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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1601 | 2025-10-05 |
Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1
2025-Sep, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70167
PMID:40624910
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研究论文 | 本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制 | 首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致神经炎症相关认知功能障碍,并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类中验证;观察期较短,长期效果未知 | 阐明衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的具体作用机制 | C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序,高尔基染色,全细胞膜片钳记录,Western blotting,免疫荧光 | 小鼠神经炎症模型 | 基因表达数据,电生理记录,行为学数据,蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量,使用C57BL/6J小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1602 | 2025-10-05 |
Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the Glycolysis-related gene GPRC5A as a potential biomarker for gastric cancer by machine learning
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147059
PMID:40865843
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研究论文 | 本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学,通过机器学习识别糖酵解相关基因GPRC5A作为胃癌潜在生物标志物 | 开发了基于四分位距的糖酵解活性评估新方法,解决了以往评分方法分辨率不足和稳健性有限的问题 | NA | 识别胃癌糖酵解代谢相关生物标志物,为早期诊断和靶向治疗提供支持 | 胃癌细胞和组织 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,机器学习 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
1603 | 2025-10-05 |
A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity
2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.19.670635
PMID:40894544
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学等技术,揭示了光敏性自身免疫疾病中角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞的炎症级联反应机制 | 首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞在光敏性自身免疫中的核心作用,并阐明其通过角质形成细胞-成纤维细胞轴被招募至真皮-表皮连接处的空间协调机制 | 研究主要基于体外模型和有限临床样本,需要更大规模的临床验证 | 阐明紫外线B暴露引发皮肤特异性自身免疫的分子机制 | 皮肤红斑狼疮和皮肌炎患者的皮肤组织及体外细胞模型 | 数字病理学 | 自身免疫性皮肤病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学(seqFISH+), 体外建模 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 未明确样本数量,包括患者皮肤组织和体外细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | seqFISH+空间转录组技术 |
1604 | 2025-10-05 |
High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging
2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011
PMID:40850650
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研究论文 | 通过高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老过程中空间分辨的基因模块和脂肪酸代谢失调 | 首次利用高分辨率空间转录组技术构建人类眼睑皮肤衰老图谱,发现表皮脂肪酸合成减少是皮肤衰老的新特征 | 研究主要聚焦于眼睑皮肤,其他皮肤区域的变化可能有所不同 | 解析人类皮肤衰老的分子机制和空间特征 | 人类眼睑皮肤组织、原代人角质形成细胞、重建全层皮肤模型(T-Skin) | 空间转录组学 | 皮肤衰老 | 空间增强分辨率组学测序、多重FISH | NA | 空间转录组数据、图像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1605 | 2025-10-05 |
Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury
2025-Aug-22, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021
PMID:40850621
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研究论文 | 本研究通过整合空间和功能代谢分析,发现肾小管粗升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽 | 首次通过整合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术,系统揭示了肾小管粗升支在急性肾损伤中的特殊代谢脆弱性 | 研究主要基于动物模型和有限的临床样本,需要在更大规模的人群研究中进一步验证 | 探索急性肾损伤的代谢机制和肾脏能量代谢的空间分布特征 | 小鼠模型和人类肾移植患者的肾脏组织 | 空间生物学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学, 单细胞转录组学, 免疫荧光, 同位素示踪成像 | NA | 转录组数据, 图像数据, 代谢数据 | 小鼠模型和人类肾移植患者样本 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1606 | 2025-10-05 |
FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence
2025-Aug-14, HGG advances
DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494
PMID:40814172
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了FAHD1在肝细胞癌中调控丙酮酸代谢的因果机制及其在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 首次整合单细胞转录组学、空间定位和遗传因果推断方法,识别出丙酮酸高活性上皮亚群及其与肿瘤核心区域的代谢分区特征,发现FAHD1作为丙酮酸代谢的因果驱动因子 | 研究主要基于观察性数据和体外模型验证,需要进一步的体内实验和临床试验确认FAHD1靶向治疗的临床价值 | 探索肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控机制及其在肿瘤微环境中的空间分布特征 | 肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群、癌症相关成纤维细胞及其相互作用 | 多组学整合分析 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序、空间转录组、孟德尔随机化分析、分子对接 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
1607 | 2025-10-05 |
Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease
2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03523-2
PMID:40783543
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研究论文 | 本研究通过饮食诱导的高同型半胱氨酸血症小鼠模型,探讨星形胶质细胞信号对微胶质细胞表型的性别特异性影响 | 首次揭示星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对微胶质细胞表型调控存在性别二态性 | 样本量较小,需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结果 | 研究星形胶质细胞信号在高同型半胱氨酸血症诱导的脑小血管病中对微胶质细胞表型的调控作用 | 7-8周龄雄性和雌性C57BL/6J小鼠 | 神经科学 | 脑小血管病 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学,Western blot | NA | 基因表达数据,蛋白质数据 | 未明确具体数量的小鼠样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1608 | 2025-10-05 |
Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas
2025-Aug, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-025-02285-0
PMID:40775269
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研究论文 | 本研究构建了一个跨物种单细胞肾脏图谱,并开发了CellSpectra计算工具用于分析个体患者通路基因表达协调性变化 | 开发了CellSpectra计算工具,能够量化细胞功能间基因表达协调性变化,并创建了包含140个样本、超过100万个细胞的跨物种单细胞肾脏图谱 | NA | 推动单细胞方法在临床精准医学中的应用,解决个体患者细胞类型特异性分子变化识别和跨物种差异的挑战 | 人类和啮齿类动物的肾脏细胞 | 单细胞分析 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | CellSpectra计算工具 | 单细胞基因表达数据 | 140个样本,超过100万个细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1609 | 2025-10-05 |
Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles
2025-Aug, JTCVS open
DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013
PMID:40923070
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研究论文 | 本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析,探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的主动脉平滑肌细胞表型,揭示亚型特异性基因调控模式 | 单机构研究,样本量有限(特别是单细胞RNA测序仅8例样本),随访时间中位6.16年 | 研究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及其分子机制 | Loeys-Dietz综合征患者(62例,包括TGFBR1/2和SMAD3变异亚型) | 单细胞转录组学 | Loeys-Dietz综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据和单细胞RNA测序数据 | 62例患者(其中59例基因确认),单细胞RNA测序分析8例(3例TGFBR1/2,5例SMAD3) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1610 | 2025-10-05 |
CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis
2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.05.574376
PMID:38903082
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研究论文 | 本研究揭示了CREB在酒精性胰腺炎中驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制 | 首次阐明CREB与致癌Kras在慢性炎症环境下协同促进胰腺癌进展的分子机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需进一步验证 | 探究CREB在酒精性胰腺炎促进胰腺癌进展中的作用机制 | 遗传修饰小鼠模型(Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+)和腺泡细胞 | 癌症生物学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, Western blotting, 磷酸激酶阵列, 定量PCR, 谱系追踪 | 遗传小鼠模型 | 基因表达数据, 组织学图像, 蛋白质印迹数据 | 多种遗传背景的小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1611 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism
2025-Jul-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-61184-4
PMID:40615364
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研究论文 | 通过单细胞分析研究dup15q综合征在自闭症中的发育和出生后分子变化 | 首次结合皮质类器官和死后脑样本的单细胞测序,揭示dup15q综合征在胎儿期和青少年-成人期的细胞类型特异性分子变化 | 研究样本数量未明确说明,且依赖死后脑组织可能存在保存质量问题 | 研究dup15q综合征在自闭症发病机制中的分子基础 | dup15q患者来源的iPSCs皮质类器官和死后脑样本 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学,基因共表达网络分析 | NA | RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
1612 | 2025-10-05 |
SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets
2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.29.646124
PMID:40236135
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研究论文 | 提出一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架,用于分析空间组学数据中的分子共表达模式 | 开发了首个基于贝叶斯融合方法的局部和全局分子共表达分析框架,相比主要依赖地理空间指标的传统方法具有更优的特异性和检测能力 | NA | 解决空间组学数据中分子对空间共表达检测方法不足的问题 | 空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对共表达模式 | 空间组学数据分析 | 多种癌症 | 贝叶斯融合建模 | 贝叶斯融合模型 | 空间组学数据(空间转录组学、蛋白质组学) | NA | NA | 空间转录组学, 质谱成像 | NA | NA |
1613 | 2025-10-05 |
A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.15.531610
PMID:36993575
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq技术构建了水螅神经系统的分子、空间和调控图谱 | 首次对水螅神经系统进行全面的分子和空间表征,识别了8种神经元类型和15种转录亚型,并构建了基因调控网络 | NA | 揭示水螅神经系统发育、稳态和再生的分子机制 | 水螅(Hydra vulgaris)神经系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断 | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
1614 | 2025-10-05 |
An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression
2025-05-23, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633
PMID:40408430
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研究论文 | 本研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5来增强T细胞功能并防止其耗竭 | 利用工程化的疱疹病毒TIP蛋白构建非经典平台,强制招募LCK激酶直接激活STAT蛋白,实现细胞因子非依赖的STAT激活 | 研究主要关注STAT5激活,对其他STAT蛋白的应用效果需要进一步验证 | 开发增强T细胞疗法效力的新策略 | CD8+ T细胞 | 免疫工程 | 癌症 | 单细胞转录组学、蛋白质工程 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1615 | 2025-10-05 |
Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment
2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.29.542774
PMID:37398280
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研究论文 | 开发了一种结合人血浆样培养基的体外稳定同位素示踪方法,用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控 | 首次将人血浆样培养基与稳定同位素示踪技术结合,在保留完整肿瘤微环境的条件下研究胶质瘤代谢 | 体外模型仍无法完全模拟体内肿瘤微环境的复杂性 | 研究胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征 | 人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | 癌症代谢研究 | 胶质母细胞瘤 | 稳定同位素示踪, 空间转录组学 | 体外细胞培养模型 | 代谢组数据, 转录组数据 | 人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和胶质瘤干细胞系 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1616 | 2025-10-05 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.04.583414
PMID:38496543
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研究论文 | 通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联 | 首次在玉米和拟南芥中实现茎尖干细胞的大规模单细胞转录组分析,发现保守的干细胞调控因子 | 植物茎尖干细胞获取困难,需精细解剖技术 | 揭示植物茎尖干细胞调控机制并挖掘与产量性状相关的基因 | 玉米和拟南芥的茎尖干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据 | 数千个干细胞表达细胞 | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
1617 | 2025-10-05 |
Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data
2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.12.589216
PMID:38659857
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研究论文 | 系统评估单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性 | 建立了基于3,682,576个细胞的大规模定量基准,开发了VICE工具评估数据质量并预测差异表达真阳性率 | 研究主要关注单核吞噬细胞,可能不适用于所有细胞类型 | 提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性 | 单细胞和单核RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 3,682,576个细胞来自339个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单核RNA-seq | NA | NA |
1618 | 2025-10-05 |
Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration
2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.05.588321
PMID:38645054
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研究论文 | 本研究通过化学遗传学方法慢性激活中脑多巴胺神经元,揭示了帕金森病中多巴胺神经元退化的新机制 | 首次建立了慢性激活多巴胺神经元的化学遗传学小鼠模型,证明了神经活动增强会导致黑质多巴胺神经元优先退化 | 动物模型研究,需要进一步验证在人类中的适用性 | 探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退化中的作用机制 | 中脑多巴胺神经元,特别是黑质致密部多巴胺神经元 | 神经科学 | 帕金森病 | 化学遗传学(DREADD),电生理记录,空间转录组学 | DREADD小鼠模型 | 电生理数据,行为数据,钙成像数据,转录组数据 | DREADD转基因小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1619 | 2025-10-05 |
Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0331401
PMID:40920657
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研究论文 | 本研究通过网络药理学和分子模拟技术揭示广藿香治疗热射病的作用机制 | 首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟系统解析广藿香治疗热射病的分子靶点 | 样本量较小(11例患者和14例健康志愿者),需要更大规模研究验证 | 阐明广藿香治疗热射病的分子作用机制 | 热射病患者和健康志愿者的外周血样本 | 生物信息学 | 热射病 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 分子对接, 分子动力学模拟 | 网络药理学分析, 分子对接模型 | RNA测序数据, 分子结构数据 | 25例(11例热射病患者+14例健康志愿者) | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1620 | 2025-10-05 |
NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome
2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.02.26.580911
PMID:38464264
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研究论文 | 本研究通过Alport综合征小鼠模型揭示了NAD+补充通过激活肾代谢途径特别是近端小管细胞的脂肪酸氧化来保护慢性肾脏病的机制 | 首次在Alport小鼠模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术,首次报道该模型中转录水平的性别差异,明确了NAD+补充通过近端小管细胞发挥肾脏保护作用的具体机制 | 研究仅限于Alport综合征小鼠模型,尚未在人类或其他慢性肾脏病模型中验证 | 探究NAD+补充保护慢性肾脏病的分子机制和涉及的细胞类型 | Alport综合征小鼠模型 | 代谢研究 | 慢性肾脏病 | bulk RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 正交成像技术, 生化检测 | NA | RNA测序数据, 影像数据, 生化数据 | Alport综合征小鼠模型 | NA | bulk RNA-seq, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |