单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
16121	2024-08-07	Specialized Retinal Endothelial Cells Modulate Blood-Retina Barrier in Diabetic Retinopathy 2024-Feb-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db23-0368 PMID:37976214	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用	发现了一种新的糖尿病特异性视网膜内皮细胞群，并通过上调ACER2表达来减少神经酰胺含量和内皮细胞功能障碍的负反馈调节途径	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示视网膜内皮细胞的异质性和功能多样性，特别是在糖尿病视网膜病变中的作用	视网膜内皮细胞及其在糖尿病视网膜病变中的作用	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括非增生性糖尿病视网膜病变（NPDR）伴有或不伴有糖尿病黄斑水肿（DME/NDME）和活动性增生性DR（PDR）患者的血浆样本，以及糖尿病小鼠模型
16122	2024-08-07	Changes in cuproptosis-related gene expression in periodontitis: An integrated bioinformatic analysis 2024-Feb-01, Life sciences IF:5.2Q1 DOI:10.1016/j.lfs.2023.122388 PMID:38181851	研究论文	本研究通过生物信息学分析探讨了牙周炎中铜死亡相关基因（CRGs）的表达变化及其生物学功能	首次全面分析了不同表达的CRGs（DE-CRGs）在牙周炎中的综合效应，并探讨了其与免疫浸润、免疫因子、线粒体功能障碍、诊断效能及预测药物的相关性	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分有限	探讨牙周炎中铜死亡相关基因的表达变化及其在疾病发生和治疗中的作用	牙周炎中的铜死亡相关基因及其生物学功能	NA	牙周病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	使用了正常和牙周炎牙龈样本，具体数量未详细说明
16123	2024-08-07	Tenascin-C expressing touch dome keratinocytes exhibit characteristics of all epidermal lineages 2024-Jan-19, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adi5791 PMID:38241368	研究论文	本研究探讨了触觉圆顶（TD）角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用	首次揭示了TD角质形成细胞具有多种表皮细胞系的分子特征，并能在损伤后产生Merkel细胞	尚未完全阐明TD角质形成细胞在稳态下的维持机制	研究TD角质形成细胞的分子特征及其在表皮中的作用	触觉圆顶角质形成细胞及其在表皮中的作用	NA	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
16124	2024-08-05	Exploring the mechanism of Celastrol in the treatment of rheumatoid arthritis based on systems pharmacology and multi-omics 2024-01-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-48248-5 PMID:38238321	研究论文	本研究探索了Celastrol在类风湿关节炎治疗中的分子网络机制	提出了一种新的策略，将系统药理学、蛋白质组学、转录组学和单细胞转录组学相结合	NA	揭示Celastrol在类风湿关节炎治疗中的作用机制	类风湿关节炎相关基因和Celastrol的潜在靶标	系统药理学	类风湿关节炎	系统药理学、转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	转录组数据、蛋白质组数据	195个靶标、2068个差异基因、294个差异蛋白
16125	2024-08-05	PROST: quantitative identification of spatially variable genes and domain detection in spatial transcriptomics 2024-Jan-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-44835-w PMID:38238417	研究论文	本文提出了一个框架（PROST），用于定量识别空间转录组中的空间变异基因和组织域	提出了PROST Index，可以有效定量表征基因表达的空间变异，并通过自注意力机制进行空间域的无监督聚类	现有方法在均匀量化空间变异基因方面存在不足，且大部分方法在技术上将空间变异基因和空间域的描绘割裂开	研究空间转录组数据的定量识别和分析	针对空间表达模式的基因和组织域进行定量识别	数字病理学	NA	空间转录组测序	自注意力机制	基因表达数据	不同空间分辨率的样本，包括多细胞和细胞级别的数据
16126	2024-08-05	Anoikis related genes may be novel markers associated with prognosis for ovarian cancer 2024-01-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-52117-0 PMID:38238592	研究论文	本研究旨在确定与凋亡相关基因在卵巢癌中的预后意义，并基于ARG表达开发预后标志。	本研究首次提出ARG可能在卵巢癌预后中发挥新颖作用，并建立了基于ARG表达的预后签名。	需要进一步研究来验证结果并探索潜在机制。	探讨凋亡相关基因在卵巢癌预后中的作用。	卵巢癌患者的临床数据和单细胞测序数据的分析。	数字病理学	卵巢癌	单样本基因集富集分析（ssGSEA），非负矩阵分解（NMF），LASSO	NA	基因表达数据，单细胞测序数据	NA
16127	2024-08-07	Immune characteristics of kidney transplant recipients with acute respiratory distress syndrome induced by COVID-19 at single-cell resolution 2024-Jan-18, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02682-9 PMID:38238762	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，构建了肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）的单细胞免疫图谱，以探讨COVID-19诱导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）在KTRs中的免疫微环境异质性	本研究首次在单细胞分辨率下探讨了COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征，揭示了KTRs在病毒感染和免疫抑制双重影响下的免疫微环境异质性	研究样本量较小，仅包括八名COVID-19诱导的ARDS患者和五名KTRs，可能影响结果的普遍性	旨在深入理解COVID-19诱导的ARDS在肾移植受者中的免疫特征	肾移植受者（KTRs）和健康个体的外周血单个核细胞（PBMCs）	数字病理学	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	八名COVID-19诱导的ARDS患者，五名KTRs，五名健康个体
16128	2024-08-05	Multipotent progenitors instruct ontogeny of the superior colliculus 2024-Jan-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.009 PMID:38096816	研究论文	这篇文章探讨了哺乳动物上丘的多能前体细胞如何指导细胞类型的多样性生成	首次建立了单细胞水平上哺乳动物上丘发育的新框架	目前尚不清楚其他因素如何进一步影响上丘细胞的多样性	研究上丘细胞类型多样性的生成原理	主要研究了上丘的放射胶质前体细胞的多能性	数字病理学	NA	基因马赛克分析和单细胞测序	NA	细胞谱系数据	使用了多个标记的遗传马赛克小鼠
16129	2024-08-05	Towards high-throughput parallel imaging and single-cell transcriptomics of microbial eukaryotic plankton 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0296672 PMID:38241213	研究论文	该文章探讨了微生物真核浮游生物的单细胞转录组学，应用了一种新技术用于高通量成像。	首次将微阵列单细胞测序技术应用于微生物真核生物，并展示了其在不同细胞结构的微生物群体中的应用潜力。	在研究较小的硅藻细胞时，无法有效分离单细胞转录组与背景噪音，信噪比尚需提高。	探索微生物真核生物的转录组特征并揭示其对生态系统的影响。	研究三种重要浮游生物：纤毛虫Tetrahymena thermophila、硅藻Phaeodactylum tricornutum和甲藻Heterocapsa sp。	数字病理学	NA	微阵列单细胞测序技术 (MASC-seq)	NA	图像和转录组数据	三种浮游生物物种的多个单细胞样本
16130	2024-08-05	Cross-species single-cell landscape of vertebrate pineal gland 2024-Jan, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12927 PMID:38018267	研究论文	本研究详细分析了从鱼类到哺乳动物的松果体进化过程	揭示了松果体细胞在不同物种间的独特转录变化和配体-受体相互作用	研究样本主要局限于斑马鱼、老鼠和猴子，结果的普遍性需进一步验证	探讨松果体从鱼类到哺乳动物的进化及其功能多样性	斑马鱼、老鼠和猴子的松果体单细胞转录组数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共计22,431个细胞
16131	2024-08-07	sc2MeNetDrug: A computational tool to uncover inter-cell signaling targets and identify relevant drugs based on single cell RNA-seq data 2024-Jan, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011785 PMID:38181047	研究论文	开发了一种名为sc2MeNetDrug的计算工具，用于基于单细胞RNA测序数据揭示细胞间信号传导目标并识别相关药物	sc2MeNetDrug工具专门设计用于识别疾病微环境中的细胞类型，揭示单个细胞类型内的功能障碍信号通路及不同细胞类型间的相互作用，并预测可能破坏细胞间信号传导的有效药物	NA	开发一种新的计算工具，帮助研究人员基于单细胞RNA测序数据发现新的细胞间信号传导和治疗方案	单细胞RNA测序数据中的细胞间信号传导和相关药物	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
16132	2024-08-05	Multi-omics analysis in developmental bone biology 2023-Dec, The Japanese dental science review DOI:10.1016/j.jdsr.2023.10.006 PMID:38022387	研究论文	本文探讨了单细胞组学和多组学在骨生物学中的应用，揭示了骨细胞的多样性和动态过程	发现了新的骨骼干细胞亚型，并通过单细胞多组学提供了对细胞未来状态及其分化潜力的预测	需要通过组织学方法进行体内验证以解释计算预测	研究骨生物学中细胞的分化及其在骨生长和再生中的作用	骨骼干细胞及其在复杂组织结构中的动态交互	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达，染色质可及性	NA
16133	2024-08-05	THItoGene: a deep learning method for predicting spatial transcriptomics from histological images 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad464 PMID:38145948	研究论文	THItoGene是一种深度学习方法，用于从组织学图像预测空间转录组信息	该文章创新性地引入了动态卷积和胶囊网络的混合神经网络，以适应性地感知组织学图像中的潜在分子信号	当前方法在提取病理图像的深层信息方面存在不足	研究旨在通过人工智能提供一种经济实惠的方式预测空间基因表达	研究对象为人类乳腺癌和鳞状细胞癌的数据集	数字病理学	乳腺癌	人工智能，深度学习	混合神经网络	图像	NA
16134	2024-08-05	Advancing single-cell RNA-seq data analysis through the fusion of multi-layer perceptron and graph neural network 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad481 PMID:38171931	研究论文	本文提出了一种名为scMPN的新方法，结合多层感知器和图神经网络来分析单细胞RNA测序数据。	该方法通过整合多层感知器和图神经网络，包括注意力网络，提升了基因插补和细胞聚类的任务效果	尚未提及该方法在不同类型单细胞数据中的通用性和适应性	提升单细胞RNA测序数据的分析效率和准确性	单细胞RNA测序数据以及其在基因插补和细胞聚类中的应用	数字病理学	NA	深度学习	多层感知器和图神经网络	基因表达数据	四个具有金标准细胞标签的数据集
16135	2024-08-07	Identifying phenotype-associated subpopulations through LP_SGL 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad424 PMID:38008419	研究论文	本文提出了一种名为LP_SGL的方法，通过整合单细胞RNA测序、批量表达和批量表型数据，结合细胞群结构来识别与表型相关的亚群	LP_SGL方法考虑了细胞间相互作用导致的分组效应，提高了模型鲁棒性，并能更有效地识别癌症细胞、T细胞和肿瘤相关细胞	NA	开发一种新的工具来识别与疾病相关的细胞亚群	单细胞RNA测序数据中的细胞亚群	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 肝癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及肺癌、黑色素瘤和肝癌的数据集，具体样本数量未详述
16136	2024-08-07	Clustering malignant cell states using universally variable genes 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad460 PMID:38084922	研究论文	本文介绍了一种通过识别普遍变异基因（UVGs）来减少样本特异性聚类，从而在恶性细胞中识别潜在分子特征的新方法	提出了一种新的方法，通过标准化基因表达变异来识别普遍变异基因（UVGs），以减少样本特异性聚类的形成，并更好地检测与不同恶性细胞状态相对应的聚类	NA	旨在解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中样本特异性基因组改变导致的患者特异性聚类难以解释的问题	恶性细胞的异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
16137	2024-08-07	Model-based evaluation of spatiotemporal data reduction methods with unknown ground truth through optimal visualization and interpretability metrics 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad455 PMID:38113074	研究论文	本文提出了一种名为MIBCOVIS的框架，用于评估和优化时空数据缩减方法，通过集成多种鲁棒性指标来增强高维数据的视觉呈现和可解释性，无需依赖真实数据。	MIBCOVIS框架通过集成五种鲁棒性指标，包括一种新的基于时间顺序的马尔可夫结构指标，以及采用半监督层次贝叶斯模型，不依赖真实数据来评估方法的准确性。	文章未明确提及现有研究的局限性。	优化和基准测试动态或空间可视化和解释（DSVI）的数据缩减方法。	研究对象包括四种不同的动态和空间生物过程，通过三种单细胞数据模式（CyTOF、scRNA-seq和CODEX）捕获。	计算机视觉	NA	单细胞数据分析	半监督层次贝叶斯模型	单细胞数据	涉及三种单细胞数据模式，具体样本数量未明确提及。
16138	2024-08-07	CAKE: a flexible self-supervised framework for enhancing cell visualization, clustering and rare cell identification 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad475 PMID:38145950	研究论文	本研究开发了一种名为CAKE的新型自监督聚类方法，用于增强细胞可视化、聚类和稀有细胞识别	CAKE方法包括一个对比学习模型和一个混合邻域增强技术，用于细胞表示学习，以及一个自知识蒸馏模型，用于聚类结果的细化，提供了更浓缩和聚类友好的细胞表示	NA	提高细胞异质性分析中的聚类性能和鲁棒性	单细胞RNA测序数据中的细胞异质性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	对比学习模型	RNA测序数据	多个真实单细胞RNA测序数据集
16139	2024-08-07	A critical assessment of clustering algorithms to improve cell clustering and identification in single-cell transcriptome study 2023-11-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad497 PMID:38168839	研究论文	本文对七种先进的细胞聚类算法进行了关键评估，以提高单细胞转录组研究中的细胞聚类和识别	首次系统评估了多种单细胞RNA测序数据的聚类算法，并比较了它们在细胞类型识别和捕获细胞异质性方面的性能	研究中提到的某些算法在不同数据集上的性能表现不一，表明其对特定数据集特征的敏感性	评估和比较不同聚类算法在单细胞转录组数据分析中的性能	七种先进的聚类算法，包括四种基于深度学习的算法和常用的Seurat、CosTaL及SC3	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	转录组数据	涉及10个不同的scRNA-seq基准数据集
16140	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Reveals LRRC75A-Expressing Cell Population Involved in VEGF Secretion of Multipotent Mesenchymal Stromal/Stem Cells Under Ischemia 2023-06-15, Stem cells translational medicine IF:5.4Q1 DOI:10.1093/stcltm/szad029 PMID:37263619	研究论文	本研究揭示了在缺血条件下与VEGF分泌相关的LRRC75A表达细胞群。	通过单细胞RNA测序分析，识别出功能性细胞亚群体，并确定LRRC75A在VEGF分泌中的调控作用。	研究集中于特定的骨髓源性间充质干细胞，结果可能不适用于其他类型的间充质干细胞。	识别功能性细胞亚群体以预测骨髓源性间充质干细胞的血管生成治疗效能。	研究对象为从11名供体来源的骨髓源性间充质干细胞（BM-MSC）系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	11个供体来源的BM-MSC细胞系