量有限,机制研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在更大临床队列中验证,且具体分子机制仍需进一步阐明 | 表征子宫内膜癌的瘤内微生物组组成,阐明微生物的空间定位,并鉴定具有肿瘤抑制特性的细菌 | 子宫内膜癌患者的肿瘤组织、癌旁正常组织、EC细胞系及小鼠模型 | 微生物组学与肿瘤学 | 子宫内膜癌 | 5R 16S rRNA测序、荧光原位杂交(FISH)、空间转录组学(ST)、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、RNA测序、粪便微生物移植(FMT) | NA | 微生物组测序数据、空间转录组数据、单细胞转录组数据、RNA测序数据 | 子宫内膜癌患者的肿瘤和癌旁组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 16S rRNA测序、空间转录组学、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1622 | 2025-12-10 |
Targeting the ApoB100-ENO1 Interaction with Engineered Peptides Attenuates Atherosclerotic Inflammation and Plaque Progression
2025-Dec-06, Translational research : the journal of laboratory and clinical medicine
IF:6.4Q1
DOI:10.1016/j.trsl.2025.12.003
PMID:41360283
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研究论文 | 本研究开发了一种新型肽PP3m,通过靶向ApoB100-ENO1相互作用来减轻动脉粥样硬化炎症和斑块进展 | 首次提出并验证了靶向ApoB100-ENO1相互作用作为减轻动脉粥样硬化炎症的新策略,开发了稳定肽PP3m | 研究主要在体外和小鼠模型中进行,尚未在人体临床试验中验证 | 探索通过抑制ApoB100-ENO1相互作用来减轻动脉粥样硬化炎症和斑块进展的新治疗方法 | 动脉粥样硬化斑块、巨噬细胞、Ldlr-/-小鼠模型 | 心血管疾病研究 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、细胞实验数据、动物实验数据 | 人类动脉粥样硬化斑块单细胞RNA测序数据、Ldlr-/-小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1623 | 2025-12-10 |
Hematopoietic EphA4 deficiency alters microglial heterogeneity and improves chronic spatial memory after brain injury
2025-Dec-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30648-4
PMID:41350381
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研究论文 | 本研究通过构建造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠模型,探究了外周免疫来源的EphA4信号在脑损伤后对小胶质细胞异质性及长期功能恢复的调控作用 | 首次揭示了造血细胞来源的EphA4信号通过调节小胶质细胞形态、增殖与凋亡,影响其异质性,进而调控脑损伤后的长期神经免疫重塑与空间记忆功能恢复 | 研究主要基于小鼠模型,其结论在人类中的适用性仍需进一步验证;单细胞测序仅针对90天后的海马组织,未能全面反映动态变化过程 | 探究外周免疫来源的EphA4信号在创伤性脑损伤后对小胶质细胞动态及功能恢复的影响机制 | 造血细胞特异性EphA4敲除的骨髓嵌合小鼠 | 神经免疫学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序,骨髓嵌合小鼠模型,控制性皮质撞击损伤模型 | 动物模型(小鼠) | 单细胞转录组数据,行为学数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量,但涉及多时间点(3、60、90天)的骨髓嵌合小鼠实验组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1624 | 2025-12-10 |
CXCL12 deficiency promotes colorectal cancer progression and reduces anti-PD-L1 immunotherapy efficacy through MDSC regulation
2025-Dec-05, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-07309-1
PMID:41351014
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研究论文 | 本研究探讨了CXCL12缺乏如何通过调控髓源性抑制细胞(MDSC)促进结直肠癌进展并降低抗PD-L1免疫疗法的疗效 | 首次将CXCL12缺乏与MDSC调控及抗PD-L1耐药性联系起来,并识别了CPEB3、DDX39B和SIDT2作为结直肠癌的新型生物标志物 | 研究机制仍需进一步深入探索,且临床转化策略有待优化 | 阐明CXCL12缺乏在结直肠癌进展及抗PD-L1免疫疗法耐药性中的作用机制 | 结直肠癌细胞、动物模型以及单细胞转录组数据 | 生物信息学与肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序、体外细胞实验、体内动物实验 | 机器学习方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1625 | 2025-12-10 |
KRAS Withdrawal in Cholangiocarcinoma Leads to Immune Infiltration and Tumor Regression
2025-Dec-03, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202511312
PMID:41332325
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研究论文 | 本文通过构建条件性TRE.Kras/Trp53敲除小鼠模型,研究了KRAS抑制在胆管癌中的作用,发现KRAS撤除导致肿瘤显著消退并伴随免疫细胞浸润 | 首次利用条件性动物模型证明KRAS抑制能诱导胆管癌肿瘤消退,并揭示其通过激活CD8 T细胞和促炎因子如IL-15和CCL17介导的免疫机制 | 研究基于小鼠模型,结果在人类胆管癌中的直接适用性尚需进一步验证,且未详细探讨长期治疗效应或耐药性 | 探究KRAS抑制在胆管癌治疗中的潜力及其免疫调节机制 | 胆管癌小鼠模型和细胞系 | 癌症研究 | 胆管癌 | CRISPR-Cas9、单细胞RNA-Seq、bulk RNA-Seq、细胞因子阵列、免疫组织化学、共免疫荧光染色 | 条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、免疫染色图像 | 未明确指定样本数量,但涉及小鼠模型和细胞系实验 | NA | 单细胞RNA-Seq, bulk RNA-Seq | NA | NA |
| 1626 | 2025-12-10 |
Spatial transcriptomics analysis uncovers ER stress in MANF-deficient Purkinje cells underlying alcohol-induced cerebellar neurodegeneration in mice
2025-Dec-03, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-025-02162-1
PMID:41339935
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学分析,揭示了MANF缺陷的浦肯野细胞在酒精诱导的小鼠小脑神经退行性变中ER应激的作用 | 首次结合PC特异性MANF敲除小鼠模型、空间转录组学和高通量原位分析,揭示了MANF在酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的性别特异性保护作用 | 研究主要基于小鼠模型,结果在人类中的直接适用性尚需验证;性别差异的机制未完全阐明 | 探究MANF在保护浦肯野细胞免受酒精诱导的ER应激和神经退行性变中的作用 | PC特异性MANF敲除小鼠模型,成年动物 | 空间转录组学 | 酒精使用障碍 | 空间转录组学,高通量原位分析,Xenium原位分析 | PC特异性MANF敲除小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,分子和细胞数据 | 未明确指定样本数量,但涉及成年小鼠动物模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1627 | 2025-12-10 |
Single cell and spatial transcriptomic profiling of the type 2 diabetic coronary microcirculation and myocardium
2025-Dec, Basic research in cardiology
IF:7.5Q1
DOI:10.1007/s00395-025-01144-7
PMID:41203872
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术,探究了2型糖尿病小鼠冠状动脉微循环和心肌的转录组差异,揭示了与脂肪生成、脂肪酸代谢和氧化磷酸化相关的基因上调 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,全面解析2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组特征,并识别出关键调控基因如Angplt4、Ephx2、Hmgcs2、Acot2、Pdk4和Ech1 | 研究仅基于小鼠模型,未涉及人类样本,且样本规模有限,可能无法完全反映人类疾病的复杂性 | 探究2型糖尿病中冠状动脉微血管疾病的转录组差异,识别新的治疗靶点通路 | 2型糖尿病小鼠的冠状动脉微循环和周围心肌组织 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1628 | 2025-12-10 |
distQTL: distribution quantitative trait loci identification by population-scale single-cell data
2025-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaf155
PMID:41323105
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研究论文 | 本文提出了一种名为distQTL的新方法,利用Fréchet回归和群体规模单细胞RNA测序数据来识别分布定量性状位点 | 该方法首次将Fréchet回归应用于单细胞eQTL分析,使用完整的经验分布作为响应对象,而非简单的汇总统计量如均值,从而能更精细地解析转录调控异质性 | NA | 研究遗传变异如何影响基因表达,特别是通过识别分布定量性状位点来揭示细胞类型特异性调控 | 来自982名供者的外周血单个核细胞的单细胞RNA测序数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序 | Fréchet回归 | 单细胞RNA测序数据 | 982名供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1629 | 2025-12-10 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1013692
PMID:41325434
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研究论文 | 本文介绍了lr-kallisto,一种用于长读长测序数据的转录本定量方法,旨在解决转录异构体准确量化的问题 | 开发了lr-kallisto,将kallisto方法适配于长读长技术,并证明外显子捕获能提高定量准确性 | 未明确提及具体样本量或实验验证范围,可能受限于长读长数据特性和遗传变异复杂性 | 实现长读长测序数据中转录异构体的快速准确定量 | RNA转录本,特别是全长转录异构体 | 自然语言处理 | NA | ONT长读长测序,外显子捕获 | kallisto适配模型 | 长读长RNA测序数据 | NA | Oxford Nanopore Technologies | 长读长RNA测序 | ONT平台 | Oxford Nanopore长读长测序技术,结合外显子捕获 |
| 1630 | 2025-12-10 |
A mannitol-based buffer improves single-cell RNA sequencing of high-salt marine cells
2025-Dec-01, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-12370-7
PMID:41326993
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研究论文 | 本文介绍了一种基于甘露醇的缓冲液(PBS-M),用于改善高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序质量 | 提出了一种低盐度磷酸盐缓冲液补充D-甘露醇(PBS-M)的新方法,有效减少细胞死亡和环境mRNA,从而在高盐度海洋生物中实现更高质量的单细胞RNA测序 | NA | 提高高盐度海洋生物细胞的单细胞RNA测序数据质量和细胞代表性 | 海鞘(Ciona robusta)的血细胞,并在第二种海鞘物种中进行了验证 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1631 | 2025-12-10 |
Deep Learning-Based Quality Control Using Subcellular RNA Spatial Distribution Patterns for Cell Segmentation in Spatial Transcriptomics Data
2025-Nov-27, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202500885
PMID:41311019
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研究论文 | 本文提出了一种基于深度学习的质量控制方法,利用亚细胞RNA空间分布模式来评估和改进空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 首次利用亚细胞RNA空间分布模式通过深度神经网络进行细胞分割的质量控制,并能识别部分分割或合并的细胞,结合Transformer方法提升分割性能 | 方法主要针对基于测序的空间转录组学数据,在真实数据中的泛化能力可能需要进一步验证 | 提高空间转录组学数据中细胞分割的准确性和质量 | 空间转录组学数据中的细胞分割结果 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学测序 | 深度神经网络, Transformer | 空间转录组学数据 | 合成数据和真实Stereo-seq数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1632 | 2025-11-16 |
Spatial Transcriptomics and Proteomics of Mycosis Fungoides Biopsies from Skin of Color Patients Reveal Biomarkers and Potential Treatment Targets
2025-Nov-17, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.10.608
PMID:41237899
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1633 | 2025-12-10 |
Four Decades of Inquiry Into the Genetic Bases of Specific Reading Disability
2025-Nov-11, Journal of speech, language, and hearing research : JSLHR
DOI:10.1044/2025_JSLHR-25-00050
PMID:41091061
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研究论文 | 本研究通过系统梳理过去四十年与特定阅读障碍相关的候选基因,并分析其进化保守性、发育表达模式和功能网络,以探究阅读障碍的遗传基础 | 挑战了存在阅读特异性基因的观念,提出特定阅读障碍反映了在人类特有大脑结构中运作的古老进化神经机制被破坏,并识别了发育表达转换和功能网络 | 研究基于文献综述和生物信息学分析,缺乏直接的实验验证,且候选基因列表可能不完全 | 探究特定阅读障碍的遗传基础,填补对阅读能力遗传结构理解的知识空白 | 175个与特定阅读障碍及阅读相关过程相关的候选基因 | 自然语言处理 | 特定阅读障碍 | 文献综述、生物信息学分析、发育转录组分析、单细胞转录组分析、功能通路分析 | NA | 基因序列数据、转录组数据、单细胞转录组数据 | NA | Allen Institute for Brain Science | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | Allen Brain Atlas | Allen Brain Atlas 发育和单细胞转录组数据集 |
| 1634 | 2025-12-10 |
GPC3-based circular RNA vaccine suppresses hepatocellular carcinoma progression by activating adaptive immune responses
2025-Nov-07, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001605
PMID:41201153
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研究论文 | 本研究开发了一种基于环状RNA(circRNA)的靶向GPC3的肝癌疫苗,并通过结合TLR4激动剂佐剂,在小鼠模型中验证了其抑制肿瘤进展、激活适应性免疫应答的疗效和机制 | 首次开发了靶向GPC3的circRNA癌症疫苗,克服了传统mRNA疫苗的不稳定性和递送效率问题,并通过结合TLR4佐剂增强了抗肿瘤免疫应答 | 研究主要基于小鼠模型,其疗效和安全性在人体中尚未验证;机制研究虽深入,但临床转化路径仍需探索 | 开发一种更稳定、高效的circRNA癌症疫苗,用于治疗肝细胞癌(HCC) | 肝细胞癌(HCC)及其肿瘤微环境(TME) | 免疫治疗,癌症疫苗 | 肝细胞癌 | 环状RNA疫苗设计,TLR4激动剂佐剂,多重免疫荧光,单细胞测序,空间转录组学,质谱流式细胞术 | NA | 测序数据,成像数据,流式细胞数据 | 小鼠模型(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 1635 | 2025-12-10 |
Heterogeneous generation and expansion of epidermal-resident memory T cells in individuals allergic to nickel
2025-Nov-06, The British journal of dermatology
DOI:10.1093/bjd/ljaf427
PMID:41206452
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研究论文 | 本研究探讨了镍过敏个体在反复暴露于镍后,表皮驻留记忆T细胞的异质性生成和扩增机制 | 首次通过重复斑贴试验结合单细胞RNA测序,揭示了镍过敏个体表皮中CD4+和CD8+ TRM细胞的克隆扩增、分化异质性及耗竭样群体的存在 | 无法将特定T细胞亚型与临床反应严重程度相关联,样本量较小(仅12名参与者) | 研究反复镍暴露如何影响镍过敏个体的临床反应及表皮TRM细胞的积累和分化 | 镍过敏个体的表皮T细胞 | 免疫学 | 过敏性接触性皮炎 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 12名镍过敏参与者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1636 | 2025-12-10 |
Atomistic TCR-ligand interactions instruct memory T-cell differentiation
2025-Nov-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.05.686789
PMID:41279151
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序、TCR-pMHC相互作用的生物物理测量和结构分析,揭示了T细胞受体(TCR)与配体之间的原子水平相互作用如何指导记忆T细胞的分化命运 | 首次在分子水平上系统地将TCR的机械转导特性(如力依赖性结合)与记忆T细胞亚群(TCM与TEM)的分化联系起来,并提出了“双极性”克隆型的概念 | 研究基于小鼠模型和单一的流感病毒表位(NP),其在人类其他病原体或癌症抗原中的普适性仍需验证 | 阐明初始CD8 T细胞在抗原刺激后分化为不同记忆T细胞亚群(中央记忆TCM与效应记忆TEM)的分子机制 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型,这些克隆特异性识别由H-2D呈递的流感A病毒(IAV)免疫显性表位NP | 免疫学 | 传染病(流感病毒感染) | 单细胞转录组测序、TCR测序、生物物理测量(力依赖性相互作用)、结构分析 | NA | 转录组数据、序列数据、生物物理测量数据、结构数据 | 242个小鼠CD8 TCRαβ克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1637 | 2025-12-10 |
scFPC-DE: Robust Differential Expression Analysis Along Single Cell Trajectories via Functional Principal Component Analysis
2025-Nov-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.686374
PMID:41279951
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研究论文 | 本文提出了一种基于功能数据分析的单细胞轨迹差异表达分析方法scFPC-DE,用于识别沿伪时间轨迹的时间差异表达基因 | 通过功能主成分分析建模基因表达作为伪时间函数,有效捕捉共享的基因表达变异和伪时间结构,同时缓解零膨胀问题 | 未明确说明方法在复杂轨迹或多分支轨迹中的适用性,以及计算效率方面的潜在限制 | 开发一种稳健的单细胞轨迹差异表达分析方法,以更准确地识别时间差异表达基因 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达沿伪时间轨迹的变化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 功能主成分分析 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1638 | 2025-12-10 |
Atacformer: A transformer-based foundation model for analysis and interpretation of ATAC-seq data
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.685753
PMID:41279458
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研究论文 | 本文介绍了Atacformer,一种基于Transformer的基础模型,用于分析和解释ATAC-seq数据 | Atacformer是首个为scATAC-seq数据设计的基于Transformer的基础模型,能够生成单个顺式调控元件的嵌入表示,并支持跨模态对齐和RNA数据推算 | 模型在scATAC-seq数据上的迁移学习潜力尚未充分探索,且现有工具在处理大规模复杂数据集时存在限制 | 开发一个基础模型以解决scATAC-seq数据统一分析和下游任务(如聚类、细胞类型注释和参考映射)的挑战 | scATAC-seq实验数据,包括公共存储库中的近10,000个实验 | 机器学习 | NA | ATAC-seq, scATAC-seq, RNA-seq | Transformer | 基因组数据(原始片段文件、BED文件) | 近10,000个scATAC-seq实验 | NA | single-cell ATAC-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1639 | 2025-12-10 |
CeDNe: A multi-scale computational framework for modeling structure-function relationships in the C. elegans nervous system
2025-Nov-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.11.03.683805
PMID:41279576
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为CeDNe的开源计算框架,用于整合秀丽隐杆线虫神经系统的多尺度数据并建模其结构-功能关系 | 开发了首个统一的开源计算框架,能够将解剖学、分子和成像数据集整合到基于图的表示中,并在单一计算环境中实现跨组学层的多模态数据分析 | 框架目前主要针对秀丽隐杆线虫开发,在其他生物神经网络中的通用性需要进一步验证 | 建立神经回路结构与功能之间的联系,实现多尺度神经回路分析 | 秀丽隐杆线虫的神经系统 | 计算神经科学 | NA | 计算建模、网络分析、神经动力学模拟 | 图神经网络、动力学网络模型 | 连接组数据、单细胞转录组数据、神经肽-受体分布数据、全脑神经活动成像数据、行为数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1640 | 2025-12-10 |
The evolving nosology of myeloid neoplasms: the semi-centennial of the 1976 French-American-British classification
2025-Nov, Leukemia
IF:12.8Q1
DOI:10.1038/s41375-025-02746-9
PMID:40858808
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综述 | 本文回顾了髓系肿瘤分类系统自1976年FAB分类以来的50年演变历程,重点探讨了二代测序技术对分类的影响以及未来单细胞测序和多组学技术的整合前景 | 从历史视角系统分析髓系肿瘤分类学的演变,并首次提出基于克隆造血不确定潜能(CHIP)的细胞水平达尔文主义概念框架 | 作为历史回顾性分析,缺乏原始实验数据支持;未涉及具体临床验证研究 | 追溯髓系肿瘤分类系统的发展历史,探讨新技术对疾病定义和治疗策略的影响 | 髓系肿瘤分类系统(特别是FAB分类及其后续演进) | 血液病理学 | 髓系肿瘤 | 二代测序技术,单细胞测序,多组学技术 | NA | 文献与分类标准文本 | NA | NA | NA | NA | NA |