单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 16101 - 16120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 16101 | 2024-08-07 |
Young infants display heterogeneous serological responses and extensive but reversible transcriptional changes following initial immunizations
2023-Dec-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43758-2
PMID:38042900
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研究论文 | 研究分析了2个月大婴儿在接种疫苗前、接种后一周和一个月的免疫反应，发现婴儿对疫苗的抗体反应具有异质性，且全血转录组分析显示接种后7天干扰素刺激基因和炎症基因表达增加，一个月后恢复正常。 | 首次通过全血转录组分析和单细胞RNA测序揭示了婴儿接种疫苗后的免疫反应动态变化。 | 研究仅限于2个月大的婴儿，且样本量较小，可能影响结果的普遍性。 | 探究婴儿在接种常规疫苗后的免疫反应及其转录组变化。 | 2个月大的婴儿及其接种疫苗后的免疫反应。 | 免疫学 | NA | 全血转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞RNA数据 | 两个队列的2个月大婴儿 |
| 16102 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics deconvolution at single-cell resolution using Redeconve
2023-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43600-9
PMID:38040768
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研究论文 | 提出了一种算法Redeconve，用于以单细胞分辨率解卷积空间转录组数据 | Redeconve能够在细胞状态层面识别大量精细的细胞状态，这在现有方法中尚属首次 | 当前方法依赖于细胞类型分辨率，难以处理复杂细胞状态 | 旨在提高空间转录组数据的解卷积精度和分辨率 | 主要研究人类胰腺癌数据集和淋巴结样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据 | 包含不同空间转录组平台和数据集的多样化样本 |
| 16103 | 2024-08-05 |
MLKL deficiency alleviates neuroinflammation and motor deficits in the α-synuclein transgenic mouse model of Parkinson's disease
2023-Dec-01, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-023-00686-5
PMID:38041169
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研究论文 | 本研究探讨了MLKL缺失对帕金森病小鼠模型中的神经炎症和运动缺陷的影响 | 揭示了MLKL在帕金森病中的神经保护作用，并指出其作为潜在治疗靶点的重要性 | 未具体阐明MLKL在PD其他机制中的作用 | 研究MLKL缺失对帕金森病模型小鼠的影响 | 使用MLKL缺失的小鼠模型（Tg-Mlkl）进行研究 | 神经科学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据 | 包括多个Tg-Mlkl小鼠及经典A53T转基因小鼠的样本 |
| 16104 | 2024-08-05 |
SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors
2023-Dec-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43498-3
PMID:38040699
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研究论文 | 这篇文章研究了SMARCB1缺失如何在恶性横纹肌肉瘤中激活患者特异性远端致癌增强子。 | 该研究揭示了SMARCB1缺失导致的调控景观重新塑造以及MYC致癌基因的患者特异性增强子利用。 | 目前尚不清楚这些发现如何影响治疗策略的应用。 | 研究SMARCB1缺失对恶性横纹肌肉瘤的遗传调控机制的影响。 | 研究对象为患者衍生的恶性横纹肌肉瘤（MRT）类器官。 | 数字病理学 | 恶性横纹肌肉瘤 | 多组学分析 | NA | 组织样本 | 患者衍生的MRT类器官和患者MRT组织 |
| 16105 | 2024-08-05 |
Glucose transporter 3 (GLUT3) promotes lactylation modifications by regulating lactate dehydrogenase A (LDHA) in gastric cancer
2023-Dec-01, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-023-03162-8
PMID:38041125
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研究论文 | 这项研究探讨了GLUT3在胃癌中通过调节LDHA促进乳酸化修饰的作用 | 研究首次揭示了GLUT3和组蛋白乳酸化之间的关系，提出GLUT3作为胃癌的新诊断标志物和治疗靶点 | 研究主要依赖于细胞系和动物模型，临床验证不足 | 调查GLUT3与胃癌发生发展中组蛋白乳酸化的关系 | 主要肿瘤、肿瘤旁正常组织及转移肿瘤组织中的GLUT3和LDHA表达 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序、免疫组化、转筛和划痕实验、西方印迹 | NA | 细胞和组织样本 | 包括初级肿瘤、肿瘤旁正常组织和转移肿瘤组织的样本 |
| 16106 | 2024-08-05 |
Predictive and prognostic biomarkers of bone metastasis in breast cancer: current status and future directions
2023-Dec-01, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01171-8
PMID:38041134
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综述 | 本文回顾了乳腺癌骨转移的流行病学、诊断工具和治疗方法，并讨论了几个具有预测和预后价值的生物标志物 | 提出了一些新生物标志物，特别适合与液体活检结合，具有临床应用潜力 | 没有明确提到具体的实验数据和样本分析 | 探讨乳腺癌骨转移的生物标志物及其临床应用前景 | 以乳腺癌骨转移的生物标志物为研究对象 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞测序，类器官模型 | 动物模型 | NA | NA |
| 16107 | 2024-08-05 |
Transformation of non-neuritic into neuritic plaques during AD progression drives cortical spread of tau pathology via regenerative failure
2023-12-01, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-023-01688-6
PMID:38037144
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研究论文 | 该文章探讨了非神经性淀粉样斑块在阿尔茨海默病进展中的转变如何通过再生失败驱动tau病理的皮层传播 | 文章提出非神经性斑块向神经性斑块的转变是阿尔茨海默病进展中的关键事件，并暗示再生失败可能是这一过程的驱动因素 | 研究主要基于尸检样本，可能存在样本偏倚以及区域特异性的差异 | 旨在揭示阿尔茨海默病中淀粉样蛋白和tau蛋白的相互作用机制 | 研究对象为阿尔茨海默病患者的尸检脑标本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 脑标本 | 来自阿尔茨海默病患者的尸检脑样本，具体数量不详 |
| 16108 | 2024-08-05 |
Urinary single-cell sequence analysis of the urinary macrophage in different outcomes of membranous nephropathy
2023-Dec, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfad132
PMID:38046013
|
研究论文 | 本研究分析了不同结果的膜性肾病患者尿液中的单细胞序列。 | 首次描绘了健康个体与膜性肾病患者在尿液细胞图谱上的差异。 | 样本量较小，仅限于12名健康对照和15名膜性肾病患者。 | 研究膜性肾病不同结果的机制。 | 分析了12名健康对照和15名膜性肾病患者的尿液细胞。 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 27个样本（12名健康对照和15名膜性肾病患者） |
| 16109 | 2024-08-05 |
scPipe: an extended preprocessing pipeline for comprehensive single-cell ATAC-Seq data integration in R/Bioconductor
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad105
PMID:38046273
|
研究论文 | scPipe是一个灵活的R/Bioconductor软件包，用于分析单细胞ATAC-Seq数据。 | 扩展了scPipe的预处理能力，以处理新的单细胞技术，包括单细胞ATAC-Seq和多模态数据。 | NA | 旨在提供一个全面的单细胞ATAC-Seq数据预处理流程。 | 单细胞ATAC-Seq数据。 | 数字病理学 | NA | ATAC-Seq | NA | 计数矩阵 | NA |
| 16110 | 2024-08-07 |
Unraveling FOXO3a and USP18 Functions in Idiopathic Pulmonary Fibrosis through Single-Cell RNA Sequencing of Mouse and Human Lungs
2023-Dec, Global medical genetics
IF:1.2Q4
DOI:10.1055/s-0043-1776697
PMID:38025194
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响 | 揭示了FOXO3a和USP18在成纤维细胞中的协同失调对特发性肺纤维化的病理改变的重要贡献，为该疾病的治疗提供了新的潜在途径 | NA | 阐明FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用，探索其对成纤维细胞功能的调控机制 | FOXO3a和USP18在特发性肺纤维化中的作用及其对成纤维细胞功能的影响 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及小鼠和人类的肺部样本 |
| 16111 | 2024-08-07 |
Molecular characteristics of circulating B cells and kidney cells at the single-cell level in special types of primary membranous nephropathy
2023-Dec, Clinical kidney journal
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/ckj/sfad215
PMID:38046035
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和单细胞B细胞受体测序，分析了特定类型原发性膜性肾病（pMN）患者循环B细胞和肾细胞的分子特征 | 发现了NEG患者中CD38+幼稚B细胞的扩增及其激活功能特征，以及免疫球蛋白M/D与IgG1之间的转换增加 | 研究仅基于一名NEG pMN患儿的样本，可能存在样本量不足的问题 | 揭示特定类型原发性膜性肾病患者循环B细胞和肾细胞的细胞类型特异性分子特征 | 特定类型原发性膜性肾病患者的循环B细胞和肾细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞转录组测序，单细胞B细胞受体测序 | NA | 单细胞数据 | 一名NEG pMN患儿及POS患者和健康对照个体的单细胞数据 |
| 16112 | 2024-08-07 |
Range of chromatin accessibility configurations are permissive of GABAergic fate acquisition in developing mouse brain
2023-Nov-30, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09836-x
PMID:38036964
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术研究了发育中的小鼠大脑中GABA能神经元的染色质可及性和mRNA表达，以理解不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 本文首次定义了开放染色质区域的参考集，并整合了scATAC-seq和scRNA-seq数据，形成了一个统一的转录组和染色质可及性图谱资源 | NA | 研究不同空间来源的GABA能神经元中基因组特征激活的变异性 | 发育中的小鼠大脑中的GABA能神经元 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | E14.5小鼠胚胎的端脑、中脑和前后脑的细胞类型 |
| 16113 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing unveils Lrg1's role in cerebral ischemia‒reperfusion injury by modulating various cells
2023-Nov-30, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02941-4
PMID:38037097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其对多种细胞类型的调节机制 | 首次揭示了Lrg1通过调节多种细胞类型在脑缺血-再灌注损伤中的病理过程 | NA | 探索Lrg1在脑缺血-再灌注损伤中的作用及其机制，以寻找新的预防和治疗策略 | 野生型和Lrg1敲除小鼠的脑组织 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 野生型和Lrg1敲除小鼠 |
| 16114 | 2024-08-05 |
Single-cell analysis unveils activation of mast cells in colorectal cancer microenvironment
2023-Nov-29, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-023-01144-x
PMID:38031173
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研究论文 | 本研究揭示了结肠直肠癌微环境中肥大细胞的激活情况 | 首次进行了对结肠直肠癌中肥大细胞的综合单细胞研究，发现肥大细胞表型的转变及其在肿瘤微环境中的作用 | 尚未明确肥大细胞在结肠直肠癌中的具体作用机制 | 探讨肥大细胞在结肠直肠癌中的异质性和影响 | 结肠直肠癌中的肥大细胞及其特征 | 数字病理学 | 结肠直肠癌 | 单细胞测序，空间转录组学，整体组织测序 | NA | NA | CRC和正常组织样本的比较，但具体样本数量未提及 |
| 16115 | 2024-08-07 |
FastCAR: fast correction for ambient RNA to facilitate differential gene expression analysis in single-cell RNA-sequencing datasets
2023-Nov-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09822-3
PMID:38030970
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FastCAR的计算方法，用于校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染，以促进细胞类型特异性差异基因表达分析 | FastCAR是专门为单细胞差异基因表达分析设计的，能够更有效地校正环境RNA带来的信号，减少假阳性结果 | NA | 开发和验证一种新的方法来校正单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 16116 | 2024-08-05 |
Comprehensive Transcriptomic Investigation of Rett Syndrome Reveals Increasing Complexity Trends from Induced Pluripotent Stem Cells to Neurons with Implications for Enriched Pathways
2023-Nov-21, ACS omega
IF:3.7Q2
DOI:10.1021/acsomega.3c06448
PMID:38027357
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研究论文 | 本研究对Rett综合症进行了全面的转录组调查，揭示了从诱导多能干细胞到神经元的复杂性趋势及其与富集通路的影响 | 该文章创新性地使用不同样本类型的转录组数据，揭示了基因表达的特定趋势和相关基因的差异表达 | 本研究的限制在于获取足够的患者数据的挑战 | 研究Rett综合症患者样本中基因表达的变化及其潜在的治疗策略 | 研究对象包括Rett综合症患者的四种不同样本类型，如诱导多能干细胞、分化神经祖细胞、分化神经元和死后脑组织 | 数字病理学 | Rett综合症 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 四种不同样本类型 |
| 16117 | 2024-08-07 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing data to establish necroptosis-related lncRNA risk model and analyze the immune microenvironment in hepatocellular carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22083
PMID:38034714
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研究论文 | 本研究通过整合大量和单细胞RNA测序数据，建立了与坏死性凋亡相关的长非编码RNA（lncRNA）风险模型，并分析了肝细胞癌中的免疫微环境 | 构建了一个基于8个坏死性凋亡相关lncRNA的预后标志物，该模型显示出良好的预测准确性 | NA | 探讨坏死性凋亡相关lncRNA作为肝细胞癌预后生物标志物的潜力 | 肝细胞癌中的坏死性凋亡相关lncRNA及免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO算法和多元Cox回归分析 | RNA测序数据 | 使用了TCGA数据库中的肝细胞癌lncRNA表达谱数据及单细胞RNA测序数据 |
| 16118 | 2024-08-07 |
Single-cell and bulk RNA-sequencing analysis to predict the role and clinical value of CD36 in lung squamous cell carcinoma
2023-Nov, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e22201
PMID:38034730
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，探讨CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其临床价值 | 首次验证CD36在肺鳞状细胞癌检测中的作用，并发现其在癌症检测中具有高特异性和敏感性 | NA | 揭示CD36在肺鳞状细胞癌中的作用及其作为早期诊断标志物的潜力 | CD36在肺鳞状细胞癌中的表达及其与肿瘤预后、免疫细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 肺鳞状细胞癌 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（TCGA）、基因表达综合图谱（GEO）、人类蛋白质图谱（HPA）等资源的数据 |
| 16119 | 2024-08-07 |
Genome resequencing reveals the evolutionary history of garlic reproduction traits
2023-Nov, Horticulture research
IF:7.6Q1
DOI:10.1093/hr/uhad208
PMID:38046855
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研究论文 | 本研究通过基因组重测序分析了134个具有广泛多样性的大蒜样本，探讨了大蒜两个主要与繁殖相关的性状——抽薹和花分化——的进化历史 | 研究发现了2.728亿个基因组变异，其中1.98亿个是新变异，并识别出与繁殖转变和花发育相关的多个候选基因，这些基因显示出明显的选择特征 | NA | 旨在深入了解通过无性繁殖的大蒜中繁殖性状的进化变化 | 大蒜的抽薹和花分化两个繁殖相关性状 | NA | NA | 基因组重测序 | NA | 基因组数据 | 134个大蒜样本 |
| 16120 | 2024-08-05 |
Core binding factor subunit β plays diverse and essential roles in the male germline
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1284184
PMID:38020932
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研究论文 | 这篇文章报告了核心结合因子亚单位β（CBFβ）在男性生殖系中的关键角色 | 揭示了CBFβ在未分化精原细胞中的多种功能，包括增殖、存活和生殖系维护 | 研究主要限于小鼠模型，尚不清楚其在人类中的具体作用 | 探讨CBFβ在青少年时期生殖系发育及精子生成过程中的作用 | 研究对象为小鼠模型中的男性生殖细胞 | 数字病理学 | 不育 | 条件性基因敲除（cKO） | NA | 空间转录组学 | 小鼠 |