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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1601 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61184-4
PMID:40615364
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研究论文 | 通过单细胞分析研究dup15q综合征在自闭症中的发育和出生后分子变化 | 首次结合皮质类器官和死后脑样本的单细胞测序,揭示dup15q综合征在胎儿期和青少年-成人期的细胞类型特异性分子变化 | 研究样本数量未明确说明,且依赖死后脑组织可能存在保存质量问题 | 研究dup15q综合征在自闭症发病机制中的分子基础 | dup15q患者来源的iPSCs皮质类器官和死后脑样本 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,基因共表达网络分析 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
1602 | 2025-10-05 |
SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.29.646124
PMID:40236135
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研究论文 | 提出一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架,用于分析空间组学数据中的分子共表达模式 | 开发了首个基于贝叶斯融合方法的局部和全局分子共表达分析框架,相比主要依赖地理空间指标的传统方法具有更优的特异性和检测能力 | NA | 解决空间组学数据中分子对空间共表达检测方法不足的问题 | 空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对共表达模式 | 空间组学数据分析 | 多种癌症 | 贝叶斯融合建模 | 贝叶斯融合模型 | 空间组学数据(空间转录组学、蛋白质组学) | NA | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
1603 | 2025-10-05 |
A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq技术构建了水螅神经系统的分子、空间和调控图谱 | 首次对水螅神经系统进行全面的分子和空间表征,识别了8种神经元类型和15种转录亚型,并构建了基因调控网络 | NA | 揭示水螅神经系统发育、稳态和再生的分子机制 | 水螅(Hydra vulgaris)神经系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
1604 | 2025-10-05 |
An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression
2025-05-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633
PMID:40408430
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研究论文 | 本研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5来增强T细胞功能并防止其耗竭 | 利用工程化的疱疹病毒TIP蛋白构建非经典平台,强制招募LCK激酶直接激活STAT蛋白,实现细胞因子非依赖的STAT激活 | 研究主要关注STAT5激活,对其他STAT蛋白的应用效果需要进一步验证 | 开发增强T细胞疗法效力的新策略 | CD8+ T细胞 | 免疫工程 | 癌症 | 单细胞转录组学、蛋白质工程 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1605 | 2025-10-05 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
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研究论文 | 开发了一种结合人血浆样培养基的体外稳定同位素示踪方法,用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控 | 首次将人血浆样培养基与稳定同位素示踪技术结合,在保留完整肿瘤微环境的条件下研究胶质瘤代谢 | 体外模型仍无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素示踪, 空间转录组学 | 体外细胞培养模型 | 代谢组数据, 转录组数据 | 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1606 | 2025-10-05 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583414
PMID:38496543
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研究论文 | 通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联 | 首次在玉米和拟南芥中实现茎尖干细胞的大规模单细胞转录组分析,发现保守的干细胞调控因子 | 植物茎尖干细胞获取困难,需精细解剖技术 | 揭示植物茎尖干细胞调控机制并挖掘与产量性状相关的基因 | 玉米和拟南芥的茎尖干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 数千个干细胞表达细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
1607 | 2025-10-05 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 系统评估单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性 | 建立了基于3,682,576个细胞的大规模定量基准,开发了VICE工具评估数据质量并预测差异表达真阳性率 | 研究主要关注单核吞噬细胞,可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
1608 | 2025-10-05 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 本研究通过化学遗传学方法慢性激活中脑多巴胺神经元,揭示了帕金森病中多巴胺神经元退化的新机制 | 首次建立了慢性激活多巴胺神经元的化学遗传学小鼠模型,证明了神经活动增强会导致黑质多巴胺神经元优先退化 | 动物模型研究,需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退化中的作用机制 | 中脑多巴胺神经元,特别是黑质致密部多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学(DREADD),电生理记录,空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据,行为数据,钙成像数据,转录组数据 | DREADD转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1609 | 2025-10-05 |
Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331401
PMID:40920657
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和分子模拟技术揭示广藿香治疗热射病的作用机制 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟系统解析广藿香治疗热射病的分子靶点 | 样本量较小(11例患者和14例健康志愿者),需要更大规模研究验证 | 阐明广藿香治疗热射病的分子作用机制 | 热射病患者和健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 热射病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 网络药理学分析, 分子对接模型 | RNA测序数据, 分子结构数据 | 25例(11例热射病患者+14例健康志愿者) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1610 | 2025-10-05 |
NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.580911
PMID:38464264
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研究论文 | 本研究通过Alport综合征小鼠模型揭示了NAD+补充通过激活肾代谢途径特别是近端小管细胞的脂肪酸氧化来保护慢性肾脏病的机制 | 首次在Alport小鼠模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术,首次报道该模型中转录水平的性别差异,明确了NAD+补充通过近端小管细胞发挥肾脏保护作用的具体机制 | 研究仅限于Alport综合征小鼠模型,尚未在人类或其他慢性肾脏病模型中验证 | 探究NAD+补充保护慢性肾脏病的分子机制和涉及的细胞类型 | Alport综合征小鼠模型 | 代谢研究 | 慢性肾脏病 | bulk RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 正交成像技术, 生化检测 | NA | RNA测序数据, 影像数据, 生化数据 | Alport综合征小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
1611 | 2025-10-05 |
Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells
2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.20.619254
PMID:39484434
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研究论文 | 利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型研究肿瘤内异质性 | 首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型,系统研究细胞起源对肿瘤异质性的影响 | 使用免疫缺陷小鼠模型可能无法完全模拟人类肿瘤微环境 | 探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性 | 人类神经干细胞、胶质祖细胞和少突胶质前体细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三种同源神经细胞系 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1612 | 2025-10-05 |
Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling
2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.30.610447
PMID:39257811
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研究论文 | 本研究揭示了慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导脑膜中性粒细胞增多的机制 | 首次发现慢性应激通过I型干扰素信号通路驱动颅骨骨髓来源的中性粒细胞向脑膜迁移 | 研究仅使用小鼠模型,人类相关性尚需验证 | 探究应激相关障碍中脑膜免疫反应的分子机制 | 小鼠脑膜免疫细胞 | 神经免疫学 | 应激相关障碍 | 流式细胞术,免疫组织化学,组织透明化,单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据,图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1613 | 2025-10-05 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包,用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因 | 引入On-Target Fraction指标量化标记基因特异性,改进算法以识别密切相关的细胞类型间高选择性表达模式的标记基因组合 | NA | 开发可扩展的数据驱动解决方案,识别最小必要且充分的标记基因组合以实现细胞类型分类 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 数百万细胞的大规模单细胞RNA测序图谱 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1614 | 2025-10-05 |
Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution
2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.582173
PMID:38464256
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术揭示了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征 | 首次在单细胞分辨率下定义了儿童肝移植排斥中CD8+ T细胞的克隆扩增和基因表达特征,并发现这些克隆在组织学排斥缓解后仍持续存在 | 样本量相对较小(14名患者),且为回顾性研究 | 探究儿童肝移植急性细胞排斥反应中T细胞的转录组特征和免疫应答机制 | 儿童肝移植患者的肝脏活检组织 | 单细胞生物学 | 肝移植排斥反应 | 单细胞测序,免疫受体谱分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 14名患者的30份冷冻肝脏活检组织(5份移植前或无排斥,9份有排斥) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞免疫受体谱分析 |
1615 | 2025-10-05 |
Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models
2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.04.21.537881
PMID:37162914
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研究论文 | 开发了一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM | 提出使用泊松双线性模型直接建模计数数据,引入快速估计算法可扩展到数百万细胞的数据集,并能量化细胞潜在位置的不确定性 | 未明确说明方法在其他单细胞数据类型上的适用性 | 解决单细胞RNA测序数据降维中标准方法可能诱导虚假异质性和掩盖真实生物学变异的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义双线性模型,泊松双线性模型 | 基因表达计数数据 | 可扩展到数百万细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1616 | 2025-10-05 |
Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein
2023-12-19, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-023-02833-5
PMID:38114492
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析表达抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的转基因烟草叶片 | 首次在植物系统中应用单细胞RNA测序技术分析重组治疗蛋白的组织特异性表达模式 | 仅针对烟草叶片进行研究,未验证其他植物组织或物种 | 优化植物生物质中重组治疗蛋白的生产效率 | 转基因烟草(Nicotiana tabacum)叶片细胞 | 植物生物技术 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 转基因烟草叶片细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1617 | 2025-10-05 |
Autologous Airway Basal Cell Transplantation Alleviates Airway Epithelium Defect in Recurrent Benign Tracheal Stenosis
2023-12-18, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1093/stcltm/szad062
PMID:37804518
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研究论文 | 本研究通过自体气道基底细胞移植联合生物凝胶治疗复发性良性气管狭窄,探索其在气道再上皮化中的治疗效果 | 首次将自体气道基底细胞移植与生物凝胶涂层相结合,应用于气管狭窄的再生治疗 | 研究仅在犬类动物模型中进行,尚未进行人体临床试验 | 探索自体基底细胞移植在恢复气道稳态和治疗气管狭窄中的治疗效果 | 复发性良性气管狭窄患者的气道黏膜和建立气管狭窄模型的犬类 | 单细胞测序 | 气管狭窄 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 犬类动物模型,分为4个实验组,随访16周 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1618 | 2025-10-05 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Angiotensinogen and Galanin as Unique Molecular Markers of Acinar Cells in Murine Salivary Glands
2023-12, Stem cells and development
IF:2.5Q2
DOI:10.1089/scd.2023.0125
PMID:37823745
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析鉴定小鼠唾液腺腺泡细胞的独特分子标记物 | 首次发现血管紧张素原和甘丙肽分别作为颌下腺浆液性腺泡细胞和舌下腺黏液性腺泡细胞的特异性标记物 | 研究仅使用4周龄小鼠,未涵盖其他发育阶段 | 鉴定小鼠颌下腺和舌下腺腺泡细胞的分子标记物 | 小鼠颌下腺和舌下腺组织 | 单细胞组学 | NA | 单细胞RNA测序, RT-qPCR, 免疫组织化学, 免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据 | 4周龄小鼠 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
1619 | 2025-10-05 |
Global decoupling of cell differentiation from cell division in early embryo development
2023-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.29.551123
PMID:37546736
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研究论文 | 本研究通过阻断斑马鱼胚胎细胞周期并采用单细胞RNA测序分析,揭示了细胞分化与细胞分裂在早期胚胎发育中的解耦现象 | 首次在胚胎尺度上证明细胞分裂对所有胚胎组织初始细胞类型分化是非必需的,并展示了结合胚胎水平扰动与单细胞RNA测序的新方法 | 研究仅关注早期原肠胚形成至分节结束阶段,未涉及后期发育过程;细胞分裂缺失导致部分细胞类型分化速度减慢和应激反应 | 探究细胞分裂在细胞分化过程中的作用机制 | 斑马鱼早期胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1620 | 2025-10-05 |
Construction of a gene-metabolite-microbiome regulatory network reveals novel therapeutic targets in bladder cancer through multi-omics analysis
2025-Dec, Annals of medicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1080/07853890.2025.2553220
PMID:40908816
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研究论文 | 通过多组学分析构建膀胱癌的基因-代谢物-微生物调控网络并识别新的治疗靶点 | 首次整合转录组、外显子组、代谢组和微生物组数据构建膀胱癌调控网络,发现成纤维细胞作为核心调控因子 | 样本来源相对有限,需要更大规模验证 | 阐明膀胱癌的发病机制并识别新的治疗靶点 | 膀胱癌患者的肿瘤组织和癌旁组织 | 多组学分析 | 膀胱癌 | 转录组测序,全外显子组测序,代谢组学,微生物组分析,单细胞测序 | 调控网络分析,分子分型 | 基因组数据,转录组数据,代谢组数据,微生物组数据 | 膀胱癌患者组织样本,结合公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序,代谢组学,微生物组分析 | NA | NA |