单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16361	2024-08-05	NG-SEM: an effective non-Gaussian structural equation modeling framework for gene regulatory network inference from single-cell RNA-seq data 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad369 PMID:37864293	研究论文	提出了一种新的非高斯结构方程模型框架NG-SEM，用于从单细胞RNA测序数据中推断基因调控网络。	引入了一种灵活的噪声建模策略，以高斯混合模型近似生物系统的复杂随机特性，改进了传统结构方程模型。	未提及具体限制因素	提高单细胞RNA-seq数据中基因调控网络推断方法的准确性。	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络。	生物信息学	NA	RNA-seq	非高斯结构方程模型	生物数据集	合成数据和真实生物数据集的多种控制实验
16362	2024-08-05	Screening single-cell trajectories via continuity assessments for cell transition potential 2023-09-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad356 PMID:37864296	研究论文	本文提出了一种评估细胞转变潜力的连续性的方法，用于单细胞轨迹分析	创新地生成了一种简单的评分算法来评估轨迹的连续性	当前缺乏评估指标，使得确定轨迹何时偏离连续性变得困难	研究单细胞轨迹的连续性评估，以提高推断准确性	对肠道干细胞发育和CD8+ T细胞分化的真实案例进行了研究	数字病理学	牛皮癣关节炎和急性肾损伤	单细胞测序	NA	单细胞数据	在模拟和真实的单细胞数据中分析了断裂情况
16363	2024-08-07	[Identification of Peripheral Blood GZMK + CD8 + T Cells As Biomarkers of Alzheimer's Disease Based on Single-Cell Transcriptome] 2023-Sep, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20230960107 PMID:37866940	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序技术，探索阿尔茨海默病（AD）患者外周血中的免疫特征，并识别GZMK+ CD8+ T细胞作为潜在的生物标志物	首次发现AD患者外周血中GZMK+ CD8+ T细胞含量增加，并与其异常信号传导及RESISTIN信号通路的增强相关	研究仅基于单一数据集GSE168522，可能存在样本偏倚；未涉及临床验证	识别阿尔茨海默病的潜在血液生物标志物	阿尔茨海默病患者的外周血免疫细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用来自Gene Expression Omnibus数据库的GSE168522数据集
16364	2024-08-05	Dipeptidyl peptidase 4 inhibition sensitizes radiotherapy by promoting T cell infiltration 2023, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2023.2268257 PMID:37849962	研究论文	本研究探讨了二肽基肽酶4抑制对放疗中T细胞浸润的促进作用	发现DPP4抑制可以增强放疗的抗肿瘤效果，通过促进化学趋化因子表达及T细胞浸润来实现	未明确提到样本数量及研究局限性	研究如何通过DPP4抑制增强放疗的疗效和T细胞的浸润	肺腺癌和黑色素瘤患者接受放疗后的T细胞浸润情况	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	NA	NA
16365	2024-08-05	Expression of CKS2 in Hepatocellular Carcinoma: Correlation with Survival Outcomes and Immune Microenvironment 2023, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S427624 PMID:37841370	研究论文	本研究探讨了CKS2在肝细胞癌中的表达及其与生存结果和免疫微环境的关系	通过多组学分析揭示了CKS2在肝细胞癌进展中的作用，并提出其作为免疫治疗靶点的潜力	本研究主要依赖数据库分析，可能缺乏样本的多样性和临床验证	明确CKS2在肝细胞癌中的作用及其与免疫微环境的关系	肝细胞癌患者的CKS2表达及其与免疫细胞浸润等相关性的研究	数字病理	肝癌	qRT-PCR和Western blot	NA	转录数据	使用多种数据库进行分析，具体样本数量未说明
16366	2024-08-05	Beneficial effects of ginkgetin on improving nonalcoholic steatohepatitis characterized by bulk and single-cell RNA sequencing analysis 2023, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2023.1267445 PMID:37860111	研究论文	本研究评估了金固素对非酒精性脂肪性肝炎的影响及其相关机制	首次通过大规模和单细胞RNA测序分析揭示了金固素对NASH的影响和相关信号通路	该研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表人类的NASH情况	探究金固素对非酒精性脂肪性肝炎的改善作用及其机制	使用高脂饮食构建的NASH小鼠模型	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	构建高脂饮食小鼠模型，样本数量未具体描述
16367	2024-08-05	Transcriptional signature of islet neogenesis-associated protein peptide-treated rat pancreatic islets reveals induction of novel long non-coding RNAs 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1226615 PMID:37842306	研究论文	研究揭示了INGAP-PP对大鼠胰岛施加的全球转录效应，特别是生成新的长非编码RNA	首次识别了由INGAP-PP诱导的9种新的长非编码RNA，这些RNA在成熟的β细胞中富集	研究主要基于大鼠模型，可能无法完全适用于人类	探讨INGAP-PP在大鼠胰岛中的转录机制，以理解其对β细胞功能的影响	成年大鼠胰岛，通过RNA-seq分析INGAP-PP处理的样本	数字病理学	糖尿病	RNA-seq	NA	RNA	大鼠胰岛样本的三重处理和对照组
16368	2024-08-07	Integration of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq uncover perturbed immune cell types and pathways of Kawasaki disease 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1259353 PMID:37841239	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（bulk RNA-Seq）数据，揭示了川崎病（KD）中免疫细胞类型和信号通路的扰动	本研究首次整合scRNA-Seq和bulk RNA-Seq数据，全面展示了KD中分子和细胞的改变，并指出了潜在的治疗靶点	需要进一步的验证和功能研究来阐明所识别的免疫细胞类型和通路在KD发病机制中的作用，并开发针对性的干预措施	旨在全面理解川崎病中的免疫失调	川崎病患者的免疫细胞类型和信号通路	数字病理学	川崎病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和批量RNA测序（bulk RNA-Seq）	NA	RNA序列数据	82名川崎病患者
16369	2024-08-07	Deciphering Treg cell roles in esophageal squamous cell carcinoma: a comprehensive prognostic and immunotherapeutic analysis 2023, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2023.1277530 PMID:37842637	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，探讨了调节性T细胞（Treg细胞）在食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤微环境中的作用，并构建了一个与Treg细胞相关的特征（TAS），用于预测患者预后和免疫治疗反应。	本研究首次构建了一个与Treg细胞相关的特征（TAS），并通过多维评估验证了其预测食管鳞状细胞癌患者预后和免疫治疗反应的准确性和适用性。	NA	揭示Treg细胞在食管鳞状细胞癌中的作用，开发有效的预后模型和免疫治疗策略。	食管鳞状细胞癌（ESCC）中的Treg细胞及其在肿瘤微环境中的作用。	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序	NA	RNA	临床样本包括十对肿瘤和邻近组织
16370	2024-08-07	[The Advance of the HSCT Evaluation at Single-Cell Scale --Review] 2023 Auguest, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi DOI:10.19746/j.cnki.issn.1009-2137.2023.05.054 PMID:37846722	综述	本文综述了单细胞尺度下造血干细胞移植（HSCT）评估的最新进展	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术评估HSCT后的造血动力学	NA	探讨单细胞尺度下HSCT评估的进展及其在改善HSCT方案和临床结果中的应用	造血干细胞移植的细胞组成及移植后造血干细胞的归巢、植入和分化等重要事件	NA	恶性血液病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	NA
16371	2024-08-07	On the use of QDE-SVM for gene feature selection and cell type classification from scRNA-seq data 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0292961 PMID:37856458	研究论文	本文研究了使用量子启发式差分进化（QDE）结合支持向量机（SVM）进行基因特征选择和细胞类型分类的方法	本文首次将基于分类的包装方法应用于scRNA-seq数据中的基因特征选择，特别是引入了QDE-SVM方法，显示出优于其他包装方法的细胞类型分类性能	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	scRNA-seq数据中的基因特征选择和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	支持向量机（SVM）	基因表达数据	十二个已知的scRNA-seq转录组数据集
16372	2024-08-07	Coordination of Single-cell and Bulk RNA Sequencing to Construct a Cuproptosis-related Gene Prognostic Index for Endometrial Cancer Prognosis, Immune Microenvironment Infiltration, and Immunotherapy Treatment Options 2023, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.86325 PMID:37859813	研究论文	本研究旨在识别子宫内膜癌的分子亚型，并开发与铜死亡相关的基因预后指数（CRGPI），同时描述免疫特征及免疫检查点抑制剂（ICI）疗法在CRGPI定义的子宫内膜癌亚组中的疗效	本研究首次构建了基于铜死亡相关基因的预后指数（CRGPI），并验证了其在预测子宫内膜癌免疫治疗效果中的应用	NA	识别子宫内膜癌的分子亚型，开发铜死亡相关基因预后指数，并评估其在免疫治疗中的应用	子宫内膜癌及其免疫微环境	数字病理学	子宫内膜癌	RNA测序	Cox回归方法	RNA测序数据	TCGA数据集（n=492），IMvigor210数据集（n=348），GSE78220数据集
16373	2024-08-07	Formin protein FMNL1 is a biomarker for tumor-infiltrating immune cells and associated with well immunotherapeutic response 2023, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.86965 PMID:37859818	研究论文	本研究通过分析公共数据、单细胞RNA测序和多重定量免疫荧光技术，验证了Formin蛋白FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并与良好的免疫治疗反应相关	首次深入验证了FMNL1在肿瘤微环境中的免疫相关性和细胞亚群表达模式，并证实其作为免疫治疗反应的预测标志物	需要进一步的研究来验证FMNL1在更多癌症类型中的作用，并探索其在肿瘤微环境中更深层次的功能	验证FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并探索其在免疫治疗反应中的作用	Formin蛋白FMNL1在肿瘤微环境中的表达模式及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序, 单细胞RNA测序, 多重定量免疫荧光	NA	mRNA	涉及多种癌症类型
16374	2024-08-07	Effect of methanol fixation on single-cell RNA sequencing of the murine dentate gyrus 2023, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2023.1223798 PMID:37860083	研究论文	本研究评估了甲醇固定对小鼠齿状回单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析的影响	首次深入评估甲醇固定对成年原代分离脑组织的影响，并展示了其在单细胞RNA测序中的适用性	NA	评估甲醇固定作为样本保存方法对单细胞RNA测序的影响	小鼠齿状回的单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CEL-seq2协议的机器人辅助版本（SORT-seq）	RNA	数千个细胞
16375	2024-08-07	Worst-Case Discriminative Feature Learning via Max-Min Ratio Analysis 2024-Jan, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2023.3323453 PMID:37815977	research paper	本文提出了一种通过最大最小比率分析（MMRA）进行判别特征学习的新方法，专门解决长期存在的“最坏情况类别分离”问题	提出了一种新的判别特征学习标准，即最大最小比率分析（MMRA），专注于最大化类间散布与类内散布的最小比率值，以极端扩大重叠类别对的可分性	解决非平滑非凸的最大最小比率问题具有挑战性	开发新的判别特征学习模型，用于降维和度量学习，并解决相关的优化问题	判别特征学习方法及其在模式分类和图像检索中的应用	machine learning	NA	NA	NA	NA	涉及多个人工数据集和真实世界的ScRNA-seq数据集
16376	2024-08-07	Genome-Scale Analysis of the Structure and Function of RNA Pathways and Networks in Pseudomonas aeruginosa 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3473-8_13 PMID:37819523	研究论文	本文通过RNA测序（RNA-seq）方法，全面分析了Pseudomonas aeruginosa中RNA途径和网络的结构与功能	本文介绍了基于RNA-seq的不同类型方法，这些方法有助于未来更好地理解P. aeruginosa中RNA生物学的动态	目前仅考虑了少数周围条件，研究仍处于初级阶段	旨在通过RNA-seq方法深入理解Pseudomonas aeruginosa中RNA生物学的动态	Pseudomonas aeruginosa中的RNA途径和网络	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
16377	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-Dec, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析识别了小鼠唾液腺中腺泡细胞的独特分子标记物。	揭示了唾液腺腺泡细胞多样性的特定标记物，以往研究未能发现。	本研究主要集中在四周龄小鼠，结果可能不适用于其他年龄段。	识别小鼠唾液腺腺泡细胞的分子标记物。	小鼠的下颌腺和舌下腺中的腺泡细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	4周龄小鼠
16378	2024-08-05	STAMarker: determining spatial domain-specific variable genes with saliency maps in deep learning 2023-11-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad801 PMID:37811885	研究论文	STAMarker是一个用于确定空间领域特异性可变基因的分析工具	提出了一种三阶段集成框架，通过关注图自编码器、全连接分类器和反向传播梯度计算显著性图来识别空间可变基因	现有方法仅关注单个基因，没有建模基因之间的相互依赖性	通过空间转录组学分析空间可变基因以了解细胞系统	不同平台生成的各种空间转录组数据中的空间领域特异性可变基因	数字病理学	NA	深度学习	图注意力自编码器，MLP分类器	空间转录组数据	多种平台生成的多个空间转录组数据
16379	2024-08-05	Phenotype predictions of two-person mixture using single cell analysis 2023-11, Forensic science international. Genetics DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102938 PMID:37832204	研究论文	本研究探讨了利用单细胞分析进行两人DNA混合物的表型预测	提出了使用单细胞测序作为可靠的表型预测工具，特别是在DNA混合物中	在日常工作中的实施仍然面临障碍，尚需进一步方法开发	开发一种可靠的技术，以从DNA混合物中进行表型预测	分析两种不同外貌的贡献者在DNA混合物中的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	两个模拟混合物，包含各两名贡献者
16380	2024-08-07	Early Progression of Abdominal Aortic Aneurysm is Decelerated by Improved Endothelial Barrier Function via ALDH2-LIN28B-ELK3 Signaling 2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302231 PMID:37822152	研究论文	本研究探讨了腹主动脉瘤（AAA）中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用，发现ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路改善内皮屏障功能，从而减缓AAA的早期进展	首次揭示了ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路调控内皮屏障功能，对早期AAA的进展有抑制作用	NA	研究腹主动脉瘤中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用	腹主动脉瘤（AAA）的内皮细胞及其相关基因和信号通路	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类主动脉夹层组织样本及AAA样本