单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1601	2025-04-03	Multi-omics integration reveals the oncogenic role of eccDNAs in diffuse large B-cell lymphoma through STING signalling 2024-Aug, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.1815 PMID:39183480	research paper	该研究通过多组学整合揭示了eccDNAs通过STING信号通路在弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)中的致癌作用	首次报道了eccDNAs在DLBCL中的重要作用，并发现其通过不依赖cGAS的方式激活STING信号通路	研究主要基于体外实验和动物模型，需要进一步临床验证	探究eccDNAs在DLBCL中的致癌机制及潜在治疗策略	弥漫性大B细胞淋巴瘤(DLBCL)患者样本和动物模型	肿瘤生物学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	circle-seq、原子力显微镜、CCK-8、scRNA-seq	动物模型	基因组数据、转录组数据	未明确说明具体样本数量，包含患者样本和动物模型
1602	2025-04-03	TNFR1-mediated senescence and lack of TNFR2-signaling limit human intervertebral disc cell repair in back pain conditions 2024-Jun-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.22.581620 PMID:38948728	研究论文	本研究探讨了TNFα受体（TNFRs）在导致疼痛性椎间盘退变（IVDD）愈合不良中的不同作用	揭示了TNFR1和TNFR2在椎间盘细胞修复中的不同作用，提出了针对疼痛性IVDD的免疫调节治疗策略	研究主要基于体外实验，未进行体内验证	探究TNFα受体在椎间盘退变愈合不良中的作用机制	人类椎间盘退变组织和椎间盘细胞	NA	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	人类椎间盘退变组织样本
1603	2025-04-03	Hierarchically Assembled Nanofiber Scaffold Guides Long Bone Regeneration by Promoting Osteogenic/Chondrogenic Differentiation of Endogenous Mesenchymal Stem Cells 2024-06, Small (Weinheim an der Bergstrasse, Germany) DOI:10.1002/smll.202309868 PMID:38259052	研究论文	研究开发了一种三维垂直排列的纳米纤维支架(VAS)，用于促进内源性间充质干细胞向成骨/软骨分化，从而引导长骨再生	开发了具有长通道和大孔径的三维垂直排列纳米纤维支架(VAS)，能够从骨髓腔招募BMSCs到缺损区域，并通过单细胞测序发现VAS的三维纳米拓扑结构能促进BMSCs向软骨细胞和成骨细胞分化	NA	开发有效促进长骨再生的新一代支架	骨髓间充质干细胞(BMSCs)和长骨缺损	组织工程	长骨缺损	单细胞测序	NA	测序数据、免疫组织化学染色数据	NA
1604	2025-04-03	Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes 2024-Apr-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-47399-x PMID:38670944	研究论文	通过精细定位分析，识别出136个潜在的结直肠癌易感基因	发现了56个以前未报告的结直肠癌易感基因，并揭示了与结直肠癌风险相关的新通路	部分关联信号和因果变异的确认仍需进一步实验验证	精细定位已知的结直肠癌风险位点，识别因果变异和目标基因	254,000多名东亚和欧洲后裔的GWAS数据，以及结直肠组织特异性转录组和甲基化数据	基因组学	结直肠癌	GWAS, cis-eQTL/mQTL分析, 单细胞RNA-seq, 全外显子组测序	NA	基因组数据, 转录组数据, 甲基化数据	100,204例病例和154,587例对照的GWAS数据，1299例和321例的结直肠组织特异性数据
1605	2025-04-03	Air Pollutants and Mortality Risk in Patients with Aortic Dissection: Evidence from a Clinical Cohort, Single-Cell Sequencing, and Proteomics 2024-Apr-16, Environmental science & technology IF:10.8Q1 DOI:10.1021/acs.est.4c00534 PMID:38561599	research paper	评估空气污染物与急性主动脉夹层患者死亡风险的关联，并探讨细颗粒物（PM2.5）诱导不良预后的潜在机制	结合纵向队列研究、单细胞测序和蛋白质组学，首次揭示PM2.5通过激活肥大细胞和炎症反应增加主动脉夹层患者死亡风险的机制	研究仅基于单一临床队列，未考虑其他潜在混杂因素对结果的干扰	探究空气污染物对急性主动脉夹层患者预后的影响及其生物学机制	1,267名急性主动脉夹层患者	临床医学	心血管疾病	单细胞测序、蛋白质组学、多变量Cox回归模型	Cox回归模型	临床数据、组学数据	1,267名急性主动脉夹层患者
1606	2025-04-03	An ultra high-throughput, massively multiplexable, single-cell RNA-seq platform in yeasts 2024-04, Yeast (Chichester, England) DOI:10.1002/yea.3927 PMID:38282330	research paper	该论文优化并应用了一种高通量单细胞RNA测序平台SPLiT-seq于酵母研究，实现了对多种酵母物种和倍性的43,388个细胞的转录组分析	采用组合条形码策略，实现了高通量、低成本、无需专用设备的单细胞RNA测序，能够同时处理数百种酵母基因型或生长条件	主要针对酵母研究，可能不直接适用于其他生物体系	开发并优化适用于酵母的高通量单细胞RNA测序技术	多种酵母物种和倍性的单细胞	基因组学	NA	SPLiT-seq (单细胞RNA测序)	NA	RNA-seq数据	43,388个酵母细胞
1607	2025-04-03	Profibrotic VEGFR3-Dependent Lymphatic Vessel Growth in Autoimmune Valvular Carditis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320326 PMID:38269589	研究论文	本研究揭示了自身免疫性瓣膜性心脏炎中VEGFR3依赖的淋巴管生长新机制及其与人类风湿性心脏病的相似性	发现了瓣膜表面内皮细胞在疾病进展中形成新的毛细淋巴管，并鉴定了一类新型淋巴瓣膜内皮细胞，其转录谱与其他瓣膜内皮细胞不同	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证相对有限	探究内皮细胞在风湿性心脏病中的作用机制	小鼠模型中的自身免疫性瓣膜性心脏炎和人类风湿性心脏病患者的瓣膜组织	心血管疾病	风湿性心脏病	单细胞RNA测序、免疫染色、常规组织学、超声心动图	K/B.g7小鼠模型	基因表达数据、影像数据、组织学数据	小鼠模型和人类风湿性心脏病患者的瓣膜组织
1608	2025-04-03	Characterizing the T Cell Repertoire in the Proximal Airway in Health and Disease 2024-04, The Laryngoscope DOI:10.1002/lary.31088 PMID:37787469	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究健康与疾病状态下近端气道T细胞受体库的特征	首次比较了健康对照组与SGS和iLTS患者的T细胞受体库多样性，发现其多样性无显著差异，并揭示了高频率克隆型的目标仍未明确	高频率克隆型的目标尚未在公共数据集中找到匹配，研究样本量相对较小	探究近端气道在健康和疾病状态下的T细胞受体库特征	健康对照、特发性声门下狭窄（iSGS）和喉气管狭窄（iLTS）患者的近端气道黏膜	免疫学	喉气管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Immunarch生物信息学流程	RNA序列数据	iSGS患者24例，iLTS患者8例，健康对照7例
1609	2025-04-03	Supermultipotency and unpredictability in the developing superior colliculus 2024-Apr, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2024.03.001 PMID:38514350	research paper	该研究通过结合谱系追踪和单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了发育中的上丘（SC）的意外特征	发现极度多能的单个祖细胞能够生成所有类型的SC神经元和胶质细胞，且这些细胞的定位模式并非预先确定，展示了SC发育中显著的不可预测性	NA	探索发育中的上丘（SC）的细胞生成模式和机制	发育中的上丘（SC）的祖细胞及其生成的神经元和胶质细胞	发育生物学	NA	谱系追踪，单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
1610	2025-04-03	Silencing XIST on the future active X: Searching human and bovine preimplantation embryos for the repressor 2024-Apr, European journal of human genetics : EJHG IF:3.7Q2 DOI:10.1038/s41431-022-01115-9 PMID:35585273	研究论文	研究人类和牛胚胎中XIST基因的沉默机制，探讨X染色体活性保护的分子基础	首次在人类和牛胚胎中证实XIST基因在未来活性X染色体上的低表达，并鉴定出DNMT1、UHRF1、SAFB和SAFB2等可能参与XIST抑制的基因	研究仅关注了19p13.3-13.2区域的候选基因，可能遗漏其他重要调控因子	探索X染色体活性保护的分子机制	人类和牛植入前胚胎	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	RNA测序数据	人类和牛植入前胚胎（未明确具体数量）
1611	2025-04-03	Potential Therapeutic Targets for Hypotension in Duchenne Muscular Dystrophy 2024-Apr, Medical hypotheses IF:2.1Q3 DOI:10.1016/j.mehy.2024.111318 PMID:38585412	research paper	该研究探讨了杜氏肌营养不良症（DMD）患者低血压的潜在治疗靶点	通过单细胞RNA测序数据识别出KCNQ5和RyR2作为DMD患者低血压的潜在候选基因	机制尚不明确，需进一步研究验证	探索DMD患者低血压的分子机制及潜在治疗靶点	DMD患者及DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞	分子生物学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	DMD突变小鼠的血管平滑肌细胞
1612	2025-04-03	Multimodal Analytical Tools to Enhance Mechanistic Understanding of Aortic Valve Calcification 2024-04, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2023.06.017 PMID:37517686	综述	本文综述了用于增强主动脉瓣钙化机制理解的多模态分析工具	整合转录组学、蛋白质组学和分子成像技术，提供对CAVD的全方位研究视角	未提及具体实验数据或样本量的限制	促进钙化性主动脉瓣疾病(CAVD)和药物靶点研究的进展	主动脉瓣钙化的分子机制和细胞行为	生物医学研究	心血管疾病	转录组学(bulk RNA测序和单细胞RNA测序)、蛋白质组学、分子成像(PET/CT)	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据、影像数据	NA
1613	2025-04-03	High-Dimensional Single-Cell Multimodal Landscape of Human Carotid Atherosclerosis 2024-04, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320524 PMID:38385291	研究论文	该研究通过单细胞多组学技术详细描述了人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其与临床病理生理学的关联	首次通过单细胞转录组和表位测序技术全面描绘了颈动脉粥样硬化的细胞图谱，发现了多种新的细胞亚群及其功能特征	样本量相对较小(n=21)，且主要关注颈动脉病变，可能无法完全代表其他部位的动脉粥样硬化	深入了解人类颈动脉粥样硬化的细胞组成及其临床意义	人类颈动脉粥样硬化斑块中的细胞群体	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和转录组与表位细胞索引测序	NA	单细胞多组学数据	21例人类颈动脉病变样本(13例有症状)
1614	2025-04-03	Neutrophils facilitate the epicardial regenerative response after zebrafish heart injury 2024-Apr, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2024.01.011 PMID:38286185	研究论文	研究中性粒细胞在斑马鱼心脏再生早期事件中的作用及其分子机制	揭示了中性粒细胞通过FGF和MAPK/ERK信号通路促进心外膜细胞再生反应的新机制	研究仅基于斑马鱼模型，未在哺乳动物中进行验证	探究中性粒细胞在心脏再生早期事件中的功能	斑马鱼心脏再生过程中的中性粒细胞和心外膜细胞	再生医学	心血管疾病	scRNA-seq分析	斑马鱼心脏损伤模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用1天后的中性粒细胞进行分析
1615	2025-04-03	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2024-01-25, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03174-1 PMID:38273415	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于在靶向空间转录组学中选择基因面板	gpsFISH通过建模和调整平台效应，优化已知细胞类型的检测，优于现有方法，并能整合细胞类型层次结构和自定义基因偏好	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术间的平台效应	开发一种计算方法来优化靶向空间转录组学中的基因面板选择	复杂组织中的细胞类型和过程	生物信息学	NA	靶向空间转录组学	gpsFISH	转录组数据	NA
1616	2025-04-03	A pancreatic cancer organoid platform identifies an inhibitor specific to mutant KRAS 2024-01-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.11.011 PMID:38151022	研究论文	该研究开发了一个高通量药物筛选平台，利用同基因小鼠胰腺类器官筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂	首次报道了利用同基因胰腺类器官平台筛选出针对KRAS突变胰腺癌的特异性抑制剂perhexiline maleate，并揭示了其通过调控胆固醇合成通路发挥作用的机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体临床试验中验证	开发针对KRAS突变胰腺癌的特异性治疗方法	胰腺导管腺癌(PDAC)及其相关KRAS突变	癌症研究	胰腺癌	高通量药物筛选、scRNA-seq	胰腺类器官模型	基因表达数据	超过6000种化合物筛选，使用同基因小鼠胰腺类器官和原代人PDAC类器官
1617	2025-04-03	Randomized Phase II Trial of Dendritic Cell/Myeloma Fusion Vaccine with Lenalidomide Maintenance after Upfront Autologous Hematopoietic Cell Transplantation for Multiple Myeloma: BMT CTN 1401 2023-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-0235 PMID:37463058	研究论文	评估树突状细胞/多发性骨髓瘤融合疫苗联合来那度胺维持治疗在自体造血细胞移植后的效果	首次在随机II期试验中评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗的临床反应率和免疫诱导效果	疫苗组与对照组在1年后的完全缓解率无统计学显著差异	评估DC/MM融合疫苗联合来那度胺维持治疗对多发性骨髓瘤患者的疗效	多发性骨髓瘤患者	肿瘤免疫治疗	多发性骨髓瘤	DC/MM融合疫苗技术、单细胞转录组学	NA	临床数据、免疫学数据	203名患者入组，140名随机分组，63名成功生产疫苗
1618	2025-04-02	Comprehensive single-cell profiling of T and B cell subsets in mice reveals impacts on memory immune responses in FMDV infection 2025-May, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2025.110496 PMID:40090183	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，全面分析了小鼠T细胞和B细胞亚群在口蹄疫病毒(FMDV)感染中对记忆免疫反应的影响	首次利用单细胞RNA测鉴定了小鼠脾脏中大多数T和B细胞亚群的特定基因标记，揭示了FMDV感染对记忆细胞功能的独特影响机制	研究仅限于小鼠模型，尚未在更大动物模型或人体中进行验证	探究FMDV感染对记忆免疫反应的影响机制	小鼠脾脏中的T细胞和B细胞亚群	免疫学	口蹄疫	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确说明具体样本数量的小鼠脾脏细胞
1619	2025-04-02	Central FGF19 signaling enhances energy homeostasis and adipose tissue thermogenesis through sympathetic activation in obese mice 2025-Apr-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00488.2024 PMID:40059865	research paper	研究探讨了中枢FGF19信号通过激活交感神经增强肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的机制	揭示了FGF19不仅通过减少食物摄入，还能通过激活交感神经增强白色和棕色脂肪组织的产热作用	研究主要在肥胖小鼠模型中进行，人类中的效果尚不明确	探究中枢FGF19信号对肥胖小鼠能量稳态和脂肪组织产热的影响	饮食诱导的肥胖（DIO）小鼠	代谢研究	肥胖症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	肥胖小鼠模型
1620	2025-04-02	Integrated multi-omics analyses provide new insights into genomic variation landscape and regulatory network candidate genes associated with walnut endocarp 2025-Apr, The Plant journal : for cell and molecular biology DOI:10.1111/tpj.70113 PMID:40162720	研究论文	本研究通过整合多组学分析，揭示了核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络候选基因	构建了核桃品种'湘灵'的高质量基因组组装和八个核桃物种的图形结构泛基因组，通过GWAS鉴定了与核桃驯化和改良相关的19个位点，并通过多组学分析揭示了与次生细胞生物合成和木质素积累相关的候选基因	研究主要集中于核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异，对其他性状的遗传基础研究较少	系统阐明核桃内果皮发育和壳厚度的遗传变异和调控网络	波斯核桃（Juglans regia）及其八个近缘种	基因组学	NA	多组学分析（包括转录组学、代谢组学、DNA甲基化和空间转录组学）和GWAS	NA	基因组序列、转录组数据、代谢组数据、DNA甲基化数据和空间转录组数据	285个核桃种质资源