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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1601 | 2025-11-29 |
M2 macrophages and tumor cells engage in a metabolic feedback loop to drive HCC progression
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25673-2
PMID:41286064
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了肝细胞癌中肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢反馈环路 | 发现了肝细胞癌中OXPHOS-核糖体-M2极化轴这一新的代谢-免疫轴,揭示了肿瘤细胞与M2巨噬细胞之间的代谢耦合机制 | 对肿瘤微环境中TAM重编程的具体分子机制理解仍不充分 | 探索肝细胞癌肿瘤微环境中肿瘤细胞与M2巨噬细胞的代谢相互作用机制 | 肝细胞癌肿瘤细胞和肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 预后模型 | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, TCGA数据库 | 多个队列的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1602 | 2025-11-29 |
Discovery and validation of proliferative exhausted T cells as a favorable prognostic biomarker in esophageal squamous cell carcinoma
2025-Nov-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-25535-x
PMID:41286177
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现并验证了增殖性耗竭T细胞作为食管鳞癌预后生物标志物的重要价值 | 首次在食管鳞癌中发现增殖性耗竭T细胞亚群,并证明其高浸润与患者生存改善显著相关 | NA | 探索T细胞耗竭异质性在食管鳞癌肿瘤微环境中的作用及预后价值 | 食管鳞癌患者样本中的T细胞亚群 | 生物信息学 | 食管鳞癌 | 单细胞RNA测序,TCR测序,微阵列,批量RNA测序,qRT-PCR | 机器学习 | 基因表达数据,单细胞数据 | 多个发现和验证队列的食管鳞癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
| 1603 | 2025-11-29 |
Single-cell transcriptomic analysis of HPV-related multiphenotypic sinonasal carcinoma uncovers MYB-HPV association
2025-Nov-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-025-01164-5
PMID:41286405
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中MYB与HPV的关联 | 首次在单细胞水平证明HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌中HPV阳性细胞与MYB表达的相关性,并发现与预后相关的基因特征 | 样本量较小,仅分析单个HMSC肿瘤,需要进一步验证 | 探究HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌的分子特征及其与MYB的关联 | HPV相关多表型鼻腔鼻窦癌肿瘤样本 | 单细胞组学 | 鼻腔鼻窦癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 1个HMSC肿瘤样本,与已发表的ACC和OPSCC数据集比较 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1604 | 2025-11-29 |
scKGBERT: a knowledge-enhanced foundation model for single-cell transcriptomics
2025-Nov-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03862-6
PMID:41286991
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研究论文 | 开发了一种整合单细胞转录组数据和蛋白质相互作用知识的基础模型scKGBERT | 首次将4100万单细胞RNA-seq图谱与890万蛋白质相互作用数据整合,采用高斯注意力机制强调关键基因 | NA | 提高单细胞转录组数据的生物解释性和预测性能 | 单细胞转录组数据和蛋白质相互作用网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BERT, 基础模型 | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据 | 4100万单细胞RNA-seq图谱, 890万蛋白质相互作用 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1605 | 2025-11-29 |
Integrative transcriptomic profiling and machine learning reveal hypoxia-associated molecular signatures for precision diagnosis in thyroid eye disease
2025-Nov-24, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00860-4
PMID:41287009
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析和机器学习方法,开发了一种基于缺氧相关分子标志物的甲状腺眼病精准诊断模型 | 首次将缺氧相关基因特征与机器学习算法结合,构建甲状腺眼病诊断模型,并在单细胞水平验证关键基因的表达模式 | 样本量相对有限,需要更大规模的前瞻性研究验证模型的临床适用性 | 开发甲状腺眼病的早期精准诊断方法和探索潜在治疗靶点 | 甲状腺眼病患者、无眼部受累的Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | 机器学习 | 甲状腺眼病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析 | 随机森林, 逻辑回归 | RNA测序数据 | 甲状腺眼病患者、Graves甲亢患者和健康对照者的外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1606 | 2025-11-29 |
HMGA2 links morphological evolution and microenvironment dynamics to systemic therapy response in clear cell renal cell carcinoma
2025-Nov-24, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012568
PMID:41290257
|
研究论文 | 本研究探讨HMGA2在透明细胞肾细胞癌形态演变和肿瘤微环境动态中的作用及其对系统治疗反应的影响 | 首次通过空间转录组学揭示HMGA2表达与ccRCC形态演变的关联,并发现HMGA2高表达肿瘤对免疫检查点抑制剂联合治疗更敏感 | 需要额外的实验研究来验证这些机制 | 研究HMGA2在ccRCC形态演变、肿瘤微环境动态和系统治疗反应中的作用 | 透明细胞肾细胞癌患者样本 | 数字病理学 | 肾癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序,免疫组织化学,多重免疫组织化学,bulk RNA测序 | NA | 转录组数据,图像数据 | 原发性ccRCC样本和转移性ccRCC队列 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
| 1607 | 2025-11-29 |
Chemically Defined, Efficient Megakaryocyte Production from Human Pluripotent Stem Cells
2025-Nov-20, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14221835
PMID:41294888
|
研究论文 | 开发了一种化学限定、无饲养层的人类多能干细胞高效生成巨核细胞的方法 | 使用小分子MPL激动剂Butyzamide替代重组TPO,结合M-CSF和3D悬浮培养,实现高效、可重复的巨核细胞生产 | NA | 建立标准化、供体独立的巨核细胞生产平台,用于研究和治疗开发 | 人类多能干细胞(hPSCs)及其衍生的巨核细胞(PSC-MKs) | 干细胞与再生医学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序,三维悬浮培养 | NA | 基因表达数据,细胞表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1608 | 2025-11-29 |
Genetic Evidence Prioritizes Neurocognitive Decline as a Causal Driver of Sleep Disturbances: A Multi-Omics Analysis Identifying Causal Genes and Therapeutic Targets
2025-Nov-20, Current issues in molecular biology
IF:2.8Q3
DOI:10.3390/cimb47110967
PMID:41296471
|
研究论文 | 通过多阶段遗传学和多组学分析,揭示了神经认知衰退是睡眠障碍的因果驱动因素,并识别了相关因果基因和治疗靶点 | 首次通过大规模双向孟德尔随机化分析确定了神经认知衰退与睡眠障碍之间的不对称因果关系模式,并结合多组学分析识别了细胞类型特异性的基因调控机制 | 研究主要基于遗传数据,需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 阐明睡眠障碍与神经退行性疾病之间的因果关系并识别治疗靶点 | 阿尔茨海默病和睡眠障碍的遗传关联 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 孟德尔随机化分析,多组学分析,机器学习,分子对接 | 机器学习模型 | 遗传数据,转录组数据 | 大规模遗传样本 | NA | bulk RNA-seq,单细胞转录组学 | NA | NA |
| 1609 | 2025-11-29 |
Dysregulated ITGA3/FAK/YAP axis mediates impaired alveolar type II epithelial cells function in COPD
2025-Nov-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.11.033
PMID:41270956
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞基因组学、临床前模型和功能类器官研究,阐明了ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在慢性阻塞性肺疾病中肺泡II型上皮细胞更新功能障碍的核心调控作用 | 首次揭示ROS/ITGA3/FAK/YAP轴在COPD肺泡再生缺陷中的核心调控机制,并证明ROS/ITGA3可作为COPD再生治疗的新靶点 | 研究主要基于动物模型和类器官实验,需要在人体组织中进一步验证 | 阐明COPD中肺泡II型上皮细胞功能受损的分子机制和再生缺陷 | 肺泡II型上皮细胞、慢性香烟烟雾暴露小鼠模型、肺泡类器官 | 单细胞基因组学 | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色、类器官培养、遗传操作、药理学干预 | NA | 单细胞RNA测序数据、图像数据 | 患者和香烟烟雾暴露小鼠来源的样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1610 | 2025-11-29 |
Cathepsin B overexpression and lysosomal leakage in inflammatory microglia promote neuroinflammation in olfactory dysfunction by triggering mitochondrial dysfunction and pyroptosis
2025-Nov-19, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2025.106188
PMID:41271184
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示组织蛋白酶B在炎症小胶质细胞中通过诱导线粒体功能障碍和细胞焦亡促进嗅觉功能障碍神经炎症的机制 | 首次在嗅觉功能障碍模型中鉴定出三种不同的小胶质细胞状态,并发现组织蛋白酶B是调控炎症小胶质细胞活性的关键因子 | 研究主要基于小鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究嗅觉功能障碍中小胶质细胞的动态变化及其在神经炎症中的作用机制 | 小鼠嗅球组织、BV2细胞系和原代小胶质细胞 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠嗅球在损伤后0、7和30天的时间点 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1611 | 2025-11-29 |
Facial Clefts and the Trigeminal Nerve: A Narrative Review of the Literature and Clinical Considerations in the Era of Personalized Medicine
2025-Nov-15, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm15110556
PMID:41295258
|
综述 | 探讨三叉神经发育与面部裂畸形之间的关联,为个性化医疗时代提供神经发育视角的临床考量 | 提出三叉神经发育障碍在面部裂畸形发病机制中的关键作用,并建立基于神经支配区域的新型分类框架 | 叙述性综述方法存在文献选择性覆盖和缺乏定量综合的局限性 | 探索三叉神经发育对面部裂畸形的影响及其在个性化医疗中的应用 | 面部裂畸形患者、畸形胎儿和正常人类胚胎的组织学数据 | 医学胚胎学 | 面部裂畸形 | 组织学分析、单细胞转录组学、类器官模型、胎儿MRI纤维束成像 | NA | 胚胎学、解剖学和临床数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1612 | 2025-11-29 |
Endothelial Heterogeneity in Pulmonary Hypertension
2025-Nov-13, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.125.322482
PMID:41230600
|
综述 | 本文总结了肺高血压中内皮细胞异质性的最新研究进展,重点关注特定内皮细胞亚群的作用及靶向内皮功能障碍的新型治疗策略 | 整合前沿技术揭示内皮异质性如何塑造肺高血压的疾病轨迹,为未来治疗创新开辟新途径 | NA | 探讨肺高血压中内皮细胞异质性对疾病发展的影响 | 肺内皮细胞及其亚群 | 单细胞生物学 | 肺高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1613 | 2025-11-29 |
Single-cell resolution spatial transcriptomic signature of the retrosplenial cortex during memory consolidation
2025-Nov-04, Molecular psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1038/s41380-025-03331-3
PMID:41188622
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学揭示了压后皮层在空间记忆巩固过程中的分子特征 | 首次在单细胞分辨率下解析了压后皮层在记忆巩固过程中的转录组特征,并发现了阿尔茨海默病模型中的神经元激活异常 | 研究主要聚焦于早期记忆巩固阶段,未涵盖完整记忆过程 | 探索压后皮层在空间记忆巩固中的分子机制 | 小鼠压后皮层神经元 | 空间转录组学 | 阿尔茨海默病及相关痴呆 | 空间转录组学,化学遗传学,深度学习 | 深度学习计算工具 | 空间转录组数据 | 成年小鼠压后皮层样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Xenium | Xenium空间转录组分析 |
| 1614 | 2025-11-29 |
PLIN2 exacerbates Allergic Rhinitis by inhibiting PINK1/Parkin-mediated mitophagy
2025-Nov-03, Immunology letters
IF:3.3Q3
DOI:10.1016/j.imlet.2025.107107
PMID:41192682
|
研究论文 | 本研究探讨了PLIN2通过抑制PINK1/Parkin介导的线粒体自噬加剧变应性鼻炎的机制 | 首次揭示PLIN2通过抑制PINK1/Parkin介导的线粒体自噬在变应性鼻炎中的促炎作用机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,需要进一步临床验证 | 探究PLIN2在变应性鼻炎中的促炎作用及其调控线粒体自噬的分子机制 | 变应性鼻炎患者鼻黏膜组织、OVA诱导的小鼠AR模型、Der p1刺激的人鼻上皮细胞 | 生物医学研究 | 变应性鼻炎 | 单细胞RNA测序, Western blotting, qRT-PCR, 流式细胞术, ELISA, 免疫荧光/组织染色 | 动物疾病模型, 细胞模型 | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞功能数据 | GEO数据库GSE261706数据集(包含AR患者和健康对照鼻黏膜样本), 实验动物模型, 细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1615 | 2025-11-29 |
Single-cell profiling of blood and cerebrospinal fluid in tuberculous meningitis
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf186
PMID:40795373
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析结核性脑膜炎患者脑脊液和血液的免疫细胞特征 | 首次在脑感染领域应用单细胞RNA测序技术分析脑脊液样本,揭示了脑脊液特异性免疫细胞亚群和炎症特征 | 样本量较小(仅4例患者),且仅分析了治疗前的样本 | 探索结核性脑膜炎患者脑脊液和血液中的免疫病理机制 | 结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血单个核细胞 | 单细胞测序 | 结核性脑膜炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4例结核性脑膜炎患者的脑脊液和配对外周血样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1616 | 2025-11-29 |
Single-cell transcriptomics reveals dynamics of natural killer cell expansion in a feeder cell-free culture of peripheral blood mononuclear cells-implications for immunotherapy
2025-Oct-25, Cytotherapy
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.jcyt.2025.10.004
PMID:41308233
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了在无饲养细胞的外周血单个核细胞培养中自然杀伤细胞扩增的动态过程及其对免疫治疗的意义 | 首次在无饲养细胞培养系统中使用单细胞转录组学技术追踪NK细胞扩增过程,识别了影响供体间变异性的关键因素和潜在生物标志物 | 研究仅包含三个供体样本,样本量较小,限制了结果的普遍适用性 | 识别影响供体外周血单个核细胞体外扩增NK细胞过程中供体间变异性的因素 | 来自三个供体的外周血单个核细胞在体外培养的NK细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞转录组测序 | 轨迹推断,差异基因表达分析 | 单细胞RNA测序数据 | 3个供体的外周血单个核细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1617 | 2025-11-29 |
IGF1R deficiency mitigates acute lung injury by promoting anti-inflammatory transcriptional profiles
2025-Oct-22, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03339-x
PMID:41126254
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研究论文 | 本研究通过单细胞和批量RNA测序分析,揭示IGF1R缺陷通过调控转录和表观遗传特征减轻急性肺损伤 | 首次系统阐明IGF1R缺陷通过调节细胞因子风暴、DNA损伤、代谢重编程和表观遗传调控等多重机制缓解急性肺损伤 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证有限;未涉及临床治疗应用 | 探究IGF1R在急性肺损伤发病机制中的作用及潜在治疗价值 | 人类COVID-19患者肺组织、小鼠肺组织、原代小鼠胚胎成纤维细胞 | 生物医学研究 | 急性肺损伤/COVID-19 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 蛋白质检测, DNA损伤评估, 甲基化分析 | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 表观遗传数据 | 人类COVID-19病例和对照捐赠者肺组织、博来霉素诱导的Igf1r缺陷小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1618 | 2025-11-29 |
Transcriptomic Profiling of Bronchial Epithelium Reveals Dysregulated Interferon and Inflammatory Responses to Rhinovirus in Exacerbation-Prone Pediatric Asthma
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.19.683298
PMID:41279354
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研究论文 | 本研究通过转录组分析揭示易急性发作儿童哮喘患者支气管上皮细胞对鼻病毒感染的干扰素和炎症反应失调机制 | 首次在器官型支气管上皮培养模型中结合bulk和单细胞转录组学,揭示易急性发作哮喘儿童存在基线干扰素应答低下和病毒感染后反应过度现象 | 研究样本量有限,且为体外培养模型,需在更大队列和体内模型中验证 | 阐明鼻病毒诱发哮喘急性发作的宿主易感性机制 | 哮喘儿童和健康儿童的器官型支气管上皮细胞培养物 | 转录组学 | 哮喘 | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 靶向蛋白分析 | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 特征明确的哮喘儿童和健康儿童的支气管上皮样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1619 | 2025-11-29 |
Entrywise splitting cross-validation in generalized factor models: from sample splitting to entrywise splitting
2025-Oct-08, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1093/biomtc/ujaf153
PMID:41311195
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研究论文 | 本文提出了一种基于条目分割的交叉验证方法,用于确定广义因子模型中的因子数量 | 提出条目分割而非样本分割的交叉验证方法,并引入带惩罚项的条目分割交叉验证准则 | NA | 解决广义因子模型中因子数量确定的挑战 | 广义因子模型和因子数量确定方法 | 机器学习 | NA | 交叉验证,信息理论准则 | 广义因子模型 | 多元数据(包括二元选择、计数和连续观测值) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1620 | 2025-11-29 |
Multi-omics integration at cell type resolution uncovers gene-metabolite mechanisms underlying osteoarthritis heterogeneity
2025-Sep-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.09.26.678886
PMID:41256619
|
研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和代谢组学数据,在细胞类型分辨率下揭示骨关节炎异质性的基因-代谢物机制 | 首次在细胞类型分辨率下构建基因-代谢物关联网络,发现细胞类型特异性和泛细胞类型枢纽分子 | 样本量相对有限(119例患者),未涉及其他组学数据整合 | 揭示骨关节炎代谢失调的分子机制和异质性基础 | 119例骨关节炎患者的骨髓样本 | 机器学习 | 骨关节炎 | 代谢组学, 单细胞转录组学 | 机器学习模型 | 代谢组数据, 单细胞转录组数据 | 119例骨关节炎患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 代谢组学 | NA | NA |