单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16301	2024-08-07	On the use of QDE-SVM for gene feature selection and cell type classification from scRNA-seq data 2023, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0292961 PMID:37856458	研究论文	本文研究了使用量子启发式差分进化（QDE）结合支持向量机（SVM）进行基因特征选择和细胞类型分类的方法	本文首次将基于分类的包装方法应用于scRNA-seq数据中的基因特征选择，特别是引入了QDE-SVM方法，显示出优于其他包装方法的细胞类型分类性能	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	scRNA-seq数据中的基因特征选择和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	支持向量机（SVM）	基因表达数据	十二个已知的scRNA-seq转录组数据集
16302	2024-08-07	Coordination of Single-cell and Bulk RNA Sequencing to Construct a Cuproptosis-related Gene Prognostic Index for Endometrial Cancer Prognosis, Immune Microenvironment Infiltration, and Immunotherapy Treatment Options 2023, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.86325 PMID:37859813	研究论文	本研究旨在识别子宫内膜癌的分子亚型，并开发与铜死亡相关的基因预后指数（CRGPI），同时描述免疫特征及免疫检查点抑制剂（ICI）疗法在CRGPI定义的子宫内膜癌亚组中的疗效	本研究首次构建了基于铜死亡相关基因的预后指数（CRGPI），并验证了其在预测子宫内膜癌免疫治疗效果中的应用	NA	识别子宫内膜癌的分子亚型，开发铜死亡相关基因预后指数，并评估其在免疫治疗中的应用	子宫内膜癌及其免疫微环境	数字病理学	子宫内膜癌	RNA测序	Cox回归方法	RNA测序数据	TCGA数据集（n=492），IMvigor210数据集（n=348），GSE78220数据集
16303	2024-08-07	Formin protein FMNL1 is a biomarker for tumor-infiltrating immune cells and associated with well immunotherapeutic response 2023, Journal of Cancer IF:3.3Q2 DOI:10.7150/jca.86965 PMID:37859818	研究论文	本研究通过分析公共数据、单细胞RNA测序和多重定量免疫荧光技术，验证了Formin蛋白FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并与良好的免疫治疗反应相关	首次深入验证了FMNL1在肿瘤微环境中的免疫相关性和细胞亚群表达模式，并证实其作为免疫治疗反应的预测标志物	需要进一步的研究来验证FMNL1在更多癌症类型中的作用，并探索其在肿瘤微环境中更深层次的功能	验证FMNL1作为肿瘤浸润免疫细胞的生物标志物，并探索其在免疫治疗反应中的作用	Formin蛋白FMNL1在肿瘤微环境中的表达模式及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	肝细胞癌	RNA测序, 单细胞RNA测序, 多重定量免疫荧光	NA	mRNA	涉及多种癌症类型
16304	2024-08-07	Effect of methanol fixation on single-cell RNA sequencing of the murine dentate gyrus 2023, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2023.1223798 PMID:37860083	研究论文	本研究评估了甲醇固定对小鼠齿状回单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析的影响	首次深入评估甲醇固定对成年原代分离脑组织的影响，并展示了其在单细胞RNA测序中的适用性	NA	评估甲醇固定作为样本保存方法对单细胞RNA测序的影响	小鼠齿状回的单细胞悬液及其后续单细胞RNA测序分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	CEL-seq2协议的机器人辅助版本（SORT-seq）	RNA	数千个细胞
16305	2024-08-07	Worst-Case Discriminative Feature Learning via Max-Min Ratio Analysis 2024-Jan, IEEE transactions on pattern analysis and machine intelligence IF:20.8Q1 DOI:10.1109/TPAMI.2023.3323453 PMID:37815977	research paper	本文提出了一种通过最大最小比率分析（MMRA）进行判别特征学习的新方法，专门解决长期存在的“最坏情况类别分离”问题	提出了一种新的判别特征学习标准，即最大最小比率分析（MMRA），专注于最大化类间散布与类内散布的最小比率值，以极端扩大重叠类别对的可分性	解决非平滑非凸的最大最小比率问题具有挑战性	开发新的判别特征学习模型，用于降维和度量学习，并解决相关的优化问题	判别特征学习方法及其在模式分类和图像检索中的应用	machine learning	NA	NA	NA	NA	涉及多个人工数据集和真实世界的ScRNA-seq数据集
16306	2024-08-07	Genome-Scale Analysis of the Structure and Function of RNA Pathways and Networks in Pseudomonas aeruginosa 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3473-8_13 PMID:37819523	研究论文	本文通过RNA测序（RNA-seq）方法，全面分析了Pseudomonas aeruginosa中RNA途径和网络的结构与功能	本文介绍了基于RNA-seq的不同类型方法，这些方法有助于未来更好地理解P. aeruginosa中RNA生物学的动态	目前仅考虑了少数周围条件，研究仍处于初级阶段	旨在通过RNA-seq方法深入理解Pseudomonas aeruginosa中RNA生物学的动态	Pseudomonas aeruginosa中的RNA途径和网络	NA	NA	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA
16307	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands 2023-Dec, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2023.0125 PMID:37823745	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析识别了小鼠唾液腺中腺泡细胞的独特分子标记物。	揭示了唾液腺腺泡细胞多样性的特定标记物，以往研究未能发现。	本研究主要集中在四周龄小鼠，结果可能不适用于其他年龄段。	识别小鼠唾液腺腺泡细胞的分子标记物。	小鼠的下颌腺和舌下腺中的腺泡细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	4周龄小鼠
16308	2024-08-05	STAMarker: determining spatial domain-specific variable genes with saliency maps in deep learning 2023-11-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad801 PMID:37811885	研究论文	STAMarker是一个用于确定空间领域特异性可变基因的分析工具	提出了一种三阶段集成框架，通过关注图自编码器、全连接分类器和反向传播梯度计算显著性图来识别空间可变基因	现有方法仅关注单个基因，没有建模基因之间的相互依赖性	通过空间转录组学分析空间可变基因以了解细胞系统	不同平台生成的各种空间转录组数据中的空间领域特异性可变基因	数字病理学	NA	深度学习	图注意力自编码器，MLP分类器	空间转录组数据	多种平台生成的多个空间转录组数据
16309	2024-08-05	Phenotype predictions of two-person mixture using single cell analysis 2023-11, Forensic science international. Genetics DOI:10.1016/j.fsigen.2023.102938 PMID:37832204	研究论文	本研究探讨了利用单细胞分析进行两人DNA混合物的表型预测	提出了使用单细胞测序作为可靠的表型预测工具，特别是在DNA混合物中	在日常工作中的实施仍然面临障碍，尚需进一步方法开发	开发一种可靠的技术，以从DNA混合物中进行表型预测	分析两种不同外貌的贡献者在DNA混合物中的单细胞数据	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	两个模拟混合物，包含各两名贡献者
16310	2024-08-07	Early Progression of Abdominal Aortic Aneurysm is Decelerated by Improved Endothelial Barrier Function via ALDH2-LIN28B-ELK3 Signaling 2023-11, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202302231 PMID:37822152	研究论文	本研究探讨了腹主动脉瘤（AAA）中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用，发现ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路改善内皮屏障功能，从而减缓AAA的早期进展	首次揭示了ALDH2通过LIN28B-ELK3信号通路调控内皮屏障功能，对早期AAA的进展有抑制作用	NA	研究腹主动脉瘤中内皮屏障功能及其上游调控因子的作用	腹主动脉瘤（AAA）的内皮细胞及其相关基因和信号通路	心血管疾病	腹主动脉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类主动脉夹层组织样本及AAA样本
16311	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of the germ cells and somatic cells during mitotic quiescence stage in goats 2023-11, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202301278 PMID:37823602	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了山羊在有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的转录特征	首次在山羊中揭示了有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的转录特征，并分析了细胞类型间的共同和特异的基因本体类别、转录因子调控网络及细胞间相互作用	NA	探究山羊有丝分裂静止阶段生殖细胞和体细胞的调控机制及其功能重要性	山羊在E85、E105和E125时期的生殖细胞和体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	山羊在E85、E105和E125时期的生殖细胞和体细胞样本
16312	2024-08-07	Butylparaben weakens female fertility via causing oocyte meiotic arrest and fertilization failure in mice 2023-Nov-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2023.115561 PMID:37837697	研究论文	本研究探讨了丁基对羟基苯甲酸酯（butylparaben）对雌性小鼠生殖能力的影响，特别是对卵母细胞质量和受精能力的影响	首次报道了丁基对羟基苯甲酸酯通过影响卵母细胞的减数分裂能力和受精潜力来削弱雌性小鼠的生育能力	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现	探究丁基对羟基苯甲酸酯对雌性小鼠生殖能力的影响	雌性小鼠的卵母细胞质量和受精能力	NA	生殖疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
16313	2024-08-05	Stomach encyclopedia: Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal cell diversity and homeostatic regulation of human stomach 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113236 PMID:37819756	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和亚细胞水平的空间转录组学分析揭示了人类胃的细胞多样性和稳态调节	构建了迄今为止最大的胃细胞数据集，识别了LEFTY1作为未表征的干细胞标记物	未提及具体的研究限制	揭示人类胃的细胞生物学和细胞群体的相互作用	人类胃细胞，包括胃和肠化生细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学	NA	细胞数据	约380,000个细胞
16314	2024-08-07	In-depth analysis of human virus-specific CD8+ T cells delineates unique phenotypic signatures for T cell specificity prediction 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113250 PMID:37837618	研究论文	本文通过高维质谱流式细胞术和单细胞RNA测序，深入分析了114名健康捐赠者和55名癌症患者外周血样本中针对CMV、EBV、流感病毒和SARS-CoV-2抗原的CD8 T细胞反应	利用机器学习方法提取抗原特异性T细胞的表型特征，并预测批量CD8 T细胞的病毒特异性	NA	评估感染历史并理解其对保护性免疫的贡献	人类病毒特异性CD8 T细胞的表型特征	免疫学	NA	高维质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	机器学习	细胞	114名健康捐赠者和55名癌症患者的外周血样本
16315	2024-08-05	Spatial Transcriptomics: Emerging Technologies in Tissue Gene Expression Profiling 2023-10-24, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.3c02029 PMID:37814884	评论	本文讨论了空间转录组技术的当前状态和进展，旨在提供高分辨率的基因表达图谱	介绍了高通量、范围广泛的转录组分析技术，以及单细胞分辨率的方法	未详细描述特定技术的缺点和适用范围的可能限制	探讨空间转录组技术在组织基因表达分析中的应用和发展	包括不同技术在组织架构、发育生物学和疾病研究中的应用	数字病理学	癌症	基于微切割、测序和单分子FISH等多种技术的方法	NA	RNA数据	NA
16316	2024-08-07	Ewing Sarcoma Single-cell Transcriptome Analysis Reveals Functionally Impaired Antigen-presenting Cells 2023-10-24, Cancer research communications IF:2.0Q3 DOI:10.1158/2767-9764.CRC-23-0027 PMID:37823774	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了尤文肉瘤的免疫微环境，揭示了功能受损的抗原呈递细胞	首次通过单细胞RNA测序技术深入分析了尤文肉瘤的免疫微环境，发现了肿瘤细胞与免疫微环境的相互作用机制	研究样本仅限于18个尤文肉瘤组织样本，可能影响结果的普遍性	探索尤文肉瘤的免疫微环境，为免疫治疗提供新的策略	尤文肉瘤的免疫微环境和抗原呈递细胞的功能	数字病理学	尤文肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	18个尤文肉瘤组织样本
16317	2024-08-05	Spatial downregulation of CD74 signatures may drive invasive component development in part-solid lung adenocarcinoma 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107699 PMID:37810252	研究论文	本文探讨了部分实性肺腺癌中CD74标记的空间下调如何驱动侵袭性成分的发展	结合空间转录组学和病理注释，揭示了早期肺腺癌的空间组成和演变轨迹	仅研究了20个部分实性结节，而且4个样本使用了单细胞RNA测序，样本量相对较小	定义早期肺腺癌的空间组成及其演化轨迹	20个部分实性结节（PSNs）和匹配的单细胞RNA测序数据	数字病理学	肺癌	空间转录组学（ST）	NA	转录组数据	20个部分实性结节，4个样本进行了单细胞RNA测序
16318	2024-08-07	Single-cell transcriptome profiling reveals immune and stromal cell heterogeneity in primary Sjögren's syndrome 2023-Oct-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.107943 PMID:37810210	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了原发性干燥综合征（pSS）患者和非pSS对照组中免疫和间质细胞的异质性	首次揭示了pSS患者中SOX9下调的肌上皮细胞、扩大的ACKR1内皮亚群以及外周血中IGHD幼稚B细胞的扩展，以及纤维母细胞在间质-免疫相互作用网络中的关键作用	NA	揭示原发性干燥综合征中免疫和间质细胞的异质性，为治疗策略提供见解	原发性干燥综合征患者和非pSS对照组的免疫和间质细胞	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组	11名pSS患者和5名非pSS对照组
16319	2024-08-05	Miniature spatial transcriptomics for studying parasite-endosymbiont relationships at the micro scale 2023-10-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42237-y PMID:37838705	研究论文	本文探讨了使用小型空间转录组学技术研究寄生虫与内共生体之间的关系	提出了一种小型空间转录组学的概念，能够揭示微小样本中的基因表达模式	未提及研究的具体局限性	研究寄生虫与内共生细菌Wolbachia之间的相互作用	成虫雌性Brugia malayi的生殖组织及发育中的胚胎	数字病理学	寄生虫病	空间转录组学	NA	基因表达数据	小型样本类型
16320	2024-08-07	Cancer stem cell-derived CHI3L1 activates the MAF/CTLA4 signaling pathway to promote immune escape in triple-negative breast cancer 2023-10-14, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-023-04532-6 PMID:37838657	研究论文	本研究探讨了三阴性乳腺癌干细胞通过CHI3L1/MAF/CTLA4信号通路促进免疫逃逸的分子机制	首次揭示了三阴性乳腺癌干细胞通过CHI3L1/MAF/CTLA4轴影响免疫逃逸的新机制	NA	利用单细胞转录组测序揭示CHI3L1/MAF/CTLA4信号通路在三阴性乳腺癌中通过肿瘤干细胞与免疫细胞相互作用介导免疫逃逸的分子机制	三阴性乳腺癌干细胞、免疫细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及三阴性乳腺癌组织中的八个细胞亚群