单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16181	2024-08-05	SORCS2 activity in pancreatic α-cells safeguards insulin granule formation and release from glucose-stressed β-cells 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108725 PMID:38226160	研究论文	研究了SORTS2在胰腺α细胞中的作用，保护胰腺β细胞在葡萄糖压力下的胰岛素颗粒形成和释放	首次揭示SORTS2在胰腺中的作用及其对胰腺β细胞的保护机制	研究仅限于SORCS2缺失小鼠，可能无法完全代表人类胰腺功能	探讨SORTS2在胰腺尤其是胰岛α细胞中的生理功能	SORCS2缺失小鼠及其胰腺组织	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	胰腺组织	SORCS2缺失小鼠的胰腺组织
16182	2024-08-05	Bisphenol A Analogues Induce Neuroendocrine Disruption via Gut-Brain Regulation in Zebrafish 2024-Jan-16, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.3c05282 PMID:38165294	研究论文	本研究探讨了双酚A及其类似物通过肠脑调节导致神经内分泌干扰的机制	揭示了双酚G和双酚AF对神经内分泌系统的不同影响机制	尚未充分了解这些物质在更复杂生物系统中的长期影响	揭示双酚化合物对神经内分泌功能的影响机制	斑马鱼胚胎和转基因斑马鱼	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	生物学数据	斑马鱼胚胎和幼鱼，具体数量未说明
16183	2024-08-07	Single-cell insights into development of the bovine placenta† 2024-Jan-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioad123 PMID:37707543	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析（scRNA-seq）探索了牛胎盘发育的细胞和分子机制	首次通过单细胞转录组分析揭示了牛胎盘发育过程中的细胞类型及其发育轨迹，并识别了调控胎盘发育的关键转录因子	研究仅限于特定发育阶段的样本，可能无法全面反映整个胎盘发育过程	揭示牛胎盘发育的细胞和分子机制	牛胎盘的细胞类型及其发育轨迹	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	17天、24天、30天和50天的牛胚胎样本，每组3-4个样本
16184	2024-08-05	CROST: a comprehensive repository of spatial transcriptomics 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad782 PMID:37791883	研究文章	本文介绍了CROST，一个综合的空间转录组数据库	建立了一个包括182个空间转录组数据集的数据库，并提供在线工具供用户分析数据	当前数据库的可用性有限，可能无法涵盖所有相关数据	旨在提供一个全面的平台来访问和分析空间转录组数据	涉及来自不同物种、器官和疾病的高质量空间转录组样本	数字病理学	肿瘤	空间转录组测序	NA	转录组数据	包含182个空间转录组数据集和1033个子数据集
16185	2024-08-07	scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad706 PMID:37638765	research paper	本文介绍了一个名为scPlantDB的植物单细胞数据库的构建方法	scPlantDB整合了来自17种植物的67个高质量数据集，约250万个细胞的单细胞转录组数据，提供了单细胞水平的基因表达交互可视化	NA	构建一个全面的植物单细胞数据库，以探索植物细胞图谱中的细胞类型和标记	植物细胞类型和标记	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约250万个细胞
16186	2024-08-05	Single-Cell Sequencing Combined with Transcriptome Sequencing Constructs a Predictive Model of Key Genes in Multiple Sclerosis and Explores Molecular Mechanisms Related to Cellular Communication 2024, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S442684 PMID:38226354	研究论文	本研究结合单细胞测序和转录组测序构建了多发性硬化症中关键基因的预测模型，并探索了与细胞通信相关的分子机制	创新点在于通过单细胞分析与转录组数据相结合，发现新的关键基因并构建了有效的预测模型	本研究的样本数量和数据来源可能限制了结果的普遍性	研究旨在为多发性硬化症的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和机制理解	研究对象是多发性硬化症患者的基因表达和免疫细胞	数字病理学	多发性硬化症	单细胞测序和转录组测序	LASSO回归	基因表达数据	从基因表达综合数据库中获取的多发性硬化症患者基因表达谱
16187	2024-08-05	Exploring the efficacious constituents and underlying mechanisms of sini decoction for sepsis treatment through network pharmacology and multi-omics 2024-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2023.155212 PMID:38029626	研究论文	本研究通过网络药理学分析探讨了传统中药处方四逆汤在治疗脓毒症的治疗机制	研究首次识别CX3CR1作为影响脓毒症预后的关键分子，并揭示了四逆汤活性成分通过相关途径调节血红素代谢、减少炎症和改善免疫功能的机制	研究可能存在个体差异对四逆汤效果的影响，且未完全阐明所有机制	探讨四逆汤在治疗脓毒症中的治疗机制	以脓毒症患者为研究对象，分析其基因表达和免疫细胞相互作用	数字病理学	脓毒症	网络药理学，单细胞测序	无监督聚类分析	基因表达数据，药物成分数据	脓毒症患者的多个基因模块和免疫细胞群体
16188	2024-08-05	Targeting neuropilin-1 abolishes anti-PD-1-upregulated regulatory T cells and synergizes with 4-1BB agonist for liver cancer treatment 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000320 PMID:36811396	研究论文	本研究探讨了神经元细胞膜蛋白-1对抗PD-1上调的调节性T细胞的影响，并与4-1BB激动剂协同用于肝癌治疗	揭示了抗PD-1治疗通过神经元细胞膜蛋白-1调节肝细胞癌中的调节性T细胞积累的潜在机制	研究可能未对所有肝癌模型进行广泛验证，可能限制了结果的普遍性	探讨调节性T细胞在肝细胞癌治疗中的作用及其与抗PD-1和4-1BB激动剂的协同效果	主要研究肝细胞癌（HCC）中的调节性T细胞及其与抗PD-1治疗的相互作用	数字病理学	肝癌	单细胞转录组学	人源化肝细胞癌模型	基因组数据	NA
16189	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of liver fine-needle aspirates captures immune diversity in the blood and liver in chronic hepatitis B patients 2023-11-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000438 PMID:37158243	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过肝细针穿刺获取慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本，比较了两种单细胞RNA测序技术（Seq-Well S3和10× Chromium）在捕捉肝脏细胞多样性方面的效果，并分析了不同细胞类型在血液和肝脏中的转录组差异。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，系统比较了慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性，并发现Seq-Well S3技术能有效捕捉到10× Chromium技术未能捕捉到的中性粒细胞。	研究主要依赖于两种特定的单细胞RNA测序技术，可能存在技术偏倚；此外，样本量未在摘要中明确提及，可能影响研究结果的普遍性。	克服肝脏采样的实际障碍，通过细针穿刺和单细胞RNA测序技术，全面比较慢性乙型肝炎患者血液和肝脏的免疫细胞多样性。	慢性乙型肝炎患者的血液和肝脏样本。	数字病理学	肝炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本量未在摘要中提及
16190	2024-08-07	Identification and characterization of a hepatic IL-13-producing ILC3-like population potentially involved in liver fibrosis 2023-09-01, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1097/HEP.0000000000000350 PMID:37029085	研究论文	本文详细研究了人体肝脏中的固有淋巴细胞（ILCs）在健康和纤维化肝脏中的组成及其在慢性肝病中的潜在作用	发现了一种先前未被描述的IL-13产生型ILC3样细胞亚群，该细胞在人体肝脏中富集，可能参与调节慢性肝病	NA	研究肝脏中固有淋巴细胞的组成及其在慢性肝病中的作用	肝脏中的固有淋巴细胞（ILCs）	NA	肝纤维化	流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	细胞	总共分析了50个肝脏样本（非纤维化=22，纤维化=29），以及结肠和扁桃体组织（各14个）和外周血（32个）
16191	2024-08-07	A neuroepithelial wave of BMP signalling drives anteroposterior specification of the tuberal hypothalamus 2023-02-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.83133 PMID:36718990	研究论文	本研究结合实验和生物信息学方法，探讨了胚胎期鸡的管状下丘脑前-后方向的生成机制	首次揭示了神经上皮来源的BMP信号波在胚胎发育中驱动管状下丘脑前-后方向特化的过程	NA	阐明管状下丘脑在胚胎发育中的细胞和信号通路特化机制	管状下丘脑的生成过程及其调控机制	NA	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	胚胎期鸡
16192	2024-08-07	Development and Optimization of a Prognostic Model Associated with Stemness Genes in Hepatocellular Carcinoma 2022, BioMed research international IF:2.6Q3 DOI:10.1155/2022/9168441 PMID:36246969	研究论文	本研究旨在开发一种基于干细胞相关基因的预测模型，用于评估肝细胞癌（HCC）患者的预后，以优化治疗方案	本研究通过单细胞测序数据筛选与干细胞相关的差异表达基因，并利用LASSO回归分析构建了一个包含18个干细胞相关基因的预测模型，该模型能有效预测HCC患者的总体生存率	NA	开发和优化与干细胞基因相关的肝细胞癌预后模型	肝细胞癌（HCC）患者的预后评估	数字病理学	肝癌	单细胞测序	LASSO回归	基因表达数据	使用了TCGA和GSE14520两个队列的数据
16193	2024-08-05	Single-cell multi-omics in the study of digestive system cancers 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.12.007 PMID:38223343	review	本文全面回顾了单细胞组学技术在消化系统癌症研究中的进展	文章创新性地总结了单细胞多组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用及其未来发展趋势	文章未提及具体的实验数据或样本量	研究消化系统癌症的单细胞组学技术的应用	消化系统癌症	数字病理学	消化系统癌症	单细胞测序	NA	NA	NA
16194	2024-08-07	T proliferating cells derived autophagy signature associated with prognosis and immunotherapy resistance in a pan-cancer analysis 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108701 PMID:38222108	研究论文	本研究通过手动整理自噬基因集，并在TCGA队列中比较恶性组织和正常组织，定义了一个泛癌自噬特征，该特征源自T增殖细胞，并通过多个单细胞RNA测序数据集进行验证	首次揭示了泛癌自噬特征与免疫治疗抵抗和预后之间的关系，并探讨了其在肿瘤微环境中的细胞间相互作用	NA	探讨自噬特征在泛癌中的免疫治疗预测作用及其机制调控	泛癌自噬特征及其与免疫治疗抵抗和预后的关联	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	涉及转移性肾细胞癌、非小细胞肺癌、膀胱癌和黑色素瘤等多个队列
16195	2024-08-07	Expression of PD-1 mitigates phagocytic activities TAM in osteosarcoma 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23498 PMID:38223729	研究论文	本研究探讨了程序性死亡1（PD-1）在肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）中的表达及其对骨肉瘤（OS）转移的影响	首次揭示了PD-1在TAMs中的表达抑制其吞噬能力，从而促进骨肉瘤转移的机制	NA	研究PD-1在TAMs中的表达对骨肉瘤转移的影响及其机制	骨肉瘤肺转移中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	15500个来自人骨肉瘤肺转移病变的单个细胞
16196	2024-08-05	What role does GPR65 play in the progression of osteosarcoma? Its mechanism and clinical significance 2024-Jan-13, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03216-5 PMID:38218960	研究论文	本研究旨在探讨GPR65在骨肉瘤的微环境、增殖及迁移中的作用	首次阐明GPR65在骨肉瘤发展中的作用及其机制，强调其作为预后生物标志物的潜力	研究样本均为术后标本，可能影响结果的普适性	探索GPR65在骨肉瘤进展中的机制及其临床意义	97名骨肉瘤患者的转录组数据及六个术后标本的单细胞测序数据	数字病理学	骨肉瘤	RNA-seq, 单细胞测序	NA	生物样本数据	97名骨肉瘤患者和六个手术标本
16197	2024-08-05	BIDCell: Biologically-informed self-supervised learning for segmentation of subcellular spatial transcriptomics data 2024-Jan-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44560-w PMID:38218939	研究论文	本研究提出了一种名为BIDCell的自监督深度学习框架，用于亚细胞空间转录组数据的分割	BIDCell引入了生物学启发的损失函数，通过学习空间分布的基因表达与细胞形态之间的关系，克服了传统方法在细胞分割中的挑战	未提及具体的局限性	提高单细胞空间表达分析的精确度	使用来自公共库的单细胞转录组数据和细胞形态信息进行细胞分割	数字病理学	NA	自监督深度学习	NA	空间转录组数据	NA
16198	2024-08-05	Zhilong Huoxue Tongyu capsule alleviates myocardial fibrosis by improving endothelial cell dysfunction 2024-Jan, Journal of traditional and complementary medicine IF:3.3Q1 DOI:10.1016/j.jtcme.2023.07.001 PMID:38223805	研究论文	该论文研究了智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的影响	首次提供了智龙活血通瘀胶囊通过调节内皮-间质转化和MHC-II表达来改善心肌纤维化的证据	缺乏对长期疗效和作用机制的深入探讨	研究智龙活血通瘀胶囊对心肌纤维化中内皮细胞功能障碍的治疗效果	心肌纤维化过程中受到影响的内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	免疫荧光染色、组织染色	小鼠模型	生物标志物、心脏超声波和组织学数据	使用异丙肾上腺素注射建立的小鼠模型
16199	2024-08-07	Single-cell transcriptomes of kidneys in a 6-month-old boy with Denys-Drash syndrome reveal stromal cell heterogeneity in the tumor microenvironment 2024-Jan, Clinical kidney journal IF:3.9Q1 DOI:10.1093/ckj/sfad277 PMID:38223339	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探索了Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞异质性	发现了一个新的WT1基因突变，并通过单细胞RNA测序揭示了Wilms肿瘤和肾脏组织中的细胞成分异质性	NA	探索Denys-Drash综合征患者肾脏组织中的细胞成分和相互作用	Denys-Drash综合征患者的肾脏组织	数字病理学	肾母细胞瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组	31,135个细胞
16200	2024-08-07	Multi-context genetic modeling of transcriptional regulation resolves novel disease loci 2022-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-33212-0 PMID:36171194	研究论文	本文介绍了一种名为CONTENT的新方法，该方法利用多上下文表达研究中的个体内部相关性，通过跨上下文的错误发现校正提高功率，并生成上下文特定和上下文共享的表达成分。	CONTENT方法通过利用跨上下文的相关结构，提高了遗传预测基因的数量，并在转录组关联研究中增加了位点-表型关联的发现数量。	NA	提高转录组关联研究（TWAS）的解释和发现与复杂性状相关基因的能力。	多组织和单细胞RNA-seq数据集。	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	涉及多组织和单细胞数据集，具体样本数量未详细说明。