单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16181	2024-08-07	Paired single-cell host profiling with multiplex-tagged bacterial mutants reveals intracellular virulence-immune networks 2023-07-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2218812120 PMID:37399397	research paper	本文开发了一种名为scPAIR-seq的单细胞方法，用于分析感染过程中宿主细胞和细菌突变体的相互作用	scPAIR-seq方法能够同时捕获感染宿主细胞和内部细菌突变体的条形码，从而分析突变体对宿主转录组的影响	NA	研究宿主细胞与内部细菌病原体相遇后复杂的表型及其对感染结果的影响	宿主细胞和内部细菌病原体的相互作用	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用了感染了Typhimurium分泌系统效应子突变体库的巨噬细胞样本
16182	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and macrophage-to-mesenchymal transition in bicuspid calcific aortic valve disease 2023-06-30, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-023-00390-w PMID:37391760	研究论文	该文章研究了二尖瓣钙化主动脉瓣病中的细胞异质性和巨噬细胞转化为间充质细胞的过程。	首次在单细胞水平上揭示了二尖瓣病中细胞的异质性以及巨噬细胞向间充质细胞转化的机制	样本量较小，仅涉及四个BAV标本，需要更多样本进行进一步验证	探讨二尖瓣疾病中的细胞组成及其在钙化过程中的作用	四个存在主动脉瓣狭窄的二尖瓣患者的BAV标本	数字病理学	主动脉瓣钙化疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞数据	4个BAV标本
16183	2024-08-05	Comprehensive analysis of KLF2 as a prognostic biomarker associated with fibrosis and immune infiltration in advanced hepatocellular carcinoma 2023-Jun-29, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-023-05391-0 PMID:37386390	研究论文	本文分析了KLF2在晚期肝细胞癌中的预后生物标志物的作用，特别关注其与纤维化和免疫浸润的关系	首次系统性研究了KLF2在肝细胞癌（HCC）中的调节机制及其作为预后生物标志物的潜力	研究主要依赖于现有数据库，未进行独立的临床验证	探索KLF2作为晚期HCC的潜在诊断和预后生物标志物	晚期肝细胞癌（HCC）患者的样本数据和单细胞测序结果	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于公共数据库，具体样本量不详
16184	2024-08-07	Functionalized Lineage Tracing for the Study and Manipulation of Heterogeneous Cell Populations 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1811-0_8 PMID:35094325	研究论文	本文介绍了COLBERT方法，通过使用独特的单引导RNA（sgRNA）条形码作为功能标签来识别和召回特定的细胞谱系	COLBERT方法利用sgRNA条形码稳定整合并主动转录，使得所有细胞后代都包含亲本条形码并产生功能性sgRNA，从而实现对异质细胞群中特定谱系的追踪和分离	NA	研究并操控异质细胞群	异质细胞群中的独特细胞谱系	NA	NA	CRISPR	NA	NA	NA
16185	2024-08-07	Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00499 PMID:33625849	研究论文	本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响	引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA	该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息	识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架	捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR激活	NA	mRNA、gRNA	NA
16186	2024-08-07	Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes 2021-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789 PMID:33711017	研究论文	介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失	低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量	评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约5%的细胞发生双等位基因丢失
16187	2024-08-07	Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen 2020-Jun-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02044-w PMID:32513233	研究论文	本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析	Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析	NA	开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析	CRISPR-based genome perturbation及其转录输出	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
16188	2024-08-07	Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells 2020-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-0888-2 PMID:32242071	研究论文	本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号	本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变	目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病	开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号	人黑色素瘤细胞系	基因编辑	黑色素瘤	CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq	NA	基因表达数据	420个sgRNAs
16189	2024-08-07	Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs 2020-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0387-5 PMID:31932729	研究论文	本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法	开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则	NA	评估基因表达水平与表型之间的关系	人类基因表达的精确控制	基因编辑	NA	CRISPR干扰	深度学习	RNA-seq	约2,400个对细胞生长至关重要的基因
16190	2024-08-07	Model-based understanding of single-cell CRISPR screening 2019-May-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10216-x PMID:31110232	研究论文	本文介绍了MUSIC，一个集成管道，用于基于模型的单细胞CRISPR筛选数据理解	MUSIC能够准确量化和优先处理单细胞CRISPR筛选数据中的个体基因扰动效应，并能容忍数据分析中存在的显著噪声	NA	开发一个集成管道，以基于模型的方法分析单细胞CRISPR筛选数据，从而阐明扰动功能和生物电路	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	CRISPR筛选, 单细胞RNA测序	集成管道	单细胞数据	使用所有公开可用的数据进行综合测试
16191	2024-08-07	Single-Cell RNA-Sequencing-Based CRISPRi Screening Resolves Molecular Drivers of Early Human Endoderm Development 2019-Apr-16, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.03.076 PMID:30995470	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和CRISPRi筛选技术，解析了人类内胚层早期发育的分子驱动因素	首次将单细胞RNA测序与CRISPRi筛选相结合，全面定义了内胚层发育中基因功能丧失的表型	NA	研究人类内胚层发育的分子基础	人类胚胎干细胞向内胚层的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, CRISPRi	NA	RNA	NA
16192	2024-08-07	CRISPR Screening in Single Cells 2019, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-4939-9240-9_23 PMID:31028650	研究论文	本文描述了在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的当前协议	结合单细胞RNA测序和CRISPR技术，可以高效地研究任意数量的基因	研究受限于测序能力	探索在单细胞水平上使用CRISPR筛选技术的方法	单细胞中的基因	基因编辑	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	测序数据	任意数量的基因，受限于测序能力
16193	2024-08-07	Large-scale reconstruction of cell lineages using single-cell readout of transcriptomes and CRISPR-Cas9 barcodes by scGESTALT 2018-Nov, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-018-0058-x PMID:30353175	研究论文	本文介绍了一种名为scGESTALT的方法，该方法结合CRISPR-Cas9的累积编辑和基于液滴的单细胞RNA测序，用于大规模重建细胞系谱关系。	scGESTALT技术通过在多个时间点使用Cas9和单导向RNA（sgRNAs）进行编辑，生成条形码阵列的编辑，从而与类似的Cas9系谱追踪方法区分开来。	生成转基因线需要6个月，进行条形码编辑和生成单细胞文库需要7天的手动操作时间。	提供一个可扩展的平台，用于在任何允许发育、再生或疾病期间进行基因组编辑的系统中映射细胞类型之间的系谱关系。	重建发育过程中产生的大量异质细胞类型的系谱关系。	基因组学	NA	CRISPR-Cas9, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	数千个细胞转录组和记录的系谱
16194	2024-08-07	On the design of CRISPR-based single-cell molecular screens 2018-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4604 PMID:29457792	研究论文	本文探讨了基于CRISPR的单细胞分子筛选设计，特别是优化了CROP-seq方法，提高了引导RNA分配给细胞的效率	提出了CROP-seq方法的优化，使得引导RNA分配给细胞的效率提高到94%	NA	优化基于CRISPR的单细胞分子筛选设计	CRISPR引导RNA与单细胞RNA测序的结合	NA	NA	CRISPR, 单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16195	2024-08-07	A Multiplexed Single-Cell CRISPR Screening Platform Enables Systematic Dissection of the Unfolded Protein Response 2016-Dec-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2016.11.048 PMID:27984733	研究论文	本文介绍了一种名为Perturb-seq的多重单细胞CRISPR筛选平台，该平台结合了基于液滴的单细胞RNA测序和CRISPR介导的扰动条形码策略，用于系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。	Perturb-seq平台能够在混合格式中对多种扰动进行分析，提高了功能基因组学研究的效率和精度。	NA	旨在通过多重单细胞CRISPR筛选平台Perturb-seq，系统性解析哺乳动物未折叠蛋白反应（UPR）。	研究对象包括哺乳动物细胞中的未折叠蛋白反应（UPR）及其相关的基因和细胞应答。	基因组学	NA	CRISPR-seq, 单细胞RNA测序	CRISPR干扰（CRISPRi）	基因表达数据	约100个基因被用于Perturb-seq分析
16196	2024-08-05	Integrative analysis reveals chemokines CCL2 and CXCL5 mediated shear stress-induced aortic dissection formation 2024-Jan-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e23312 PMID:38163105	研究论文	本研究通过定量生物信息学分析探讨了与剪切应力相关的主动脉夹层形成中的关键分子	通过整合分析确定了与剪切应力相关的核心AD差异基因及其潜在治疗剂	本研究未能完全阐明剪切应力对主动脉夹层的所有影响机制	探讨剪切应力诱导的主动脉夹层形成过程中关键分子的作用	主要研究与剪切应力诱导的主动脉夹层相关的化学因子和基因	心血管疾病	主动脉夹层	RNA测序	无具体模型类型提及	基因表达数据	分析三个数据集的临床样本及公共RNA测序数据库，共计367个基因
16197	2024-08-05	Enhancing Spatial Transcriptomics Analysis by Integrating Image-Aware Deep Learning Methods 2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:38160299	研究论文	本文章提出了一种新方法，通过整合空间转录组学和组织病理图像数据，以捕捉患者数据中的生物学意义模式	整合空间转录组学与组织病理图像数据的新方法，强调了图像感知深度学习在肿瘤分析中的应用	没有提到具体的局限性	研究如何使用深度学习技术更好地分析空间转录组学数据	针对高度侵袭性的癌症类型，如胶质母细胞瘤和三阴性乳腺癌	数字病理学	胶质母细胞瘤，三阴性乳腺癌	深度学习	ResNet	图像，基因表达数据	未提及样本量
16198	2024-08-07	Diverse contribution of amniogenic somatopleural cells to cardiovascular development: With special reference to thyroid vasculature 2024-Jan, Developmental dynamics : an official publication of the American Association of Anatomists IF:2.0Q3 DOI:10.1002/dvdy.532 PMID:36038963	研究论文	本文通过鹌鹑-鸡嵌合体分析，展示了胚胎内ASC细胞分化为多种细胞类型，包括心肌细胞、平滑肌细胞、心脏间质细胞和血管内皮细胞，并特别关注了其在甲状腺血管形成中的作用。	本研究揭示了ASC细胞在心脏和甲状腺发育中的新角色，特别是其在甲状腺内血管形成中的作用。	文中提到的胚胎内ASC细胞的分化过程和最终分布的详细情况仍大部分未知。	研究ASC细胞在心血管发育中的作用，特别是其在甲状腺血管形成中的作用。	研究对象包括ASC细胞的分化过程及其在胚胎内的分布，特别是其在心脏和甲状腺发育中的作用。	心血管疾病	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	鹌鹑-鸡嵌合体
16199	2024-08-07	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-Dec-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了表达抗HER2 VHH-Fc抗癌治疗蛋白的转基因烟草叶片的基因表达模式	首次使用单细胞RNA测序技术分析转基因植物叶片中特定细胞的基因表达模式，以优化重组抗体的生产	NA	研究如何通过优化转基因植物的基因表达来提高生物治疗蛋白的生产效率	转基因烟草叶片，表达抗HER2 VHH-Fc抗癌治疗蛋白	生物技术	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因烟草叶片的特定细胞
16200	2024-08-07	Single-Cell Atlas of Neonatal Mouse Hearts Reveals an Unexpected Cardiomyocyte 2023-12-05, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.122.028287 PMID:38014657	研究论文	本文通过设计新生小鼠心脏细胞的分离程序，提供了出生后四个不同阶段心脏细胞的单细胞分辨率详细图谱	本文发现了意外的红细胞样心肌细胞-终末期心肌细胞，并提供了心肌细胞与其他心脏细胞之间全面相互作用的初步蓝图	NA	研究心肌细胞的异质性并提供在不同生理条件和疾病中的参考	新生小鼠心脏的心肌细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞图谱	10,000个心肌细胞