单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16241	2024-08-07	RGS5 as a Biomarker of Pericytes, Involvement in Vascular Remodeling and Pulmonary Arterial Hypertension 2023, Vascular health and risk management IF:2.6Q2 DOI:10.2147/VHRM.S429535 PMID:37881333	研究论文	本文研究了RGS5作为周细胞生物标志物在血管重塑和肺动脉高压中的作用	发现RGS5通过周细胞调节肺微血管的血管重塑，为肺动脉高压的发生和创新治疗提供了新思路	NA	识别关键驱动基因以调控肺微血管的血管重塑，对肺动脉高压管理至关重要	RGS5在肺动脉高压中的表达及其在血管重塑中的作用	数字病理学	肺动脉高压	逆转录定量PCR (RT-qPCR)	NA	RNA序列	使用了多个GEO数据集（GSE117261, GSE48149, GSE113439, GSE53408, GSE16947）和正常及肺动脉高压小鼠样本
16242	2024-08-07	Chronic HCV infection promotes cytotoxicity in antigen-specific CD8+ T cells regardless of virus specificity 2023, Frontiers in virology (Lausanne, Switzerland) DOI:10.3389/fviro.2023.1198361 PMID:37886042	研究论文	本研究探讨了慢性HCV感染对特定CD8+ T细胞的细胞毒性影响，并分析了不同治疗阶段对这些细胞的影响。	本研究首次描述了慢性HCV感染对非HCV病毒特异性CD8+ T细胞的细胞毒性影响，并提供了单细胞RNA测序技术的新见解。	研究仅包括慢性HCV感染者、自发缓解者和接受直接作用抗病毒治疗的患者，可能无法全面代表所有HCV感染情况。	深入了解HCV感染对CD8+ T细胞的影响，为开发有效的HCV疫苗提供依据。	HCV特异性CD8+ T细胞及非HCV病毒特异性CD8+ T细胞。	免疫学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括慢性HCV感染者、自发缓解者和接受直接作用抗病毒治疗的患者
16243	2024-08-07	Unveiling mitophagy-mediated molecular heterogeneity and development of a risk signature model for colorectal cancer by integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq analysis 2023, Gastroenterology report IF:3.8Q2 DOI:10.1093/gastro/goad066 PMID:37886241	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，揭示了线粒体自噬在结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的作用，并建立了一个基于线粒体自噬的风险模型。	首次通过单细胞分辨率揭示了线粒体自噬在结直肠癌肿瘤微环境中的分子异质性，并开发了一个新的风险签名模型。	研究仅使用了有限的样本和数据集进行验证，可能需要更多的数据来进一步验证模型的普遍性和准确性。	阐明线粒体自噬在结直肠癌肿瘤微环境中的作用，并建立一个基于线粒体自噬的风险模型。	结直肠癌（CRC）肿瘤微环境中的线粒体自噬相关通路和分子特征。	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	无监督聚类算法，LASSO Cox分析	RNA序列	14,719个细胞来自8个样本
16244	2024-08-05	Rotenone impairs brain glial energetics and locomotor behavior in bumblebees 2024-Jan-10, The Science of the total environment DOI:10.1016/j.scitotenv.2023.167870 PMID:37865240	研究论文	该文章研究了罗腾农对大黄蜂脑胶质细胞能量代谢和运动行为的影响	首次揭示了环境现实暴露水平的罗腾农如何影响大黄蜂的胶质细胞能量代谢和运动能力	尚未明确罗腾农对大黄蜂神经元的具体损害机制	探讨罗腾农对大黄蜂的脑胶质细胞和运动行为的影响	大黄蜂的胶质细胞和神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16245	2024-08-07	Combination of CRISPR-Cas9-RNP and Single-Cell RNAseq to Identify Cell State-Specific FOXJ1 Functions in the Human Airway Epithelium 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3507-0_1 PMID:37856015	研究论文	本研究结合CRISPR-Cas9-RNP技术和单细胞RNA测序，探讨了FOXJ1在人呼吸道上皮细胞中的细胞状态特异性功能	采用CRISPR-Cas9-RNP技术直接转染核糖核蛋白复合物，无需选择步骤，效率超过95%	该方法生成的细胞群体包含异质性缺失，使得无效化效率评估困难	研究FOXJ1在人呼吸道上皮细胞中的功能及其对多纤毛细胞最终分化步骤的影响	人呼吸道上皮细胞中的FOXJ1基因	数字病理	NA	CRISPR-Cas9-RNP, 单细胞RNA测序, Flongle测序(Nanopore)	NA	RNA	来自鼻甲的基底细胞培养物
16246	2024-08-05	Abnormal lactate metabolism is linked to albuminuria and kidney injury in diabetic nephropathy 2023-12, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.08.006 PMID:37843477	研究论文	该文章探讨了异常乳酸代谢与糖尿病肾病中白蛋白尿和肾损伤之间的关联	创新点在于发现乳酸水平的增加与糖尿病肾病的病理变化相关，并指出尿液乳酸水平可能成为肾病进展风险的潜在生物标志物	局限性在于研究主要基于小鼠模型，临床验证仍需更多人群研究	研究糖尿病肾病发病机制中的代谢异常及其对疾病进展的影响	研究对象为糖尿病小鼠模型及东南亚糖尿病患者队列	数字病理学	糖尿病肾病	针对性代谢组学分析	NA	尿液样本及血清生物标志物	涉及小鼠模型和东南亚患者队列
16247	2024-08-07	High-Salt Diet Causes Defective Oocyte Maturation and Embryonic Development to Impair Female Fertility in Mice 2023-Dec, Molecular nutrition & food research IF:4.5Q1 DOI:10.1002/mnfr.202300401 PMID:37863820	研究论文	本研究探讨了高盐饮食对小鼠卵母细胞成熟和胚胎发育的影响，以及其对雌性生育能力的损害机制	首次揭示了高盐饮食通过影响卵母细胞的自噬、凋亡水平和线粒体功能，导致卵母细胞和胚胎质量下降，从而损害雌性生育能力	NA	研究高盐饮食对雌性小鼠生育能力的影响及其机制	小鼠的卵母细胞成熟、受精率、胚胎发育和雌性生育能力	NA	NA	单细胞转录组数据分析	NA	转录组数据	C57BL/6雌性小鼠
16248	2024-08-07	Comparative analysis of peripheral blood immunoinflammatory landscapes in patients with acute cholangitis and its secondary septic shock using single-cell RNA sequencing 2023-11-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2023.149121 PMID:37864923	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较分析了急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中的免疫炎症反应	首次分析了急性胆管炎与继发性脓毒性休克之间免疫反应的差异，并揭示了免疫细胞在细胞数量、基因表达、功能、分化轨迹和细胞间相互作用等方面的显著差异	NA	探讨急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者外周血中免疫细胞的差异	急性胆管炎及其继发性脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	数字病理学	急性胆管炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括急性胆管炎（A1, A2, A3）和继发性脓毒性休克（B1, B2, B3）患者的样本
16249	2024-08-05	Cell atlas of trabecular meshwork in glaucomatous non-human primates and DEGs related to tissue contract based on single-cell transcriptomics 2023-Nov-17, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108024 PMID:37867950	研究论文	本研究构建了青光眼非人灵长类动物的网状小梁细胞图谱并探索与组织收缩相关的差异表达基因	首次识别与网状小梁收缩相关的多个基因，并确定其在青光眼与健康组中的差异表达	研究仅限于非人灵长类动物，结果可能不完全适用于人类	探讨与青光眼相关的网状小梁细胞异质性和功能缺陷	青光眼非人灵长类动物（猕猴）和健康猕猴	数字病理学	青光眼	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种细胞类型，共识别14种不同的细胞类型
16250	2024-08-05	Spatial transcriptomics reveals the distinct organization of mouse prefrontal cortex and neuronal subtypes regulating chronic pain 2023-Nov, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-023-01455-9 PMID:37845544	研究论文	本研究揭示了小鼠前额叶皮层的不同细胞类型和基因表达模式与相邻皮层区域的区别	首次使用空间转录组学技术绘制了小鼠前额叶皮层的细胞和电路组织图谱，特别是与慢性疼痛相关的神经元亚型	该研究主要集中在小鼠模型上，结果的外推性可能有限	解码前额叶皮层和调控慢性疼痛的神经元亚型的细胞及电路组织	成年小鼠的前额叶皮层及其相关神经元亚型	数字病理学	慢性疼痛	空间转录组学	NA	转录组数据	成年小鼠
16251	2024-08-07	Single-cell analysis reveals the immune heterogeneity and interactions in lungs undergoing hepatic ischemia-reperfusion 2023-Nov, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2023.111043 PMID:37844464	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了肝脏缺血再灌注后肺部免疫细胞的异质性和相互作用	发现了两种新的细胞亚型（TspoEndothelial细胞和Vcan单核细胞），并描述了肺细胞簇的独特转录谱	NA	探究肝脏缺血再灌注后急性肺损伤的机制	肝脏缺血再灌注后肺部的免疫细胞	数字病理学	急性肺损伤	单细胞RNA测序	NA	转录组	使用肝脏缺血再灌注诱导的小鼠肺部样本
16252	2024-08-07	CD146 promotes malignant progression of breast phyllodes tumor through suppressing DCBLD2 degradation and activating the AKT pathway 2023-11, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.12495 PMID:37856423	研究论文	本研究旨在阐明CD146在促进乳腺恶性叶状肿瘤（PTs）恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点的潜力。	研究揭示了CD146通过抑制DCBLD2降解并激活AKT途径促进PTs恶性进展的新机制，并验证了抗CD146单克隆抗体AA98在恶性PTs中的疗效。	NA	阐明CD146在乳腺恶性叶状肿瘤恶性进展中的作用和机制，并确定其作为新的预后标志物和治疗靶点。	乳腺恶性叶状肿瘤（PTs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, 免疫染色, 实时PCR, 转录组测序, 蛋白质组分析	NA	RNA	NA
16253	2024-08-07	The cellular states and fates of shed intestinal cells 2023-Nov, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00905-9 PMID:37857731	研究论文	本文研究了脱落的小肠细胞的细胞状态和命运	首次展示了脱落的上皮细胞在脱落时保持活力并上调特定的抗微生物程序	NA	探讨脱落的小肠细胞的功能及其在肠道腔中的潜在作用	小肠上皮细胞和免疫细胞	NA	NA	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性小鼠的肠道粪便洗脱物
16254	2024-08-07	Single-cell landscape of immune cells in human livers affected by HBV-related cirrhosis 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100883 PMID:37860052	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的转录组	首次揭示了HBV相关肝硬化患者肝脏中独特的免疫生态系统，包括特定免疫细胞群的积累和减少，以及细胞间通信的增强	NA	探究HBV相关肝硬化患者肝脏中免疫细胞的微环境	HBV相关肝硬化患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	肝硬化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	76,210个免疫细胞，来自6名健康个体和5名HBV肝硬化患者
16255	2024-08-07	DELFOS-drug efficacy leveraging forked and specialized networks-benchmarking scRNA-seq data in multi-omics-based prediction of cancer sensitivity 2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad645 PMID:37862234	研究论文	本文介绍了一种名为DELFOS的新型药物反应预测算法，该算法利用分叉和专业化网络从多组学数据中预测癌症敏感性	DELFOS算法结合了多组学数据和单细胞表达数据，用于预测药物反应，并在多个相关性和误差指标上实现了高预测性能	NA	开发一种新的策略，用于识别治疗每种肿瘤的最佳化合物组合	癌症细胞对不同化合物的敏感性	机器学习	癌症	scRNA-seq	NA	多组学数据	超过65种癌症细胞系和200种化合物的结构数据
16256	2024-08-07	The change of Siglec-9 expression in peripheral blood NK cells of SFTS patients can affect the function of NK cells 2023-11, Immunology letters IF:3.3Q3 DOI:10.1016/j.imlet.2023.10.004 PMID:37865296	研究论文	研究SFTS患者外周血NK细胞上Siglec-9表达的变化及其对NK细胞功能的影响	发现Siglec-9在SFTS患者NK细胞上的表达减少，可能作为SFTS患者功能性NK细胞亚群的潜在标志	NA	探讨SFTS患者外周血NK细胞上Siglec-9的变化及其机制	SFTS患者外周血NK细胞上的Siglec-9表达	NA	SFTS	单细胞RNA测序, 流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据, 流式细胞术数据	SFTS患者和健康对照组的外周血单个核细胞(PBMCs)
16257	2024-08-07	Single cell RNA-sequencing analysis reveals that N-acetylcysteine partially reverses hepatic immune dysfunction in biliary atresia 2023-Nov, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2023.100908 PMID:37869073	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，评估了N-乙酰半胱氨酸（NAC）治疗在胆道闭锁（BA）中的临床疗效，并揭示了NAC对肝脏免疫细胞的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了NAC治疗对胆道闭锁患者肝脏免疫细胞的影响，并揭示了其对免疫功能的部分逆转作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模临床研究来验证NAC治疗的效果	评估NAC治疗在胆道闭锁中的临床疗效，并通过单细胞RNA测序分析其对肝脏免疫细胞的影响	胆道闭锁患者的肝脏免疫细胞	数字病理学	胆道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	控制组4例，胆道闭锁组6例，胆道闭锁+NAC治疗组6例
16258	2024-08-07	Collagen 1-mediated CXCL1 secretion in tumor cells activates fibroblasts to promote radioresistance of esophageal cancer 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113270 PMID:37851572	研究论文	本研究通过建立食管鳞状细胞癌（ESCC）患者的患者源性异种移植模型（PDXs），探讨了放射抵抗性的分子机制，并发现胶原蛋白1（Col1）和CXCL1在其中的作用	揭示了Col1通过增强DNA修复能力促进放射抵抗性，并诱导肿瘤细胞分泌CXCL1，进而通过CXCR2-STAT3途径激活癌症相关成纤维细胞（CAFs），形成正反馈循环	NA	探讨食管鳞状细胞癌放射治疗中放射抵抗性的分子机制	食管鳞状细胞癌患者的患者源性异种移植模型（PDXs）	数字病理学	食管癌	RNA测序，细胞因子阵列，单细胞RNA测序	NA	RNA	19名ESCC患者
16259	2024-08-07	Distinctiveness and continuity in transcriptome and connectivity in the anterior-posterior axis of the paraventricular nucleus of the thalamus 2023-10-31, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113309 PMID:37862168	research paper	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠丘脑室旁核（PVT）神经元的转录组特征，并探讨了其在前后轴上的差异和连续性	发现了PVT神经元在前后轴上的转录组差异和细胞类型的连续性，以及不同亚群对食欲相关神经肽的不同反应	NA	揭示丘脑室旁核神经元的功能基础	小鼠丘脑室旁核神经元的转录组特征及其在前后轴上的差异和连续性	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
16260	2024-08-07	Imaging and multi-omics datasets converge to define different neural progenitor origins for ATRT-SHH subgroups 2023-10-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42371-7 PMID:37863903	研究论文	本文通过跨物种分析，研究了非典型畸胎瘤横纹肌样瘤（ATRT）的影像学和分子特征，特别是SHH亚组的神经前体细胞起源	首次明确区分了来自小脑前叶（CAL）和基底神经节/室管膜（BG/IV）区域的SHH ATRT，并利用单细胞RNA测序支持这些假设	NA	探讨ATRT不同亚组的神经前体细胞起源	非典型畸胎瘤横纹肌样瘤（ATRT）的影像学和分子特征	数字病理学	非典型畸胎瘤横纹肌样瘤	单细胞RNA测序	NA	影像数据，分子数据	NA